基于TCGA数据库分析、筛选并验证前列腺癌诊断或预后标志物

目的:综合分析表达谱数据与DNA甲基化数据,探索新的前列腺癌诊断或预后的标志物。方法:在TCGA公共数据库下载前列腺癌的甲基化水平数据以及mRNA表达数据;利用R软件中的DESeq2包对表达谱数据进行差异表达分析,利用R软件中的limma包对DNA甲基化芯片进行差异甲基化位点分析;采用美国国立卫生研究院的DAVID v6.7在线软件平台进行功能和通路的富集分析;对筛选出的基因进行Kaplan-Meier生存分析以及分子生物学实验验证。结果:差异表达分析得到1130个差异表达基因,其中759个表达下调,371个表达上调;差异甲基化位点分析获得375个差异甲基化位点,其中8个低甲基化位点,367个高甲基化位点;综合分析发现CBX5、NBPF13P、RARB、RCN1、SRSF5基因的异常甲基化与肿瘤复发风险密切相关;定量PCR显示前列腺癌患者SRSF5 mRNA水平升高(P<0.05),甲基化特异性PCR显示前列腺癌患者SRSF5甲基化水平降低(均P<0.05)。结论:SRSF5在前列腺癌患者中甲基化水平降低且mRNA表达水平升高,且其低甲基化水平与复发风险密切相关。