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低温胁迫下冬小麦东农冬麦1号分蘖节相关EST-SSR信息分析
被引量:
1
1
作者
苍晶
范博
+7 位作者
宋扬
许贺
牟永潮
于晶
张达
王军虹
孟婧
朱祥春
《东北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第1期1-5,共5页
利用抑制消减杂交技术构建东农冬麦1号分蘖节低温胁迫相关基因的cDNA正反文库,获得表达序列标签EST(Expressed sequence tag),经分析和前期处理后拼接得到736条非重复序列(Unigenes)。运用生物信息学方法对低温胁迫下诱导的冬小麦东农冬...
利用抑制消减杂交技术构建东农冬麦1号分蘖节低温胁迫相关基因的cDNA正反文库,获得表达序列标签EST(Expressed sequence tag),经分析和前期处理后拼接得到736条非重复序列(Unigenes)。运用生物信息学方法对低温胁迫下诱导的冬小麦东农冬麦1号分蘖节相关EST-SSRs分布频率和碱基重复特点进行归纳分析。结果表明,736条Unigenes共检索到59个EST-SSRs,EST-SSRs出现频率为8.02%。EST-SSRs包括24种重复单元,其主要以三核苷酸和二核苷酸重复基元为主,二者分别占总SSRs 47.46%和44.07%,在EST中出现频率分别为3.80%和3.53%,其中以二核苷酸CA和AG重复基元为主,三核苷酸重复基元以AAC重复基元所占比例最高。为冬小麦EST资源开发和抗寒基因挖掘奠定基础。
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关键词
冬小麦
东农冬麦1号
低温胁迫
分蘖节
EST
ssr
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职称材料
基于关键简化集合的极化码SSRFSC翻转译码算法
2
作者
郭锐
刘洋
+2 位作者
何美霖
刘兆霆
赵宜楠
《通信学报》
EI
2024年第10期95-106,共12页
为提高基于简化序列重复节点的快速串行抵消(SSRFSC)译码算法的译码性能,提出了基于关键简化集合(CSS)和简化序列重复(SSR)节点的CSS-SSR-Flip译码算法。所提算法首先选取SSR中最长重复(REP)节点的信息位作为候选比特(CB),从而构造了基...
为提高基于简化序列重复节点的快速串行抵消(SSRFSC)译码算法的译码性能,提出了基于关键简化集合(CSS)和简化序列重复(SSR)节点的CSS-SSR-Flip译码算法。所提算法首先选取SSR中最长重复(REP)节点的信息位作为候选比特(CB),从而构造了基于SSR的CSS;然后针对SSR节点的译码特点设计了相应的翻转度量和翻转准则,通过考虑SSR节点中重复序列和源节点对译码的影响来度量CB可靠性,在特定CB翻转时选择次优的重复序列完成SSR节点翻转操作。实验数据表明,当误帧率FER=10-3时,所提出的CSSSSR-Flip译码算法与传统的快速简化串行抵消翻转(Fast-SSC-Flip)译码算法相比能够获得超过0.1 dB的性能增益,且具有与新型Fast-SSC-Flip(New-Fast-SSC-Flip)译码算法相同的译码性能;与传统翻转集合大小K相比,CSS大小缩减最多达79.5%,与关键集合(CS)相比集合大小最多可缩减23.1%。
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关键词
极化码
快速简化串行抵消
简化序列重复节点
关键简化集合
翻转译码
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职称材料
甜瓜结实花初花节位QTL分析
被引量:
13
3
作者
朱子成
高美玲
+1 位作者
高鹏
栾非时
《园艺学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第9期1753-1760,共8页
以WI998为母本(纯雌株、厚皮网纹甜瓜品系),TopMark为父本(雄全同株纯合品系),配置杂交组合,利用单粒传得到171个株系的重组自交系(F2S4)群体构建甜瓜SSR分子标记遗传连锁图谱。该连锁图谱包含19个连锁群,覆盖基因组长度为1414.2...
以WI998为母本(纯雌株、厚皮网纹甜瓜品系),TopMark为父本(雄全同株纯合品系),配置杂交组合,利用单粒传得到171个株系的重组自交系(F2S4)群体构建甜瓜SSR分子标记遗传连锁图谱。该连锁图谱包含19个连锁群,覆盖基因组长度为1414.2cM,标记间平均距离为10.2cM。对结实花初花节位开展QTL分析,共检测到9个QTL,分别分布在第1、9、10、11连锁群上,各QTL的LOD值在2.89~9.42之间,4个QTL贡献率超过10%。位于第9连锁群的QTLFp9.4贡献率最大,为18.57%(2010秋季LOD=9.17);位于第9连锁群的Fp9.3(2010春季8.64%,LOD=6.44;2010秋季17.99%,LOD=9.42),位于第10连锁群的Fp10.1(2010春季3.59%,LOD=2.89;2010秋季6.20%,LOD=3.43)在两季的位置都很稳定。获得与结实花初花节位紧密连锁(〈10cM)的8个特异标记(SSR01737、MU141991、TJ105、GCM206、SSR04910、MU173563、NR52、MU146331),为进一步开展QTL精细定位提供参考。
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关键词
甜瓜
ssr
标记
遗传图谱
结实花节位
QTL
原文传递
题名
低温胁迫下冬小麦东农冬麦1号分蘖节相关EST-SSR信息分析
被引量:
1
1
作者
苍晶
范博
宋扬
许贺
牟永潮
于晶
张达
王军虹
孟婧
朱祥春
机构
东北农业大学生命科学学院
出处
《东北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第1期1-5,共5页
基金
高等学校博士学科点专项科研基金课题(20112325110003)
黑龙江省教育厅科学技术研究项目
黑龙江省教育厅青年基金项目(11551067)
文摘
利用抑制消减杂交技术构建东农冬麦1号分蘖节低温胁迫相关基因的cDNA正反文库,获得表达序列标签EST(Expressed sequence tag),经分析和前期处理后拼接得到736条非重复序列(Unigenes)。运用生物信息学方法对低温胁迫下诱导的冬小麦东农冬麦1号分蘖节相关EST-SSRs分布频率和碱基重复特点进行归纳分析。结果表明,736条Unigenes共检索到59个EST-SSRs,EST-SSRs出现频率为8.02%。EST-SSRs包括24种重复单元,其主要以三核苷酸和二核苷酸重复基元为主,二者分别占总SSRs 47.46%和44.07%,在EST中出现频率分别为3.80%和3.53%,其中以二核苷酸CA和AG重复基元为主,三核苷酸重复基元以AAC重复基元所占比例最高。为冬小麦EST资源开发和抗寒基因挖掘奠定基础。
关键词
冬小麦
东农冬麦1号
低温胁迫
分蘖节
EST
ssr
Keywords
winter wheat
Dongnongdongmail
low temperature stress
tillering
node
s
EST
ssr
分类号
S512.11 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
基于关键简化集合的极化码SSRFSC翻转译码算法
2
作者
郭锐
刘洋
何美霖
刘兆霆
赵宜楠
机构
杭州电子科技大学通信工程学院
出处
《通信学报》
EI
2024年第10期95-106,共12页
基金
国家自然科学基金资助项目(No.62371174)。
文摘
为提高基于简化序列重复节点的快速串行抵消(SSRFSC)译码算法的译码性能,提出了基于关键简化集合(CSS)和简化序列重复(SSR)节点的CSS-SSR-Flip译码算法。所提算法首先选取SSR中最长重复(REP)节点的信息位作为候选比特(CB),从而构造了基于SSR的CSS;然后针对SSR节点的译码特点设计了相应的翻转度量和翻转准则,通过考虑SSR节点中重复序列和源节点对译码的影响来度量CB可靠性,在特定CB翻转时选择次优的重复序列完成SSR节点翻转操作。实验数据表明,当误帧率FER=10-3时,所提出的CSSSSR-Flip译码算法与传统的快速简化串行抵消翻转(Fast-SSC-Flip)译码算法相比能够获得超过0.1 dB的性能增益,且具有与新型Fast-SSC-Flip(New-Fast-SSC-Flip)译码算法相同的译码性能;与传统翻转集合大小K相比,CSS大小缩减最多达79.5%,与关键集合(CS)相比集合大小最多可缩减23.1%。
关键词
极化码
快速简化串行抵消
简化序列重复节点
关键简化集合
翻转译码
Keywords
polar code
Fast-SSC
ssr node
critical simplified set
flipping decoding
分类号
TN92 [电子电信—通信与信息系统]
下载PDF
职称材料
题名
甜瓜结实花初花节位QTL分析
被引量:
13
3
作者
朱子成
高美玲
高鹏
栾非时
机构
东北农业大学园艺学院
齐齐哈尔大学生命科学与农林学院
出处
《园艺学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第9期1753-1760,共8页
基金
国家自然科学基金项目(30871723
31071812)
国家西甜瓜产业技术体系分子育种岗位项目(CARS-26-02)
文摘
以WI998为母本(纯雌株、厚皮网纹甜瓜品系),TopMark为父本(雄全同株纯合品系),配置杂交组合,利用单粒传得到171个株系的重组自交系(F2S4)群体构建甜瓜SSR分子标记遗传连锁图谱。该连锁图谱包含19个连锁群,覆盖基因组长度为1414.2cM,标记间平均距离为10.2cM。对结实花初花节位开展QTL分析,共检测到9个QTL,分别分布在第1、9、10、11连锁群上,各QTL的LOD值在2.89~9.42之间,4个QTL贡献率超过10%。位于第9连锁群的QTLFp9.4贡献率最大,为18.57%(2010秋季LOD=9.17);位于第9连锁群的Fp9.3(2010春季8.64%,LOD=6.44;2010秋季17.99%,LOD=9.42),位于第10连锁群的Fp10.1(2010春季3.59%,LOD=2.89;2010秋季6.20%,LOD=3.43)在两季的位置都很稳定。获得与结实花初花节位紧密连锁(〈10cM)的8个特异标记(SSR01737、MU141991、TJ105、GCM206、SSR04910、MU173563、NR52、MU146331),为进一步开展QTL精细定位提供参考。
关键词
甜瓜
ssr
标记
遗传图谱
结实花节位
QTL
Keywords
Cucumis melo L.
ssr
marker
genetic map
node
of fertile flower
quantitative trait locus(QTL)
分类号
S652 [农业科学—果树学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
低温胁迫下冬小麦东农冬麦1号分蘖节相关EST-SSR信息分析
苍晶
范博
宋扬
许贺
牟永潮
于晶
张达
王军虹
孟婧
朱祥春
《东北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014
1
下载PDF
职称材料
2
基于关键简化集合的极化码SSRFSC翻转译码算法
郭锐
刘洋
何美霖
刘兆霆
赵宜楠
《通信学报》
EI
2024
下载PDF
职称材料
3
甜瓜结实花初花节位QTL分析
朱子成
高美玲
高鹏
栾非时
《园艺学报》
CAS
CSCD
北大核心
2011
13
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