高粱耐盐种质筛选及耐盐种质多态性分析

通过对103份高粱材料的芽期和苗期耐盐性进行鉴定筛选,筛选出芽期耐盐材料22份、苗期耐盐材料7份,芽期和苗期均达2级以上的耐盐材料仅有1份。结果表明,高粱芽期比苗期表现出更好的耐盐性;58对SSR引物进行的遗传多样性分析共产生200个等位位点,平均每个位点3.448个;多态性信息含量(PIC)的变化范围为0.337～0.816,平均为0.629。聚类分析表明,28份高粱耐盐性品种的遗传距离为0.060～0.505,平均为0.378,遗传距离较小,亲缘关系较近。认为耐盐鉴定一是要扩大材料筛选范围,筛选不同遗传基础的耐盐材料;二是用芽期、苗期同时进行盐胁迫或芽期、苗期不间断进行盐胁迫处理的鉴定方法,全面地反映高粱品种的耐盐性。

花生栽培种(Arachis hypogaea)类型间遗传差异的SSR分析

本文采用110对SSR引物分析28份花生栽培种资源(7份多粒型、5份龙生型、8份普通型和8份珍珠豆型)间的遗传差异,其中有46对引物在不同品种间检测出2￣9个等位基因,多态性信息量(PIC)为0.080￣0.869。对28份材料的聚类分析表明,SSR聚类结果与根据形态特征的分类结果基本一致,但在多粒型品种上存在一定差异。标记pPGSseq15C12在本研究中所有的珍珠豆型品种上均扩增出特异性条带,序列分析表明该标记在珍珠豆型与其它类型间扩增片段的差异是由于ATT重复次数不同所致。

高能混合粒子场辐照小麦M_1代变异的SSR分析

本试验利用北京正负电子对撞机直线加速器E2束流打靶产生高能次级混合粒子场,模拟次级宇宙射线,分别以0、109、145、195、284和560Gy剂量处理两个冬小麦品种ZY9和ZH7,并与相同剂量的60Coγ射线相比较,研究混合粒子场辐射处理对小麦幼苗生长和微卫星(SSR)标记谱带变化的影响。试验结果表明,随着混合粒子场处理剂量的增加,小麦幼苗生长受到的损伤逐渐增加。SSR标记分析结果发现,小麦B基因组的多态性位点频率占总多态性频率的46%,在3个基因组中最高,可能为“热点”突变基因组。高能混合粒子场对冬小麦幼苗的生长抑制和微卫星DNA的损伤效应大于γ射线。

基于竹节参转录组的SSR分子标记开发和鉴定

目的:开发鉴定竹节参SSR分子标记,深入研究竹节参的遗传多样性。方法:基于竹节参转录组数据,利用MISA软件进行SSR序列的查找及特征分析;并根据SSR两翼序列设计引物,优化反应体系,以5种不同居群的竹节参为模板检测SSR引物的多态性。结果:在竹节参转录组的66 403条unigenes中找到12 244个SSR位点,共分布于10 299条unigenes中,SSR发生频率为15.51%;SSR重复基序则以2、3、5、6重复类型为主,各自最多的重复单位分别为:AT/AT(44.87%)、AAG/CTT(24.00%)、AAAAT/ATTTT(19.28%)、AAAAAT/ATTTTT(6.54%)。设计30对SSR引物进行PCR扩增,24对可扩增得到特异性条带;通过竹节参样品检测引物多态性,最终获得18对稳定的多态性SSR引物。结论:竹节参的SSR位点类型丰富,分布密集,将为竹节参及其近缘种的分子鉴定和遗传多样性研究奠定分子基础。

新型57H突变体和代表性籼稻品种间的SSR解析

GPH2是新型57H粳稻突变体,是研究水稻胚乳储藏蛋白质合成蓄积的理想材料。采用聚合酶链式反应(PCR)、核酸凝胶电泳等技术,解析GPH2突变体与代表性籼稻品种(Kasalath、9311、N22、IR36)间的SSR多态性,得出一个结论:9311和GPH2具有最高频度的SSR多态性。该结果表明,该籼稻品种适合与突变体GPH2配型组合,用于突变基因的定位研究。

基于全基因组重测序信息开发玉米H99自交系特异分子标记

随着基因组测序技术和计算生物学的发展,利用生物信息学的方法大规模挖掘基因组特异分子标记已成为可能。玉米自交系H99具有较强的可再生能力,是玉米转基因研究的主要供体材料,但是目前对H99基因组信息了解甚少。本研究利用高通量Illumina测序技术,对H99全基因组进行重测序,利用生物信息学手段大规模挖掘并开发了4043个H99特异性的SSR分子标记。随后利用模拟PCR策略,对开发的SSR分子标记进行电子多态性筛选,针对B73×H99、Mo17×H99和B73×Mo17三个群体亲本组合共开发2699候选的特异多态性SSR分子标记。随机挑选20对SSR分子标记对群体亲本B73、H99和Mo17进行多态性筛选,进一步证实候选的多态性具有95%的准确率。此外,基于B73参考序列对开发的多态性SSR分子标记进行全基因组染色体定位及基因注释,揭示了候选多态性SSR分子标记在全基因组及基因内的分布特征。为玉米自交系H99开发了大量的分子标记资源,同时也为快速开发品种间多态性分子标记提供了一套高效可行的分析方法。

西瓜核心种质遗传多样性分析及指纹图谱构建

深入了解西瓜核心种质资源的群体结构及遗传多样性,可以准确指导亲本间杂交组合的有效配置,避免具有相似遗传背景材料的组合,以便提高育种效率。据此,本研究通过采用45对具有多态性的SSR标记对不同来源的78份西瓜核心种质进行了多元统计分析。结果表明,45个SSR标记共检测出175个位点,其中具有多态性位点数为165个,多态性比率达95.41%,且每对引物平均检测到等位基因位点3.67个,PIC大小范围在0.049~0.781之间,平均值为0.415,其有效等位基因数(Ne)、期望杂合度(He)、观测杂合度(Ho)、多样性指数(I)及Nei's基因多样性指数(H)在该群体水平上分别为2.258、0.479、0.521、0.850和0.476,同时筛选出了28对多态性高、带型稳定、易于统计的核心引物,构建了78份西瓜核心种质的SSR指纹图谱。群体结构分析表明,78份西瓜核心种质资源划分为2大类群和4个亚群,其中来自不同地域的美国材料和日本材料分别独立趋于2大类群中,而中国种质材料普遍交叉分布于2大类群中,且各亚群之间存在着明显的基因交流,分子方差分析表明种质间遗传多样性主要存在于品种间和居群间。