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鸡SPOP和MyD88基因分子特征及其组织表达特性分析
被引量:
3
1
作者
王燕碧
赵采芹
+4 位作者
唐宏
周磊
韩一帆
张福平
段志强
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第11期3111-3120,共10页
【目的】掌握SPOP和MyD88基因分子特征及其在鸡不同组织发育过程中的表达特征,为后续研究其调控鸡组织生长发育机理及开展抗病育种提供参考依据。【方法】通过RT-PCR克隆鸡SPOP和MyD88基因编码区(CDS)序列,运用ExPASy、SOPMA、SWISS-MO...
【目的】掌握SPOP和MyD88基因分子特征及其在鸡不同组织发育过程中的表达特征,为后续研究其调控鸡组织生长发育机理及开展抗病育种提供参考依据。【方法】通过RT-PCR克隆鸡SPOP和MyD88基因编码区(CDS)序列,运用ExPASy、SOPMA、SWISS-MODEL及PSORT II Prediction等在线软件进行生物信息学分析,并以实时荧光定量PCR检测这2个基因在鸡胚14胚龄(E14 d)及出壳后1 d(H1 d)、7 d(H7 d)和14 d(H14 d)各组织中的表达情况。【结果】鸡SPOP、MyD88基因CDS序列长为1125和900 bp,分别编码374和299个氨基酸残基。SPOP蛋白分子式为C_(1866)H_(2926)N_(496)O_(559)S_(28),相对分子量为42 kD,理论等电点(pI)为5.58,为相对不稳定蛋白;MyD88蛋白分子式为C_(1502)H_(2394)N_(410)O_(438)S_(18),相对分子量为33 kD,pI为5.93,为相对不稳定蛋白。鸡SPOP和MyD88蛋白二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,主要定位于细胞质(占60.9%)。与人类和哺乳动物相比,鸡SPOP蛋白的3个功能结构域(MATH、BTB-POZ和BACK)较保守,而MyD88蛋白的2个功能结构域(Death和TIR)存在多处氨基酸位点变异。SPOP和MyD88基因在鸡不同发育阶段各组织中均有表达,但以肺脏中的相对表达量最高,且二者间的表达差异极显著(P<0.01,下同)。从E14 d发育至H14 d,SPOP基因在眼球和肺脏中的表达整体上呈上升趋势,且至H14 d时肺脏中的表达趋于稳定,在脑组织、心脏和肌胃中的表达呈先上升后下降的变化趋势,在肝脏中的表达呈先下降后上升再下降的变化趋势;MyD88基因在眼球、肝脏和肺脏中的表达均呈先上升后下降再上升的变化趋势,在肌胃和胸肌中的表达呈下降趋势,至H14 d时降至最低值。【结论】SPOP和MyD88基因在鸡胚不同发育阶段肺脏、眼球和肌胃中的表达相对较高,SPOP基因的表达水平均极显著高于MyD88基因,且二者的相对表达量呈负相关,即SPOP基因负调控MyD88基因的表达。
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关键词
鸡
spop基因
MyD88
基因
分子特征
组织表达
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职称材料
题名
鸡SPOP和MyD88基因分子特征及其组织表达特性分析
被引量:
3
1
作者
王燕碧
赵采芹
唐宏
周磊
韩一帆
张福平
段志强
机构
贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室
出处
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第11期3111-3120,共10页
基金
国家自然科学基金项目(31960698,31760732)
贵州省科学技术基金项目(黔科合基础〔2020〕1Y134号)
贵州省地方家禽产业联合攻关项目(黔财农〔2020〕175号)。
文摘
【目的】掌握SPOP和MyD88基因分子特征及其在鸡不同组织发育过程中的表达特征,为后续研究其调控鸡组织生长发育机理及开展抗病育种提供参考依据。【方法】通过RT-PCR克隆鸡SPOP和MyD88基因编码区(CDS)序列,运用ExPASy、SOPMA、SWISS-MODEL及PSORT II Prediction等在线软件进行生物信息学分析,并以实时荧光定量PCR检测这2个基因在鸡胚14胚龄(E14 d)及出壳后1 d(H1 d)、7 d(H7 d)和14 d(H14 d)各组织中的表达情况。【结果】鸡SPOP、MyD88基因CDS序列长为1125和900 bp,分别编码374和299个氨基酸残基。SPOP蛋白分子式为C_(1866)H_(2926)N_(496)O_(559)S_(28),相对分子量为42 kD,理论等电点(pI)为5.58,为相对不稳定蛋白;MyD88蛋白分子式为C_(1502)H_(2394)N_(410)O_(438)S_(18),相对分子量为33 kD,pI为5.93,为相对不稳定蛋白。鸡SPOP和MyD88蛋白二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,主要定位于细胞质(占60.9%)。与人类和哺乳动物相比,鸡SPOP蛋白的3个功能结构域(MATH、BTB-POZ和BACK)较保守,而MyD88蛋白的2个功能结构域(Death和TIR)存在多处氨基酸位点变异。SPOP和MyD88基因在鸡不同发育阶段各组织中均有表达,但以肺脏中的相对表达量最高,且二者间的表达差异极显著(P<0.01,下同)。从E14 d发育至H14 d,SPOP基因在眼球和肺脏中的表达整体上呈上升趋势,且至H14 d时肺脏中的表达趋于稳定,在脑组织、心脏和肌胃中的表达呈先上升后下降的变化趋势,在肝脏中的表达呈先下降后上升再下降的变化趋势;MyD88基因在眼球、肝脏和肺脏中的表达均呈先上升后下降再上升的变化趋势,在肌胃和胸肌中的表达呈下降趋势,至H14 d时降至最低值。【结论】SPOP和MyD88基因在鸡胚不同发育阶段肺脏、眼球和肌胃中的表达相对较高,SPOP基因的表达水平均极显著高于MyD88基因,且二者的相对表达量呈负相关,即SPOP基因负调控MyD88基因的表达。
关键词
鸡
spop基因
MyD88
基因
分子特征
组织表达
Keywords
chicken
spop
gene
MyD88 gene
molecular characteristics
tissue expression
分类号
S831.2 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
鸡SPOP和MyD88基因分子特征及其组织表达特性分析
王燕碧
赵采芹
唐宏
周磊
韩一帆
张福平
段志强
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
3
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