东北狍SNRPB基因cDNA克隆及其生物信息学分析

为了初步探索东北狍(Capreolus pygargus)小核糖核蛋白B(small nuclear ribonucleoprotein polypeptides B and B1,SNRPB)基因的结构与功能,试验以东北狍狍茸顶端组织cDNA为模板,采用RT-PCR和分子克隆技术成功获得包含东北狍SNRPB基因全部编码区的cDNA序列,对该基因的编码序列进行同源性分析和构建系统进化树,并初步预测和分析其编码氨基酸序列的结构特征。结果表明:东北狍SNRPB基因与白尾鹿德克萨斯亚种(Odocoileus virginianus texanus)的亲缘关系最近,与小鼠(Mus musculus)的亲缘关系最远,基因编码序列全长723 bp,编码240个氨基酸,蛋白质相对分子质量为24.62。SNRPB蛋白是一种能在细胞核内发挥生物学作用的不稳定碱性亲水蛋白,具备一个由内向外的跨膜螺旋结构,没有信号肽,含有11个磷酸化位点和1个乙酰化位点。蛋白质的二级结构由无规则卷曲、α-螺旋、延伸链和β-转角构成,所占比例分别为64.17%、18.75%、12.08%、5.00%。SNRPB蛋白氨基酸序列的N端含有LSM蛋白家族的Sm_B结构域,上有RNA结合位点,可参与前体mRNA剪接、端粒复制和mRNA降解等生物途径。