绣球藤叶片转录组分析及SSR引物开发

转录组是特定组织或细胞在某一发育阶段或功能状态下转录出来的所有转录本的集合,转录组研究能够从整体水平上探讨基因功能及基因结构,揭示特定生物学过程的分子机制。利用Illumina测序平台对绣球藤叶片的转录组进行测序,共得到原始reads 92 042 086个;对其测序组装总共获得202 340个unigene,长度分布于201～19 415bp之间,平均长度为642 bp;数据库中的序列同源性比较表明,95 586个unigene与其他生物的已知基因具有不同程度的同源性;绣球藤转录组中的unigene根据基因本体论(gene ontology,简称GO)功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物学过程三大类和38个亚类;将unigene与蛋白质直系同源数据库(cluster of orthologous groups,简称COG)数据库进行比对,根据其功能大致可分为26类; KEGG数据库作为参考,依据代谢途径可将unigene定位到5个代谢途径分支; KEGG通路分析显示,参与翻译的unigenes最多有550条,并得到10 255个简单重复序列(simple sequence repeat,简称SSR)位点,能为今后对铁线莲属植物资源的研究和有效利用奠定基础。

开发SSR引物方法之研究动态

SSR标记是一种基于DNA长度多态性的分子标记技术,是进行群体遗传结构分析、构建遗传连锁图谱非常有效的工具。由于SSR标记是特异引物标记,必须在知道某个物种DNA序列的前提下,才能设计引物进行PCR扩增,故而存在一个引物开发的问题。从SSR标记的发展历程来看,开发SSR引物的方法有经典的构建与筛选基因组文库的方法、微卫星富集法、省略筛库法和数据库搜索法等四种。综述了这4种方法的操作流程及其在实际应用中的优缺点,并对近年来SSR引物在相近的物种间转移使用的情况作了介绍。

基于转录组序列的岩白菜SSR位点特征与引物开发

本研究对岩白菜转录组测序获得的94755条Unigene用MISA软件进行SSR位点挖掘和分析,共获得10237个SSR位点,SSR出现频率为10.80%,所有的SSR位点分布于9001条Unigene上,发生频率为9.50%;二核苷酸(72.31%)分布最多,其次是三核苷酸(22.29%),主导的重复基元类型是AG/CT。利用Primer 5.0进行引物设计,随机筛选100对引物进行验证,有60对可以扩增出与预期大小相符的条带,且多态性较好。结果表明基于岩白菜转录组序列开发SSR标记是可行的,这些SSR引物的开发有助于岩白菜的遗传多样性分析和分子标记辅助育种。