基于SSR标记的青海蚕豆品种亲缘关系分析与指纹图谱构建

为明确青海蚕豆育成品种、高代品系和骨干亲本的群体结构与亲缘关系,本研究利用46对多态性和稳定性好、重复性高的SSR引物对36个青海蚕豆主栽品种(品系)进行群体遗传学分析并构建了指纹图谱。结果表明,通过毛细管电泳检测,在46对引物中检测到262个等位位点,各引物检测的多态性等位位点数(Na)为2~15,平均等位位点数为5.696个,平均每个位点检测到的有效等位基因数为2.988个,范围为1.180~9.257;Shannon指数的变化范围为0.287~2.444,均值为1.210;多态性信息含量(polymorphism information content, PIC)值变化范围为0.141~0.883,均值为0.553,揭示了青海蚕豆品种丰富的遗传多样性。系统聚类将36份材料划分为4个亚群,第Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ亚群分别包括24、4、7、1份材料;群体结构与主坐标分析将材料划分为2个亚群,亚群Ⅰ和亚群Ⅱ分别包括17和19份材料,与聚类分类结果有一定程度的交叉重合,厘清了青海蚕豆主栽品种的群体遗传结构与亲缘关系。在此基础上,筛选出4对核心引物,构建了36份材料的指纹图谱,并将相关信息储存在二维码中。青海蚕豆主栽品种指纹图谱的构建不仅为青海蚕豆品种鉴定提供了有效工具,也为今后青海蚕豆品种亲本选配和新品种权保护提供了技术支撑。

依据云南栘[木衣]种子萌发至成苗期间转录组的SSR、SNP及InDel特征

依据云南栘[木衣](Docynia delavayi(Franch.)Schneid.)种子萌发至成苗期间的转录组数据,分别使用MISA、GATK3软件对SSR、SNP、InDel位点进行挖掘并进行特征分析。结果表明:从转录组数据的63782个非冗余基因序列(unigene)中,共挖掘出76981个SSR位点,其发生频率为30.18%。在各种不同的重复基元种类里,重复出现频次最高的为单碱基重复基元,频次最低的是六碱基重复基元。就所有基元而言,A/T基元的出现频率最高,占总SSR位点数量的38.09%;其次是AG/GT,占总SSR位点数量的27.63%。各类重复基元的重复次数介于5~15次,SSR序列长度为10~66 bp。15个样品中,SNP位点数量介于202602~278026个,平均每个样品包含253064个SNP,且每个样品的转换类型与颠换类型数量比都在6∶4左右。InDel位点数量介于35609~48977个,平均每个样品中含有44642个InDel位点。云南栘[木衣]种子萌发至成苗期间,转录组中的SSR、SNP、InDel位点丰富,且具有较高的多态性。

基于甘蔗及其近缘属参考基因组开发SSR标记及数据库

甘蔗(Saccharum spp. hybrid)是重要的糖料和能源作物。甘蔗基因组复杂,群体遗传学研究相对落后。目前,甘蔗参考基因组仍有待完善。利用甘蔗及其近缘属参考基因组开发甘蔗SSR标记及数据库有助于推动甘蔗群体遗传学的研究。本研究基于3个甘蔗种(割手密种、热带种和栽培种)和2个甘蔗近缘种(芒和高粱)的基因组进行SSR检测,统计各基因组SSR的数量和类型,挑选多态性好的SSR标记对104份甘蔗及近缘属种质材料进行遗传多样性分析。在5个物种的基因组中共鉴定到了1,860,645个SSR,以单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复单元类型为主。基因组间SSR的共线性信息显示,甘蔗栽培种和其他物种间的亲缘关系由近到远为:R570、热带种、割手密种、芒、高粱;基于SSR及InDels标记的甘蔗种质资源的遗传多样性分析显示,斑茅92-105最先被单独划分,割手密种为一个类群,大茎野生种和热带种分为一个类群,栽培种为一个类群。最后,围绕5个基因组鉴定的SSR以及引物等相关信息,开发了一个基于Web界面的甘蔗SSR数据库。本研究为甘蔗研究和育种提供了重要的分子工具。

伊丽莎白安格斯三角梅转录组的SSR、SNP和InDel特征分析

【目的】基于转录组测序数据分析伊丽莎白安格斯三角梅SSR、SNP和InDel位点特征,为开发三角梅分子标记、选育无刺或少刺品种、品种鉴定及亲缘关系分析提供理论依据。【方法】以伊丽莎白安格斯三角梅3个时期的枝刺和茎段为材料,对其进行转录组测序,采用Trinity对获得的高质量测序数据进行序列组装,利用MISA和GATK3对SSR、SNP和InDel进行特征分析。【结果】18个样本转录组测序平均获得45905982bpRawdata,质控过滤后获得45640193 bp Clean data,拼接后获得312812条转录本和144512条Unigenes,有54516个SSR位点分布于40820条Unigenes上,发生频率为28.25%,平均分布距离为2.67kb,包含1个以上SSR位点的Unigenes10269条,占Unigenes总数的4.25%。在重复基元类型中,单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复数量占优势,其中单核苷酸重复数量最多(39904个,占比73.20%),其次为二核苷酸重复(8169个,占比14.98%)和三核苷酸重复(5899个,占比10.82%),五核苷酸重复最少(31个,占比0.06%)。单核苷酸~六核苷酸重复类型共检测到98种重复基元,出现频率为0.01%~25.71%,其中出现频率最高的基元为A/T(37151个),占SSR位点总数的68.15%。SSR各类型重复基元的重复次数集中在5~23次,SSR序列的长度10~60bp,平均长度为20.38bp。共检测到231248个SNP位点和99580个InDel位点,其中SNP位点平均分布距离为1.59 kb,InDel位点平均分布距离为0.68 kb,且均以含1个位点的Unigenes数量最多,Unigenes数量随SNP和InDel位点数量的增加而逐渐减少。【结论】伊丽莎白安格斯三角梅转录组中SSR位点数量多、类型丰富,分布特征明显,可用于开发大量SSR标记,SNP和InDel位点发生频率低于模式植物,有待深度挖掘。

保罗蓝睡莲花器官转录组SSR的分布及其序列特征分析

【目的】通过解析保罗蓝睡莲花转录组数据的SSR位点特征信息,开发新的与表型相关的SSR标记,为睡莲种质资源评价、新品种选育提供科学依据。【方法】以热带睡莲保罗蓝不同花器官部位(雌蕊、雄蕊、花瓣)的转录组数据为背景材料,用MISA软件检索序列的SSR位点,采用Excel对位点特征进行分析作图,Primer 3.0软件设计引物,TP-M13-SSR PCR筛选引物。【结果】在花器官转录组的39079条Unigenes中共检测到12365个SSR位点,位点发生频率为31.64%,平均每5.79 kb出现1个SSR位点。SSR位点的重复类型主要为二核苷酸重复碱基,占SSR位点总数的71.85%,优势重复类型为AG/CT,占碱基总数的61.34%;其次为三核苷酸重复碱基,为26.10%,优势重复类型是AAG/CTT,占比8.30%。SSR碱基重复次数在5~20次,序列长度为12~30 bp,平均长度18.38 bp。引物设计获得9212对引物,从中随机挑选100对进行PCR扩增验证,筛选出9对多态性好的引物,可将12份睡莲种质在遗传相似系数为0.735时聚为3支。【结论】热带睡莲保罗蓝花器官转录组中的SSR位点分布频率高、类型丰富,多态性较高,具较大的应用潜力。开发的9对SSR引物可将12份种质有效分开,进一步丰富了睡莲现有SSR标记,可为睡莲属植物的遗传多样性分析和分子辅助育种提供科学参考。

利用SSR技术鉴定杧果实生后代真假杂种及其遗传特性分析

【目的】鉴定杧果杂交后代F1的真实性与群体遗传特性,为进一步开展杧果遗传改良与群体构建、亲本选择提供依据。【方法】选择13个主要品种为亲本试材,混合种植进行自然授粉,获得1001个F1后代,利用SSR标记对其进行遗传多样性研究。【结果】以亲本DNA为模板,筛选出了13对引物应用于遗传多样性研究,检测到等位基因数范围3~9个,平均6.154个,平均有效等位基因数(Ne)为2.557,Shannon’s信息指数(I)为1.078,观测杂合度(Ho)为0.571,期望杂合度(He)为0.579,多态性信息含量(PIC)为0.526;UPGMA聚类分析显示,在遗传相似系数为0.50时,可分为3个类群,与群体结构分析结果基本一致;F1代真假杂种鉴定结果中,母本为贵妃、金煌、凯特、台农1号、A61、Juile、凯特的F1子代,真杂种率均高于50%,其中金煌、台农1号、A61真杂种率高于80%,在期望杂合度与观测杂合度方面,台农1号、凯特、Juile、金煌、红玉、贵妃的杂合度也相对较高,南逗迈、R2E2、红玉、Villard、椰香真杂种率低,分别为25.00%、13.71%、25.15%、33.33%、36.36%。【结论】杧果品种台农1号、凯特、Juile、金煌、红玉、贵妃的杂交亲和性较强,南逗迈、R2E2、红玉、Villard、椰香品种极易自交,且品种间存在许多等位基因的现象,遗传多样性较为丰富。

不同品种草莓花器与花粉特征变异及SSR遗传多样性研究

草莓花器特征和花粉形态在品种之间存在一定的差异,这些差异对草莓品种的分类具有指导意义。为研究南方地区主栽的10个草莓品种花器、花粉及其与品种分类的关系,对其花部特征、花粉形态进行比较,并对13个花粉和花器性状进行相关性和主成分分析,同时进行了品种间简单重复序列(SSR)标记遗传多样性分析。花器特征显示,甜查理的花瓣长、花瓣宽和花萼宽的特征值显著高于其他9个品种,其次是宁玉和妙香7号,红颊、红玉和越心的花瓣长、花瓣宽、花冠径则明显低于其他品种。红颊、白雪公主、妙香7号和宁玉在极轴长、花粉大小、花粉形状、萌发沟长等花粉特性上高于其他品种。主成分分析结果显示,4个主成分累积贡献率为85.96%,其中花瓣长、花瓣宽和花萼宽的大小特征在第1主成分中具有较大载荷值。SSR分析结果显示,10个草莓栽培品种间的相似系数范围为0.47~0.85,在相似系数0.65处10个草莓品种分为两大类,红颊、章姬、红玉、粉玉1号、越心、白雪公主6个品种聚为一类,甜查理、越秀、妙香7号、宁玉4个品种聚为一类。结合草莓花器特征、花粉特性及其主成分分析与SSR标记聚类结果和系谱情况,花粉形态特性在草莓品种之间的差异不明显,花器特征的花瓣长、花瓣宽、花萼宽适用于品种分类,对指导育种亲本选择有参考意义。

60份辣椒骨干亲本的SSR遗传多样性分析及指纹图谱构建

为解析江西省辣椒育种骨干亲本材料的遗传多样性并构建其DNA指纹图谱,本研究利用毛细管电泳和SSR分子标记技术对江西60份辣椒种质材料进行位点检测。结果表明,49对SSR引物共检测到202个等位基因,平均4.122个,平均有效等位基因为2.172个,平均香农信息指数为0.850,平均多态信息含量为0.414,说明60份供试材料具有较为丰富的遗传多样性;平均期望杂合度0.475大于观测杂合度0.126,表明多代自交导致材料纯合度较高。聚类分析、群体结构分析和主坐标分析结果一致,即江西辣椒育种亲本材料以南方地区和小果型尖椒材料为主,遗传背景狭窄且保持较纯的血统。此外,本研究根据多位点匹配分析确定了PM1、CAMS-855、CO911525S、PM22、Hpms E015和Hpms1214为核心引物,并利用这6对核心引物构建了60份辣椒育种亲本的指纹图谱,为江西辣椒资源的鉴定和保护提供了有力支撑,为分子辅助育种中亲本的选择提供理论依据。

白三叶杂交F1代群体的表型鉴定及SSR分析

早期快速鉴定白三叶(Trifolium repens L.)F1杂交子代,获取真杂种对白三叶优良品系的培育和遗传学研究具有重要的意义。本文针对两个白三叶亲本及55个杂交F1的6个表型性状进行分析,绘制聚类热图,再选用3对特异性SSR引物鉴定杂交F1代的真实性。结果表明,在聚类热图中57个株系可以根据亲本的表型性状划分为父本型和母本型。筛选出的19对SSR引物共扩增共得到清晰可辨条带281条,多态性条带137条,多态位点占比为48.41%,每个SSR位点的PIC在18.49%~43.58%之间,平均值为34.73%。其中3对特异性引物在55个杂交后代中共鉴定出53个真杂种,真杂种比率为96.36%,与UPGMA聚类分析结果基本一致。19对SSR分子标记引物具有较高的多态性,可直接用于白三叶遗传多样性分析、杂种鉴定等相关研究,鉴定到的白三叶F1代真杂种为后续育种工作奠定重要基础。

浙江红花油茶×广宁红花油茶杂交子代的表型性状及其SSR分子鉴定

浙江红花油茶(Camellia chekiangoleosa)种仁含油率和油酸含量高,广宁红花油茶(C.semiserrata)具有较强的生长势和抗性。为了利用浙江红花油茶和广宁红花油茶的优点,培育优良种质材料,该研究对浙江红花油茶与广宁红花油茶的45个F_(1)杂交子代进行表型性状分析,以掌握杂交子代的表型性状情况,同时利用SSR标记对其进行杂种真伪鉴定,并筛选可用于油茶杂交子代鉴定的SSR标记。结果表明:(1)浙江红花油茶×广宁红花油茶的F_(1)子代表现为树形高大、生长迅速且其叶脉、萼片、柱头均倾向于父本广宁红花油茶的性状,而花和叶片形态等性状与母本浙江红花油茶接近,叶片颜色与大小等特征介于双亲特征之间。(2)从32个SSR标记中筛选出了8个可区分双亲且能明确杂交子代来源的完全互补型标记,用于开展杂交子代鉴定,其中7个标记杂种鉴定效率高达100%,1个标记杂种鉴定效率为55.56%;8个标记相互补充鉴定出45个杂交子代全是真杂种。(3)8个SSR标记对杂交子代进行的鉴定能力验证表明,利用这些SSR标记鉴定油茶杂交子代是可行的。该研究结果为油茶物种间的杂交育种提供了参考,同时也为后续油茶物种间的杂交子代SSR标记鉴定提供了依据。

基于SSR的云南野生猕猴桃种质资源亲缘关系分析

为探讨云南猕猴桃属种质资源的亲缘关系,采用SSR分子标记方法对70份云南野生猕猴桃种质资源的亲缘关系进行分析。UPGMA聚类分析结果表明,70份猕猴桃种质资源在遗传相似系数0.17水平上可分为4个类群,类群Ⅰ共6份材料,包括滇东南麻栗坡的中越猕猴桃MLP001和MLP010、西畴的中越猕猴桃TSH-1和TSH-4,以及滇南屏边的中越猕猴桃PB001和PB005;类群Ⅱ共31份材料,主要包括滇东北的18份材料,滇西北的3份紫果猕猴桃TC-8、TC-1、TC-10,以及5份贡山猕猴桃CJ-11、CJ-13、CJ-7、CJ-3、CJ-2;类群Ⅲ共14份材料,主要包括滇东北的10份美味猕猴桃和中华猕猴桃系列材料,滇东的JZS-5、JZS-9及JZS-7,以及滇东南西畴的黄毛猕猴桃XPS-1;类群Ⅳ共19份材料,主要包括滇东北的16份材料,滇东南西畴的京梨猕猴桃XCFD-1及革叶猕猴桃XCFD-3,果实无被毛且果皮带斑点,果实较小,与其他类群具有较远的亲缘关系。SSR分子标记反映了云南猕猴桃属70份种质资源间的遗传亲缘关系,其中一些材料按种类、资源分布地及形态学性状特征形成明显有规律的聚类关系。

黄精转录组SSR分子标记开发及种质遗传多样性分析

为丰富可用于黄精属鉴定的SSR分子标记,开发可用于黄精属(Polygonatum sp.)种质资源鉴定与遗传多样性分析的简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)分子标记,为药材黄精正品和伪品的鉴定及遗传多样性分析提供基础。通过对3种黄精属植物进行转录组测序,从60836967个Unigenes鉴定出19630个包含1~6个碱基重复类型的SSR位点,设计和筛选获得了9对SSR有效性引物,并对来源于5个省份共计31份种质资源进行鉴定与遗传多样性分析。9对SSR引物不仅能够将长梗黄精与其他3种药材黄精划分开,还能够较好地区分不同基源黄精(滇黄精、黄精、多花黄精),并且31份资源遗传相似系数范围为0.0769~0.75。此外,构建了31份黄精属种质资源的DNA指纹图谱数据库,开发了相对应的指纹图谱。本研究结果为黄精属种质资源的分类鉴定、遗传多样性分析和品种选育提供了可用的分子标记以及参考依据。

基于SSR标记的江苏地区乌桕天然群体遗传多样性分析

目的:为江苏沿海造林所需乌桕(Sapium sebiferum)树种的保护和利用提供基础。方法:以江苏省内5个地区天然群体的146个个体为对象,选用14对SSR引物进行群体的遗传多样性和遗传结构分析。结果:基于乌桕转录组序列搜索SSR位点并设计引物,筛选出47对扩增特异性较好的SSR标记(78.33%),仅有8对引物检测到多态性产物,多态性扩增比例为13.33%。结合已公布的6对多态性SSR标记,使用14对引物对146个样本共检测出78个多态性位点,平均观测杂合度为0.6726;平均期望杂合度为0.5827;Nei基因多样度平均为0.4748;Shannon指数平均为1.1541,筛选出的14对SSR引物具有丰富的多态性。5个群体中遗传距离为0.0387~0.5193,遗传相似度为0.5950~0.9621,基因流(Nm)平均为0.836。遗传变异主要存在于群体内部,占比76.97%,23.03%的变异来自群体间。赣榆大吴山(W)群体表现出明显的遗传分化,说明该地的乌桕群体与其他地区群体有着不同来源。结论:赣榆大吴山的乌桕群体遗传多样性水平较高,并有着独特的遗传背景,应对其进行充分保护及合理利用。

山桐子基因组调研及SSR特征

为了研究山桐子的遗传背景,进一步为山桐子基因组简单重复序列(SSR)标记开发、种质资源遗传评价等研究提供基础,采用高通量测序技术开展山桐子基因组调研,并基于山桐子基因组测序数据,利用MISA软件检索基因组SSR并分析其组成特征。结果表明:(1)山桐子的基因组大小约为1.23 Gb,基因组重复序列含量约为57.00%,杂合度约为1.05%。(2)共检索到重复单元长度为2~7个核苷酸的SSR位点392 580个,SSR平均分布距离为1.73 kb,平均出现频率为578.65个·Mb~(-1)。二核苷酸重复类型SSR数量最多,占比80.41%,三、四、五、六、七核苷酸重复类型数量依次减少;SSR中优势重复基元富含A/T核苷酸。(3)重复次数为5~10次的SSR数量占总数的79.79%,其中重复次数为5次的SSR数量最多,占总数的36.25%;重复次数为11~15次的SSR数量占总数的11.85%;重复次数为16次以上的SSR数量占总数的8.36%。(4)SSR基序长度为12~57 bp,10~20 bp的SSR数量占总数的73.34%,其中10 bp的SSR数量最多,占总数的27.75%;20~30 bp的SSR数量占总数的15.67%;大于30 bp的SSR数量占总数的10.99%。研究结果表明,山桐子基因组为高杂合的复杂基因组,且基因组中SSR标记非常丰富。

茄子果皮转录组SSR位点分析及标记开发

以茄子(Solanum melongena L.)果皮样品转录组的36568条转录本为试材,采用MISA(MicroSAtellite)软件进行SSR位点搜索,研究SSR位点的分布频率和特征,同时利用Primer 3.0软件对检索出的SSR位点设计引物,验证引物有效性,以期为茄子的种质鉴定、亲缘关系分析、分子标记辅助育种及遗传图谱构建等提供参考依据。结果表明:在转录本中共检测出9775个SSR位点,分布于6289条转录本上,平均5.49 kb存在1个SSR位点,发生频率26.73%。SSR位点特征分析显示,单核苷酸为优势重复基元类型,占SSR位点总数的47.67%;A/T基元是数量最多的重复基元,占总数的46.13%;97.91%的重复基元的重复次数在5~25,92.21%的SSR重复序列长度分布在10~30 bp。对所有SSR位点进行引物设计,共获得6619对EST-SSR引物。随机选择27对EST-SSR引物在12个茄子自交系中进行PCR扩增,引物有效性为92.59%,多态率为33.33%。

谷子新品种陇谷23号选育及SSR指纹图谱

谷子作为我国北方地区的特色作物之一,多数育种方式仍采用常规育种结合少数分子辅助选择育种,构建指纹图谱是分子育种中组成部分,对于品种特征标识和真实性鉴定有着重要的意义。陇谷23号是豫谷1号×陇谷7号杂交后代经系统选育的优质、丰产谷子新品种。2020年参加全国区域试验西北春谷早熟区组的区域适应性联合鉴定试验,7个试点平均折合产量为5446.0kg/hm^(2),增产点率为57.14%。在2020年参加的甘肃省谷子生产试验中,8点(次)均表现增产,平均折合产量为4537.5kg/hm^(2),较对照品种豫谷18号增产2.08%~36.84%。籽粒含粗蛋白(干基)125.7g/kg、粗脂肪(干基)38.2g/kg、粗淀粉(干基)794.5g/kg、赖氨酸(干基)1.8g/kg、支链淀粉(占淀粉)784g/kg。抗谷锈病、黑穗病,中抗谷瘟病、白发病和玉米螟,适宜在甘肃中东部、山西大同、陕西榆林、宁夏固原及内蒙古呼和浩特等西北春谷区种植。利用(豫谷1号×陇谷7号)F_(2)、RIL群体构建的连锁图谱中的74对多态性SSR标记绘制了陇谷23号9条染色体的指纹图谱,其中49对SSR与豫谷1号基因型相同、25对SSR与陇谷7号基因型相同,表明陇谷23号携带更多豫谷1号基因组组分。

基于SSR序列的东北不同地区稻瘟病菌遗传多样性分析

稻瘟病是制约水稻高产稳产的主要因素。为明确东北地区稻瘟病菌群体遗传多样性,以2021年分离自东北地区的96株稻瘟病菌为试材,利用简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)分子标记技术,对供试稻瘟病菌进行PCR检测,研究供试稻瘟病菌群体遗传结构、遗传多样性水平等。结果表明:16对SSR引物均能在100~500 bp内扩增出清晰条带。供试96株稻瘟病菌可划分为13个遗传宗谱,其中宗谱DQL02和DQL01为优势宗谱,分别包含37株和22株菌株,分别占总菌株数的38.54%和22.92%;宗谱DQL04、DQL06和DQL08为次要宗谱,分别包含9株、6株和6株菌株,分别占总菌株数的9.38%、6.25%和6.25%;其他8个宗谱为小宗谱,包含菌株数为1~4株。在群体水平上,东北地区稻瘟病菌群体间的遗传多样性水平比群体内的遗传多样性水平高,且存在于群体内的遗传变异占群体总遗传变异的83.37%。群体间平均Nei基因多样性指数变化范围为0.0836~0.4571,平均为0.2041;平均多态百分率变化范围为6.25%~100%,平均为45.67%,说明有一定遗传多样性差异存在于东北地区稻瘟病菌群体中;聚类分析结果表明东北13个地区稻瘟病菌群体间的遗传距离为0.0110~0.1879,存在较大差异。按遗传距离远近可将东北13个地区稻瘟病菌群体划分为4个类群,第2类群全部由辽宁省种群组成;第3类群全部由吉林省种群组成,反映出东北地区稻瘟病菌群体遗传谱系与其地理分布有一定联系。研究结果可为了解东北地区稻瘟病菌群体遗传结构和群体演化提供理论基础。

基于转录组测序的油茶SSR、SNP和InDel位点特征分析

基于油茶转录组测序数据,利用MISA和GATK3软件对SSR、SNP和InDel位点进行搜索。结果表明:在169652条unigene序列中共发现92228个SSR位点,出现频率54.37%,平均分布距离1.61 kb。油茶转录组SSR位点中,单核苷酸和二核苷酸是主要的重复类型,A/T和AG/CT是主要的重复基元类型,基元重复次数主要集中在5~11次,基序长度主要集中在12~20 bp。共得到1912501个SNP位点,转换类型SNP数量多于颠换类型SNP数量,转换类型中A/G数量最多,而颠换类型中A/T数量最多。共筛选出298984个InDel位点。油茶转录组SSR、SNP和InDel位点数量多、类型丰富,能够为油茶分子标记开发、种质资源评价、亲缘关系鉴定等研究提供支撑。

基于转录组测序的浙江楠EST-SSR分子标记开发

浙江楠是我国重要的珍稀濒危植物,开展浙江楠SSR位点分布特征及分子标记开发,可为浙江楠的资源评价和保护利用提供科学依据。研究基于高通量测序技术获得浙江楠转录组数据,利用生物信息学方法分析浙江楠转录组SSR位点,开发浙江楠SSR分子标记。结果表明,在浙江楠转录组中共获得116 582个SSR位点,SSR的发生频率为42.38%,平均距离为1.56 kb。浙江楠SSR位点以单核苷酸(63.42%)和二核苷酸重复(25.58%)为主,核苷酸优势基元优势重复基元排前三位的是A/T、AG/CT、AT/AT;SSR重复基元以10~20次重复为主,占总数的64.3%;SSR序列长度在10~646 bp之间,超过20 bp的SSR位点占SSR总数的29.05%,表明浙江楠转录组SSR位点具有较高的多态性。挑选96对SSR引物进行多态性检测,72对引物能够扩增出条带,扩增成功率为75%,最终开发到35对引物在浙江楠可检测到较高的遗传变异,丰富了楠属现有SSR分子标记。

基于SSR分子标记吉安地区的水稻亲缘关系鉴定分析

稻种亲缘关系分析是生产优质杂交水稻的必要条件。本研究选取均匀分布于水稻基因组12条染色体的SSR分子标记,对8份水稻样品进行SSR分子标记分析,通过聚类分析法将其归类并计算得出遗传相似系数后,对8份水稻样品的亲缘关系进行了鉴定。结果表明:所选取的8份水稻样品中,其相似系数为0.65~1.00,在遗传相似系数0.65处,8份水稻样品聚为两大类群,其中5号‘赣迟A04’单独为一类,其他水稻样品聚为一类。在遗传相似系数0.80处,可划分为三大类群:第一类囊括了6种样品,表明这6个品种亲缘关系较近,其中6号‘赣早A02’与7号‘吉安早A07’疑似同一样品,3号‘井冈山迟A03’与4号‘井冈山早A05’的亲缘关系最近,而6号、7号同时与8号‘吉安迟A09’保持有最近的亲缘关系;第二类只含有2号‘迟-2’样品株;第三类则仅有5号稻株‘赣迟A04’,说明其与其他7份水稻样品的亲缘关系最远。本研究结果为杂交水稻的应用提供重要信息。