利用SSRseq分子标记的大蒜种质资源遗传多样性研究

利用筛选出的24对SSRseq引物对来自世界各地的676份大蒜种质进行遗传多样性、主坐标和群体遗传结构分析。结果表明:24对SSRseq标记在676份种质中共检测到124个多态性位点,平均等位位点数为5.17个,Nei’s多样性指数平均为1.77,Shannon’s信息指数平均为0.62,平均观测杂合度和期望杂合度分别为0.33和0.34。用邻近法将676份资源划分为4类,其中第Ⅰ类包括以来源于亚洲中高纬度为主的186份种质,第Ⅱ类包括以来源于欧洲、中亚和北美洲为主的205份种质,第Ⅲ类包括以亚洲半抽薹类型的资源为主的132份种质,第Ⅳ类包括以来源于亚洲低纬度为主的153份种质。主坐标分析表明,亚洲低纬度地区的种质聚集在第Ⅰ类与第Ⅲ类,亚洲中高纬地区、欧洲、北美洲地区的种质聚集在第Ⅱ类。群体遗传结构分析将种质资源划分为4类,与邻近法聚类分析相似,以来自欧洲、中亚、北美洲为主的种质资源群体基因多样性和Shannon’s多样性信息指数最大,分别为0.3213与0.5933。用邻近法聚类分析与群体遗传结构分析均将382份中国资源划分为4类,分别以华北、华南、蒙新、西南地区种质为主。主坐标分析表明,中国华北、华南地区的种质分布在PC1的两端,表现出较远的亲缘关系。研究结果将为后期大蒜资源的深入评价和品种选育提供重要参考。

油茶种质倍性的SSR-PAGE和SSRseq鉴定

本研究采用流式细胞仪、SSR-PAGE和SSRseq相结合的方法,对97份油茶种质资源的染色体倍性进行了鉴定。结果表明:(1)以二倍体狭叶油茶为对照,流式细胞仪检测发现,在96份油茶种质中,29份是二倍体,58份是四倍体、9份是六倍体;(2)每份种质的56个SSR标记的SSR-PAGE扩增位点等位基因数表明,等位基因数最大为2的二倍体有22个,最大为4的四倍体有66个,最大为6的六倍体有9个,流式细胞仪检测的8个二倍体被校正为四倍体;(3)每份种质的56个SSR标记的SSRseq等位基因数鉴定的96份油茶种质染色体倍性结果与SSR-PAGE扩增位点等位基因数估测的结果一致。流式细胞仪可快速检测植物DNA分子量、SSR-PAGE可提供位点的最大等位基因数、SSRseq可精确获得等位基因数,三者结合是快速准确鉴定多倍性物种的染色体倍性的可靠技术与方法。