伊丽莎白安格斯三角梅转录组的SSR、SNP和InDel特征分析

【目的】基于转录组测序数据分析伊丽莎白安格斯三角梅SSR、SNP和InDel位点特征,为开发三角梅分子标记、选育无刺或少刺品种、品种鉴定及亲缘关系分析提供理论依据。【方法】以伊丽莎白安格斯三角梅3个时期的枝刺和茎段为材料,对其进行转录组测序,采用Trinity对获得的高质量测序数据进行序列组装,利用MISA和GATK3对SSR、SNP和InDel进行特征分析。【结果】18个样本转录组测序平均获得45905982bpRawdata,质控过滤后获得45640193 bp Clean data,拼接后获得312812条转录本和144512条Unigenes,有54516个SSR位点分布于40820条Unigenes上,发生频率为28.25%,平均分布距离为2.67kb,包含1个以上SSR位点的Unigenes10269条,占Unigenes总数的4.25%。在重复基元类型中,单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复数量占优势,其中单核苷酸重复数量最多(39904个,占比73.20%),其次为二核苷酸重复(8169个,占比14.98%)和三核苷酸重复(5899个,占比10.82%),五核苷酸重复最少(31个,占比0.06%)。单核苷酸~六核苷酸重复类型共检测到98种重复基元,出现频率为0.01%~25.71%,其中出现频率最高的基元为A/T(37151个),占SSR位点总数的68.15%。SSR各类型重复基元的重复次数集中在5~23次,SSR序列的长度10~60bp,平均长度为20.38bp。共检测到231248个SNP位点和99580个InDel位点,其中SNP位点平均分布距离为1.59 kb,InDel位点平均分布距离为0.68 kb,且均以含1个位点的Unigenes数量最多,Unigenes数量随SNP和InDel位点数量的增加而逐渐减少。【结论】伊丽莎白安格斯三角梅转录组中SSR位点数量多、类型丰富,分布特征明显,可用于开发大量SSR标记,SNP和InDel位点发生频率低于模式植物,有待深度挖掘。

两种溪黄草转录组的构建及比较分析

中药溪黄草药用成分复杂多样,有效成分尚不明确,且分子水平相关研究十分薄弱。因此,构建溪黄草转录组数据库,以生物信息学手段进行分析,可为中药溪黄草药物的研究开发利用奠定基础。本研究利用高通量测序平台Illumina构建了两种常用溪黄草基源植物溪黄草和线纹香茶菜的转录组数据库,并进行了比较分析。两种溪黄草分别获得了144650个和103221个Contigs,N50值分别为1400 bp和1516 bp。这些Contigs聚集成107777个和68220个Unigenes,其功能注释分析以鉴定有效药物成分的基因为主。整个转录组数据中分别有14138个和11756个EST-SSR基因序列。本研究不仅快速地解读了溪黄草整体的基因组信息,还为挖掘相关的功能基因、阐明活性成分的生物合成及其调控机制、评估种质资源和发现隐藏的药用部位提供重要的科学依据。

基于转录组测序的油茶SSR、SNP和InDel位点特征分析

基于油茶转录组测序数据,利用MISA和GATK3软件对SSR、SNP和InDel位点进行搜索。结果表明:在169652条unigene序列中共发现92228个SSR位点,出现频率54.37%,平均分布距离1.61 kb。油茶转录组SSR位点中,单核苷酸和二核苷酸是主要的重复类型,A/T和AG/CT是主要的重复基元类型,基元重复次数主要集中在5~11次,基序长度主要集中在12~20 bp。共得到1912501个SNP位点,转换类型SNP数量多于颠换类型SNP数量,转换类型中A/G数量最多,而颠换类型中A/T数量最多。共筛选出298984个InDel位点。油茶转录组SSR、SNP和InDel位点数量多、类型丰富,能够为油茶分子标记开发、种质资源评价、亲缘关系鉴定等研究提供支撑。

吉林省玉米种质资源SSR和SNP分子身份证的构建及应用

【目的】农作物种质资源具有重要的战略地位。吉林省玉米种质资源库主要存储具有北方春玉米区特色的种质资源。鉴于在传统农作物种质资源管理过程中难以获取真实身份信息的现状,利用分子标记技术构建种质资源分子身份证可以有效鉴定种质资源真实身份,强化种质资源的分类管理。通过深度发掘吉林省玉米种质资源库的优异资源,推动共享利用。【方法】以吉林省玉米种质资源库中的2918份玉米种质资源为研究对象,采用玉米品种鉴定检测标准中推荐的40对SSR标记,以及61214个SNP标记来构建其分子身份证。根据获得的分子身份证信息将种质资源划分为核心、同近源、异质和群体等类进行管理,并进一步针对核心种质进行遗传多样性分析。【结果】为2918份种质资源构建了SSR分子身份证,为除异质性种质外的2502份种质资源构建了SNP分子身份证。分别制定了玉米种质资源SSR和SNP分子身份证的建设规范。其中,SSR分子身份证由40个SSR位点指纹转化为三位数字和一位字母的编码组合构成,并以二维码形式存储;SNP分子身份证由61214个SNP位点指纹转化为可视化的条形码。根据样品纯合度和指纹特异性等特征,将样品划分为1561份核心类、705份同近源类、416份异质类及236份群体类种质资源。遗传多样性分析表明,以旅大红骨群、黄改群为代表的国内种质资源是该库的主要种质资源,占全部核心种质资源的64.38%。【结论】提出了玉米种质资源分子身份证构建流程,为吉林省玉米种质资源库2918份种质资源构建了全部的SSR分子身份证和2502份SNP分子身份证;建立了核心、同近源、异质、群体四类种质资源筛选方案,实现了种质资源的分类管理。

基于转录组测序的花斑裸鲤SSR、SNP和InDel位点特征分析

为利用分子标记规模化开发与辅助花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)良种选育,以花斑裸鲤(2+龄)的鳃、肾脏和肝脏组织为材料,经总RNA提取和cDNA文库构建后采用Illumina Novaseq 2000平台进行转录组测序,并采用MISA和GATK3软件分析转录组的SSR、SNP和插入缺失标记(InDel)位点特征。结果表明:在486221条Unigenes序列中共发现了128727个SSR,出现频率为26.47%,平均每3.76 kb出现1个SSR;花斑裸鲤SSR包括6个重复类型,以单碱基和二碱基重复基元类型为主,分别占总SSR位点数的46.53%和42.45%,重复基元类型共77种,其中,A/T和AC/GT两种基元的出现频率最高,是花斑裸鲤SSR的优势重复基元;所有重复次数中出现次数最多的为5~15次,占所有SSR位点的87.52%;通过GATK3软件搜索得到399080个SNP位点,转换类型多于颠换类型,分别占总SNP的56.29%和43.71%,转换类型中A/G发生频率略高于C/T,而颠换类型中A/T发生频率最高,C/G发生频率最低;InDel分析显示,从花斑裸鲤转录组Unigenes中共筛选出254065个InDel位点,平均每1903 bp出现1个InDel位点,且SNP位点和InDel位点均以含1个位点的Unigenes数最多。研究表明,花斑裸鲤转录组中SSR、SNP和InDel位点非常丰富,这些位点对花斑裸鲤种质资源鉴定、种群遗传学研究及保护管理具有重要价值。

基于基因组重测序的藏羚Y染色体多态性遗传位点筛选

藏羚Pantholops hodgsonii是藏羚属Pantholops现存的唯一物种,由于Y染色体基因较保守,基于近缘物种的Y染色体多态性遗传位点筛选受到了很大的限制。本研究对15份藏羚新鲜组织样品进行基因组重测序,生物信息分析筛选出Y染色体雄性特异区(MSY)对应的scaffolds,对部分SNP及SSR位点进行多态性验证。共比对出44个scaffolds,以其中序列最长、候选变异位点最多且最完整的KE113803.1为参考,对其中190个SNP变异位点设计引物进行验证,共获得45条MSY DNA序列,其中15对引物扩增到的11898 bp DNA序列中检测到27个SNP位点;同时对KE113803.1中除单核苷酸重复以外的134个SSR位点设计引物并验证多态性,筛选出56个Y-SSR位点,其中5个具有多态性。本研究结果为后续分析藏羚Y染色体遗传多样性及父系遗传奠定了良好基础。

云南栘[木衣]果实转录组SSR、SNP、InDel特征分析

对云南栘[木衣]果实转录组中的简单重复序列(SSR)、单核苷酸多态性(SNP)和插入/缺失多态性(InDel)位点的特征进行分析,为开发特异性分子标记、遗传多样性分析和分子标记辅助育种奠定理论基础。基于7个不同发育时期的云南栘[木衣]果实转录组数据对SSR、SNP和InDel位点进行挖掘,并对其位点特征进行分析。结果显示:在云南栘[木衣]果实转录组中共发现25 796个SSR位点,分布于39 185条转录本(Unigenes)上,发生频率为22.88%;共发现249种SSR重复基元类型,单碱基重复数量最多,六碱基重复数量最少,出现频率最高的基元为A/T,占总SSR数量的37.47%;各类型基元的重复次数均集中在5~11次,SSR序列长度为10~48 bp。21个样品检测到的SNP位点数为255 301~361 860个,平均每个样品含有311 094个SNP位点,转换与颠换比值平均为1.56,且分布在外显子区的位点最多,发生错义突变的位点数量最多。InDel位点数则为36 135~54 655个,平均每个样品包含45 921个,插入型位点数大于缺失型,在内含子区分布最多,发生移码插入的位点最多。研究结果表明:云南栘[木衣]果实转录组中的SSR、SNP和InDel位点丰富,并且具有较高的多态性,为后续的特异性分子标记开发提供数据支撑。

航天诱变小麦突变体籽粒表型分析和真实性鉴定

为探究航天诱变小麦突变体的真伪,以实践十号卫星搭载创制的周麦18 SP5突变群体为材料,对其籽粒表型进行分析,同时采用42对SSR标记和55K SNP芯片技术对籽粒表型差异较为显著的4个突变体进行真实性鉴定。籽粒表型分析发现,突变群体的千粒质量、粒长差异显著,其中千粒质量变异最为丰富,粒宽差异不显著,且突变群体的平均粒长、粒宽和千粒质量均显著高于野生型,说明航天诱变的有益突变频率较高。SSR标记鉴定发现,突变体ZM18-112与野生型的差异标记为18个,多态性比例高达42.85%,而ZM18-105、ZM18-26和ZM18-7与其野生型的差异标记均不超过3个。SNP芯片鉴定发现,ZM18-112与野生型的差异SNP位点所占比例高达13.3012%,而其他3个突变体与野生型的差异SNP位点所占比例不超过0.7689%。认为突变体ZM18-112是由于异花授粉或机械混杂产生的假突变体,而ZM18-105、ZM18-26和ZM18-7与野生型的遗传背景基本一致,是经过航天诱变而产生的真实突变体。

红芽芋及荔浦芋叶绿体基因组测序及比较分析

为明确红芽芋、荔浦芋叶绿体基因组的基本特征及其差异,本研究以江西铅山红芽芋和广西荔浦芋为研究对象,采用改良CTAB法提取2种芋新鲜叶片基因组DNA,利用高通量测序技术获得2种芋全长叶绿体基因组序列,并进行SSR检测、序列比对、遗传多样性滑窗分析和系统发育树构建分析。结果表明,红芽芋和荔浦芋的叶绿体基因组全长分别为162478 bp和162453 bp,均呈现典型的环状双链四分体结构,二者均注释到131个基因,包括蛋白编码基因86个,tRNA基因37个,rRNA基因8个,其中具有2个拷贝的基因18个,具有内含子的基因23个。简单重复序列(SSR)位点分析发现,红芽芋和荔浦芋基因组序列分别含有130和124个SSR,二者SSR序列中A/T碱基含量分别占63.08%和61.29%,基于其SSR位点分析开发出15条具有多态性的SSR引物。红芽芋和荔浦芋叶绿体基因组共检测到236个SNP位点,26.7%的SNP位点发生在编码区,其中有25个基因发生错位突变,这些基因的变异可能促进了2种芋之间的性状变异。与天南星亚科已公布的13个属代表植物叶绿体基因组进行比较,其基因结构、种类和数量都比较保守,trnS-trnG和ndhF-rpl32分别是SSC区和LSC区的最高变异位点。最大似然法构建的系统发育树显示芋属与皂七属亲缘关系最为相近,与斑龙芋属亲缘关系较远。本研究结果将为我国特色芋种质资源开发利用、遗传多样性评价和系统发育分析奠定理论基础。

河八王转录组SSR和SNP序列特征及系统发育分析

【目的】对甘蔗野生种河八王转录组SSR和SNP序列特征及系统发育进行分析,为深入研究甘蔗属植物分子标记开发、种质资源利用、种群遗传结构和分化历史动态提供参考。【方法】基于河八王转录组数据,利用MISA和SOAPsnp软件对获得的Unigenes进行SSR和SNP位点发掘及序列特征分析,并从JGI数据库下载二穗短柄草、水稻、谷子、高粱、玉米物和拟南芥转录组数据,采用最大似然(ML)方法构建系统发育进化树,并估算物种分歧时间。【结果】通过河八王转录组测序共获得171000000条Raw reads,经过数据过滤获得156800000条Clean reads,经进一步组装后获得130393条Unigenes,其中有14233条Unigenes含有16372个SSR位点,发生频率为12.56%。含有1个以上SSR位点的Unigenes有1839条,复合型SSR位点有656个。SSR重复基元类型丰富,从单核苷酸到六核苷酸重复均有分布,共有612种SSR重复基元种类,数量最多的类型为三核苷酸重复类型(49.16%),其次是二核苷酸重复(25.54%)和单核苷酸重复(18.30%)。在所有的核苷酸重复类型中,重复基元占SSR位点总数比例<0.50%的类型有14种,出现频率较高的3种重复基元分别为CCG/CGG、A/T和AG/CT。SSR序列长度为12~191 bp,其中长度≤25 bp的SSR位点共有15123个,占SSR位点总数的96.23%,其中长度为15 bp的数量最多,占SSR位点总数的32.16%。SSR重复基元的重复次数为4~24次,且以5、6和7次重复为主。河八王转录组序列共有222106个SNP位点,平均每条Unigenes上有1.70个SNP位点,核苷酸转换类型的比例(65.92%)明显高于颠换类型(34.08%),6种单核苷酸变异类型中,A/G发生频率最高(33.07%),其次是C/T(32.84%)。系统发育分析和物种分化时间估算结果显示,河八王与高粱的亲缘关系最近,分化时间为14.6百万年(Ma)。【结论】河八王转录组中SSR和SNP位点非常丰富,具有较高的遗传多态性,说明利用转录组测序开发甘蔗SSR和SNP分子标记是一种切实可行的方法。利用转录组数据构建系统发育进行树的方法可用于其他缺乏基因组数据的物种系统发育研究。

基于转录组测序的中华鳖SSR和SNP特征分析及性别标记筛选

【目的】挖掘更多中华鳖(Pelodiscus sinensis)性别分子标记,为中华鳖保护、繁育以及遗传多样性的分子机制等研究提供基础。【方法】基于中华鳖转录组测序数据,利用MISA和GATK挖掘中华鳖转录本中SSR和SNP位点信息,开发与中华鳖性别紧密相关的SNP标记。【结果和结论】共组装获得341632条Unigenes,识别到14804个SSR位点,含有SSR位点的Unigenes序列数量为13904条,占总序列的4.1%。中华鳖转录组中SSR位点类型较为丰富,共识别到6种不同核苷酸重复类型,单核苷酸串联重复基元类型的含量最多(10981个),占总位点数的74.18%。SSR位点以重复11~15次为主(6173个),占总位点数的41.70%。转录组SSR的片段长度大部分集中在10~14 bp,占SSR总数的50.01%。搜索到32299个SNP位点,SNP的分布密度为1/1339 bp。SNP变异类型以转换类型为主,转换类型占70.05%,颠换类型占29.95%。SNP测序深度统计发现,在31~100范围内,SNP数目最多,占43.68%。初步筛选并鉴定出位于Ptpn11基因上与性别紧密关联的SNP位点(29144910),为中华鳖性别分子标记提供候选基因和标记。

基于楠木转录组的SSR、SNP、Indel分子标记技术特征分析

楠木(Phoebe zhennan)是重要的木材和园林绿化树种,国家二级保护濒危种,但气候急剧变化和滥砍乱伐导致楠木资源破坏严重,因此,开展楠木遗传多样性评价对种质资源保护和遗传育种具有重要意义。DNA分子标记技术是研究遗传多样性的重要手段,特别是SSR(Simple Sequence Repeats,微卫星DNA)、SNP(single nucleotide polymorphism,单核苷酸多态性)、InDel(insertion-deletion,插入缺失标记)分子标记技术已得到广泛应用。本研究利用MISA(MIcroSAtellite identification tool)软件及GATK(Genome Analysis Toolkit)软件,对楠木转录组数据SSR、SNP、InDel位点信息进行分析。根据60250条unigenes查找,在12916条unigenes上共发现SSR位点18793个,占比21.44%。其中单碱基重复基元占比最大,二、三、四、五、六碱基重复次数逐渐递减,单碱基重复基元A/T出现次数最多,共9060次占比48.21%,其他类型重复基元的出现次数同样逐渐递减。SNP和InDel位点查找,获得SNP位点1566350个,平均约每28 bp就有一个SNP位点的存在,其中转变位点有990457个,颠换位点有575893个,占比较高的是T/A和C/G。InDel位点共发现178227个,平均每253 bp就有一个InDel位点的存在。结合数据来看楠木转录组中有着丰富的SSR、SNP、InDel位点,具有较高的多态性,为楠木的分子标记开发及深入研究遗传多样性提供了基础数据。

基于转录组测序的红萍SSR和SNP特征分析

为了解红萍在不同氮浓度胁迫下红萍转录组中SSR、SNP分子标记的详细情况,分析转录组数据中分布的SSR和SNP位点。通过提取红萍根和叶的RNA,构建cDNA文库并利用二代测序平台进行高通量测序,利用MISA对测序数据进行SSR特征分析,同时采用软件STAR进行比对并通过GATK进行SNP识别。结果表明:红萍转录组共有9009个SSR位点,SSR位点频率为30.12%。其中,以三核苷酸重复和单核苷酸重复为主,分别占总比例的43.66%和26.41%。SNP位点有439217个,包括转换类型(282532个)和颠换类型(156685个);转换类型占比(64.33%)显著大于颠换类型(35.67%)。C/T在所有变异类型中所占比率最高,占总量的17.33%;G/A位居其次(17.01%)。红萍转录组SSR和SNP位点丰富,可为红萍遗传多样性、遗传结构与分化以及功能基因的开发利用等研究提供依据。

小麦5DL上基于SNP序列的新SSR标记的开发

本文旨在利用粗山羊草的物理图谱及其基因组序列数据库开发普通小麦5DL上Xbarc320-Xwmc215区段与SNP紧密连锁的SSR标记(SNP-SSR)。对AT5D4910-AT5D5010之间的90个SNP位点进行了序列延伸和本地Blast,利用SSR Hunter软件查找SNP位点附近的SSR位点,并利用Primer5设计引物。结果共发现109个SSR位点。对其中的72个位点设计引物,得到了47个5DL上Xbarc320-Xwmc215区段的SNP-SSR标记。对新开发的标记,利用22个小麦品种及人工合成小麦材料、中国春缺体四体及DH群体进行了有效性、多态性的检测及染色体定位。结果表明,这些标记均能扩增出稳定清晰的带型,并且均定位与小麦5D染色体上;其中四个标记Xtdc11、Xtdc31、Xtdc38、Xtdc44整合到了豫麦57与花培3号群体的5DL图谱上。

我国75份小麦品种SNP和SSR指纹图谱构建与比较分析

联合利用Illumina 90K SNP芯片和毛细管高通量SSR检测技术,构建75份育成品种384个SNP和42个SSR位点的指纹图谱,比较两种标记在遗传多样性、遗传相似系数和鉴别能力等方面的特征。结果显示,SNP标记揭示的遗传多样性指数明显低于SSR标记,但能较好地反映品种间的遗传多样性;SNP标记揭示的遗传相似系数明显高于SSR标记,但两者呈极显著线性相关;384个SNP位点鉴定近等基因系的能力低于42个SSR位点,但去除近等基因系后,仅需8个SNP或4个SSR位点组合即可区分剩余的74份品种,表明最优位点组合具有较高的鉴定效率,在品种鉴定时可先采用少量标记进行初鉴,对于极近似品种可加大标记密度。首次结合SSR和SNP标记构建指纹图谱,证实了两者之间的一致性,提出了分子身份鉴定技术标记数量的选择思路,为小麦品种DNA身份鉴定技术标准制定提供了重要的参考依据。

基于转录组序列的火龙果SSR和SNP多态性分析

为深入挖掘火龙果SSR和SNP分子标记,以自交亲和型火龙果新种质‘黔蜜龙’转录组序列为基础,系统分析了SSR和SNP位点多态性和分布特征。转录组序列组装共获得96 800个unigene,其中28 471个unigene在数据库中得到注释,在各个数据库中均得到注释的有5 800个。从unigene中搜寻到26 167个SSR位点,出现频率为0.35个/kb。SSR重复类型共180种,单核苷酸重复最多(66.00%),其次为二核苷酸重复(23.01%)、三核苷酸重复(9.99%),其他类型较少(1.00%)。SSR长度在10~381 bp,10~11 bp的SSR有7 988条(30.53%),长度12~20 bp的有15 901条(60.77%),长度21~40 bp的有1373条(5.25%),长度大于40 bp的有905条(3.46%)。unigene中共有357 330个SNP位点,发生频率为1/204 bp,其中碱基转换位点226 165个(63.29%),碱基颠换位点141 165个(36.71%)。6种单碱基变异类型中,C/T、A/G的发生频率最高,分别占31.91%和30.38%。A/T、A/C、T/G和C/G这4种颠换类型分别占SNP总数的7.85%、7.85%、7.2%和13.09%,碱基转换类型比例高于颠换类型。火龙果转录组序列中的SSR和SNP位点丰富,筛选多态性、准确率高的引物,有望在火龙果遗传多样性分析、品种鉴定和遗传图谱构建等方面得到应用。

应用高分辨率熔解曲线技术分析水稻分子标记基因型

【目的】验证高分辨熔解曲线(high-resolution melting curve analysis,HRM)技术在水稻分子标记分析中应用的可行性和可靠性,应用该技术对水稻重组自交系(RIL)群体及其亲本进行SSR、InDel和SNP标记基因型分析。【方法】以粳稻品种丽江新团黑谷(LTH)和籼稻品种三黄占2号(SHZ-2)及其衍生的RIL群体为材料,以纯合亲本LTH作为参比基因型,利用HRM技术分析一个G/A转换的SNP标记以及非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)难以分辨的一个SSR标记和一个InDel标记的基因型。【结果】通过加入适量的参比DNA,HRM能够分辨2个纯合亲本及其衍生的纯合体和杂合体RI系的分子标记基因型,并且以加入20%模板量的参比DNA对3种基因型的分辨最好。利用该方法对作图群体的部分RI系进行分子标记基因型分析,结果与变性PAGE的分析结果完全吻合。【结论】验证了HRM应用于水稻SSR、InDel以及SNP标记分析的可行性和可靠性。相对于凝胶电泳分析,HRM具有分辨率高、高效、快速、操作简单、安全等优点,是一种在水稻分子标记分析中很有应用前景的技术。

抗白粉病基因PmCH1302的遗传分析及染色体定位

CH1302是以来源于中间偃麦草的八倍体小偃麦TAI7047为桥梁亲本选育的高抗白粉病的小麦新品系,对白粉菌多个流行小种均表现出良好抗性。为了解其抗白粉病基因来源及其在染色体上的位置,对绵阳11×CH1302的F_1、F_2及F_(2∶3)家系进行了遗传分析,推断其抗白粉病基因可能来源于中间偃麦草,暂将其命名为PmCH1302。利用i Select 90K SNP芯片对抗、感病池进行扫描,发现位于2AL染色体上的多态性位点最多,为313个,占全部多态性位点的9.79%,且集中于2AL染色体100~105 c M和150~155 cM两个区域附近。在上述位点选取SSR标记,筛选出3对与Pm CH1302连锁的分子标记,Xwmc522、Xgwm356和Xgwm526,其中Xgwm356和Xgwm526位于Pm CH1302两侧,连锁距离分别为3.1 c M和7.8 cM。利用遗传图谱以及中国春缺体、双端体将PmCH1302定位于小麦2AL染色体上。进一步与位于2AL上的Pm4、Pm50比较发现,PmCH1302可能是位于2AL上的一个新基因或等位基因。

新一代测序技术及其在植物转录组研究中的应用

新一代高通量测序技术发展迅速,其特点是高通量、低成本,成为更多研究人员进行转录组分析的重要手段。新一代测序技术主要有454测序平台、Solexa测序平台和SOLID测序平台,目前被广泛应用于生物学研究中。就目前正在发展的3种高通量测序技术进行了阐述,并比较其优缺点,探讨了新一代测序技术在植物转录组研究中的应用,并对其发展前景进行了展望。

利用SNP和EST-SSR分子标记鉴定荔枝新种质御金球

本研究利用自主开发的荔枝SNP和EST—SSR两种分子标记技术，对近年发掘的荔枝优稀种质御金球进行分子鉴定，明确其与现有的363份荔枝种质的亲缘关系，以探索其是否为新种质，并揭示亲本来源，为进行新品种保护提供分子证据。结果表明，13对EST—SSR引物在364份种质中共产生122条谱带，其中多态性条带112条（91．8％）；筛选出的17对SNP引物均表现为二等位性。御金球与363份荔枝种质的演化分化系数介于0．043～1．924之间，遗传相似性系数介于0．123—0．877之间。可见，御金球与现有的363份荔枝种质在分子水平上存在差异，证实御金球为一份全新荔枝种质。通过对该种质与22份疑似亲本进行EST—SSR和SNP分析，并结合表型资料及品种起源信息，初步认为御金球是杂交后代，且母本为糯米糍，父本为焦核怀枝的可能性最大。SNP分型技术首次成功地用于荔枝新种质御金球的亲本来源鉴定，为今后荔枝种质的鉴别提供了可借鉴手段。