基于SSR分子标记吉安地区的水稻亲缘关系鉴定分析

稻种亲缘关系分析是生产优质杂交水稻的必要条件。本研究选取均匀分布于水稻基因组12条染色体的SSR分子标记,对8份水稻样品进行SSR分子标记分析,通过聚类分析法将其归类并计算得出遗传相似系数后,对8份水稻样品的亲缘关系进行了鉴定。结果表明:所选取的8份水稻样品中,其相似系数为0.65~1.00,在遗传相似系数0.65处,8份水稻样品聚为两大类群,其中5号‘赣迟A04’单独为一类,其他水稻样品聚为一类。在遗传相似系数0.80处,可划分为三大类群:第一类囊括了6种样品,表明这6个品种亲缘关系较近,其中6号‘赣早A02’与7号‘吉安早A07’疑似同一样品,3号‘井冈山迟A03’与4号‘井冈山早A05’的亲缘关系最近,而6号、7号同时与8号‘吉安迟A09’保持有最近的亲缘关系;第二类只含有2号‘迟-2’样品株;第三类则仅有5号稻株‘赣迟A04’,说明其与其他7份水稻样品的亲缘关系最远。本研究结果为杂交水稻的应用提供重要信息。

基于SSR分子标记的枣品种鉴定及DNA分子身份证构建

【目的】利用荧光SSR分子标记对北京枣主栽品种的亲缘关系及遗传多样性分析并构建枣品种DNA分子身份证,为枣新品种选育、生产利用奠定基础。【方法】收集103个枣品种材料,筛选SSR荧光标记引物,采用多重荧光毛细管电泳检测技术分析扩增条带分子量和等位基因,获得相应的扩增带型,从而对每个枣种质材料进行标记并构建供试样品的DNA分子身份证。【结果】基于SSR分子标记技术,筛选出19对SSR引物用于103个枣品种遗传多样性分析,并筛选了7对核心基因组合构建DNA分子身份证。结果表明:19对引物对103个枣品种样品经SSR-PCR扩增后共检测到了156个等位标记点,每对引物平均8.211个,有效等位基因(Ne)变化范围为1.263~12.568,平均为3.467;Shannon’s信息指数(I)分布范围0.547~2.664,平均为1.351;多态信息含量PIC值变幅在0.32~0.917,平均值为0.603,观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)范围分别为0.208~0.920和0.133~0.990,Ho和He的平均值为0.639和0.637,显示出有较高的杂合度;遗传相似系数为0.85~0.98,且在相似系数为0.85处时被分为两大类。【结论】北京地区京枣31和京枣311、马牙枣和牙枣等栽培品种的遗传背景较狭窄,遗传相似度较高,不同品系间基因交流较少;京枣60、朗家园枣、北京蜂蜜罐、北京泡泡枣、京枣28等枣的亲缘关系较远,遗传多样性丰富。本研究结果为枣品种鉴定和培育新品种提供了重要依据。

SSR分子标记两种电泳方法在水稻品种上应用的比较

为了研究聚丙烯酰胺电泳和毛细管电泳在水稻分子检测中的应用,以水稻品种为材料,分别使用聚丙烯酰胺凝胶电泳银染检测和毛细管电泳检测,并对2种电泳进行比较分析。结果表明,聚丙烯酰胺凝胶电泳对少量样本检测和引物筛选时更经济适用,毛细管电泳检测结果适用于指纹图谱和高通量材料的检测分析,试验中可以根据不同要求选择不同的电泳方法。

基于大球盖菇基因组的SSR分子标记开发及指纹数据库应用

以13个大球盖菇菌株及其已公布的基因组为试材,采用生物信息学和试验验证相结合的方法,研究了大球盖菇基因组上的SSR类型及分布,设计了100对SSR引物开展试验验证,以期为大球盖菇的种质资源鉴定、品种选育、分子标记辅助育种等研究提供参考依据。结果表明:总计检索到6种SSR类型的2 124条序列,其中主要以三核苷酸类型为主,共计704,占SSR总数的33.15%;五、六碱基重复类型较多,但总和只占全部SSR数量的14.59%。由验证试验获得16对引物,其中引物DQGSSR020、DQGSSR031、DQGSSR077的多态性较高、特异性好、无杂峰、荧光亮度高、区分度好。同时,基于16对SSR引物进行大球盖菇DNA指纹编码构建,获得了13个大球盖菇菌株的32位数分子指纹数据库编码。

基于SSR分子标记的水松和墨西哥落羽杉疑似杂交种鉴定

在吴江市苗圃集团有限公司国家耐水湿树种良种基地发现了较多水松Glyptostrobus pensilis和墨西哥落羽杉Taxodium mucronatum的疑似天然杂交种植株,其生长势均较水松强,抗性强,树形更加优美,很具开发价值。本研究分别利用水松和墨西哥落羽杉的SSR引物对12个水松和墨西哥落羽杉疑似杂交种进行鉴定。结果显示,开发得到重复性和特异性良好的水松引物7对和墨西哥落羽杉引物13对;用特异性引物鉴定出S1507、S1509、S1513、S1517、S1520、S1523、S1527、S201701和S202015均为水松和墨西哥落羽杉的杂交种,M1405和M1430为墨西哥落羽杉纯种,而S1504可能既不是水松或墨西哥落羽杉纯种,也不是两者的杂交种。研究结果可靠地鉴定了12个疑似杂交种,证实了水松和墨西哥落羽杉能进行杂交,为两者的杂交育种奠定了理论基础,为后续杂交种的繁育和生产提供了母本材料,也为水松和墨西哥落羽杉疑似杂交种鉴定提供了稳定的SSR分子标记。

基于SSR分子标记分析石阡茶树资源遗传多样性

[目的]探明石阡茶树种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为开发和保护石阡茶树资源提供理论依据。[方法]利用SSR分子标记技术,对贵州石阡7个茶树群体122份资源进行SSR位点多态性、遗传多样性及亲缘关系分析,并对不同地域来源的石阡茶树资源进行遗传距离分析。[结果]21对SSR引物共扩增出72个多态性位点,每对引物平均扩增3.43个位点,多态信息含量(PIC)为0.19~0.76,平均为0.51,等位基因在群体中分布均匀且多态性较高。7个茶树群体的Nei’s基因多样性指数(H)均值为0.22,Shannon信息指数(I)均值为0.33,多态位点百分率(PPB)均值为75%,遗传距离为0.0177~0.1036。122份石阡茶树资源的遗传距离为0.10~0.67,当遗传距离为0.21时,分为3个大类群:第I类群包含113份资源,第Ⅱ类群仅有1份茶树资源(SWXD009),第Ⅲ类群包含8份茶树资源,分别是SWXD-B、SWXD-F、SWXD-H、SWXD-M、SQT3、SQT4、SWX005和SWX006;在3个大类群中均有五德镇长兴村的茶树资源。[结论]贵州石阡茶树群体间的遗传差异较小,但群体内个体单株之间具有一定的遗传差异,尤其是五德长兴茶树群体内的遗传背景较丰富,筛选优异资源的基础较好。

水芹SSR分子标记开发与遗传多样性分析

水芹是伞形科水芹属多年生草本植物,是一种重要的药食两用蔬菜作物。在中国,水芹的种植区域十分广泛,然而目前对其种质资源的鉴定、培育及遗传信息的研究较少。本研究利用溧阳白芹基因组开发水芹简单重复序列(SSR)分子标记,分析55份水芹的遗传多样性并用非加权组平均法(UPGMA)构建系统进化树,同时用SSR扩增条带数据构建DNA指纹图谱。结果显示,共鉴定到325699个SSR位点,其中单核苷酸SSR重复单元、二核苷酸SSR重复单元、三核苷酸SSR重复单元、四核苷酸SSR重复单元、五核苷酸SSR重复单元、六核苷酸SSR重复单元的出现频率分别为33.94%、54.62%、9.31%、1.66%、0.17%、0.29%,其中二核苷酸SSR重复单元数最多,有177887个,且A/T(占比为29.98%)和AT/AT(占比为35.70%)是较丰富的重复类型。UPGMA分析结果表明,33对高多态性引物[多态信息含量(PIC)>0.25]可将55份水芹材料分为4组。利用筛选出的4对引物(Oj-084、Oj-110、Oj-112、Oj-156)可以将55份水芹材料完全区分开,并且可构建指纹图谱。研究结果可为水芹种质资源鉴定、保护及分子遗传育种提供有力依据。

K型小麦细胞质雄性不育系育性恢复基因的SSR分子标记分析

以 (K冀 5 4 18A∥ 9112 89/LK783)三交F1分离群体的极端不育株和极端可育株分别建立保持池和恢复池 ,利用 79对SSR引物对两池间的多态性进行了研究。分析表明 ,6对SSR引物在两池间扩增出了稳定的多态性差异 ,在分离群体上验证结果表明 ,LK783的育性恢复基因与 4个SSR引物的扩增位点Xgwm11、Xgwm18、Xgwm2 6 4a和Xgwm 2 73有连锁关系 ,该育性恢复基因与Xgwm11、Xgwm18和Xgwm2 73的遗传距离为 6 .5 4± 4 .37cM ,与Xg wm2 6 4a的遗传距离为 5 .71± 4 .10cM ,这 4个引物可应用于K型小麦细胞质雄性不育系育性恢复基因的标记辅助选择。利用中国春缺体四体系和双端体系进一步将Xgwm11、Xgwm18、Xgwm2 6 4a和Xgwm2 73定位于 1BS ,说明LK783的育性恢复基因位于 1BS ,但它在 1BS上的相对位置与Rfv1有所不同 。

基于SSR分子标记分析云南月季种质资源亲缘关系(英文)

利用简单重复序列SSR（simple sequence repeat）标记技术对48份月季种质资源（包括14份野生种、20份古老月季品种和14份栽培品种）的遗传多样性和亲缘关系进行了分析。结果表明,（1）18对SSR引物在18个SSR位点上共检测到160个等位基因,每一位点的等位基因变幅为6-13个,平均8.9个,材料间遗传相似系数变化范围为0.157 8-0.754 9,表明在分子水平上云南月季种质资源具有丰富的遗传多样性。（2）聚类分析结果显示,在相似系数为0.44处,可将14个野生种明显分为6个组,这与植物形态学分类结果上基本一致;在遗传相似系数为0.40水平上将48份供试材料分为八大组群。（3）亲缘关系分析结果显示,5个野生种和所有古老月季品种与大多数栽培品种的亲缘关系较近。

利用SSR分子标记进行水稻籼粳分类体系的初步构建

以典型籼稻七山占和典型粳稻秋光构建的F8重组自交系(RIL)为研究对象,选取均匀分布于水稻12条染色体的94对及籼粳特异性28对共122对SSR引物对群体进行标记分析,对与籼粳分类相关的程氏指数各性状进行QTL分析,找出与程氏指数各性状连锁的34对标记,运用这34对标记及28对籼粳特异性标记进行群体籼粳血缘测定,探讨引物类型对分类的影响;并按在每条染色体上均匀选取大约3,5,8对引物共计34,65,90对引物进行群体籼粳血缘测定,探讨引物数量对分类的影响。结果表明:几种方法都将群体划分为以偏粳到粳类型居多的连续分布,籼及偏籼呈极少数。按血缘来源为50%的界限进行籼粳划分对比发现28对籼粳特异标记及34对与程氏指数连锁标记与总122对标记的相符度分别为96%和90%,均匀选取34,65,90对引物与总122对标记的相符度分别为91%,97%和99%,28对籼粳特异标记及65对均匀选取标记与122对标记的分类结果相符度均在95%以上,用较少的引物即可以对群体的籼粳血缘进行分析。

应用SSR分子标记鉴定超级杂交水稻组合及其纯度

应用SSR分子标记技术对超级杂交稻5 个组合(HYS 1/R105、培矮64S/E32、两优培九、88S/0293、J23A/Q611)及其9个亲本进行了鉴定。用144对SSR引物进行筛选,有47对能够在实验材料中显示较好的多态性,其中,RM337与RM154呈现丰富多态性,可鉴别供试组合并分别与其亲本区分开。对于水稻的每一条染色体,各筛选出两条产生多态性的引物,共24对,并提供一组作为鉴定参考的图谱;通过杂种表现为父母本互补带型的特点,找到在杂交稻组合及其亲本间具有多态性的引物,筛选出5对引物分别作为鉴定上述5个超级杂交稻组合的特异引物,进而针对杂交稻不同的纯度问题设计鉴定方法。

利用SSR分子标记技术鉴定和分析茄子杂种F_1的纯度

【目的】分析、鉴定茄子杂种F1纯度,为提高茄子杂交育种效率提供参考依据。【方法】在育苗期,采用SSR分子标记技术对栽培茄×栽培茄正、反杂交种和野生茄×栽培茄杂交种进行纯度鉴定及亲缘关系分析。【结果】从124对SSR引物中筛选出15对在亲本间存在差异、扩增稳定、条带清晰的引物;从210株杂种F1单株中共鉴定出208株真杂种,杂种纯度为99.0%,鉴定结果与田间性状调查结果一致;栽培茄×栽培茄正、反交组合的F1与亲本的亲缘关系均较近,遗传关系差别微小;野生茄×栽培茄组合的F1与父本的亲缘关系均较远,且表现出偏母本遗传。【结论】SSR分子标记技术能快速、准确鉴定茄子杂交后代的纯度,可作为分子标记辅助育种手段用于指导选择符合茄子育种目标的优良杂交品种选育。

SSR分子检测与田间种植鉴定杂交稻种子纯度的研究

以本地正季鉴定为对照,比较了5个杂交稻种子SSR分子标记和海南田间种植纯度鉴定的差异。结果表明,3种鉴定方法结果一致,无显著差异。SSR分子标记纯度鉴定结果准确、可靠、快速,可应用于杂交稻种子纯度检测。

江西柑橘地方品种资源及野生近缘种SSR分子标记

利用SSR分子标记方法研究了63个江西柑橘地方品种资源及野生近缘种的遗传多样性,用30对SSR引物,检测到374条等位基因,平均每对引物检测到等位基因3～28个,平均12.47个,平均信息量为0.805.用UPGMA方法可将63个试材划分为8个类群,聚类结果可以推断出崇义野生橘可能是江西柑橘的始祖,井冈野生橙可能是橘类和橙类的杂交种.

基于RNA-seq数据大规模开发中华蜜蜂幼虫的SSR分子标记

中华蜜蜂是东方蜜蜂的一个亚种,也是我国的特有蜂种。本研究基于已获得的中华蜜蜂幼虫肠道转录组数据预测SSR分子标记,并进行SSR位点的信息分析和SSR引物的发掘。利用MISA软件对幼虫肠道转录组中数据组装得到的43557条unigenes进行搜索,共预测出13448个SSR位点,它们分布于7763条unigene中,其中最主要的重复类型为二核苷酸重复(58.03%),其次为三核苷酸重复(28.23%)和四核苷酸重复(9.72%)。二核苷酸重复中的基序主要是AT/AT(占总量的30.4%)。对于所有的SSR位点,利用Primer Premier 5软件成功设计出21627对引物,随机选取48对引物对5个不同来源的中华蜜蜂幼虫肠道样品进行SSR位点扩增,共有15对成功扩增出符合预期的目的片段。研究结果表明利用转录组数据大规模开发中华蜜蜂幼虫的SSR引物是可行的,本研究开发出的SSR引物为研究中华蜜蜂分子遗传学奠定了基础。

利用SSR分子标记鉴定葡萄F_1代杂种

葡萄是遗传上高度杂合的木本果树,获得真实性杂种是有效开展杂交育种及其他遗传学研究的重要基础。以玫瑰香×红地球杂交组合后代株系为材料,采用SSR分子标记对杂交后代单株进行杂种真实性鉴定,筛选出在双亲间有特异位点的SSR引物,对210株杂交后代进行了鉴定,结果表明:210株杂交后代中有183个单株具有父本和母本的特异性条带,并结合田间形态学分析,确定为真实性杂种。SSR分子标记能够简单、高效的对葡萄杂交后代进行真实性鉴定。

利用SSR分子标记鉴定若干玉米自交系的亲缘关系

利用SSR分子标记技术对当前和过去广泛应用的12个玉米自交系进行遗传多样性分析,并划分了杂种优势群。在SSR分析中,选用107对基本均匀分布在玉米10条染色体上的扩增带清晰且具有多态性的SSR引物,在供试材料中共检测出419个等位基因变异,平均每对引物检测出3.9个等位基因,平均多态性信息量为0.60。聚类分析将12个自交系划分为6类,即Ⅰ(综31,综3,自330,Va35)、Ⅱ(吉63,旅28),Ⅲ(黄早四,大秋36)、Ⅳ(B73),Ⅴ(太183),Ⅵ(87-1,P138)。研究结果表明,用SSR标记划分杂种优势群与自交系系谱关系基本一致。来自于综合种的综31、综3在本研究中被归为Ⅰ类,它们与组成综合种的亲本自交系的关系依次为与自330最近,其次为Va35,而与吉63、黄早四、旅28、B73、大秋36、太183的亲缘关系较远。新选系综31、综3与其亲本系相比与Ⅵ类杂交可产生更大的优势。

小麦杂种优势群研究 Ⅵ.普通小麦与穗分枝小麦、轮回选择后代材料、西藏半野生小麦和斯卑尔脱小麦早熟诱变系的SSR分子标记遗传差异研究

为分析小麦杂种优势群,采用微卫星(SSR)分子标记对中国北方冬麦区普通小麦(20份)、穗分枝小麦(4份)、轮回选择后代(14份)、西藏半野生小麦(3份)和斯卑尔脱小麦Hubel早熟诱变系(4份)共45份材料的遗传多样性进行了分析。结果表明,所用23个SSR引物在45个材料间共检测出226个等位变异,每个引物检测出5-16个等位变异,平均为9.82个。普通小麦群体与轮回选择后代、穗分枝小麦、西藏半野生小麦和Hubel诱变系间的遗传距离分别为0.7715、0.8145、0.9087和0.9217,均明显高于普通小麦群体内的0.6622;在聚类结果上,普通小麦、穗分枝小麦、轮回选择后代、西藏半野生小麦和Hubel诱变系也被明显地划分为五大不同类群,说明普通小麦群体与穗分枝小麦、轮回选择后代、西藏半野生小麦和Hubel诱变系间存在着较大的遗传差异。其中,轮回选择后代、穗分枝小麦和Hubel诱变系与普通小麦杂交F1代育性正常,且为普通小麦表型,可用作杂交小麦的亲本。西藏半野生小麦成熟时期穗轴自然断落,不利于收获,在用于小麦杂种优势利用时须先进行遗传改良。

云南割手密82-114种间杂交后代SSR分子标记鉴定

针对云南割手密82-114(简称云割82-114)丰产、强生势的种质特性,利用福州果蔗(百眉蔗)×云割82-114获得99-67,利用99-67与云瑞99-248杂交获得03-1、03-3、03-12、03-16等18个杂交后代,利用03-16与ROC10杂交获得04-65,利用03-12与云瑞03-122杂交获得04-66等优良创新种质。SSR分子标记鉴定表明:99-67及03-5、03-7、03-10、03-13、03-15是真杂种,为甘蔗新品系的选育提供优良的创新种质。

鹅掌楸属种及杂种的SSR分子鉴定

以不同种源的鹅掌楸、北美鹅掌楸和不同组合的杂交鹅掌楸为试验材料,对176对SSR引物进行初筛、复筛,最后筛选出1对物种特异性SSR引物。该引物在鹅掌楸群体中特异性扩增出190bp的产物,在北美鹅掌楸群体中特异性扩增出180bp的产物,在杂交鹅掌楸群体中特异性扩增出180bp和190bp2种产物。该引物对鹅掌楸种间鉴别准确率达100%。