基于Super-GBS简化基因组测序技术的柞蚕SNP位点挖掘

基于Super-GBS基因分型(super-genotyping-by-sequencing)技术开展柞蚕单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphism,SNP)位点挖掘研究,旨在开发性状关联SNP分子标记,为柞蚕种质资源评价鉴定、遗传图谱构建、QTL定位提供数据支撑。以白体色小白蚕为母本、黄体色H04为父本,获得BC1M群体(110个)、F_(1)(3个)、P_(1)(1个)、P_(2)(1个)总计115个柞蚕材料,利用PstⅠ-HF/MspⅠ双酶切基因组构建Super-GBS文库并测序,使用BWA软件将过滤后的序列数据比对到柞蚕参考基因组,采用GATK软件开发SNP标记,使用SnpEff软件注释SNP位点及R语言分析遗传结构。测序共产生序列数据量为106.39 Gb,过滤后的平均读长为0.89 Gb,Q30测序质量值平均为90.11%,比对率平均为98.48%。共得到有效SNP位点141100个,主要位于基因间隔区、内含子区、基因下游、上游,其中C/T、A/G变异类型最多,转换与颠换的比例为1.296187∶1。SNP位点变异主要为同义突变和错义突变,产生修饰(MODIFIER)影响。主成分与聚类分析将115个样品分为4组(P_(1)、P_(2)、F_(1)、BC_(1)M),反映了样品的遗传背景及亲缘关系,群体遗传分化指数F_(ST)在0.0003777~0.8272间,群体遗传距离DR分布在0.0004~1.7556,F_(ST)与DR均表现出明显的遗传背景上的聚类。结果表明,Super-GBS技术能够获得大量柞蚕SNP位点信息,可用于SNP标记开发,且开发的SNP标记能够对115个样品的亲缘关系、体色演变进行解释,为今后柞蚕种质资源评价与鉴定、分子标记辅助育种工作奠定基础。

基于SNP标记的小麦品种遗传相似度及其检测准确度分析

遗传相似度检测的准确度估计是对SNP标记法在农作物品种检测体系中应用的必要补充和完善。本研究基于2021年小麦品种SNP标记法跨实验室协同验证实验数据,分析了该方法的检测准确度及在品种间的遗传相似度。分析结果表明:(1)10个实验室对55组小麦品种组合的标记位点相似度检测的总体准确度约为98%。(2)GGE双标图的品种遗传关系功能图显示,7组小麦品种的组内遗传相似度在95%以上,其余组合的遗传相似度较低。(3)依据GGE双标图的“正确度-精确度”功能图和“准确度排序”功能图,发现洛旱7号/洛旱11等品种组合的相似度检测准确度较高,晋麦47/临抗11的检测准确度一般,而济麦22/婴泊700的检测准确度较差。(4)10个实验室的检测准确度存在显著差异,其中2个实验室检测的正确度、精确度和准确度表现显著差于其余实验室。(5)各实验室检测正确度的容许误差分布于1.3%~1.9%之间,平均为1.5%;准确度的容许误差分布于1.5%~2.0%之间,平均为1.7%。其中,Lab2和Lab3的检测正确度和准确度的容许误差显著差于其余实验室。本研究构建了SNP标记法对品种相似性检测的准确度统计模型,分析了品种组合和实验室的检测准确度及其容许误差,采用GGE双标图方法对检测正确度、精确度和准确度进行可视化分析,验证了各实验室对品种位点相似性检测的准确度和可靠性,为SNP标记法在农作物品种遗传相似性检测中的准确度评价提供了理论支持和应用范例。

伊丽莎白安格斯三角梅转录组的SSR、SNP和InDel特征分析

【目的】基于转录组测序数据分析伊丽莎白安格斯三角梅SSR、SNP和InDel位点特征,为开发三角梅分子标记、选育无刺或少刺品种、品种鉴定及亲缘关系分析提供理论依据。【方法】以伊丽莎白安格斯三角梅3个时期的枝刺和茎段为材料,对其进行转录组测序,采用Trinity对获得的高质量测序数据进行序列组装,利用MISA和GATK3对SSR、SNP和InDel进行特征分析。【结果】18个样本转录组测序平均获得45905982bpRawdata,质控过滤后获得45640193 bp Clean data,拼接后获得312812条转录本和144512条Unigenes,有54516个SSR位点分布于40820条Unigenes上,发生频率为28.25%,平均分布距离为2.67kb,包含1个以上SSR位点的Unigenes10269条,占Unigenes总数的4.25%。在重复基元类型中,单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复数量占优势,其中单核苷酸重复数量最多(39904个,占比73.20%),其次为二核苷酸重复(8169个,占比14.98%)和三核苷酸重复(5899个,占比10.82%),五核苷酸重复最少(31个,占比0.06%)。单核苷酸~六核苷酸重复类型共检测到98种重复基元,出现频率为0.01%~25.71%,其中出现频率最高的基元为A/T(37151个),占SSR位点总数的68.15%。SSR各类型重复基元的重复次数集中在5~23次,SSR序列的长度10~60bp,平均长度为20.38bp。共检测到231248个SNP位点和99580个InDel位点,其中SNP位点平均分布距离为1.59 kb,InDel位点平均分布距离为0.68 kb,且均以含1个位点的Unigenes数量最多,Unigenes数量随SNP和InDel位点数量的增加而逐渐减少。【结论】伊丽莎白安格斯三角梅转录组中SSR位点数量多、类型丰富,分布特征明显,可用于开发大量SSR标记,SNP和InDel位点发生频率低于模式植物,有待深度挖掘。

基于SLAF-Seq技术的橄榄种质资源SNP标记开发与遗传关系鉴定

【目的】开发橄榄SNP标记并分析其种质资源遗传多样性,为橄榄种质资源保护和利用提供依据。【方法】基于SLAF-Seq技术进行橄榄SNP标记开发,同时采用系统进化分析、群体聚类分析和主成分分析等研究了橄榄种质资源遗传结构和遗传多样性。【结果】基于SLAF-Seq技术共挖掘到506 701个SLAF标签,其中多态性SLAF标签27 108个,开发获得361 386个群体SNP标记;基于SNP标记,利用系统进化树和群体聚类分析可分别将橄榄种质资源分为3和6个类群,整体Nei多样性指数和Shanon-Wiener指数分别为0.321和0.472。两种分类方法分析结果均发现,不同地区之间的橄榄种质资源并未严格按照地域分布归类。【结论】橄榄种质资源遗传多样性相对丰富,且不同地域间存在种质资源交流,而采用SNP标记可有效鉴定橄榄种质资源。

POU1F1基因SNP位点与尼罗罗非鱼体质量和形态性状的相关性

【目的】研究POU1F1基因的单核苷酸多态性(SNP),评估多态性与尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)的体质量和形态性状的相关性,为罗非鱼以生长性状为目的的选育提供参考。【方法】利用PCR产物测序方法,从POU1F1中共筛查到28个多态性较高的位点,分析尼罗罗非鱼高要亲代群体的这些位点与其体质量及全长、体长、头长、体高、体宽等6个形态性状的相关性,并在尼罗罗非鱼高要子代群体和番禺群体中验证,将获得的体质量和形态相关位点进一步在尼罗罗非鱼海南群体中验证。【结果与结论】高要亲代群体和子代群体中,分别有6个位点[S3(A-400G)、S4(A-469T)、S5(I-539D)、S6(A-881G)、S7(A-888G)和S12(C-1365T)]和5个位点[S3、S5、S11(I-1358D)、S13(C-1511T)、S14(A-1539T)]与体质量、形态性状相关。POU1F1基因11个SNP位点中,未发现与番禺群体体质量和形态性状相关联的位点。POU1F1基因6个SNP位点与海南雌雄群体关联分析表明,S4位点与海南雌性群体体质量相关,S3和S5位点与雄性群体体质量相关。双倍型与各群体体质量、各形态性状关联分析表明,在高要亲代群体中获得体宽相关双倍型2个;在高要子代群体、番禺群体及海南雄性群体中未获得与生长性状相关双倍型;在海南雌性群体中获得与体质量相关的双倍型1个。

SNPs分子标记在地方品种鸭鉴定中的应用

为建立利用分子标记鉴定高邮鸭等优异地方品种资源的方法,研究在全基因组范围内比较分析高邮鸭、绍兴鸭、建昌鸭、北京鸭等多个地方品种鸭遗传变异信息,筛选高邮鸭、绍兴鸭、建昌鸭品种特异性SNPs分子标记组合,基于贝叶斯定理计算SNPs分子标记组合鉴定概率,建立地方鸭品种鉴定方法。结果显示:获得高邮鸭、绍兴鸭、建昌鸭品种特异性SNPs分子标记数分别为7个、8个和6个,针对上述SNPs位点分别设计引物,共21对引物,选用不同引物组合,经PCR反应和测序鉴别鸭品种,鉴定准确率100%,利用贝叶斯公式计算品种内任意基因型及其组合的鉴定准确概率,其中任意对基因型鉴定准确概率最低为71.94%。综上所述,研究成功筛选到高邮鸭、绍兴鸭、建昌鸭特异性分子标记,并建立操作简便、准确性高的品种鉴定方法,为地方鸭种质资源鉴定提供可靠的分子鉴定手段。

中国荷斯坦牛3个SNP位点与乳房炎、产奶性状的关联分析

试验旨在开展奶牛群体高乳房炎抗性功能基因的筛选与验证,通过分析SNP位点多态性及其与体细胞数和产奶性状的相关性,探讨其对乳房炎的抗病情况。本研究对北京地区568头中国荷斯坦牛DCK、HIST1H2BK基因的多态性进行了检测,并对3个多态位点不同基因型与体细胞数、产奶性状进行了关联分析。结果表明,DCK基因的SNP位点6:g.86337334 A>G与体细胞数极显著相关(P<0.01),SNP位点6:g.86322040 C>T [rs43472176]与体细胞数也呈现极显著相关(P<0.01);HIST1H2BK基因的SNP位点23:g.31354269 T>G[rs41654340],与体细胞数呈显著关联(P<0.05),与乳脂率和乳蛋白率呈极显著关联(P<0.01)。本研究结果表明DCK、HIST1H2BK基因位点与体细胞数性状显著相关,其可能通过直接或间接的途径影响奶牛的乳脂率或乳蛋白率性状。本研究为荷斯坦牛后续的标记辅助选择奠定了良好的基础。

SNP分子标记及其在作物品种鉴定中的应用

作物品种鉴定是优良品种选育和推广的重要保障,而合适的检测方法是对品种进行准确鉴定的关键。随着分子标记技术的发展,第3代分子标记SNP逐渐应用到品种鉴定领域。本研究概述了SNP分子标记的特点,分析了高分辨率熔解曲线、竞争性等位基因特异性PCR、基因芯片、测序法、靶向测序基因型检测等5种作物研究中常用的高通量检测方法的特点及适用性,梳理总结了SNP标记在品种真实性鉴定、纯度检测和亲缘关系分析与分类等方面的研究与应用情况,以期为后续利用SNP分子标记进行品种鉴定提供技术参考。

基于SNP芯片的内江猪群体遗传结构分析

本研究旨在分析内江猪群体的遗传结构,从而更好的保护和利用内江猪遗传资源。使用猪50K SNP芯片,对237头(24头公猪,213头母猪)内江猪进行基因组分型,分型结果经质量控制及自填充后用于后续分析。通过多种分析软件对内江猪群体的遗传结构、遗传多样性以及群体近交情况进行分析,结果发现:共有26652个SNP位点用于分析,其有效等位基因数为1.569,多态性标记比为0.533,多态性信息含量为0.272,期望杂合度为0.338,观测杂合度为0.341,最小等位基因频率为0.249。主成分分析结果表明群体内分层不明显,根据状态同源计算的群体平均遗传距离为0.252,通过聚类分析可将24头公猪划分为10个家系。在群体基因组中共检测到7031个长纯合片段,其平均长度为12.59 Mb,通过连续性纯合片段估计群体近交系数为0.008,通过SNP纯合性估计群体近交系数为-0.012。总体来说,内江猪群体遗传多样性较为丰富,群体遗传距离较远,近交程度较低,但存在一定的近交风险。本研究可为内江猪的保护和开发利用提供理论依据。

基于RNA-seq对复合益生菌作用于肉鸡回肠中新转录本预测及可变剪接、SNP分析

为分析复合益生菌饲喂肉鸡回肠转录组中的新转录本预测、可变剪接事件和SNP,选择200只1日龄黄麻肉鸡随机分为2组,每组5个重复,每个重复20只。对照组正常饮水,益生菌组饮用水中补充1%复合菌制剂,试验分为生长前期(1~21 d)、后期(22~42 d)两个阶段。42日龄时进行肉鸡屠宰试验,取对照组和益生菌组回肠各3个样本进行转录组测序。对测序数据进行分析,共发现1047个新基因,20176个新转录本,276个新基因在GO数据库中得到归类注释。对转录组数据进行可变剪接分析,外显子跳跃(SE)占可变剪接类型的比例最高,共筛选到1131个显著的差异剪接基因,在外显子跳跃(SE)、第一个外显子可变剪接(A5SS)、最后一个外显子可变剪接(A3SS)、外显子选择性跳跃(MXE)、内含子滞留(RI)事件中鉴定到的差异剪接基因数分别为588、139、176、136、92。对获得的差异剪接基因进行GO富集分析,主要富集在代谢和免疫GO term。KEGG富集到了胞吞作用、MAPK信号通路等。在各样品中大多数碱基取代均为转换大于颠换,其中转换单核苷酸多态性(SNP)所占百分比为73.53%~73.94%;颠换型SNP所占百分比为26.05%~26.47%。试验对对照组、益生菌组肉鸡的回肠进行了RNA-seq测序分析,为发掘复合益生菌作用于肉鸡回肠中的可变剪接事件提供基础,为进一步了解复合益生菌作用于肉鸡回肠中新转录本的发现和SNP位点提供了数据支撑。

利用SNP标记技术分析73份玉米自交系的遗传多样性

利用覆盖玉米全基因组的中玉芯1号芯片,对73份玉米自交系进行全基因组扫描。为了提高育种效率,对具有重要育种价值的玉米自交系进行遗传多样性分析,从而指导玉米育种实践。以73份玉米自交系为材料,其中24份自交系由新乡市农业科学院、鹤壁禾博士晟农科技有限公司选育而成,其余49份自交系为目前中国玉米生产中应用较广泛、具有代表性的种质资源。利用3854个单核苷酸多态性(SNP)标记对供试材料进行种质遗传多样性、杂种优势类群分析。群体结构分析结果表明,73份自交系可划分为6个类群,分别为改良瑞德(Reid)群、兰卡斯特(Lancaster)群、塘四平头群、PB群、旅大红骨群、其他(欧美、热带等种质)类群,其中有新乡市农业科学院选育的19份玉米自交系,鹤壁禾博士晟农科技有限公司选育的5份玉米自交系,利用的杂种优势模式主要为改良瑞德×塘四平头和美系种质×塘四平头,这也从分子水平上验证了黄淮海夏玉米区主要利用的杂种优势模式。

奶山羊低密度液相SNP芯片开发及有效性验证

为更好地了解奶山羊在世代更替中的遗传谱系,避免因错误谱系记录造成群体近交程度过高,本研究利用液相SNP芯片标记技术确立羊群遗传谱系及其亲缘关系。通过简化基因组测序,对25个不同种群的崂山奶山羊基因组DNA样本进行分析,挑选出1 792个SNP多态性位点,再通过靶向测序基因型分型,合成低通量的探针,最后对探针进行相应的捕获测试,开发出检测崂山奶山羊遗传基因的低密度液相SNP芯片。将该液相芯片应用于300只崂山奶山羊群体的血缘关系鉴定,与已知300只奶山羊系谱记录的亲缘关系进行对比,发现结果高度吻合,证明此芯片具有很高的准确性。本实验开发出均一性高、位点多态性好的低密度液相芯片技术,可专门用于崂山奶山羊亲缘关系鉴定,从而更好地指导奶山羊的选种选配。

吉林省玉米种质资源SSR和SNP分子身份证的构建及应用

【目的】农作物种质资源具有重要的战略地位。吉林省玉米种质资源库主要存储具有北方春玉米区特色的种质资源。鉴于在传统农作物种质资源管理过程中难以获取真实身份信息的现状,利用分子标记技术构建种质资源分子身份证可以有效鉴定种质资源真实身份,强化种质资源的分类管理。通过深度发掘吉林省玉米种质资源库的优异资源,推动共享利用。【方法】以吉林省玉米种质资源库中的2918份玉米种质资源为研究对象,采用玉米品种鉴定检测标准中推荐的40对SSR标记,以及61214个SNP标记来构建其分子身份证。根据获得的分子身份证信息将种质资源划分为核心、同近源、异质和群体等类进行管理,并进一步针对核心种质进行遗传多样性分析。【结果】为2918份种质资源构建了SSR分子身份证,为除异质性种质外的2502份种质资源构建了SNP分子身份证。分别制定了玉米种质资源SSR和SNP分子身份证的建设规范。其中,SSR分子身份证由40个SSR位点指纹转化为三位数字和一位字母的编码组合构成,并以二维码形式存储;SNP分子身份证由61214个SNP位点指纹转化为可视化的条形码。根据样品纯合度和指纹特异性等特征,将样品划分为1561份核心类、705份同近源类、416份异质类及236份群体类种质资源。遗传多样性分析表明,以旅大红骨群、黄改群为代表的国内种质资源是该库的主要种质资源,占全部核心种质资源的64.38%。【结论】提出了玉米种质资源分子身份证构建流程,为吉林省玉米种质资源库2918份种质资源构建了全部的SSR分子身份证和2502份SNP分子身份证;建立了核心、同近源、异质、群体四类种质资源筛选方案,实现了种质资源的分类管理。

KASP技术对宁香粳9号的SNP位点的检测应用

种子企业应掌握最新的检测技术,做好种子质量的内控工作,才能为农民提供优质种、放心种,从而提高企业的核心竞争力,成为行业的先行者,实现企业发展和中国种业振兴的宏伟目标。利用第三代分子标记SNP检测方法中的KASP检测技术,依据《水稻品种真实性鉴定SNP标记法》(NY/T 2745—2021)对江苏中江种业股份有限公司的宁香粳9号水稻种子进行了基因分型,获得了该品种在96个位点上的基因型信息,其中A:A位点20个、T:T位点28个、C:C位点31个、G:G位点17个。

猪卵泡液外泌体处理卵巢颗粒细胞的SNP/Indel筛选分析

旨在分析卵泡液外泌体对卵巢颗粒细胞基因的影响,了解卵泡液外泌体在卵泡发育过程中的调控机理,为母猪繁殖研究提供理论依据。本研究选取6月龄、健康状态良好且体重相近的二元母猪为材料,屠宰后收集卵巢150枚,利用梯度离心法获取卵泡液外泌体与猪卵巢颗粒细胞(porcine ovarian granulosa cells,POGCs),并在体外将卵泡液外泌体与猪卵巢颗粒细胞共培养。通过RNA-seq技术对猪卵巢颗粒细胞(granulosa cell samples,GC,n=3)和与外泌体共培养的猪卵巢颗粒细胞(granulosa-exosome co-culture samples,GCE,n=3)进行测序。结果显示,在GC和GCE组中平均每个样品获得5.54×10^(7)条clean reads,Q20和Q30质量得分均在92%以上。在GC和GCE组的6个样品中共获得1310979个SNPs突变和104498个InDel突变,其中纯合型SNP/Indel突变数量为170426个,杂合型SNP/Indel突变数量为1245052个,突变杂合子数目明显高于纯合子且SNP的发生率较高。另外,在突变类型中,转换类型共计973003个,颠换类型339974个,转换的类型显著高于颠换类型。经基因注释,突变主要发生在基因3′UTR、5′UTR、内含子区域,其次为外显子和基因间隔区。另外,通过与差异基因对比后,够筛选出1583个候选基因,经GO和KEGG功能富集发现,候选基因主要与细胞周期以及细胞增殖/凋亡过程相关。此外,共发现14个与细胞周期、增殖/凋亡通路相关的关键候选基因,其中11个基因存在互作关系。本研究获得的这些SNP/Indel信息可为后续研究外泌体在母猪生殖上的调控奠定科学基础。

山羊环状RNA circ_0008219 SNPs位点与生产性能的关联分析

实验旨在分析山羊环状RNA circ_0008219序列中单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)位点与产羔、生长性状之间的关联性,为山羊分子育种提供新的遗传标记。选取波尔山羊、黑头羊和麻城黑山羊作为实验对象,利用SNaPshot分型技术分析候选SNPs位点的遗传多样性,并对circ_0008219的SNPs位点与3个品种山羊的产羔性状和黑头羊的周岁生长性状进行关联分析。结果表明山羊circ_0008219中存在3个SNPs位点均具有多态性。卡方适应性检测结果表明,g.1082G>T、g.1310A>G在3个山羊群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),g.651G>A在波尔山羊和麻城黑山羊群体均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。黑头羊群体中,g.651G>A位点与山羊周岁体高存在相关;g.1082G>T与周岁体重、周岁体斜长、周岁胸围和管围性状存在相关。关联分析结果显示,g.651G>A位点与黑头羊总体产羔数显著关联,g.1082G>T位点与波尔山羊头胎产羔数极显著关联。连锁不平衡分析表明,在波尔山羊群体中,g.1082G>T和g.1310A>G位点之间处于强连锁平衡状态(D’=1,r^(2)=1);在黑头羊群体中,g.651G>A和g.1310A>G位点之间处于强连锁平衡状态(D’=1,r^(2)=1);在麻城黑山羊群体中,g.651G>A和g.1310A>G位点之间处于强连锁平衡状态(D’=0.917,r^(2)=1)。本研究筛选出3个SNPs位点即g.651G>A、g.1082G>T和g.1310A>G,可以作为山羊育种的潜在遗传标记,该研究结果为山羊品种培育提供了理论依据。

基于多重长PCR靶向捕获测序技术的高同源SNP鉴定

为建立一种高同源区段的单核苷酸多态性(SNP)基因分型技术,通过构建本地Blast对SNP所在的200和400 bp区段进行同源性评估,并筛选出高同源区段的SNP。利用第一轮多重长PCR(polymerase chain reaction)捕获329个样本的9个高同源区段SNP所在的长片段,使用纯化后的第一轮PCR产物作为模板进行扩增子建库测序,检测样本共得2 928个SNP位点信息,测序成功率高达98.885 6%。利用Hardy-Weinberg(HWE)法则计算试验研究的9个高同源区段SNP位点的基因频率(p值均大于0.05,符合HWE法则),并与NCBI(national center for biotechnology information)中千人基因组数据库中获取的基因频率相比对,发现二者单碱基基因频率一致(误差限<0.15)。研究表明,利用多重长PCR靶向捕获技术结合二代测序技术为高同源区段的SNP分型提供一个准确、快速、大样本检测方案。

西藏4个绵羊品种SNP基因分型及群体结构分析

藏系绵羊分布范围广泛,品种资源丰富,目前主要分为三大类群,但藏系绵羊群体结构不清。为分析藏系绵羊SNP位点及群体结构,实验利用Illumina Ovine SNP 600K商业化芯片对西藏阿旺绵羊、岗巴绵羊、多玛绵羊和霍尔巴绵羊等150只藏系绵羊进行了SNP基因分型,并通过PCA和NJ-tree等方法分析了藏系绵羊群体结构。SNP质控结果表明,共有147个个体符合质控条件,共获得456 418个SNP位点。群体结构分析表明,西藏地区的岗巴绵羊、多玛绵羊和霍尔巴绵羊分别聚为一类,而其他地区的藏系绵羊混乱聚集在一起。本实验研究结果为今后西藏当地绵羊遗传资源的鉴定和保护开发利用提供了理论基础和参考依据。

用于玉米品种真实性鉴定的最优核心SNP位点集的研发

品种真实性是种子质量监测的一个重要指标。为建立准确可靠、快速简便、高通量、低成本的玉米品种真实性鉴定技术,本文利用200个核心SNP位点构建的5816个玉米杂交品种,3274个自交系的指纹数据,基于遗传算法、品种识别率评估确定了一套高鉴别力的核心SNP位点集,包含96个SNP位点。这96个SNPs全部位于基因内区域,相对均匀分布在10对染色体上。采用上述杂交品种和自交系的指纹数据评估显示这96个位点具有较高多态性和品种区分能力,PIC、MAF、DP平均值分别为0.36、0.40、0.60和0.36、0.39、0.48,对杂交品种、自交系的品种识别率达到99.14%和99.24%。两两样品成对比较结果显示,99.99%的品种间差异位点数目≥3个,杂交品种和自交系中96.74%和95.67%的成对比较差异位点数目集中在30~65个和30~60个。基于221个主推杂交品种的40个SSR位点、96个SNP位点的基因型数据分析结果显示,这2组标记集的鉴定结果具有较高的一致性。综上所述,本研究报道了一套具有位点数量最少、区分能力最强,兼容多平台、适于自动化分型等优点的最优核心SNP集。期望位点集将在玉米品种真实性监测、种子质量控制中得到广泛应用,进而维护玉米种子市场秩序、保障育种者权利以及保护农民利益。

基于转录组测序的花斑裸鲤SSR、SNP和InDel位点特征分析

为利用分子标记规模化开发与辅助花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)良种选育,以花斑裸鲤(2+龄)的鳃、肾脏和肝脏组织为材料,经总RNA提取和cDNA文库构建后采用Illumina Novaseq 2000平台进行转录组测序,并采用MISA和GATK3软件分析转录组的SSR、SNP和插入缺失标记(InDel)位点特征。结果表明:在486221条Unigenes序列中共发现了128727个SSR,出现频率为26.47%,平均每3.76 kb出现1个SSR;花斑裸鲤SSR包括6个重复类型,以单碱基和二碱基重复基元类型为主,分别占总SSR位点数的46.53%和42.45%,重复基元类型共77种,其中,A/T和AC/GT两种基元的出现频率最高,是花斑裸鲤SSR的优势重复基元;所有重复次数中出现次数最多的为5~15次,占所有SSR位点的87.52%;通过GATK3软件搜索得到399080个SNP位点,转换类型多于颠换类型,分别占总SNP的56.29%和43.71%,转换类型中A/G发生频率略高于C/T,而颠换类型中A/T发生频率最高,C/G发生频率最低;InDel分析显示,从花斑裸鲤转录组Unigenes中共筛选出254065个InDel位点,平均每1903 bp出现1个InDel位点,且SNP位点和InDel位点均以含1个位点的Unigenes数最多。研究表明,花斑裸鲤转录组中SSR、SNP和InDel位点非常丰富,这些位点对花斑裸鲤种质资源鉴定、种群遗传学研究及保护管理具有重要价值。