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应用SS-PCR技术建立番石榴实蝇快速鉴定方法
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作者 黄振 侯有明 郭琼霞 《江西农业学报》 CAS 2020年第2期66-70,共5页
应用种特异引物PCR(Species-specific PCR, SS-PCR)技术,基于mt DNA COⅠ线粒体基因系列,设计了1对能够准确鉴定番石榴实蝇Bactrocera(Bactrocera)correcta(Bezzi)的种特异性引物FR447和FF463-486,选用番石榴实蝇作为阳性对照,以杨桃实... 应用种特异引物PCR(Species-specific PCR, SS-PCR)技术,基于mt DNA COⅠ线粒体基因系列,设计了1对能够准确鉴定番石榴实蝇Bactrocera(Bactrocera)correcta(Bezzi)的种特异性引物FR447和FF463-486,选用番石榴实蝇作为阳性对照,以杨桃实蝇B.carambolae Drew&Hancock等其他19种实蝇作为阴性对照,进行PCR扩增并将PCR产物进行电泳检测。结果表明:仅番石榴实蝇能够在约645 bp位置扩增出1条清晰且单一的目的条带。将本实验建立的SS-PCR鉴定方法应用在实际检疫工作中,得到了验证。 展开更多
关键词 番石榴实蝇 种特异性引物 ss-pcr mt DNA COⅠ 快速鉴定
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应用SS-PCR技术设计种特异性引物快速鉴定瓜实蝇 被引量:5
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作者 黄振 郭琼霞 陈韶萍 《安徽农业科学》 CAS 2020年第6期83-86,96,共5页
[目的]为了促进果蔬进出口贸易和快速通关,防止瓜实蝇[Bactrocera cucurbitae(Coquillett)]进一步传入扩散,迫切需要开展适合实蝇快速鉴定技术的研究。[方法]应用SS-PCR技术,基于mtDNA COⅠ序列,设计了1对能够准确鉴定瓜实蝇的种特异性... [目的]为了促进果蔬进出口贸易和快速通关,防止瓜实蝇[Bactrocera cucurbitae(Coquillett)]进一步传入扩散,迫切需要开展适合实蝇快速鉴定技术的研究。[方法]应用SS-PCR技术,基于mtDNA COⅠ序列,设计了1对能够准确鉴定瓜实蝇的种特异性引物GF85和GR531。选用瓜实蝇作为阳性对照,南瓜实蝇[B.tau(Walker)]、具条实蝇[B.scutellata(Hendel)]等其他19种待测实蝇作为阴性对照,提取供试虫样基因组DNA,并进行PCR扩增和电泳检测。[结果]仅虫样瓜实蝇能在约447 bp位置扩增出一条清晰且单一的条带,其余的虫样未出现条带。[结论]将该试验建立的SS-PCR鉴定方法应用于实际进出境果蔬截获和疫情监测的虫样的鉴定,并得到验证,表明该方法具特异性、稳定性强,可在实际的实蝇鉴定工作中应用。 展开更多
关键词 瓜实蝇 MTDNA COⅠ 种特异性引物 ss-pcr 快速鉴定
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利用物种特异性PCR技术快速鉴定南瓜实蝇 被引量:2
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作者 黄振 侯有明 +1 位作者 郭琼霞 陈韶萍 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期215-220,共6页
【目的】快速鉴定我国进境植物检疫性害虫南瓜实蝇Bactrocera tau(Walker),防止该虫传入扩散。【方法】基于物种特异性PCR(SS-PCR)技术,选取20种形态近似的常见实蝇,将南瓜实蝇作为阳性对照,提取基因组DNA模板,选用mt DNA COⅠ序列,检... 【目的】快速鉴定我国进境植物检疫性害虫南瓜实蝇Bactrocera tau(Walker),防止该虫传入扩散。【方法】基于物种特异性PCR(SS-PCR)技术,选取20种形态近似的常见实蝇,将南瓜实蝇作为阳性对照,提取基因组DNA模板,选用mt DNA COⅠ序列,检查同源系列,设计筛选1对可快速准确鉴定南瓜实蝇的种特异性引物NF404和NR610,并进行PCR检测和验证,建立一种利用种特异性引物的快速鉴定方法。【结果】南瓜实蝇在207 bp的位置扩增出一条清晰且单一的目标条带,其余果实蝇未见条带。将截获的南瓜实蝇与其同亚属的近缘种具条实蝇、瓜实蝇的不同虫态和成虫部分虫体组织的虫样,采用本实验室建立的SS-PCR鉴定方法进行验证,结果一致。【结论】建立的南瓜实蝇的SS-PCR鉴定方法种特异性和稳定性强,能快速鉴定目标种类,解决口岸进境果蔬中截获实蝇幼虫、蛹等不同虫态和残体难于快速鉴定问题。 展开更多
关键词 南瓜实蝇 mt DNA COI 种特异性引物 物种特异性PCR(ss-pcr) 快速鉴定
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基于种特异引物(SS-COI)快速鉴定锈红果实蝇
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作者 黄振 郭琼霞 侯有明 《安徽农业科学》 CAS 2021年第21期164-166,206,共4页
[目的]开展不受虫态限制的实蝇快速鉴定技术研究。[方法]基于mtDNA COⅠ基因序列,筛选设计了一对能够准确鉴定锈红果实蝇的种特异性引物XF29和XR293,选用锈红果实蝇作为阳性对照,颜带实蝇B.cilifer(Hendel)、瘤胫实蝇B.tuberculata(Bez... [目的]开展不受虫态限制的实蝇快速鉴定技术研究。[方法]基于mtDNA COⅠ基因序列,筛选设计了一对能够准确鉴定锈红果实蝇的种特异性引物XF29和XR293,选用锈红果实蝇作为阳性对照,颜带实蝇B.cilifer(Hendel)、瘤胫实蝇B.tuberculata(Bezzi)等19种实蝇作为阴性对照,进行PCR扩增和电泳检测。[结果]仅阳性种锈红果实蝇在约265 bp的位置扩增出一条清晰且单一的条带,其余实蝇均未出现任何条带。[结论]采用SS-PCR技术,基于mtDNA COⅠ基因序列筛选设计的特异引物种特异性和稳定性强,可为进出境果蔬检疫、疫情早期预警和有效监测防治提供快速鉴定的依据。 展开更多
关键词 锈红果实蝇 ss-pcr技术 COⅠ基因 种特异性引物 分子鉴定
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枣实蝇特异引物PCR鉴定技术 被引量:11
5
作者 程晓甜 阿地力.沙塔尔 +3 位作者 张伟 温俊宝 李新泉 陈梦 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第11期98-102,共5页
在设计的枣实蝇15对引物中,利用种特异引物PCR(SS—PCR)和琼脂糖凝胶电泳技术筛选出1对枣实蝇的特异性引物,引物的特异性用桔小实蝇、瓜实蝇、南瓜实蝇、番石榴实蝇和桃果实蝇等5种实蝇来验证。SS—PCR方法的检测灵敏度用40,20,10... 在设计的枣实蝇15对引物中,利用种特异引物PCR(SS—PCR)和琼脂糖凝胶电泳技术筛选出1对枣实蝇的特异性引物,引物的特异性用桔小实蝇、瓜实蝇、南瓜实蝇、番石榴实蝇和桃果实蝇等5种实蝇来验证。SS—PCR方法的检测灵敏度用40,20,10,1,0.1,0.01,0.001ng·μL^-1等7个不同浓度系列的枣实蝇DNA模板来检测。结果表明,SS.PCR方法的检测限度达0.01ng·μL^-1以下,最适模板DNA浓度为1~20ng·μL^-1。所设计的引物对枣实蝇不同虫态均能进行特异性扩增,结果准确可靠。该技术体系可用于枣实蝇的鉴定识别与检测监测,对阻止其进一步扩散蔓延具有重要意义。 展开更多
关键词 种特异引物PCR 枣实蝇 琼脂糖凝胶电泳 鉴定
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落叶松八齿小蠹伴生致病菌的特异性快速检测
6
作者 刘学伟 王正 +4 位作者 吕全 张雪萍 王秀芹 孔祥波 张星耀 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期128-134,共7页
落叶松八齿小蠹Ips subelongatus严重危害落叶松Larix spp.林,造成了巨大的经济和生态损失,被列为中国林业危险性有害生物。长喙壳类真菌(ophiostomatoid fungi)是小蠹虫伴生菌中的最主要类群,在小蠹虫危害寄主甚至导致寄主死亡的过程... 落叶松八齿小蠹Ips subelongatus严重危害落叶松Larix spp.林,造成了巨大的经济和生态损失,被列为中国林业危险性有害生物。长喙壳类真菌(ophiostomatoid fungi)是小蠹虫伴生菌中的最主要类群,在小蠹虫危害寄主甚至导致寄主死亡的过程中起到了重要作用。一些长喙壳类真菌是重要的植物病原物,具有强致病力。实现病原菌的特异性和快速检测是明确病害分布和评估其危害的前提条件。为克服传统组织分离受多种因素制约的缺陷,对2种病原菌进行快速特异性聚合酶链式反应(PCR)检测,以内源转录间隔区(ITS)为目标序列,对比Endoconidiophora属和Ophiostoma属的14个近缘种,分别筛选出可以从目标真菌类群以及寄主组织中扩增出特异性片段的种特异性(SS-)PCR引物对OK1/OK2和CFU1/CFU2。引物对OK1/OK2可以从O.olgensis中特异性扩增出1条248 bp的清晰明亮条带,引物对CFU1/CFU2可以从E.fujiensis中特异性扩增出1条251 bp的清晰明亮条带。使用特异性引物能够直接从感病韧皮部组织中检测出O.olgensis和E.fujiensis。 展开更多
关键词 森林保护学 落叶松八齿小蠹 OPHIOSTOMA olgensis Endoconidiophora fujiensis ss-pcr快速检测
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雅点六齿小蠹的SS-COI技术鉴定 被引量:4
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作者 张总泽 陈艳 +1 位作者 林阳武 李敏 《安徽农业科学》 CAS 2014年第9期2588-2589,2599,共3页
[目的]采用SS-COI技术鉴定雅点六齿小蠹。[方法]采用基于线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚基I(mtDNA COI)基因序列的种特异性(species-specific COI,SS-COI)PCR方法,设计雅点六齿小蠹SS-COI引物ipsc1和ipsc2。[结果]该引物特异性强,能扩增出... [目的]采用SS-COI技术鉴定雅点六齿小蠹。[方法]采用基于线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚基I(mtDNA COI)基因序列的种特异性(species-specific COI,SS-COI)PCR方法,设计雅点六齿小蠹SS-COI引物ipsc1和ipsc2。[结果]该引物特异性强,能扩增出清晰、单一的长度为594bp的特异性条带,与白云杉齿小蠹(Ips perturbatus)、黑条木小蠹(Trypodendron lineatum)、橡胶材小蠹(Xyleborus affini)、欧洲根小蠹(Hylastes ater)、咖啡果小蠹(Hypothenemus hampei)、长林小蠹(Hylurgus ligniperda)进行对照,均无条带出现。[结论]建立的雅点六齿小蠹PCR鉴定方法在实际检疫工作中得到验证和应用,表明该方法特异、灵敏、稳定,可以应用于口岸检疫鉴定工作。 展开更多
关键词 雅点六齿小蠹 SS-COI PCR 检测
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猪链球菌微滴数字PCR定量检测方法的建立 被引量:7
8
作者 石磊 温雯 +3 位作者 陈洵 叶蕾 常彦磊 李丽丽 《现代食品科技》 EI CAS 北大核心 2019年第1期233-238,共6页
根据猪链球菌(Streptococcus suis,SS)gdh基因的保守序列设计特异性引物和Taq Man探针,通过反应条件优化和特异性、敏感性、重复性试验以及临床样品的检测,建立可对其准确定量的微滴数字PCR(droplet digital PCR,dd PCR)检测方法,并与... 根据猪链球菌(Streptococcus suis,SS)gdh基因的保守序列设计特异性引物和Taq Man探针,通过反应条件优化和特异性、敏感性、重复性试验以及临床样品的检测,建立可对其准确定量的微滴数字PCR(droplet digital PCR,dd PCR)检测方法,并与实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR,qPCR)检测方法进行比较分析。结果表明,该方法特异性良好,与猪传染性胸膜肺炎放线杆菌、副猪嗜血杆菌、大肠杆菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、猪圆环病毒2型和伪狂犬病毒无交叉反应;灵敏度优于qPCR,线性相关系数(R2)为0.991,呈良好线性关系,最低可检测到2.692 copies/μL的阳性质粒;稳定性好,变异系数为1.66%。临床样品定量检测结果表明,dd PCR具有敏感性高、特异性好等优点,能对qPCR检测的可疑样品进行精确定量。本研究建立的dd PCR能够准确定量检测SS,将为SS相关研究提供有益参考。 展开更多
关键词 猪链球菌 微滴数字PCR 检测方法
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发酵肉制品菌群的非培养鉴定技术研究进展 被引量:4
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作者 王稳航 徐倩倩 +1 位作者 滕安国 刘安军 《肉类研究》 2014年第9期17-21,共5页
随着分子生物学技术的快速发展,以聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)为基础的非培养鉴定技术在发酵肉制品菌群鉴定中得到越来越广泛的应用。其方法主要有种特异性PCR、聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳等。与传统的分离培养鉴... 随着分子生物学技术的快速发展,以聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)为基础的非培养鉴定技术在发酵肉制品菌群鉴定中得到越来越广泛的应用。其方法主要有种特异性PCR、聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳等。与传统的分离培养鉴定方法相比,非培养方法具有直接、快速、准确、实时等优点,但同时也存在一些缺点,如样品复杂程度、DNA(RNA)提取条件、PCR反应过程的差异等均可影响鉴定结果。非培养鉴定技术与传统微生物鉴定技术相结合,能够对发酵肉制品菌群多态性和动态变化做出准确的鉴定。 展开更多
关键词 发酵肉制品 菌群 非培养方法 种特异性聚合酶链反应 聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳
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基于mt DNA COⅠ设计种特异性引物快速鉴定具条实蝇 被引量:2
10
作者 黄振 郭琼霞 陈韶萍 《福建林业科技》 2020年第2期20-25,共6页
具条实蝇(Bactrocera scutellata Hendel)为我国进境植物检疫性有害生物,为探索其快速鉴定技术,基于mt DNA COⅠ设计一对能够准确鉴定具条实蝇的种特异性引物JF190和JR386,以具条实蝇作为阳性对照,颜带实蝇(B.cilifer Hendel)、黑颜实蝇... 具条实蝇(Bactrocera scutellata Hendel)为我国进境植物检疫性有害生物,为探索其快速鉴定技术,基于mt DNA COⅠ设计一对能够准确鉴定具条实蝇的种特异性引物JF190和JR386,以具条实蝇作为阳性对照,颜带实蝇(B.cilifer Hendel)、黑颜实蝇(B.diaphora Coquillett)和黑膝实蝇(B.scutellaris Bezzi)等20种实蝇作为阴性对照,进行PCR扩增后将其产物进行电泳检测。结果表明,仅目标种具条实蝇能够在约197 bp扩增出一条单一且清晰的的条带。说明本研究建立的方法特异性强,鉴定快速,且在实际检疫鉴定工作中已得到验证,适用于实蝇的快速鉴定和疫情监测。 展开更多
关键词 具条实蝇 快速鉴定 mt DNA COⅠ ss-pcr 种特异性引物
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应用富含GC区SNP分型的序列特异性PCR新方法检测子宫内膜癌特定位点C729T多态性 被引量:1
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作者 王彩凤 陈葳 李旭 《西安交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期986-992,共7页
目的建立适合富含GC区SNP分型的序列特异性PCR方法,分析子宫内膜癌特定ERα Exon3位点C729T多态性基因分型。方法选择22例子宫内膜癌患者与42例良性病患者为研究对象。建立富含GC区序列特异性PCR(SS-PCR)。将两对引物分别进行PCR扩增,... 目的建立适合富含GC区SNP分型的序列特异性PCR方法,分析子宫内膜癌特定ERα Exon3位点C729T多态性基因分型。方法选择22例子宫内膜癌患者与42例良性病患者为研究对象。建立富含GC区序列特异性PCR(SS-PCR)。将两对引物分别进行PCR扩增,所设计的两条特异性引物即内引物分别与DNA 双链的两条单链相同,其3′端正好与SNP位点重合,由引物的3′端控制着引物的延伸反应,根据延伸产物的条带确定SNP类型;并通过在引物的3′端区域倒数第3位引入一个人为不匹配碱基来提高延伸反应的特异性。应用该方法鉴别Exon3 SNP位点C729T基因型,并通过直接测序法验证。结果建立的序列特异性PCR方法适合富含GC区SNP分型,能够准确分析子宫内膜癌的特定ERα Exon3位点C729T多态性基因分型。结论富含GC区SNP分型的序列特异性PCR方法,可以用于子宫内膜癌的特定ERα Exon3位点C729T多态性基因分型。 展开更多
关键词 序列特异性PCR 子宫内膜癌 雌激素受体Α 单核苷酸多态性 直接测序
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实时荧光定量PCR检测三七SS基因表达的初步实践 被引量:5
12
作者 朱华 吴耀生 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期703-707,共5页
运用含有SYBR Green I的Real Time RT-PCR法分析SS基因在一年生三七根、茎、芦头3个部位中转录水平的相对表达差异。统计分析表明SS基因在根中的表达量最高。本研究取得了特异性高、重复性好的结果,标准曲线斜率均在-3.33~-4范围内,扩... 运用含有SYBR Green I的Real Time RT-PCR法分析SS基因在一年生三七根、茎、芦头3个部位中转录水平的相对表达差异。统计分析表明SS基因在根中的表达量最高。本研究取得了特异性高、重复性好的结果,标准曲线斜率均在-3.33~-4范围内,扩增效率均在95%~100%之间,熔解曲线分析显示产物特异性的单一峰,为Real Time RT-PCR技术用于三七植物基因的差异表达分析建立了相应的技术平台。 展开更多
关键词 REAL TIME RT-PCR 三七 SS基因 表达差异
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东北马鹿Myostatin基因单核苷酸多态性研究 被引量:1
13
作者 巴恒星 邢秀梅 +3 位作者 刘晓颖 张秀华 苗利光 杨福合 《特产研究》 2009年第1期11-13,18,共4页
Myostatin基因即肌肉生长抑制素,是一种肌肉生长的负调控因子。以物种最近的牛(Bos taurus cattle登陆号:AB076403)的Myostatin基因序列为模版,根据该基因保守序列,进行引物设计。应用pcr-sscp和测序的方法对东北马鹿Myostatin基因的第... Myostatin基因即肌肉生长抑制素,是一种肌肉生长的负调控因子。以物种最近的牛(Bos taurus cattle登陆号:AB076403)的Myostatin基因序列为模版,根据该基因保守序列,进行引物设计。应用pcr-sscp和测序的方法对东北马鹿Myostatin基因的第3外显子进行了多态性分析。结果表明,位于Myostatin基因DNA序列第3外显子948处发生G→A突变。该突变并没有引起氨基酸的变异,GTA、GTG密码子都编码缬氨酸(val)。 展开更多
关键词 东北马鹿 MYOSTATIN基因 PCR-SSCP
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东方泽泻实时荧光定量PCR内参基因的筛选及AoSS基因的组织表达特性分析 被引量:4
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作者 刘青芝 谷巍 +5 位作者 孙云飞 吴启南 巢建国 桑晓华 王小浩 刘琪 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期1467-1475,共9页
【目的】筛选适用于东方泽泻实时荧光定量PCR(qRT-PCR)的内参基因,并分析其鲨烯合酶基因(AoSS)的表达特性,为后续研究东方泽泻原萜烷型三萜生物合成调控及诱导机制打下基础。【方法】从东方泽泻转录组中选取内参基因18S rRNA、EF1α、GA... 【目的】筛选适用于东方泽泻实时荧光定量PCR(qRT-PCR)的内参基因,并分析其鲨烯合酶基因(AoSS)的表达特性,为后续研究东方泽泻原萜烷型三萜生物合成调控及诱导机制打下基础。【方法】从东方泽泻转录组中选取内参基因18S rRNA、EF1α、GAPDH、ACT、UBQ和UBC,应用qRT-PCR检测其在不同组织和激素处理下的表达情况,并借助Delta CT、GeNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder对其表达稳定性进行分析评价。以筛选到的内参基因分析AoSS基因在不同组织中的表达情况。【结果】18S r RNA、GAPDH和EF1α基因在东方泽泻不同组织的表达稳定性较高,但18S rRNA、UBC和EF1α基因在不同激素处理下的表达稳定性均较高。以18S rRNA、GAPDH和EF1α基因为内参分析AoSS基因在东方泽泻不同组织中的表达量情况,结果显示,AoSS基因在东方泽泻不同组织中均有表达,其表达情况基本一致,均在东方泽泻块茎中表达量最高,其次是叶柄和叶,而在根中表达量最低。【结论】18S rRNA、GAPDH和EF1α基因是研究东方泽泻不同组织中基因表达分析的首选内参基因;18S rRNA、EF1α和UBC基因是研究激素处理下基因表达的首选内参基因。AoSS基因的表达具有组织特异性,其可能在东方泽泻的生长发育中发挥重要的调控功能。 展开更多
关键词 东方泽泻 内参基因 鲨烯合酶(SS) 实时荧光定量PCR(qRT-PCR) 表达特性
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KLF6基因在原发性肝癌中遗传不稳定性的研究
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作者 王文香 田菊霞 +2 位作者 关媛媛 于宁 徐锦屏 《浙江医学》 CAS 2013年第12期1132-1135,共4页
目的研究KLF6基因M1、M2、M4、D10S1716位点的微卫星不稳定性(MSI)和杂合性缺失(LOH)与原发性肝癌进展的关系,为揭示抑癌基因作用机制和肿瘤发生、发展机制提供实验依据。方法从肝癌组织标本中抽提DNA,应用PCR一单链构象多态性(... 目的研究KLF6基因M1、M2、M4、D10S1716位点的微卫星不稳定性(MSI)和杂合性缺失(LOH)与原发性肝癌进展的关系,为揭示抑癌基因作用机制和肿瘤发生、发展机制提供实验依据。方法从肝癌组织标本中抽提DNA,应用PCR一单链构象多态性(PCR—SSCP)法进行KLF6基因遗传不稳定性的研究。结果肝癌KLF6基因微卫星位点LOH的检出率为35.71%(1O/28),与肝癌分化程度、有无包膜无相关性(均P〉0.05),但与临床TNM分期密切相关(P〈0.01),LOH在肝癌Ⅲ~IV期检出率为(75.00%,6/8)明显高于I~II期(20.00%,4120)。MSI检出率为17.86%(5/28),MSI与肝癌分化程度、淋巴转移、临床TNM分期和有无包膜均无相关性(均P〉O.05)。结论KLF6基因的遗传不稳定性可能是原发性肝癌发生、发展的一个重要机制,KLF6基因LOH的发生率与临床TNM分期正相关。LOH在KLF6杂合性缺失的过程中起了重要作用,可作为肝癌恶化及进展的一个指标,MSI则可能影响肿瘤的预后。 展开更多
关键词 肝细胞癌 KLF6基因 PCR-单链构象多态性(PCR—SSCP)法
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A Rapid Identification Method of Bactrocera cilifera (Hendel) with Species-Specific Primers(SS-COI)
16
作者 Zhen Huang Qiongxia Guo 《Plant Diseases and Pests》 CAS 2021年第2期33-37,共5页
[Objective]The paper was to establish a rapid identification method of Bactrocera cilifera(Hendel)with species-specific primers(SS-COI).[Method]Using B.cilifera(Hendel)as the positive control,and 19 species of fruit f... [Objective]The paper was to establish a rapid identification method of Bactrocera cilifera(Hendel)with species-specific primers(SS-COI).[Method]Using B.cilifera(Hendel)as the positive control,and 19 species of fruit flies such as B.diaphora(Coquillett)and B.dorsalis(Hendel)as the negative controls,a pair of species-specific primers,YF290 and YR511,were designed and screened for accurate identification of B.cilifera,based on mitochondrial DNA COI sequence.[Result]The PCR products were amplified and detected by electrophoresis.Only a clear and single band was observed at about 222 bp in the positive control,while no bands were found in the other negative controls.[Conclusion]The established rapid identification method with species-specific primers(SS-COI)is of great practical significance for rapid identification of fruit flies intercepted from import and export fruits and vegetables at ports,and for rapid clearance and early warning of import fruits and vegetables at ports. 展开更多
关键词 Bactrocera cilifera(Hendel) Species-specific primers Species-specific PCR(ss-pcr) mt DNA COI Rapid identification
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应用种特异性PCR技术快速鉴定辣椒实蝇 被引量:12
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作者 黄振 陈韶萍 +1 位作者 谢婧 郭琼霞 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期460-466,共7页
【目的】辣椒实蝇Bactrocera latifrons(Hendel)为我国重要的检疫性有害生物,其寄主范围广泛,危害严重。由于传统鉴定方法受到饲养周期、饲养条件、虫态等因素的限制,使得果蔬进出口贸易通关速度、疫情快速鉴定受到较大的影响,因此迫切... 【目的】辣椒实蝇Bactrocera latifrons(Hendel)为我国重要的检疫性有害生物,其寄主范围广泛,危害严重。由于传统鉴定方法受到饲养周期、饲养条件、虫态等因素的限制,使得果蔬进出口贸易通关速度、疫情快速鉴定受到较大的影响,因此迫切需要开发关于实蝇的快速鉴定识别的技术。【方法】本研究基于mt DNA COI序列设计了一对能够准确鉴定辣椒实蝇的种特异性引物FL680和RL1057,选用辣椒实蝇作为阳性对照,选用番石榴实蝇B.correcta(Bezzi)、桔小实蝇B.dorsalis(Hendel)和颜带实蝇B.cilifer(Hendel)等20种实蝇作为阴性对照,进行PCR扩增并将PCR产物进行电泳检测。【结果】仅目标种辣椒实蝇能够扩增出清晰且单一的约378 bp的条带,其余实蝇种类均未出现条带。将本实验建立的种特异性PCR(SS-PCR)鉴定方法应用于实际检疫工作中并得到了验证,表明该方法具有强的种特异性。【结论】本文提出辣椒实蝇快速鉴定识别技术可应用于实蝇的疫情监测和口岸的检疫检测工作。 展开更多
关键词 辣椒实蝇 种特异性引物 种特异性PCR MTDNA COI 快速鉴定
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基于种特异性COI标记的西花蓟马温室品系和羽扇豆品系一步双重快速鉴定技术 被引量:2
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作者 张蓉 王玉生 +2 位作者 杨丽梅 万方浩 张桂芬 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第16期2809-2823,共15页
【背景】西花蓟马(Frankliniella occidentalis)是世界性农业和园艺作物害虫,也是我国重要的对外对内检疫对象。西花蓟马具有两个品系,即温室品系(greenhouse race,GR)和羽扇豆品系(lupin race,LR),二者在寄主范围、抗药性、生存环境等... 【背景】西花蓟马(Frankliniella occidentalis)是世界性农业和园艺作物害虫,也是我国重要的对外对内检疫对象。西花蓟马具有两个品系,即温室品系(greenhouse race,GR)和羽扇豆品系(lupin race,LR),二者在寄主范围、抗药性、生存环境等方面均具有明显差异,但外部形态相似,无法准确鉴别。【目的】以西花蓟马温室品系和羽扇豆品系为靶标,以田间常见的其他14种蓟马为参照,采用基于线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚基I(mitochondrial DNA cytochrome c oxidase subunit I,mtDNA COI)基因的种特异性(species-specific COI,SS-COI)PCR法,研究一步双重品系快速检测技术。【方法】采用mtDNA COI基因通用引物获得西花蓟马温室品系和羽扇豆品系以及其他常见蓟马的COI序列,根据测序结果以及数据库已公开数据,设计筛选获得可同时扩增两个品系的特异性组合引物(TF6/GR32/LR12),其中TF6为品系通用上游引物,GR32为温室品系特异性下游引物,LR12为羽扇豆品系特异性下游引物,其扩增片段大小分别为温室品系362 bp、羽扇豆品系541 bp;对组合引物比例和退火温度进行优化;同时,对组合引物的种/品系特异性和灵敏性/检测阈值进行检验。【结果】当组合引物TF6/GR32/LR12比例为1.0/0.2/0.8、退火温度为44℃时,扩增效果最好。种/品系特异性检测结果证实,该检测技术仅对西花蓟马温室品系和羽扇豆品系具有扩增能力,对田间常见的其他14种蓟马包括花蓟马(Frankliniella intonsa)、禾花蓟马(Frankliniella tenuicornis)、黄胸蓟马(Thrips hawaiiensis)、大蓟马(Thrips major)、棕榈蓟马(Thrips palmi)、烟蓟马(Thrips tabaci)、普通大蓟马(Megalurothrips usitatus)、豆喙蓟马(Mycterothrips glycines)、草木樨近绢蓟马(Sussericothrips melilotus)、蔗腹齿蓟马(Fulmekiola serrata)、稻简管蓟马(Haplothrips aculeatus)、榕端宽管蓟马(Mesothrips jordani)、榕母管蓟马(Gynaikothrips ficorum)和横纹蓟马(Aeolothrips fasciatus)等不具有扩增能力。灵敏性检测结果显示,该组合引物不仅对单一品系或混合品系的成虫具有良好的扩增效果,对单粒卵、1龄和2龄幼虫以及预蛹和蛹均具有同样的扩增效能;对温室品系的最低检测阈值为35.90 pg·μL^-1,相当于1/10 240头雌成虫,对羽扇豆品系的最低检测阈值为146.95 pg·μL^-1,相当于1/2 560头雌成虫;同时,对来自不同地域的同一品系不同单倍型的成虫亦具有良好的扩增效能。【结论】建立的技术体系完全可以用于西花蓟马品系的快速鉴定及检疫监管,对有效阻截其进一步传播扩散及靶向防控措施制定意义重大。 展开更多
关键词 西花蓟马温室品系 西花蓟马羽扇豆品系 一步双重PCR SS-COI标记 品系特异性组合引物 快速鉴定
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基于物种特异性PCR技术检测鼻疽诺卡菌和巴西诺卡菌的初步研究
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作者 李芳 隗明 +7 位作者 徐帅 岳苑 邱小彤 韩李超 陈胜林 刘雪萍 任明辉 李振军 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第12期1045-1050,共6页
目的建立一种可以鉴别鼻疽诺卡菌和巴西诺卡菌的双重物种特异性PCR(species-specific Polymerase Chain Reaction,SS-PCR)诊断方法。方法基于鼻疽诺卡菌和巴西诺卡菌物种特异基因NFA_41530和O3I_RS18895分别设计特异性引物,通过优化反... 目的建立一种可以鉴别鼻疽诺卡菌和巴西诺卡菌的双重物种特异性PCR(species-specific Polymerase Chain Reaction,SS-PCR)诊断方法。方法基于鼻疽诺卡菌和巴西诺卡菌物种特异基因NFA_41530和O3I_RS18895分别设计特异性引物,通过优化反应条件和体系,建立快速准确的双重SS-PCR。对95株鼻疽诺卡菌、13株巴西诺卡菌和42株非目标菌株进行扩增,分析该方法的特异性和灵敏度,并通过模拟痰样本验证方法的准确性,预估其在临床诊断的价值。结果鼻疽诺卡菌和巴西诺卡菌质检分别扩增出一条清晰且单一的目标条带,其余42株非目标菌株均未扩增,表明该方法具有很好的特异性。该方法对鼻疽诺卡菌、巴西诺卡菌的检测下限分别为1.3×10^(4)copies/μL、2.4×10^(4)copies/μL,灵敏度较高。使用20个健康人的痰液模拟痰样本,检测符合率为100%。结论基于NFA_41530和O3I_RS18895基因建立的双重SS-PCR方法特异性强、灵敏度较高,是一种可以同时鉴定鼻疽诺卡菌和巴西诺卡菌的简便、快速、可靠、经济的方法。 展开更多
关键词 鼻疽诺卡菌 巴西诺卡菌 物种特异性PCR 细菌鉴定
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干燥综合征患者杀伤细胞免疫球蛋白样受体基因多态性分析 被引量:2
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作者 施妍 李丽 +3 位作者 樊卫民 孙浩 何成涛 崔燕 《分子诊断与治疗杂志》 2009年第4期230-233,共4页
目的探讨干燥综合征(SS)患者杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)基因多态性。方法采用序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-SSP)法,分析73例SS患者和195例无血缘关系的健康对照组KIR基因。结果SS组以KIR3DL1+,3DS1-,2DS5-,2DL3+,2DS3-,2DL5-,2DL... 目的探讨干燥综合征(SS)患者杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)基因多态性。方法采用序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-SSP)法,分析73例SS患者和195例无血缘关系的健康对照组KIR基因。结果SS组以KIR3DL1+,3DS1-,2DS5-,2DL3+,2DS3-,2DL5-,2DL1+,2DS2-,2DL2-,2DS4+,1D+,2DS1-为主,占15.07%,与对照组比较,差异无统计学意义(P>0.05);对照组以KIR3DL1+,3DS1-,2DS5-,2DL3+,2DS3-,2DL5-,2DL1+,2DS2-,2DL2-,2DS4+,1D-,2DS1-为主,占25.13%,与SS组比较,差异具有统计学意义(P<0.05)。KIR基因组合3DL1+2DL2-,2DS5+2DS1-,2DL5+2DS1-,2DS4-2DS1-在两组间的差异均具有统计学意义(P<0.05)。结论部分KIR基因及两两基因型组合的分布差异可能与SS发病有关。 展开更多
关键词 杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR) 基因多态性 干燥综合征(SS) 序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-SSP)
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