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基于基因芯片的前列腺癌转移高表达基因SPP1的生物信息学分析 被引量:3
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作者 李铁求 滕伊漓 +3 位作者 邹亚光 杨宇 李琦 毛向明 《中华男科学杂志》 CAS CSCD 2014年第11期984-990,共7页
目的:利用生物信息学方法分析前列腺癌转移高表达基因SPP1以及蛋白的结构,为进一步研究其功能和参与的调控机制提供一定的理论依据。方法:在公共基因芯片数据库(GEO)中下载前列腺癌转移相关基因芯片数据,利用BRB-Array Tools软件、protp... 目的:利用生物信息学方法分析前列腺癌转移高表达基因SPP1以及蛋白的结构,为进一步研究其功能和参与的调控机制提供一定的理论依据。方法:在公共基因芯片数据库(GEO)中下载前列腺癌转移相关基因芯片数据,利用BRB-Array Tools软件、protparam、Motif Scan、Signal P4.0、TMHMM、Net Phos2.0、Predict Protein、GO、KEGG、STRING等生物信息学工具进行数据挖掘及生物信息学分析。结果:共筛选出前列腺癌转移共同差异基因73个,表达上调21个,表达下调52个(P<0.01),其中对前列腺癌转移高表达基因SPP1进行生物信息学分析发现,SPP1蛋白由314个氨基酸组成,该蛋白含有2个N-连接糖基化位点、8个酪蛋白激酶II磷酸化位点、3个PKC磷酸化位点,主要参与细胞外基质结合、骨化、成骨细胞分化、细胞黏附、PI3K-Akt信号通路、黏着斑、ECM受体相互作用、Toll样受体信号通路等分子功能和信号通路。结论:利用生物信息学的方法能有效分析基因芯片数据并获取生物内在信息,SPP1可能在前列腺癌转移中发挥重要作用,有望成为前列腺癌转移的早期诊断标志物和治疗的新靶点。 展开更多
关键词 spp1基因 生物信息学 前列腺癌 转移相关基因 基因芯片
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绵羊SPP1和PLCB3基因多态性与产羔数的关联分析 被引量:3
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作者 刁婉莹 狄冉 储明星 《中国草食动物科学》 CAS 2021年第1期8-12,共5页
试验旨在探究SPP1基因g.36651870T>C位点多态性、PLCB3基因g.41871219T>C位点多态性与绵羊产羔数之间的关系,以期寻找绵羊产羔数性状相关的分子标记。利用全基因组重测序结合Sequenom MassARRAY誖SNP技术对多羔羊(小尾寒羊、湖羊... 试验旨在探究SPP1基因g.36651870T>C位点多态性、PLCB3基因g.41871219T>C位点多态性与绵羊产羔数之间的关系,以期寻找绵羊产羔数性状相关的分子标记。利用全基因组重测序结合Sequenom MassARRAY誖SNP技术对多羔羊(小尾寒羊、湖羊、策勒黑羊)和单羔羊(滩羊、苏尼特羊、萨福克羊和草原型藏羊)7个绵羊品种SPP1、PLCB3基因的2个位点进行多态性检测,并与小尾寒羊产羔数进行关联分析。结果表明:2个位点均存在TT、TC和CC三种基因型。SPP1基因g.36651870T>C位点的基因型频率和等位基因频率在两类绵羊品种间差异极显著(P<0.01);PLCB3基因g.41871219T>C位点基因型频率在两类绵羊品种间差异不显著(P>0.05),等位基因频率差异显著(P<0.05)。群体遗传学分析表明,SPP1基因g.36651870T>C位点在小尾寒羊、苏尼特羊、萨福克羊和湖羊中均表现为中度多态(0.25≤PIC<0.5),在滩羊、策勒黑羊和草原型藏羊中表现为低度多态(PIC<0.25);PLCB3基因g.41871219T>C位点在滩羊中表现为中度多态(0.25≤PIC<0.5),在其余6个绵羊品种中均表现为低度多态(PIC<0.25)。卡方适合性检验表明,SPP1基因g.36651870T>C位点在7个绵羊品种中均处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05);PLCB3基因g.41871219T>C位点在小尾寒羊、滩羊、苏尼特羊、策勒黑羊、草原型藏羊5个品种中处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05)。关联分析表明,PLCB3基因g.41871219T>C位点多态性与小尾寒羊第1胎产羔数有显著关联(P<0.05),TT基因型个体产羔数显著高于CC基因型个体;SPP1基因g.36651870T>C位点多态性与小尾寒羊不同胎次产羔数之间无显著关联(P>0.05)。综上,PLCB3基因g.41871219T>C位点对小尾寒羊产羔数性状选育具有一定的参考意义,SPP1基因g.36651870T>C位点不适用于小尾寒羊产羔数性状选育。 展开更多
关键词 绵羊 spp1基因 PLCB3基因 产羔数 SNP分型
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三阴性乳腺癌关键基因FOS和SPP1的生物信息学分析 被引量:3
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作者 谭玉靓 唐标 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期1454-1460,1467,共8页
目的:基于生物信息学理论,从基因和通路层面分析三阴性乳腺癌(TNBC)的发病机制,揭示TNBC的关键致病基因,为TNBC的诊治和评估提供新思路。方法:通过GEO数据库下载TNBC细胞系的基因芯片信息和微矩阵数据,基于P值及|log2FC|值对GEO原始数... 目的:基于生物信息学理论,从基因和通路层面分析三阴性乳腺癌(TNBC)的发病机制,揭示TNBC的关键致病基因,为TNBC的诊治和评估提供新思路。方法:通过GEO数据库下载TNBC细胞系的基因芯片信息和微矩阵数据,基于P值及|log2FC|值对GEO原始数据进行筛选,确定TNBC相关差异表达基因(DEGs)。利用David和KOBAS在线分析平台分别对获得的DEGs进行富集分析;利用STRING在线平台构建DEGs的蛋白质相互作用(PPI)网络。利用cytoscape的cytoHubba软件,得到关键基因。利用GEPIA在线平台,分析关键基因在TNBC不同病理阶段的异常表达。利用Kaplan-Meier Plotter在线分析工具,分析关键基因对TNBC患者预后的影响。结果:本研究共筛选得到61个DEGs。GO富集分析显示,这些DEGs参与正向调控血管内皮生长因子(VEGFs)、细胞迁移、G1/S期转换等生物过程。KEGG富集分析显示,DEGs介导PI3K/Akt、P53以及炎症相关因子等多条信号通路。PPI网络显示DEGs之间具有联系;PPI网络的关键节点FOS和SPP1与患者预后相关。结论:DEGs介导的通路可能是TNBC的发病机制,关键基因FOS和SPP1与TNBC患者预后密切相关,或许可作为TNBC预后评估的生物标记。 展开更多
关键词 三阴性乳腺癌 差异表达基因 FOS spp1
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焦点黏连信号通路相关基因在鸡肌肉发育中的表达研究 被引量:3
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作者 刘龙洲 梁忠 +4 位作者 黄华云 吴姝 梁鼎震 薛菠 杨烨 《中国家禽》 北大核心 2018年第17期8-12,共5页
试验以矮小品系S2鸡为试验素材,采用q-PCR技术以及SPSS分析软件,研究焦点黏连(Focal adhesion)信号通路中调控:小凹蛋白-3(CAV-3)、血小板衍生生长因子受体α多肽(PDGFRA)、分泌型焦磷酸蛋白(SPP1)在生长期骨骼肌发育中的表达模式及在... 试验以矮小品系S2鸡为试验素材,采用q-PCR技术以及SPSS分析软件,研究焦点黏连(Focal adhesion)信号通路中调控:小凹蛋白-3(CAV-3)、血小板衍生生长因子受体α多肽(PDGFRA)、分泌型焦磷酸蛋白(SPP1)在生长期骨骼肌发育中的表达模式及在成肌细胞增殖和分化期的表达特征。结果显示:在肌肉组织中,CAV-3在胸肌和腿肌中的表达模式相同,从4周龄开始随着发育时间的增加,CAV-3表达量逐渐降低,在16周龄时显著低于其他发育时期(P<0.05);在0日龄、8周龄时PDGRFA在胸肌中相对表达量显著高于腿肌(P<0.05),但在16周龄时胸肌中PDGRFA相对表达量显著低于腿肌(P<0.05);SPP1在胸肌和腿肌中的表达模式存在显著差异,从4周龄开始,在胸肌中随着发育时间增加,SPP1相对表达量逐渐减少,在腿肌中随着发育时间的增加,SPP1相对表达量逐渐减少。在成肌细胞中,CAV-3相对表达量在增殖期100%时显著高于其他发育时期(P<0.05),并随分化时间的增加,CAV-3相对表达量逐渐减少;PDGFRA表达量在分化期的表达显著高于增殖期(P<0.05),并随诱导分化时间的延长表达量逐渐升高;SPP1相对表达量在增殖期100%时显著高于其他发育时期(P<0.05)。结果表明:CAV-3、PDGFRA和SPP1 mRNA表达量在鸡成肌细胞增殖分化期和鸡肌肉组织生长期分别呈现明显的差异性,3种基因可能分别以不同的方式参与调控胸肌、腿肌发育过程,为进一步研究该3种基因分别调控肌肉发育的分子机制提供了理论依据。 展开更多
关键词 肌肉 CAV-3 PDGFRA spp1
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Individual Responses to Creatine Supplementation on Muscular Power is Modulated by Gene Polymorphisms in Military Recruits
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作者 Daniele Mattos Caleb Guedes MSantos +7 位作者 Scott CForbes Darren GCandow Douglas Rosa Roberta Giovanini Busnardo Marcos Dornelas Ribeiro Dailson Paulucio Cynthia Chester Marco Machado 《Journal of Science in Sport and Exercise》 CSCD 2023年第1期70-76,共7页
Purpose The aim was to explore five established SNPs(rs1815739,rs1805086,rs2700352,rs28497577,and rs28357094)that are known to modulate skeletal muscle protein kinetics in response to creatine supplementation.Methods ... Purpose The aim was to explore five established SNPs(rs1815739,rs1805086,rs2700352,rs28497577,and rs28357094)that are known to modulate skeletal muscle protein kinetics in response to creatine supplementation.Methods A randomized,placebo-controlled,repeated measures design was used.Participants(n=152)were rand-omized divided into one of two groups:CREA(20 g/day creatine monohydrate)or PLAC:(dextrose)for 7 days.SNP were assessed,and participants were classified accordingly.Before and after supplementation,anthropometrics(height and body mass)and performance measures(vertical jump,countermovement vertical jump,squat jump,abdominal crunches,and maximum push-ups)were assessed.Results CREA gained more body mass than PLAC(CREA:Δ0.864±0.06 kg;PLAC:Δ0.154±0.07 kg,P<0.001).In the CREA group,the presence of an A allele for the MYLK1 polymorphism was related to changes in countermovement jump height(P=0.027;effect size[d]=0.41)and leg power(P=0.040,effect size[d]=0.18).The total number of abdominal crunches after supplementation was influenced by treatments and SPP1 gene(P=0.041).A higher number of abdominal crunches was associated with the G allele in the CREA group and the TT genotype in the PLAC group(effect size[d]=0.04).Conclusion Collectively,short-term creatine supplementation increased body mass but was unable to alter muscle perfor-mance.However,following creatine supplementation,participants expressing A alleles in the MYLK1 polymorphism had a greater increase in jump height and leg power and participants expressing G alleles in the SPP1 gene had greater improve-ments in abdominal crunch performance. 展开更多
关键词 SNP Creatine monohydrate Muscular power MYLK1 gene spp1 gene
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