蓝莓SRAP—PCR反应体系的建立优化及引物筛选

为进一步利用分子标记技术进行蓝莓品种鉴定及种质资源遗传多样性的分析,拟建立蓝莓新型SRAP标记(相关序列扩增多态性)的优化PCR体系并进行引物组合的筛选。运用改良CTAB法所提取的蓝莓幼嫩叶片的DNA,采用单因子试验,分析了模板DNA浓度、引物浓度、退火温度等影响SRAP-PCR的主要参数,建立了适合蓝莓SRAP-PCR的优化体系,20μL的PCR反应体系:模板DNA浓度120 ng、引物浓度0.40μmol/L、2×TaqPCR Master Mix 10μL,剩余体积用去离子水补足;最佳PCR扩增程序的退火温度为50℃。并从80对SRAP引物组合中筛选出条带清晰且多态性丰富的15对引物组合。

西伯利亚杏SRAP-PCR反应体系的优化研究

以西伯利亚杏为试验材料,进行基因组DNA的提取、扩增及电泳试验。通过L16(45)正交试验,确定西伯利亚杏SRAP-PCR优化反应体系(反应体系总体积20μL):Mg2+2.0 mmol·L-1、dNTPs0.25 mmol·L-1、引物浓度1.2μmol·L-1、Taq聚合酶1.0 U、DNA模板20 ng。采用SRAP引物组合ME5/EM10,对优化的SRAP-PCR反应体系进行初步验证,24个西伯利亚杏无性系SRAP分子标记试验共扩增出谱带431条,引物扩增出23条谱带,其中338条为多态性谱带,多态百分率为78.42%。

油茶SRAP-PCR反应体系的建立

以油茶品种大别山2号和赣兴46为试验材料,利用Me5Em8正反向引物组合进行了SRAP-PCR反应体系的L9(34)正交试验,采用正交设计直观分析及方差分析对影响SRAP反应的Taq聚合酶、Mg2+、dNTP和引物浓度进行分析,并对模板DNA浓度进行了单因素试验分析。结果表明,油茶SRAP-PCR 20μL反应体系的最佳组合为:Taq聚合酶1.20μmol/min、Mg2+浓度1.25 mmol/L、dNTP浓度0.15 mmol/L、Primer浓度0.60μmol/L、模板DNA含量60 ng,并含有2μL 10×buffer(Mg2+free)。各因素对油茶SRAP-PCR反应的影响大小依次为:dNTP、Mg2+、Taq聚合酶、Primer。

仙茅属植物SRAP-PCR反应体系的优化

通过单因子和双因子实验对仙茅属植物SRAP-PCR反应体系中主要成分(Mg^(2+),dNTP、引物、模板和Taq DNA聚合酶)进行优化,并比较了琼脂糖凝胶电泳与非变性PAGE电泳的检测效果。建立了适合仙茅属植物SRAP分析的反应体系:25μL体系中内含1×PCR buffer、2.0 mmol/L Mg^(2+)、250μmol/L dNTP、0.2μmol/L引物、40ng模板、1 U Taq酶。非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分辨率较高且带型清晰,能更准确反映仙茅属植物间的差异。优化的反应体系可以用于仙茅属植物的SRAP分析。

油茶SRAP-PCR反应体系的建立与引物筛选

[目的]建立油茶SRAP-PCR的反应体系,并筛选合适的引物。[方法]采用CTAB法提取油茶基因组DNA,DNA扩增时采用PCR技术,扩增结果采用电泳法和成像系统进行分离和记录。[结果]在30μl反应体系中,适宜浓度分别是Mg2+1.5 mmol/L、模板DNA90ng、引物0.21μmol/L、dNTPs 110μmol/L、TaqDNA聚合酶1.5 U;反应程序中第2次最适退火温度为49℃。随后,在36对引物组合中筛选出11对重复性好、多态性高的引物。[结论]优化的SRAP-PCR反应体系及筛选的引物为SRAP分子标记在油茶遗传育种中的应用奠定了基础。

莲SRAP-PCR反应体系的优化与建立

以中国古代莲(Nelumbo nucifera)和美洲黄莲(N.lutea)为材料,利用单因素分析法对影响莲SRAP-PCR扩增效果的模板、Mg2+、dNTP、Taq DNA聚合酶、引物浓度进行了探索和研究。获得了能稳定扩增莲基因组的SRAP-PCR最佳10μL反应体系:模板DNA浓度为50 ng、1μL 10×Buffer、MgCl2浓度为2 mmol/L、dNTPs浓度为0.2 mmol/L、Taq DNA聚合酶浓度为0.75 U、正反向引物浓度均为0.8μmol/L。为检测该优化体系的稳定性,进一步选取16对引物组合对88份花莲核心种质进行PCR扩增,获得了183条清晰的谱带,其中165条具有多态性,比率为90%,说明建立的莲SRAP反应体系是稳定可靠的。莲SRAP-PCR反应体系的优化和建立,为利用SRAP标记技术深入开展莲的遗传多样性评价、遗传连锁图构建和分子辅助育种等研究提供成熟的技术体系支撑。

野生白及SRAP-PCR反应体系的优化

采用浓度梯度设计法研究适合白及的SRAP-PCR反应体系。对影响SRAP-PCR的DNA模板、引物、dNTP、Mg2+、Taq酶、退火温度等6个因素进行优化。最终确定白及的SRAP-PCR优化体系:在20μL体系中,DNA模板30 ng、Mg2+2.5 mmol/L、dNTPs 0.25μmol/L、引物20μmol/L、Taq酶2.0U,扩增体系为:94℃预变性5 min;5个循环的94℃变性1 min,36℃退火1 min,72℃延伸1 min;之后35个循环:94℃变性1 min,48℃退火1 min,72℃延伸1 min;72℃最后延伸5 min。该体系的建立为野生白及种质资源遗传多样性的进一步相关遗传分析奠定了基础。

黄瓜SRAP-PCR反应体系的建立

为了建立黄瓜适宜的SRAP(相关序列多态性)反应体系,以长形白皮少刺黄瓜B-2-2和圆形白皮黄瓜Y-3为材料,分析了不同来源的Taq酶及其浓度、Mg2+浓度、dNTP浓度、DNA模板浓度、引物浓度对扩增结果的影响,并比较了琼脂糖凝胶和变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测扩增产物多态性的差异。结果表明,在12.5μL反应体系中,Taq酶适用Takara酶,其最适用量为0.5U;DNA模板最适浓度为30 ng,Mg2+最适浓度为2.0 mmol/L,引物最适浓度为0.96μmol/L,dNTP最适浓度为200μmol/L。6%的变性聚丙烯酰胺电泳检测扩增产物效果比琼脂糖检测效果好。用不同黄瓜材料的基因组DNA两次SRAP-PCR扩增,6对引物均能扩增出清晰且重复性好的谱带。因而建立的黄瓜SRAP反应体系稳定可靠。

黄花蒿SRAP-PCR反应体系的建立与优化

目的用序列相关扩增多态性(SRAP)这一新的分子标记技术建立稳定可重复的黄花蒿Artemisia annua的SRAP最佳反应体系。方法以黄花蒿DNA为模板,分析了SRAP反应体系中的一些重要参数对PCR扩增的影响。结果建立了稳定可重复的SRAP反应体系;25μL反应体系中,模板DNA为30～105ng,MgCl2为2.0mmol/L,dNTP为0.25mmol/L,Taq酶为1.0U,引物为2.0μmol/L;扩增程序:94℃预变性3min,94℃变性1min,35℃复性1min,72℃延伸1min,5个循环;94℃变性1min,50℃复性1min,72℃延伸1min,35个循环,72℃延伸7min。结论本研究建立的黄花蒿SRAP体系重复性好,稳定性强。

正交设计优化山野豌豆SRAP-PCR反应体系与引物筛选

采用正交试验设计,以山野豌豆叶片DNA为模板,从Mg2+、dNTP、引物和Taq DNA聚合酶4种因素3个水平,对山野豌豆SRAP-PCR反应体系进行优化,并比较了不同浓度模板DNA对扩增效果的影响,建立了山野豌豆的SRAP-PCR最佳反应体系。结果表明,山野豌豆SRAP-PCR最佳反应体系为:2μL 10×PCR buffer(不含Mg2+)、30ng的模板DNA、引物2.0μmol/L、Mg2+2.0mmol/L、Taq DNA聚合酶1.5U、dNTP 0.2mmol/L,总体积为25μL。各因素对扩增反应结果均有不同影响,其中以引物浓度影响最大,dNTP浓度的影响最小。运用该体系对3份山野豌豆种源进行验证,证明该体系稳定可靠,并从98对SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的20对引物组合。这一体系的建立及多态性引物组合的筛选为SRAP分子标记技术进行山野豌豆分子遗传学研究奠定了基础。

药用菊花SRAP-PCR反应体系的优化

基于方差分析方法,利用正交试验从Taq酶、Mg2+、dNTP、引物和模板DNA等5因素4水平对药用菊花反应体系进行优化。结果表明:药用菊花SRAP-PCR的最佳反应体系为:在20μl的反应体系中,模板DNA60ng,Taq酶1.00U,Mg2+2.00mmol/L,dNTP0.20mmol/L,引物0.40μmol/L。Taq酶、Mg2+、dNTP和引物对SRAP反应结果有显著影响。所建立的药用菊花SRAP反应体系具有标记位点清晰、反应系统稳定、检测多态性能力较强、重复性好等特点,可用于药用菊花的遗传多样性研究。

光萼荷属植物SRAP-PCR反应体系建立与引物筛选

为了建立光萼荷属植物(Aechmea)SRAP-PCR反应体系,为今后光萼荷属植物种质资源研究提供技术支持,通过L16(45)正交试验设计,对光萼荷属植物SRAP反应体系中的Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶、引物和模板DNA浓度等5个因素进行优化试验,并筛选多态性SRAP引物组合。结果表明,光萼荷属植物的最佳SRAP反应体系为1.50 mmol/L Mg2+、400μmol/L dNTPs、1.5 U Taq DNA聚合酶、15μmol/L引物、30 ng模板DNA及1×PCR buffer。各因素对SRAP-PCR扩增反应结果影响的差异较大,依次为模板DNA>Taq DNA聚合酶>dNTPs>引物>Mg2+。从56对SRAP引物组合中筛选出51对扩增条带清晰、多态性丰富的SRAP引物组合,多态性引物比率达90%以上。通过不同光萼荷属植物和不同引物组合对该反应体系进行验证,均获得了多态性丰富、条带清晰的扩增图谱,表明本研究建立的光萼荷属植物SRAP-PCR反应体系稳定可靠。

华山松SRAP-PCR反应体系的优化

为建立华山松SRAP-PCR反应体系,研究先采用L16(45)正交设计对影响华山松SRAP反应的5个因子(DNA模板浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq酶)在4个水平上进行优化试验。结果表明:各因素对SRAP反应的影响依次为:Mg2+>dNTPs>Taq酶>DNA模板>引物;对SRAP反应结果影响较大的3个因子(Mg2+浓度、dNTPs浓度、Taq酶浓度)进行单因素试验;确立华山松SRAP反应最佳体系为:20μL的PCR体系中含有Mg2+2.2mmol/L、dNTPs0.25mmol/L、DNA模板60ng、Taq酶0.8mol/s、引物0.8μmol/L。将该体系用于华山松的SRAP扩增能获得稳定、清晰的多态性条带。

扬子鳄SRAP-PCR反应体系的优化及引物筛选

以扬子鳄总DNA为材料,对影响SRAP-PCR的Mg2+、dNTPs、TaqDNA聚合酶、引物浓度等因素进行了优化,分析了TaqDNA聚合酶、样本浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度以及引物浓度对SRAP-PCR扩增结果的影响.筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SRAP引物l3对,建立了稳定的、可重复的扬子鳄SRAP-PCR最佳反应体系及PCR扩增参数.研究结果表明:在30μlSRAP-PCR反应体系中,样本最适宜为1μl(30ng/μl),Mg2+的最适为2μl(2.5mmol/L),dNTPs最适为2μl(2.5mmol/L),单引物的最适均为1μl(10pmol/μl);聚合酶在30μl反应体系中宜加入1U.SRAP-PCR引物筛选及其反应体系的建立,为今后利用SRAP标记技术开展扬子鳄种群的分子生物学研究提供了一个标准化程序和强有力的工具.

甜菜SRAP-PCR反应体系的优化

为了建立适宜甜菜的SRAP反应体系,以40个不同类型的甜菜品系为试验材料,研究了PCR反应体系的主要成分对SRAP扩增结果的影响。对SRAP反应体系中的DNA模板浓度、Taq DNA聚合酶浓度、引物浓度以及dNTP浓度进行了探索,确立了适合甜菜的SRAP反应体系为:在20μL反应体系中,模板DNA为40ng,Taq DNA聚合酶1.0U,引物60ng,dNTP(2.5mmol/L)为1.6μL,扩增程序为94℃预变性3min,反应前5个循环在94℃1min,35℃1min,72℃1min的条件下运行;随后的35个循环复性温度提高到50℃,最后72℃延伸10min。并利用该反应体系对甜菜40个不同品系进行SRAP反应,用6%的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,不同品系间DNA谱带多态性丰富,证实该体系稳定可靠,可以用于甜菜的分子标记研究。

马铃薯SRAP-PCR反应体系的优化

[目的]建立马铃薯大西洋SRAP-PCR反应体系,为今后的研究奠定基础。[方法]以马铃薯大西洋基因组DNA为模板,从Mg2+浓度、Taq酶浓度、dNTPs浓度、引物浓度和模板DNA浓度5个方面对大西洋SRAP-PCR反应体系进行优化。[结果]适合大西洋的SRAP-PCR反应体系为:模板DNA1.0μl(50 ng/μl),Taq酶1.7μl(1 U/μl),引物对1.5μl(1μmol/L)×2,MgCl22.4μl(25 mmol/L),dNTPs 0.6μl(10 mmol/L),10×Buffer3.0μl,ddHO18.3μl,总体积30μl。[结论]建立的SRAP-PCR反应体系是稳定可靠的。

小干松SRAP-PCR反应体系的建立

以小干松针叶基因组DNA为模板,采用L16(45)正交实验设计,对SRAP-PCR反应体系中的Taq酶、Mg2+、dNTPs、模板DNA和引物5个因素在4个水平上进行优化。结果表明:小干松SRAP-PCR 20μL反应体系最佳组合为:Taq酶0.5U,Mg2+浓度2.5mmol/L,dNTPs浓度0.15mmol/L,模板DNA含量60ng,引物0.2μmol/L。使用12对SRAP引物,采用优化后的体系进行SRAP-PCR反应,表明优化的体系很好地满足了小干松基因组DNA进行SRAP的扩增要求。

太行菊SRAP-PCR反应体系的建立与优化

相关序列扩增多态性(SRAP)是一种新发展起来的分子标记技术,在太行菊中还未见相关的报道。为建立优化适合太行菊SRAP分析的扩增体系,以太行菊DNA为模板,对影响SRAP-PCR反应体系的5个重要参数设置梯度进行单因素实验分析,以确定最佳的反应条件。经过大量的重复性实验确定了适合太行菊SRPA-PCR反应体系:20μL的反应体系中,模板DNA量50ng,1.25mmol/L的Mg2+浓度,0.5μmol/L的上下游引物,0.2mmol/L的dNTPs以及Taq酶1U。该体系在太行菊个体中均能扩增出清晰稳定的条带,为后续的太行菊遗传多样性分析奠定了基础。

红松SRAP-PCR反应体系的优化

通过单因素试验,对红松SRAP-PCR反应体系的主要影响因子(Taq DNA聚合酶、Mg2+、模板DNA、dNTPs、引物浓度)进行了优化筛选,得出红松SRAP-PCR反应的最佳体系:20μL反应体系中,模板90 ng,Mg2+1.0 mmol/L,dNTPs 0.15 mmol/L,Taq DNA聚合酶1.5 U,引物0.3～0.4μmol/L。

木本油料植物无患子SSR特征分析及SSR-PCR反应体系构建

无患子(Sapindus saponaria L.)是集生物柴油、药用、生态等多种用途于一体的经济型木本油料。本研究利用MISA软件挖掘了无患子叶片转录组中的SSR,对搜索到的SSR进行了特征分析,构建并优化了无患子SSR-PCR反应体系。结果表明,无患子叶片转录组共有Unigene条数目为52460条,其中含有SSR的Unigene有7014条,共检索到8654个SSR。经统计,SSR丰富度从二至六核苷酸依次减少,依次有4327、2669、634、208、161个。SSR长度范围在12~250 bp之间,长度小于等于15 bp的有3619个,均为二和三核苷酸;长度大于15 bp的有5035个,以二、三核苷酸居多。所有SSR共有435种不同重复单元。SSR不同类型重复基元频次分布在4~30次之间,主要分布在4~10频次,共有7090个SSR位点,占总频次的89.65%。SSR位点靶基因GO功能注释显示,无患子叶片转录组Unigene可分为3大类别51个小组;KEGG功能注释显示5大类别中,代谢通路占比最高为65.18%。通过对无患子SSR-PCR反应体系构建与优化,无患子SSR-PCR反应体系最佳组合为:循环次数37次、退火温度60℃、引物量2.0μL、DNA模板浓度为40 ng/μL。