茄子及其近缘野生种遗传多样性的SRAP分析

应用SRAP分子标记技术对87份来茄子及其近缘野生种进行了遗传多样性分析。结果显示,从88对SRAP引物中筛选出18对多态性高、稳定性好的引物组合,共检测出309清晰个位点,平均每对引物检测到17.2个扩增位点。.参试茄属植物种质群体位点的平均杂合度为0.6962;平均多态信息含量为0.6441。82份栽培种茄子材料的平均相似系数为0.822,表明茄子栽培种的基因库较小,遗传基础较为狭窄。聚类分析结果表明,87份材料可分成4大类,可以较好地将茄子栽培种与其近缘野生种分开,并且基本可将高级栽培种(S.melongena L.subsp.melongena)和原始栽培种(S.melongena L.subsp.ovigerum Salis)在亚种水平上区分开来。由此可见,SRAP标记在茄子遗传研究中是一种经济、有效和可靠的分子标记手段。

SRAP分析体系的优化及在枇杷种质资源研究上的应用

以me7(5’-TGAGTCCAAACCGGTCC-3’)和em7(5’-GACTGCGTACGAATTCAA-3’)正反向引物组合对西班牙枇杷品种Javierin进行了SRAP分析体系的优化,结果表明,在25μL反应体系中,5种主要成分的适宜浓度或用量分别是:dNTPs0.3mmol/L,Mg2+2.5mmol/L,TaqDNA聚合酶1.0U,引物0.3μmol/L,模板DNA20ng,优化的扩增程序为:94℃预变性5min,94℃变性1min,35℃复性1min,72℃延伸1min30s,5个循环;之后94℃变性1min,50℃复性1min,72℃延伸1min30s,35个循环;最后72℃下延伸10min。并将该优化的体系在来自中国、西班牙、日本、意大利和美国的46份枇杷种质资源上进行了SRAP扩增的初步应用,经琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶电泳均获得了清晰、重复性好的SRAP指纹图谱。

新型标记SRAP在棉花F_2分离群体及遗传多样性评价中的适用性分析

将新型分子标记SRAP(Sequence relatedAmplifiedPolymorphism)应用于棉花的遗传研究 ,并建立了完整的PCR反应体系 ,此体系稳定可靠、扩增效果好、可重复性强。采用 30个SRAP引物组合对海岛棉品种“Pima 90”和陆地棉品种“邯郸 2 0 8”进行比较扩增 ,2 9个引物组合可以获得多态性扩增 ,显示了较高的多态性。对上述两个品种的F2 群体进行检测 ,共产生 14 9个多态性条带 ,平均每个组合产生 5 14个 ,单引物组合最多可产生 13个多态性条带。用SRAP标记对 11份陆地棉材料进行遗传多样性检测 ,30个引物组合中 15个组合有多态性 ,得到 2 2个多态性条带 ,显示了较高的多态性比率。研究结果表明 。

仙茅属植物7个国产种的SRAP遗传关系研究

目的：研究仙茅属植物7个国产种亲缘关系。方法：通过SRAP分析，利用TREECONW软件分析遗传距离，UPGMA方法聚类，构建亲缘关系系统图。结果：25对引物组合共得到923条扩增条带，其中有910条呈现多态性，占98．6％。遗传距离0．631～0．912。聚类结果显示仙茅属植物7个国产种分类结果与传统形态分类结果基本一致。结论：仙茅属植物7个国产种的多态性水平高，SRAP用于其分类是可行的。

11个红花品种遗传多样性与亲缘关系的SRAP分析

利用SRAP技术对来源于中国不同地区的11份红花品种材料亲缘关系进行了分析.选用了25对具有多态性条带的引物组合,获得了308条清晰的条带,其中109条具有多态性,多态性位点百分率为35％.遗传相似系数变幅在0.82 ～ 0.934 2之间,平均相似系数为0.87,表明红花种内不同品种间存在一定的遗传多样性.聚类结果分析表明,在相似系数GS=0.891 4处,可以将11份红花材料分为四类.

SRAP/RSAP标记鉴定印度南瓜种子纯度的方法

应用相关序列扩增多态性(SRAP)标记和限制性位点扩增多态性(RSAP)标记对印度南瓜品种杂交种子纯度进行鉴定试验。结果表明,筛选出的引物E1M5和R1R7可很好地区分出红栗二号、红栗、锦栗二号和锦栗南瓜,利用RSAP分子标记R1R7可检测出锦栗杂交种子纯度,分子标记检测结果与田间检测结果吻合率达到90%。

青藏高原东南缘老芒麦自然居群遗传多样性的SRAP和SSR分析

基于SRAP和SSR分子标记分析了青藏高原东南缘8个老芒麦自然居群遗传变异及群体遗传结构,获得下述结果:1)16对SRAP引物在90个单株中共扩增出384条可统计条带,其中多态性条带334条,占86.98%;16个SSR位点共检测出等位变异221个,平均每个位点13.8个,其中具有多态性的位点数192个,占86.88%。2)2种分子标记检测到老芒麦居群水平的基因多样性(He)分别为0.1092和0.1296,而物种水平的基因多样性达0.2434和0.3732。3)基于2种标记的Nei氏遗传分化指数Gst(0.5525和0.5158)表明老芒麦居群出现了较大程度的遗传分化,居群间的基因流非常有限,分别为0.4050和0.4694,老芒麦的遗传变异主要分布在居群间,居群内变异相对较小,Shannon多样性指数和分子方差变异(AMOVA)分析显示了相似的结果。4)基于聚类分析结果表明各居群间存在较为明显的地理分化,8个居群分化为采集地范围内的南、北和中部3个分支。通过对老芒麦遗传多样性和遗传结构的分析提出了对该物种遗传多样性的保护策略。

长果种黄麻SRAP标记遗传连锁图谱的构建及3个质量性状基因定位

【目的】构建黄麻遗传连锁图谱,定位质量性状基因,为今后有关黄麻基因组结构、重要农艺性状QTL定位、分子标记辅助育种和基因克隆等研究工作奠定基础。【方法】以甜麻(黄麻野生种)和宽叶长果(黄麻栽培品种)为杂交亲本,构建了187个F2单株作为作图群体,利用513对SRAP引物进行遗传图谱构建,并对3个质量性状基因(托叶色、叶柄色、叶缘色)进行了定位。【结果】122个SRAP多态性标记位点和这3个形态学标记被定位在该图谱上,初步构建的长果种黄麻遗传连锁图谱全长2 231.9 cM,包含10个连锁群,每个连锁群有2—38个标记位点,2个标记间平均间距为17.86 cM。【结论】该图谱上的标记位点均匀分布在10个连锁群上,没有出现标记位点聚集的现象,表明SRAP标记十分适合黄麻遗传图谱的构建。

栽培黄连群体遗传关系的SRAP分析

目的揭示栽培黄连Coptis chinensis群体的遗传关系。方法 以24个不同来源地的栽培黄连群体为试材，采用SRAP分子标记技术，用Treeconw软件分析遗传相似系数，UPGMA方法聚类，构建遗传系统树。结果36对引物共得到276条扩增条带，其中有120条呈现多态性，占43．48％，从DNA分子水平显示出供试种质遗传多样性并不丰富。遗传相似系数变化范围在0．8770～0．9519。聚类结果显示栽培黄连群体遗传关系与来源地无明显相关性，仅在小分支中表现出一定的地域相关性。结论栽培黄连群体的遗传多样性水平较低，显示遗传背景较为单一。

应用ISSR与SRAP分析烟草种质资源遗传多样性及遗传演化关系

应用ISSR与SRAP两种分子标记,研究国内外96份烟草种质的遗传多样性及不同栽培类型种质的遗传演化关系。表明烟属种间具有丰富的遗传多样性,种间的遗传相似性(GS)在0.28～0.58之间,遗传分化系数(Gst)为0.83。普通栽培种品种间遗传多样性水平较低,品种间的遗传相似性在0.61～0.99之间,栽培种内的遗传多样性为烤烟>晒晾烟>白肋烟>香料烟。当相似系数在0.67作切割线时,基于2种标记的96份烟草种质资源的聚类结果显示:(1)普通烟草栽培品种材料91份聚在同一大类,而黄花烟、黏烟草、浅波烟草、哥西氏烟草、香甜烟草5个种也分别为单独的个类,同普通烟草栽培种类群完全区别开来;(2)从进化上看,烤烟和晒晾烟间的遗传进化关系最近,香料烟和黄花烟之间的亲缘关系较远;普通烟草栽培种中国内外来源的烟草品种亲缘关系极其相近,遗传分化现象甚微;(3)2种分子标记虽然原理不同,但分析结果趋势相近(r=0.68,P=1.000)。

26份棉花耐盐相关种质资源遗传多样性SRAP分析

土壤盐渍化是影响农业生产的主要胁迫因子.中国的盐渍土近1×10^8hm^2,且盐渍化和次生盐渍化不断扩大,盐渍化土壤结构极差,作物难以正常生长,严重影响了作物的产量和品质.因此合理开发利用盐碱地是一项迫在眉睫的任务.棉花是中国重要的经济作物,在国民经济中占有举足轻重的地位[1-2],在粮棉争地矛盾日益突显的情况下,棉花以其较好的耐盐性,逐渐成为盐碱地一种新的优势作物.目前,中国是世界上盐碱地植棉规模最大的国家.据不完全统计[3],中国植棉区内盐碱地约有1.7×10^8hm^2,其中2.7×10^6hm^2先后开发植棉.

青葙SRAP体系的建立和优化

目的探讨影响青葙SRAP(sequence-related amplified polymorphism)扩增的各种因素,建立并优化青葙SRAP反应体系,为分子水平鉴定青葙子及其伪品,探讨青葙不同种质间的亲缘关系奠定基础。方法用CTAB法提取青葙DAN,设计Taq酶浓度(0.02、0.04、0.06U/μL)、dNTP浓度(0.10、0.20、0.30mmol/L)、Primer浓度(0.15、0.30、0.45μmol/L)3水平3因素试验和Mg2+浓度(0.5、1.0、1.5、2.0、2.5、3.0、3.5、4.0mmol/L)8水平单因素试验。在25μL体系中加入模板DNA20ng,对体系进行优化,用琼脂糖进行检测。结果建立了适合青葙的SRAP体系,在25μL体系中,DNA为20ng,Taq酶浓度为0.04U/μL,dNTP浓度为0.30mmol/L,Primer浓度为0.30μmol/L,Mg2+浓度为2.5mmol/L,优化后的体系目标条带增多,且比较稳定,重现性好,得到了较好的扩增效果。结论本研究建立的反应体系适合青葙SRAP的研究。为从分子水平鉴定青葙子正品与伪品以及鉴定青葙不同种质资源奠定了基础。

正交设计优化花菜类SRAP分子标记体系的研究

采用正交设计,从Mg2+、dNTPs、引物三种因素3个水平对青花菜SRAP反应体系进行优化,确立适合青花菜的SRAP反应体系,并在6个青花菜和花椰菜品种中进行验证。结果表明:20μL反应体系中适宜体系的浓度dNTPs为0.2mmol/L、Mg2+为1.25mmol/L、上下引物各0.4μmol/L、DNA为20ng、Taq酶1.2U、退火温度为50℃。

粳稻SRAP分子标记遗传群的构建与分析

用超级稻品种‘沈农606’和普通粳稻‘丽江新团黑谷’为亲本杂交获得的102份F_2代单株,通过SRAP分子标记遗传分析,构建了包含14个连锁群,由129个多态性位点组成的水稻连锁图谱,此图谱覆盖基因组长度1671.5 cM,平均图距13.0 cM。连锁群上有17.2%的多态性位点表现偏分离,偏分离标记在连锁群上存在热点区域。

基于SCAR标记和DNA条形码技术的苍术基原鉴别研究

目的开发出能同时鉴别北苍术和关苍术的分子标记方法,并探究不同种质资源苍术的遗传进化关系。方法对不同地区北苍术Atractylodes chinensis(Bunge)Koidz及关苍术A.japonica Koidz.ex Kitam基因组DNA的差异片段进行测序,结合SRAP、ISSR、DAMD分子标记方法,优化PCR反应体系,筛选并转换成特异性标记,同时,采用条形码方法分析种间序列差异。结果通过SRAP、ISSR、DAMD三种分子标记方法的PCR扩增,共筛选出198对能稳定扩增且重现性好的引物,转换出7对能稳定、快速鉴别北苍术和关苍术的SCAR引物。条形码方法检测出北苍术ITS2序列长度为454 bp,关苍术ITS2序列长度为453 bp,与其他苍术属植物之间遗传距离较远。NJ树结果显示,北苍术、关苍术及其他苍术属植物均各自聚为一支,表现出良好的单系性。依据ITS2二级结构,4种苍术属植物在螺旋区的茎环数目、大小、位置均有明显差异,可以直观地进行区分。结论所开发的特异性SCAR标记为苍术属植物优良品种的筛选提供了新方法,DNA条形码能稳定、准确鉴别北苍术。

山核桃SRAP体系的建立及与RAPD和ISSR标记的比较

以山核桃Carya cathayensis基因组DNA为模板,对聚合酶链式反应(PCR)体系各组分进行了梯度实验,优化出条带清晰、重复性好的相关序列扩增多态性聚合酶链式反应(SRAP-PCR)扩增体系,并筛选了引物。该体系(25.00μL)为:1×缓冲液0.20 mmol.L-1,脱氧核糖核苷酸(dNTPs),0.20μmol.L-1引物,2.00 mmol.L-1镁离子(Mg2+),33.34 nkat Taq DNA聚合酶,0.80 mg.L-1基因组DNA(以上均为终浓度)。反应条件为94℃预变性5 min;94℃变性30 s,35℃退火30 s,72℃延伸2 min,5个循环;94℃变性30 s,50℃退火30 s,72℃延伸2 min,30个循环;72℃延伸8 min,4℃保存,反应时间比其他体系缩短了一半。从100对引物中筛选出了适用于山核桃的引物15对。在山核桃中,随机扩增多态性DNA(RAPD),简单序列重复区间(ISSR),SRAP等3种标记,以SRAP标记每对引物扩增的位点数及每对引物扩增的多态性位点数为多,但SRAP多态性引物的比例、多态性位点比例居于另2种标记之间。在山核桃研究中可以考虑使用SRAP及RAPD标记。

苎麻多胚苗遗传多样性的SRAP标记分析

为分析苎麻多胚苗的遗传多样性,以靖西青麻和中苎1号杂交收获F1代种子,从中筛选出21对双胚苗、3株三胚苗和1株单胚苗,用SRAP标记对这些材料及其亲本进行遗传分析。结果表明:筛选出的24个引物组合共扩增出159个稳定的多态性条带,平均每个组合6.8个;48份材料中成对遗传相似系数为0.360～0.876,在遗传相似系数0.51处可将全部材料划分为A、B、C、D四类群,在遗传相似系数0.586处,A类群又可以分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ3个亚群;多胚苗与亲本没有出现扩增条带完全一致的情况,本研究中苎麻多胚材料与无融合生殖无关。

马氏珠母贝红色壳家系不同世代遗传变异的SRAP分析

利用SRAP(sequence-related amplified polymorphism,序列相关扩增多态性)标记对马氏珠母贝红色壳家系第一代到第三代(F1、F2、F3)及回交家系(BC1)的遗传变异进行了分析。7对SRAP引物共产生63条扩增带,其中多态性条带55条,平均每对引物组合产生7.86条多态标记。在F1,F2及F3三代中,Shannon信息指数和Nei氏基因多样性指数显示世代群体的遗传多样性呈下降趋势,但差异并不显著(P>0.05)。随着世代的增加,相邻世代群体之间的遗传分化有逐渐降低的趋势,而世代内遗传相似性逐渐增加。BC1与F1的遗传相似度高于F3与F1间,表明回交能使后代个体更趋向轮回亲本。

基于SRAP标记构建野生香菇核心种质库

以95份野生香菇(Lentinula edodes)种质和1份栽培种质为材料,在利用相关序列扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)标记开展遗传多样性分析的基础上,采用属性约简启发式算法和逐步聚类位点优先取样法分别构建核心种质。两种方法分别得到35份(Core 1)和29份(Core 2)种质,其核心种质保留比分别为36.5%和30.2%,位点保留比分别为100%和94.7%。基于有效等位基因数,Nei’s基因多样性指数,香农信息指数等四个参数对两组核心种质进行t测验,结果显示两组核心样本均能很好的代表原始种质的遗传多样性,但Core1具有更高的位点保留比例且地理来源更加广泛,确定为代表96个原始菌株的核心种质库。

青牛胆SRAP标记反应体系的建立与优化

目的为青牛胆的物种鉴定和遗传图谱的构建寻找一种新的途径。方法采用序列相关扩增多态性(Sequence related amplified polymorphism,SRAP)技术对青牛胆DNA进行PCR扩增,逐级优化反应参数。结果优化得到稳定重复性好的青牛胆SRAP反应体系。结论SRAP技术在分子水平上对青牛胆进行鉴定是一种行之有效的手段,为今后进一步的青牛胆物种鉴定、遗传图谱的构建等研究奠定基础。