基质辅助激光解析电离飞行时间质谱用于产碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌ST11分型的研究

目的探讨基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)用于产碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌ST11分型。方法收集2012年10月-2014年10月5所医院的80株产碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌菌株。经多位点序列分析(MLST),28株为ST11型,52株为其他分型(other sequence type,OST)。通过MSP dendrogram聚类分析、MALDI Biotyper建立数据库、Clin Pro Tools建立模型3种方法研究ST11分型的可能性。结果 MSP dendrogram聚类分析在距离水平线1000处可将80株菌聚类分析为两类,敏感性为65.78%,特异性为92.85%。MALDI Biotyper数据库验证结果:18株ST11有1株菌分为OST,32株OST有2株菌被分为ST11,敏感性为89.47%,特异性为96.77%。Clin Pro Tools用其余菌株验证模型全部正确,敏感性和特异性均为100%。结论 MALDI-TOF MS可通过3种方法区别ST11与OST,以Clin Pro Tools软件建立模型的方法最可靠。

碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌ST11菌株的基因组学特点分析

目的分析碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)ST11菌株的基因组学特点。方法挑取南京地区流行的3株CRKP-ST11菌株,提取基因组DNA,进行全基因组学测序,获得拼接后的全基因组。同时,从NCBI数据库中下载HS11286(中国上海)、JM45(中国杭州)、ATCC BAA-2146(美国/印度)的基因组为对照菌株,进行基因组GC碱基含量、单核苷酸多态性、亲缘关系及荚膜多糖(CPS)基因簇结构分析。结果CPS基因簇的G+C含量大多<50%,不同于染色体其他部分,是CRKP-ST11的主要单核苷酸多态性位点;进化树分析显示南京地区分离的3株CRKP-ST11菌株与上海、杭州的CRKP-ST11亲缘关系相近,与美国/印度的CRKP-ST11较远。这3株CRKP-ST11的CPS基因簇一致,与杭州、上海及美国/印度的3株CRKP-ST11菌株的差异主要在CPS可变区。结论CPS是CRKP-ST11的主要单核苷酸多态性位点,可能是CRKP-ST11菌株的主要进化区,CRKP-ST11的流行可能与CPS基因簇可变区有关,具有地域特点。

重症监护室患者胃肠道产KPC-2肺炎克雷伯菌ST11株的分布调查及遗传相关性分析

目的分析产KPC-2肺炎克雷伯菌ST11株在南京大学附属鼓楼医院重症监护室(Intensive Care Unit,ICU)住院患者胃肠道的定植情况,并分析bla_(KPC-2)阳性肺炎克雷伯菌ST11菌株之间的遗传相关性。方法采集我院ICU患者的肛拭子,使用含有0.5μg/mL美罗培南的麦康凯平板筛选碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌,K-B法测定其对临床常用抗菌药物的敏感性;采用PCR法和DNA测序技术检测bla_(KPC-2)基因;多位点序列分型技术分析bla_(KPC-2)基因阳性肺炎克雷伯菌的序列分型(sequence type,ST),筛选出ST11菌株。脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)技术分析产bla_(KPC-2)肺炎克雷伯菌ST11菌株之间的遗传相关性。结果共收集肛拭子125份,30株(24.2%)为碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌。其中,27株(90.0%)携带bla_(KPC-2)基因,26株(86.7%)细菌为肺炎克雷伯菌ST11,25株(83.3%)细菌为产KPC-2肺炎克雷伯菌ST11株。PFGE结果显示,19株产KPC-2肺炎克雷伯菌ST11菌株之间有很大的遗传相关性。结论产bla_(KPC-2)肺炎克雷伯菌ST11株在我院ICU患者胃肠道中定植广泛,可能是其感染的主要病原菌,需加强感染控制措施。

首例同时携带bla_(NDM-1)、bla_(KPC-2)、bla_(DHA-1)、bla_(TEM-1)和bla_(OXA-1)基因的ST11肺炎克雷伯菌临床株

目的探讨产碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌的耐药机制,为医院感染控制提供依据。方法法国VITEK-2Compact对细菌进行鉴定和药敏试验;改良Hodge试验初筛肺炎克雷伯菌是否产碳青霉烯酶;多重PCR对菌株进行β-内酰胺类耐药基因和16SrRNA甲基化酶基因的检测,测序确认基因型;多位点序列分型和脉冲场凝胶电泳实验进行细菌的同源性分析。结果 5株肺炎克雷伯菌多位点序列分型是ST11型,其中4株都同时携带有blaKPC-2、blaTEM-1、blaCTXG9和16SrRNA甲基化酶rmtB基因,另外1株(HD03)肺炎克雷伯菌同时携带blaNDM-1、blaKPC-2、blaDHA-1、blaTEM-1和blaOXA-1基因。脉冲场凝胶电泳显示,除了HD04菌株多一条带外,其余带型5株菌完全一致。结论经检索,肺炎克雷伯菌同时携带blaNDM-1、blaKPC-2、blaDHA-1、blaTEM-1和blaOXA-1基因为国内外首次报道,且该感染者无国外流行病学史。因此,要进一步加强对碳青霉烯类耐药的肠杆菌的医院感染控制和预防。

猪源ST11型艰难梭菌TcdB毒素受体结合域双抗体夹心ELISA的建立

艰难梭菌是一种重要的人兽共患肠道病原菌,广泛存在于人和多种动物体内。ST11型艰难梭菌是国际上流行最广泛、危害最大的亚型之一。我国作为养猪业大国,猪源艰难梭菌的检测方法欠缺,给猪场艰难梭菌的防控留下隐患。本研究旨在建立一种特异、敏感的双抗体夹心ELISA,为猪源ST11型艰难梭菌流行病学调查提供血清学检测方法。首先采用原核表达并纯化出97 kDa的受体结合域(receptor binding domain, RBD)蛋白,并利用杂交瘤技术成功筛选出能稳定分泌针对RBD蛋白的单克隆抗体杂交瘤细胞AE2D3,经检测其抗体亚型为IgG2b(κ)。其次以针对RBD蛋白的单克隆抗体为检测抗体、兔多克隆抗体为捕获抗体,运用棋盘法确定了捕获抗体和检测抗体的配对浓度、抗原包被条件、封闭条件、检测抗体和待检样品的孵育条件、羊抗小鼠IgG/HRP和TMB显色液反应条件。经测定,此方法的临界值OD_(450)为0.152,与13株非ST11型的艰难梭菌无交叉反应,对RBD蛋白的最低检测浓度为8.83 ng/mL。这一特异、敏感、可用于兽医临床检测猪源ST11型艰难梭菌的双抗体夹心ELISA,为养猪业ST11型艰难梭菌流行病学调查提供了可靠的血清学检测方法。

KL47型和KL64型ST11碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌分子流行病学特征

目的 探究KL47型和KL64型ST11碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)分子流行病学特征。方法 收集2018年12月-2019年6月徐州医科大学附属医院87株非重复CRKP菌株,通过多位点序列分型技术确定菌株分型,最终纳入62株ST11型CRKP进行研究。基于wzi基因测序将62株CRKP分为KL47和KL64两组。PCR检测5种常见的碳青霉烯酶基因(KPC、NDM、VIM、IMP、OXA-48)、6种超广谱β内酰胺酶基因(ESBL)(SHV、TEM、CTX-M1、CTX-M2、CTX-M8、CTX-M9)和8个毒力基因(rmpA、rmpA2、iucA、iroN、entB、ybtS、fimH、mrkD),统计分析比较ST11-KL47型菌株和ST11-KL64型菌株在耐药和毒力基因携带模式上的差别。结果 38株为ST11-KL47型菌株,24株为ST11-KL64型菌株。所有菌株均为多药耐药菌,对β内酰胺类、喹诺酮类抗菌药物表现为100.00%耐药,对磺胺甲噁唑/甲氧苄啶和阿米卡星耐药率均高于50%,对多黏菌素和替加环素完全敏感。两组菌株药敏结果无统计学差异。ST11型菌株均产KPC-2酶,携带的ESBL基因均以bla检出率最高。对于基因bla,ST11-KL47型菌株以携带bla为主,ST11-KL64型菌株主要携带bla。ST11-KL64型菌株rmpA的检出率高于ST11-KL47菌株(P<0.05)。结论 本地区CRKP多为ST11型多药耐药菌,且ST11-KL64型肺炎克雷伯菌相比ST11-KL47型肺炎克雷伯菌携带更多的毒力基因和耐药基因,应合理使用抗菌药物并加强医院感染防控措施。

产NDM-1和产KPC-2耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌临床及分子流行病学特征比较

目的比较产NDM-1和产KPC-2耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的临床及分子流行病学特征。方法回顾性分析2017—2020年某儿童医院非重复儿童住院患者临床分离的CRKP,查阅菌株来源患者的病历资料获得患者的基本临床特征。对CRKP进行药敏试验及多位点序列分型(MLST)分析,比较产NDM-1和产KPC-2的CRKP临床及分子流行病学特征。结果2017—2020年共收集164株CRKP菌株,其中96株携带bla NDM-1,68株携带bla KPC-2,产NDM-1的CRKP主要分布在新生儿科室,产KPC-2的CRKP以非新生儿科室居多,两组在标本来源、患者年龄、科室分布和预后情况方面比较,差异均有统计学意义(均P<0.05);产NDM-1的CRKP菌株以ST 17型和ST 278型为主,分别为40.63%、18.75%;而产KPC-2的CRKP菌株以ST 11为主,达73.53%。产KPC-2的CRKP分离株对头孢吡肟、氨曲南、亚胺培南、阿米卡星、庆大霉素、呋喃妥因和磷霉素的耐药率均高于产NDM-1的CRKP分离株,差异均有统计学意义(均P<0.05)。结论产NDM-1和产KPC-2的CRKP菌株在临床及分子流行病学方面均存在差异,产KPC-2的CRKP菌株表现出更严重的耐药性,感染KPC-2 CRKP的患者预后较差,应引起临床和感控的重视。

全球产KPC肺炎克雷伯菌的KPC分布与序列分型分析

目的分析全球产肺炎克雷伯菌碳青霉烯酶(KPC)的肺炎克雷伯菌的序列分型数据,探讨KPC-2、KPC-3与主要流行克隆之间的关系。方法从NCBI中下载全球肺炎克雷伯菌的基因组,分析KPC的分布情况。对产KPC肺炎克雷伯菌基因组进行多位点序列分析,确定其序列分型(sequence type,ST)。分析KPC在不同克隆菌株中的分布情况,以及在主要流行克隆ST11、ST258及ST512中KPC变异体KPC-2和KPC-3的流行率差异。结果全球肺炎克雷伯菌的基因组中产KPC 1943株,有KPC变异体14种,以KPC-2(959/1943,49.4%)和KPC-3(952/1943,49.0%)为主;有115种ST型,以ST258(996/1943,51.3%)、ST11(285/1943,14.7%)和ST512(259/1943,13.3%)为主。959株KPC-2菌株分布在87种ST中,以ST258(413/959,43.1%)和ST11(274/959,28.6%)为主;952株KPC-3菌株分布在45种ST中,以ST258(570/952,59.9%)和ST512(259/952,27.2%)为主。KPC-2在ST11菌株中的流行率(274/285,96.1%)显著高于在ST258中的流行率(414/996,41.6%),差异有统计学意义(χ^(2)=43.819,P=0.000);KPC-3在ST512中的流行率(259/259,100%)显著高于在ST258中的流行率(570/996,57.2%),差异有统计学意义(χ^(2)=206.645,P=0.000)。结论从全球范围来看,KPC的流行以KPC-2和KPC-3为主,KPC-2的流行克隆菌株以ST11和ST258为主,KPC-3的流行克隆菌株以ST258和ST512为主,加强该类细菌的监测对于预防院内感染控制具有重要作用。

耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌耐药机制及呼吸机相关性感染的流行病学分析

目的:探讨碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(Carbapenem-resistant Klebsiella pneumonia,CRKP)耐药机制及临床分离株与呼吸机分离株之间的遗传相关性。方法:收集41株碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌,其中28株为临床分离株,13株为呼吸机分离株。改良Hodge试验检测碳青霉烯酶,亚胺培南/EDTA结合(DDTs)及协同(DDST)试验检测金属酶,双纸片增效试验检测超广谱β-内酰胺酶(ESBLs),纸片扩散法检测药敏试验,E-test检测肺炎克雷伯菌对替加环素的MIC。PCR检测耐药基因,产物测序,确定其基因型。采用多位点序列分型(MLST)对CRKP进行分子遗传学分析。结果:所有菌株改良Hodge试验均阳性,基因检测均为blaKPC-2;只检测到一株菌产金属酶,基因型为bla NDM-1;未检测出blaGES、bla VIM、bla SPM、bla IMP及blaOXA等其它碳青霉烯酶基因。ESBLs检出率为43.90%,但所有菌株均携带β-内酰胺酶基因,以blaCTXM-24为主(92.68%,38/41),其次为bla SHV-12(78.05%,32/41)。38株携带bla TEM中,其中35株为广谱bla TEM-1,只有3株为超广谱blaTEM-104。所有菌株均检测出外膜蛋白ompk35基因,95.12%的菌株有外膜蛋白ompk36基因。28株临床分离株大部分来自ICU病房(67.86%,19/28),其中有24例感染患者使用了呼吸机;41株CRKP对临床常用的18种抗菌药物中100%耐药的有9种,耐药率最低的为四环素类,分别为替加环素(2.44%,1/41),米诺环素(7.32%,3/41)和四环素(14.63%,6/41)。MLST结果显示,所有呼吸机分离株均属ST11型,28株临床分离株有25株也属ST11型,2个新的ST型已被Pasteur MLST数据库确认收录并分别命名为ST1854和ST1855。结论:CRKP多重耐药情况非常严重,携带bla KPC-2基因是其碳青霉烯类抗生素耐药的主要原因,存在ST11型肺炎克雷伯菌播散,且与呼吸机传播有关。

中国2017-2019年耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌耐药基因及流行克隆特征

目的探讨耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)在我国流行的克隆及分子流行病学特征,为临床追踪、实时监控CRKP医院感染及防控提供实际数据支持。方法通过文献检索收集2017-2019年全国CRKP菌株相关文献,纳入可提供菌株采集地,采用聚合酶链反应(PCR)方法检测耐药基因和多位点序列分型(MLST)分析得出ST型别的文献进行回顾分析,并使用BioNumerics创建最小生成树。结果最终纳入40篇文献,共2094株CRKP菌株,分布在全国6个地区(东北、华北、华东、华南、华中、西南)共15个省市,其中1631株(77.89%)CRKP携带产KPC酶耐药基因,检出亚型主要为KPC-2型(1014株,62.17%)。2094株CRKP共检出12种耐药基因,其中KPC耐药基因在6个地区的检出占比均超过50%。859株CRKP经MLST,主要优势序列型别为ST11型(659/859,76.72%),且在全国6个地区均有分布。产KPC-2酶的ST11型菌株(581/659,88.16%)为我国流行的最主要类型。结论携带耐药基因的CRKP菌株在全国散播流行迅速,目前已遍布全国6个地区,应建立应对CRKP的综合防控措施,避免CRKP在医院内暴发流行。

耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌耐药基因及同源性分析

目的了解急诊重症监护病房(ICU)分离耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)耐药基因携带情况和菌株同源性。方法收集2015年7月至2016年8月分离自徐州医科大学附属医院急诊ICU的CRKP 19株,PCR检测碳青霉烯类耐药基因、超广谱β内酰胺类相关基因及头孢菌素类耐药基因;脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型(MLST)进行菌株分子分型。结果 19株CRKP菌株中18株检出碳青霉烯类耐药基因,包括blaKPC-2型17株和blaNDM-5型1株;18株菌均携带ESBLs基因,其中blaSHV-12型8株、blaSHV-11型3株、blaSHV-2a型5株,blaTEM-1型15株、blaCTX-M-65型10株,blaCTX-M-15型3株,blaCTX-M-14及blaCTX-M-27型各1株;13株检出头孢菌素类耐药基因,且均为blaDHA-1型。PFGE分型显示19株CRKP可以分为4个型和4个亚型,包括A1型12株,A2型、A3型、A4型各1株,B型2株,C型及D型各1株。MLST显示ST11型15株,ST48型2株以及ST37型1株,1株菌未能分型。其中15株blaKPC-2阳性ST11型菌株PFGE分型为型别A。结论我院急诊ICU存在携带blaKPC-2基因ST11型CRKP菌株克隆传播,应加强急诊ICU的耐药性监测以及病房的隔离和消毒。

低钙血症患儿心电图ST／TP比值测定的意义

目的探讨测定低钙血症患儿心电图ST/TP比值的临床意义。方法采用日本福田公司NIHOH KOHDEN CardiofaxQ ECG-9130P电脑心电图系统12导联同步心电图机,对61例低钙血症患儿ST/TP比值进行检测,并与31例同期健康儿童进行对照分析,同时用临床电解质分析仪测定血清离子钙水平。采用SPSS11.5软件进行统计学处理,P<0.05为有统计学意义。结果低钙血症组ST/TP比值、血清离子钙与健康组比较有显著性差异(Pa<0.05),且低钙血症伴抽搐组ST/TP比值血清离子钙与单纯低钙血症组比较有显著性差异(P<0.05)。离子钙水平与ST/TP比值呈负相关。结论在不能检测血清离子钙或患儿采血困难的情况下,快速进行心电图检查,ST/TP段比值可反映低钙血症患儿的病情,指导临床治疗。

碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌下呼吸道医院感染流行病学分析

目的分析碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)引起的医院内下呼吸道感染的流行病学特征,为CRKP医院内感染提供理论依据。方法收集2018年1—12月在某三级甲等教学医院医院内下呼吸道感染CRKP患者的临床资料,并进行流行病学调查分析。研究对象为下呼吸道医院感染患者痰液、肺泡灌洗液培养CRKP的病例。通过PCR和DNA测序检测耐药基因。通过多基因座序列分型(MLST)分析CRKP菌株的细菌克隆相关性。结果2018年医院CRKP感染年发病率为5.71/10000出院人数(104/182,243×10000),每10万患者住院日为5.53(104/1,879,650×100000)。104例研究对象中,65岁以上占46.16%(48/104),既往史中高血压42.83%(44/104),ICU入住史27.89%(29/104),抗菌药物暴露史为88.46%(92/104)。最常见的MLST分型为ST11(79/104,76.0%),其次是ST48(9/104,8.65%)。KPC-2(101/104,97.12%)是主要的碳青霉烯酶,AmpC-酶和超广谱β-内酰胺酶分别以DHA-1、CTX-M-65为主。结论医院内下呼吸道感染的CRKP菌以中产生KPC-2的ST11肺炎克雷伯菌最为常见。长期的、系统的检测以及严格的控制措施是遏制此类细菌传播的重要措施。

一株罕见不携带rmpA、rmpA2的多药耐药高毒力肺炎克雷伯菌临床分离株

肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)是一种臭名昭著的机会致病菌,尤以高毒力肺炎克雷伯菌(Hypervirulent K.pneumoniae,hvKp)为重。幸运的是,多数hvKp对抗生素敏感。然而,近年来,多药耐药hvKp(multidrug-resistant hvKp,MDR-hvKp)引发病症的报告剧增,威胁着全世界人民的健康和安全。本研究报告了一例感染了不携带rmpA和rmpA2的MDR-hvKp的92岁慢性阻塞性肺疾病患者的病例。患者在住院后第8天去世。对患者痰液中分离得到的肺炎克雷伯菌21072329进行表型实验和全基因组测序,结果显示,21072329属于ST11-KL47 MDR-hvkp,该菌株对大蜡螟具有较高的致死率。同时,21072329有着较强的粘性,难以将其完全离心。21072329携带ESBL(extended spectrum beta-lactamase)基因(blaCTX-M-65,blaSHV-158,和blaTEM-1)和碳青霉烯酶基因(blaKPC-2),其对碳青霉烯类抗生素和第三代、第四代头孢菌素耐受。21072329虽具有hvKp的特征,但在其基因组中未发现rmpA和rmpA2。此外,它只携带了一种铁载体耶尔森菌素(yersinabactin)。这表明可能存在其他促进hvKp形成的高毒力因子。MDR-hvKp已经给全球医疗保健带来了巨大负担,携带未知高毒力因子的肺炎克雷伯菌则带来了新的威胁,因此迫切需要进行预防和深入研究。

耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的分布特征及耐药性分析

为了揭示本地区耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CR-KP)的分布特征及耐药性,本研究对2017年7月至2019年9月期间收集的2127株肺炎克雷伯菌株进行分析。其中CR-KP共91株(4.28%)。研究显示,ICU来源的样本最多[28(30.77%)例],其次为呼吸内科[12(13.19%)例]、新生儿重症监护室[7(7.69%)例]、儿科[6(6.59%)例],小儿呼吸科[6(6.59%)例]。痰液[74(81.32%)例]是CR-KP的主要来源,其次为尿液[8(8.79%)例]。CR-KP菌株对氨苄西林/舒巴坦(98.9%)、厄他培南(97.2%)和哌拉西林/他唑巴坦(90.1%)的耐药率最高。CR-KP菌株对妥布霉素(52.2%)、复方新诺明(47.3%)和替加环素(0.0%)的耐药率较低。本研究对91种CR-KP菌株进行了MLST分子分型,ST11型菌株最多[43(47.3%)],其次为ST76型[17(18.7%)]和ST25型[11(12.1%)]。耐药基因检测显示,KPC-2的阳性检出率最高[65(71.4%)]。NDM-1的阳性检出率为21(23.1%),IMP-4的阳性检出率为7(7.7%),IMP-8的阳性检出率为1(1.1%)。本研究表明,ICU、呼吸科和儿科是CR-KP的主要感染科室。CR-KP菌株对氨苄西林/舒巴坦、厄他培南和哌拉西林/他唑巴坦的耐药率最高,对妥布霉素、复方新诺明和替加环素的耐药率较低。CR-KP菌株中的ST11分型菌株最多,KPC-2的阳性检出率最高。

高毒力碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌的院内播散与分子进化

高毒力碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌(Hv-CRKP)已成为全球公共卫生领域的重大挑战.该研究报告了2017年至2022年浙江一家三甲医院Hv-CRKP分离株的定植和传播情况.对来自72名患者的90个不同的CRKP菌株进行测序分析,发现院内感染Hv-CRKP的流行主要依赖于ST11-K64克隆传播.对11个代表性分离株进行了全基因组测序,得到了31个完整的质粒基因序列,其中包括12个携带KPC-2耐药基因的质粒和10个携带rmpA毒力基因的质粒.除了二元质粒外,还发现了两种可介导rmpA和KPC-2共同传播的融合质粒.研究人员通过捕获其祖先质粒,提出了该融合质粒的形成机制.此外,发现了五种rmpA启动子变异体(P9T到P13T),其活力与地理分布存在差异.通过CRISPR/Cas9基因编辑技术,证实活跃的“P11T-rmpA”调控子是“高风险”ST11-K64/CRKP克隆群的生物标志物.该研究拓展了对ST11-K64/Hv-CRKP流行性克隆的播散和临床演进的认知.