猪SP-A基因启动子区的克隆与序列分析

为了探明猪SP-A基因的启动子及其转录调控机制,设计6条特异性引物,采用染色体步移、克隆测序以及序列比对分析,从大白猪基因组中扩增出一段长度为1 033 bp的猪SP-A基因的上游序列(DQ985806),其GC含量约为55%。经过生物信息学分析,确定了其转录起始位点及活性区域;发现在转录起始位点上游-33 bp处存在1个TATA-box,另外还发现了GC-box、CAAT-box、GT-box以及转录起始子;该序列还包含Sp1、TF和NF-κB等转录因子结合位点以及1个特殊重复序列5-′CATCACTGT-3′。上述试验结果表明,所克隆的1 033 bp的DNA序列是大白猪SP-A基因的启动子区序列。

大鼠TLR-10、SP-A1、SPOCK2基因多态性对BPD发生与发展影响

分析TLR-10和SP-A1基因多态性对支气管肺发育不良(Bronchopulmonary dysplasia,BPD)发生和发展的影响。方法 取50只成功造模的BPD模型Wistar大鼠和10只正常饲喂的健康Wistar大鼠进行研究,将入组研究大鼠检测TLR-10rs11096955位点、SP-A1AA50位点、SPOK2 Rsl 245560位点的基因型和基因频率,并进行组间比较。结果 模型组和健康组Wistar大鼠比较发现,3个位点(TLR-10rs11096955、SP-A1AA50、SPOK2 Rsl 245560)的基因型构成差异均有统计学意义(P<0.05)。SPOK2 Rsl 245560位点等位基因频率构成的差异有统计学意义(P<0.05)。模型组轻度病情、中度病情、中度病情Wistar大鼠比较,TLR-10rs11096955位点、SP-A1AA50位点、SPOK2 Rsl 245560位点基因型构成的差异有统计学意义(P<0.05)。结论 TLR-10、SP-A1、SPOCK2基因多态性与Wistar大鼠BPD疾病存在密切关联。

猪肺表面活性蛋白A的DNA全序列克隆与生物信息学分析

猪肺表面活性蛋白A（Porcine surfactant proteinA，SP-A）是猪肺泡表面活性蛋白中含量最多、最先被发现具有炎症免疫调节功能的表面活性蛋白。本研究利用比较基因组学方法，设计了6对引物进行PCR扩增，克隆测序后进行拼接，获得了长为4037bp猪SP-A基因的全序列（gi：DQ985806）。经生物信息学分析，此序列包含了猪SP-A基因启动子区，含有1个747bp的完整开放阅读框，编码248个氨基酸；预测猪SP-A蛋白理论分子量约为26．37ku，蛋白的等电点为5．20；在1～20位氨基酸可能是信号肽序列；在大约1～20、120～135、145～160位氨基酸存在疏水性区域；跨膜结构分析表明此蛋白所有氨基酸都位于膜表面；并且发现猪SP-A蛋白同人SP-A蛋白一样也含有保守的碳水化合物识别区、胶原样区域和茎区。本结果为进一步对SP-A与猪呼吸道疾病相关性的研究奠定了基础。