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椰子SR蛋白家族的鉴定及生物信息学分析
1
作者
孙秋艾
卫晓宇
+3 位作者
陈如男
孙熹微
夏薇
肖勇
《分子植物育种》
CAS
北大核心
2023年第20期6680-6687,共8页
SR蛋白家族是真核生物中的一类剪接因子,其作为反式作用因子,通过与顺式作用元件结合参与可变剪接。本研究通过已公布的椰子基因组,与水稻的SR蛋白序列进行多序列比对,去除不含RRM结构域的序列共鉴定出24个椰子CnSR蛋白家族成员,采用生...
SR蛋白家族是真核生物中的一类剪接因子,其作为反式作用因子,通过与顺式作用元件结合参与可变剪接。本研究通过已公布的椰子基因组,与水稻的SR蛋白序列进行多序列比对,去除不含RRM结构域的序列共鉴定出24个椰子CnSR蛋白家族成员,采用生物信息学的方法,对其理化性质、亚细胞定位、序列保守性等方面进行分析。结果表明:椰子CnSR蛋白家族分布较广,最主要位于细胞核。椰子CnSR蛋白家族可分为4个亚族,分别是RSZ亚族、SR亚族、RS亚族、SC亚族。CnSR1、CnSR2、CnSR9、CnSR18、CnSR19、CnSR23在各组织中表达水平较高,其可能在椰子的整个生长时期发挥着重要的作用。对椰子CnSR蛋白家族启动子区顺式作用元件分析结果显示鉴定出光响应元件、各类激素响应元件,胁迫应答元件等,初步表明椰子CnSR蛋白家族与环境胁迫应答相关。通过上述生物信息学分析,为进一步探究椰子CnSR蛋白家族在椰子生长发育过程中的功能提供参考。
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关键词
椰子(Cocos
nucifera
L.)
sr蛋白家族
生物信息学分析
原文传递
SR蛋白家族在RNA剪接中的调控作用
被引量:
8
2
作者
邵伟
樊玉杰
徐永镇
《生命科学》
CSCD
北大核心
2010年第7期710-716,共7页
SR蛋白家族成员都具有一个富含丝氨酸/精氨酸(S/R)重复序列的RS结构域,在RNA剪接体的组装和选择性剪接的调控过程中具有重要的作用。绝大多数SR蛋白是生存的必需因子,通过其RS结构域和特有的其他结构域,实现与前体mRNA的特异性序列或其...
SR蛋白家族成员都具有一个富含丝氨酸/精氨酸(S/R)重复序列的RS结构域,在RNA剪接体的组装和选择性剪接的调控过程中具有重要的作用。绝大多数SR蛋白是生存的必需因子,通过其RS结构域和特有的其他结构域,实现与前体mRNA的特异性序列或其他剪接因子的相互作用,协同完成剪接位点的正确选择或促进剪接体的形成。深入研究SR蛋白家族在RNA选择性剪接中的调控机制,可以促进以疾病治疗或害虫防治为目的的应用研究。该文总结了SR蛋白家族在基础研究和应用方面的进展。
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关键词
sr蛋白家族
RNA剪接
选择性剪接
原文传递
人类SR蛋白超家族新成员——SFRS12(SRrp508)的基因克隆和特性分析
被引量:
43
3
作者
张德礼
孙晓静
+2 位作者
凌伦奖
陈润生
马大龙
《Acta Genetica Sinica》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2002年第5期377-383,共7页
采用生物信息学方法克隆出全长 3811bp的人类RC5 0 8cDNA片段 ,经核酸和蛋白质分析为人类新基因 (Gen Bank登记号 :AF4 5 90 94 ) ,利用RT PCR方法从人类胰脏组织中扩增出包含编码 5 0 8个氨基酸残基最大开放读码框架 (ORF)的 16 80bpc...
采用生物信息学方法克隆出全长 3811bp的人类RC5 0 8cDNA片段 ,经核酸和蛋白质分析为人类新基因 (Gen Bank登记号 :AF4 5 90 94 ) ,利用RT PCR方法从人类胰脏组织中扩增出包含编码 5 0 8个氨基酸残基最大开放读码框架 (ORF)的 16 80bpcDNA片段 ,经核酸测序证明与电子克隆结果完全一致。该基因具有启动子和TATA box,ORF前同一相位有多个终子码 ,后有加尾信号 ,显示为客观存在基因。该基因含有 12个外显子 (96~ 2 0 93bp)和 11个内含子 (14 0~ 5 15 3bp) ,定位于人类 5号染色体 5q11.2~q12 .1,无任何连锁基因存在。该基因ORF 342~ 186 8(15 2 7)横跨10个外显子 ,所编码 5 0 8氨基酸蛋白的全长序列与大鼠丝氨酸 精氨酸二肽富含性 (SR)剪切调控蛋白 86 (SRrp86 )高度同源 ,在核酸和蛋白水平的同源性分别为 84 %和 86 % ,与其他已知蛋白无论在核酸水平还是在氨基酸水平几乎均无整体的同源性。结果表明 ,所克隆的 5 0 8氨基酸蛋白才是大鼠SRrp86的人类同源物 ,从而修正了Barnard(2 0 0 0 )所指出的人类同源物为人类精氨酸富含性核蛋白 5 4 (p5 4 )这一论断 ,并提示它是日益增长的SR蛋白超家族的又一个新成员。该基因组织表达谱广泛 ,有可能具有转录因子活性 ,暂命名为SR相关剪切调控蛋白 5 0 8(SRrp5 0
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关键词
人类
sr
蛋白
超
家族
sr
rp508
基因克隆
特性分析
下载PDF
职称材料
CD37基因在不同肿瘤细胞中的表达
被引量:
2
4
作者
汪莉萍
陈红松
+2 位作者
魏来
费然
陈明
《现代肿瘤医学》
CAS
2006年第4期391-393,共3页
目的了解CD37基因在正常组织、肝细胞、肝癌组织和各种肿瘤细胞中的表达情况。方法运用RT-PCR方法检测睾丸组织、肝癌组织、癌旁组织和11种肿瘤细胞株和正常肝细胞中CD37的表达。结果CD37在MCF-7、HeLa、MEL-ED1、Huh7、HLE、NCI-H446、...
目的了解CD37基因在正常组织、肝细胞、肝癌组织和各种肿瘤细胞中的表达情况。方法运用RT-PCR方法检测睾丸组织、肝癌组织、癌旁组织和11种肿瘤细胞株和正常肝细胞中CD37的表达。结果CD37在MCF-7、HeLa、MEL-ED1、Huh7、HLE、NCI-H446、BGC-823、SK-N-SH、LS-174-T、CNE、Eca-109和L-02细胞株中均不表达;而在睾丸组织、肝癌组织、癌旁组织、Burkitt's淋巴瘤细胞Naml-wa和肝癌细胞HepG2中均表达。结论CD37的表达可能与某些肿瘤如Burkitt's淋巴瘤和肝细胞癌的发生有关。
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关键词
CD37
肿瘤细胞
4跨膜
蛋白
超
家族
(TM4
sr
)
下载PDF
职称材料
MALAT1生物学功能及其与炎症-肿瘤的关系
被引量:
3
5
作者
王俊青
任建敏
+4 位作者
张彦洁
许春娣
刘炳亚
朱正纲
周同
《生命科学》
CSCD
2012年第10期1163-1168,共6页
非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)是人类基因组学研究的重要领域,其中长度超过200 bp的长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA),占80%以上。肺腺癌转移相关转录子1(metastasis-associated lung adenocarcinoma transcript 1,MALAT1)...
非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)是人类基因组学研究的重要领域,其中长度超过200 bp的长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA),占80%以上。肺腺癌转移相关转录子1(metastasis-associated lung adenocarcinoma transcript 1,MALAT1)属LncRNA家族重要成员,伴随着MALAT1亚细胞结构定位特点、招募SR蛋白家族作用及其在多种人类恶性肿瘤中异常表达等现象逐步揭示,其与炎症-肿瘤间可能存在的关系也将成为进一步研究的焦点,结合MALAT1的分子生物学特点作一综述。
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关键词
非编码RNA
MALAT1
sr蛋白家族
mascRNA
炎症-肿瘤
原文传递
题名
椰子SR蛋白家族的鉴定及生物信息学分析
1
作者
孙秋艾
卫晓宇
陈如男
孙熹微
夏薇
肖勇
机构
海南大学热带作物学院
中国热带农业科学院椰子研究所
中国热带农业科学院三亚研究院
出处
《分子植物育种》
CAS
北大核心
2023年第20期6680-6687,共8页
基金
海南省科技合作项目(ZDYF2020215)资助。
文摘
SR蛋白家族是真核生物中的一类剪接因子,其作为反式作用因子,通过与顺式作用元件结合参与可变剪接。本研究通过已公布的椰子基因组,与水稻的SR蛋白序列进行多序列比对,去除不含RRM结构域的序列共鉴定出24个椰子CnSR蛋白家族成员,采用生物信息学的方法,对其理化性质、亚细胞定位、序列保守性等方面进行分析。结果表明:椰子CnSR蛋白家族分布较广,最主要位于细胞核。椰子CnSR蛋白家族可分为4个亚族,分别是RSZ亚族、SR亚族、RS亚族、SC亚族。CnSR1、CnSR2、CnSR9、CnSR18、CnSR19、CnSR23在各组织中表达水平较高,其可能在椰子的整个生长时期发挥着重要的作用。对椰子CnSR蛋白家族启动子区顺式作用元件分析结果显示鉴定出光响应元件、各类激素响应元件,胁迫应答元件等,初步表明椰子CnSR蛋白家族与环境胁迫应答相关。通过上述生物信息学分析,为进一步探究椰子CnSR蛋白家族在椰子生长发育过程中的功能提供参考。
关键词
椰子(Cocos
nucifera
L.)
sr蛋白家族
生物信息学分析
Keywords
Coconut(Cocos nucifera L.)
sr
protein family
Bioinformatics analysis
分类号
S667.4 [农业科学—果树学]
原文传递
题名
SR蛋白家族在RNA剪接中的调控作用
被引量:
8
2
作者
邵伟
樊玉杰
徐永镇
机构
中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态学研究所
出处
《生命科学》
CSCD
北大核心
2010年第7期710-716,共7页
基金
国家自然科学基金项目(30873366)
文摘
SR蛋白家族成员都具有一个富含丝氨酸/精氨酸(S/R)重复序列的RS结构域,在RNA剪接体的组装和选择性剪接的调控过程中具有重要的作用。绝大多数SR蛋白是生存的必需因子,通过其RS结构域和特有的其他结构域,实现与前体mRNA的特异性序列或其他剪接因子的相互作用,协同完成剪接位点的正确选择或促进剪接体的形成。深入研究SR蛋白家族在RNA选择性剪接中的调控机制,可以促进以疾病治疗或害虫防治为目的的应用研究。该文总结了SR蛋白家族在基础研究和应用方面的进展。
关键词
sr蛋白家族
RNA剪接
选择性剪接
Keywords
sr
protein family
RNA splicing
alternative splicing
分类号
Q52 [生物学—生物化学]
原文传递
题名
人类SR蛋白超家族新成员——SFRS12(SRrp508)的基因克隆和特性分析
被引量:
43
3
作者
张德礼
孙晓静
凌伦奖
陈润生
马大龙
机构
北京大学人类疾病基因研究中心
中国科学院生物物理研究所
出处
《Acta Genetica Sinica》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2002年第5期377-383,共7页
基金
中国博士后科学基金资助项目 (资助号 :2 92 0 0 112 1760 80 62 0 0 0 ) ~~
文摘
采用生物信息学方法克隆出全长 3811bp的人类RC5 0 8cDNA片段 ,经核酸和蛋白质分析为人类新基因 (Gen Bank登记号 :AF4 5 90 94 ) ,利用RT PCR方法从人类胰脏组织中扩增出包含编码 5 0 8个氨基酸残基最大开放读码框架 (ORF)的 16 80bpcDNA片段 ,经核酸测序证明与电子克隆结果完全一致。该基因具有启动子和TATA box,ORF前同一相位有多个终子码 ,后有加尾信号 ,显示为客观存在基因。该基因含有 12个外显子 (96~ 2 0 93bp)和 11个内含子 (14 0~ 5 15 3bp) ,定位于人类 5号染色体 5q11.2~q12 .1,无任何连锁基因存在。该基因ORF 342~ 186 8(15 2 7)横跨10个外显子 ,所编码 5 0 8氨基酸蛋白的全长序列与大鼠丝氨酸 精氨酸二肽富含性 (SR)剪切调控蛋白 86 (SRrp86 )高度同源 ,在核酸和蛋白水平的同源性分别为 84 %和 86 % ,与其他已知蛋白无论在核酸水平还是在氨基酸水平几乎均无整体的同源性。结果表明 ,所克隆的 5 0 8氨基酸蛋白才是大鼠SRrp86的人类同源物 ,从而修正了Barnard(2 0 0 0 )所指出的人类同源物为人类精氨酸富含性核蛋白 5 4 (p5 4 )这一论断 ,并提示它是日益增长的SR蛋白超家族的又一个新成员。该基因组织表达谱广泛 ,有可能具有转录因子活性 ,暂命名为SR相关剪切调控蛋白 5 0 8(SRrp5 0
关键词
人类
sr
蛋白
超
家族
sr
rp508
基因克隆
特性分析
Keywords
rat
sr
rp86
human homolog
sr
rp508
human SF
sr
12
In silico cloning
RT PCR
nucleotide sequencing
分类号
Q986 [生物学—人类学]
下载PDF
职称材料
题名
CD37基因在不同肿瘤细胞中的表达
被引量:
2
4
作者
汪莉萍
陈红松
魏来
费然
陈明
机构
江苏徐州医学院传染病学教研室
北京大学人民医院肝病研究所
出处
《现代肿瘤医学》
CAS
2006年第4期391-393,共3页
基金
国家863项目资助(编号:2002AA217071)
文摘
目的了解CD37基因在正常组织、肝细胞、肝癌组织和各种肿瘤细胞中的表达情况。方法运用RT-PCR方法检测睾丸组织、肝癌组织、癌旁组织和11种肿瘤细胞株和正常肝细胞中CD37的表达。结果CD37在MCF-7、HeLa、MEL-ED1、Huh7、HLE、NCI-H446、BGC-823、SK-N-SH、LS-174-T、CNE、Eca-109和L-02细胞株中均不表达;而在睾丸组织、肝癌组织、癌旁组织、Burkitt's淋巴瘤细胞Naml-wa和肝癌细胞HepG2中均表达。结论CD37的表达可能与某些肿瘤如Burkitt's淋巴瘤和肝细胞癌的发生有关。
关键词
CD37
肿瘤细胞
4跨膜
蛋白
超
家族
(TM4
sr
)
Keywords
CD37
tumor cell
transmembrane 4 superfamily (TM4SF)
分类号
R730.23 [医药卫生—肿瘤]
下载PDF
职称材料
题名
MALAT1生物学功能及其与炎症-肿瘤的关系
被引量:
3
5
作者
王俊青
任建敏
张彦洁
许春娣
刘炳亚
朱正纲
周同
机构
上海交通大学医学院附属瑞金医院
出处
《生命科学》
CSCD
2012年第10期1163-1168,共6页
基金
国家自然科学基金项目(81070567
8100-0163
+1 种基金
81070022
81270801)
文摘
非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)是人类基因组学研究的重要领域,其中长度超过200 bp的长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA),占80%以上。肺腺癌转移相关转录子1(metastasis-associated lung adenocarcinoma transcript 1,MALAT1)属LncRNA家族重要成员,伴随着MALAT1亚细胞结构定位特点、招募SR蛋白家族作用及其在多种人类恶性肿瘤中异常表达等现象逐步揭示,其与炎症-肿瘤间可能存在的关系也将成为进一步研究的焦点,结合MALAT1的分子生物学特点作一综述。
关键词
非编码RNA
MALAT1
sr蛋白家族
mascRNA
炎症-肿瘤
Keywords
non-coding RNAs
MALAT 1
sr
protein family
mascRNA
inflammation-cancer
分类号
Q522 [生物学—生物化学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
椰子SR蛋白家族的鉴定及生物信息学分析
孙秋艾
卫晓宇
陈如男
孙熹微
夏薇
肖勇
《分子植物育种》
CAS
北大核心
2023
0
原文传递
2
SR蛋白家族在RNA剪接中的调控作用
邵伟
樊玉杰
徐永镇
《生命科学》
CSCD
北大核心
2010
8
原文传递
3
人类SR蛋白超家族新成员——SFRS12(SRrp508)的基因克隆和特性分析
张德礼
孙晓静
凌伦奖
陈润生
马大龙
《Acta Genetica Sinica》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2002
43
下载PDF
职称材料
4
CD37基因在不同肿瘤细胞中的表达
汪莉萍
陈红松
魏来
费然
陈明
《现代肿瘤医学》
CAS
2006
2
下载PDF
职称材料
5
MALAT1生物学功能及其与炎症-肿瘤的关系
王俊青
任建敏
张彦洁
许春娣
刘炳亚
朱正纲
周同
《生命科学》
CSCD
2012
3
原文传递
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