植物SSR引物开发策略简述

SSR是一种优秀的分子遗传标记,已经广泛应用到遗传多样性检测、遗传种质鉴定、遗传连锁图谱构建、基因定位与标记辅助育种等多个领域。但SSR标记应用的前提是根据物种已知DNA序列设计特异引物,才能进行PCR扩增。对于大多数物种而言,目前获得的基因组DNA及表达的cDNA序列还非常有限或者根本没有。由此人们不断的设计出各种方法以开发出尽可能多的SSR引物,本文简要地介绍了基于序列数据设计和发展SSR引物的方法,这对于全基因组序列已经测序的或者已经拥有丰富DNA数据的物种是非常快捷的策略。对于那些遗传背景复杂或知之甚少或基因组数据有限的物种,本文也系统的介绍了传统的文库法、富集法等开发SSR引物的策略。进一步的本文结合本实验室的研究经验,对FIASCO磁珠富集法和ISSR-抑制PCR法进行了比较。