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绿豆象实时荧光定量PCR内参基因的筛选
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作者 张敏 李子鹏 +2 位作者 赵欣然 张仙红 郑海霞 《环境昆虫学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期174-183,共10页
绿豆象Callosobruchus chinensis是一种世界性分布的害虫,对绿豆、豇豆等豆科作物的产量与品质造成严重影响。本研究旨在筛选出适合分析绿豆象不同发育阶段以及成虫不同组织中稳定表达的内参基因,根据绿豆象转录组测序以及相关参考文献... 绿豆象Callosobruchus chinensis是一种世界性分布的害虫,对绿豆、豇豆等豆科作物的产量与品质造成严重影响。本研究旨在筛选出适合分析绿豆象不同发育阶段以及成虫不同组织中稳定表达的内参基因,根据绿豆象转录组测序以及相关参考文献报道,筛选出8个候选内参基因(β-Actin、β-Tubulin、α-Tubulin、AK、GAPDH、RPL40、Hsc70、eEF1-α),采用qRT-PCR技术分析在绿豆象不同发育阶段(幼虫、蛹、雌雄成虫)以及成虫不同组织中的(触角、头、腹、足、翅)各候选基因的表达量;利用GeNorm、NormFinder、BestKeeper和在线网站RefFinder并结合△Ct值评估8个候选内参基因的稳定性。结果显示,在绿豆象不同发育阶段以及成虫不同组织中,各候选内参基因Ct值和跨度均不同,表明各候选内参基因表达量存在差异。不同算法综合比较内参基因稳定性以及GeNorm软件最佳内参基因数目的分析显示,在绿豆象虫不同发育阶段中推荐采用β-Act、β-Tub作为内参基因,而在绿豆象成虫不同组织中推荐采用β-Tub、α-Tub作为内参基因,这有利于在绿豆象的基因表达研究中取得更为可靠、准确的数据。 展开更多
关键词 绿豆象 实时荧光定量pcr 内参基因 不同发育阶段 组织 基因稳定表达
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低温弱光胁迫下茄子幼苗实时荧光定量PCR内参基因的筛选与评价
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作者 林珲 裘波音 +1 位作者 朱海生 温庆放 《福建农业科技》 CAS 2024年第8期1-15,共15页
为了探索茄子Solanum melongena L.的基因表达模式,利用qRT-PCR方法分析了茄子ACT、EF1α、TUA、TUB、GAPDH、eIF、UBQ、UBI3、PP2A、CYP、RPL28、L25、SAND、TBP、DNAJ、APRT、EXP、CAC、HSP20和CysPro 20个候选内参基因mRNA的表达差... 为了探索茄子Solanum melongena L.的基因表达模式,利用qRT-PCR方法分析了茄子ACT、EF1α、TUA、TUB、GAPDH、eIF、UBQ、UBI3、PP2A、CYP、RPL28、L25、SAND、TBP、DNAJ、APRT、EXP、CAC、HSP20和CysPro 20个候选内参基因mRNA的表达差异情况,并运用GeNorm、NormFinder和BestKeeper 3种计算方法评价茄子20个候选内参基因在低温、弱光、低温弱光叶片样品中的表达稳定性。结果表明:茄子20个候选内参基因荧光定量引物扩增效率(E)数值在96.8%~117.6%,相关系数(R^(2))介于0.9688~0.9999,扩增效率良好,扩增反应具有高度的专一性,引物能特异性扩增,特异性好,均为单峰,样品间扩增曲线重复性强,可用于qRT-PCR扩增。茄子20个候选内参基因C_(T)值表达丰度分析,发现茄子20个候选内参基因平均CT值在19.76~31.20。3种计算方法的综合评价分析结果显示,TBP基因在所有样本中为最稳定的内参基因。研究可为茄子低温、弱光和低温弱光胁迫下基因特异性表达研究提供了合适的内参基因。 展开更多
关键词 茄子 内参基因 实时荧光定量pcr 标准化 基因表达
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氟胁迫条件下茶树叶部实时荧光定量PCR分析中内参基因的筛选与验证
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作者 李庆会 李睿 +3 位作者 温晓菊 倪德江 王明乐 陈玉琼 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期27-36,共10页
为了筛选氟胁迫条件下茶树(Camellia sinensis)叶部用于实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析的内参基因,以课题组前期筛选的低氟茶树品种福鼎大白茶和高氟茶树品种金观音为试验材料,利用qRT-PCR技术结合geNorm、NormFinder和BestKeeper软件,... 为了筛选氟胁迫条件下茶树(Camellia sinensis)叶部用于实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析的内参基因,以课题组前期筛选的低氟茶树品种福鼎大白茶和高氟茶树品种金观音为试验材料,利用qRT-PCR技术结合geNorm、NormFinder和BestKeeper软件,分析氟胁迫条件下(0.42 mmol·L^(-1)NaF)8个候选内参基因(CsACTIN、CsEF-1α、CseIF-4α、CsGAPDH、CsPP2A、CsTBP、CsTIP41和CsUBC)在茶树不同叶位(新梢和老叶)、不同胁迫时间(0、1、3、7 d)的表达稳定性。结果显示,在氟胁迫条件下,茶树新梢中最优内参基因组合是CsEF-1α、CsTIP41、CsTBP和CsACTIN,老叶中最优内参基因组合是CsPP2A和CsUBC。利用筛选得到的最优内参基因组合分析氟输出蛋白基因(CsFEX)的表达情况,发现CsFEX在两个茶树品种的新梢和老叶中的表达趋势一致,说明筛选的内参组合可用于氟胁迫条件下茶树新梢和老叶中目的基因的检测。 展开更多
关键词 茶树 内参基因 实时荧光定量pcr 基因表达
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非生物胁迫下黄缨菊实时荧光定量PCR内参基因的筛选与验证
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作者 余明君 苏丹丹 +6 位作者 苏旭 陈金元 刘玉萍 张雨 刘涛 杨倩 牛富英 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期2028-2038,共11页
为了筛选基因分析中黄缨菊(Xanthopappus subacaulis)稳定表达的内参基因,本研究以冷、盐和干旱胁迫下黄缨菊的根、茎和叶为材料,依据三代转录组数据选取8个常用内参基因(18S rRNA,GAPDH,PAL,UBQ,TIP,RPS,SAND,TUA)作为候选基因,利用qRT... 为了筛选基因分析中黄缨菊(Xanthopappus subacaulis)稳定表达的内参基因,本研究以冷、盐和干旱胁迫下黄缨菊的根、茎和叶为材料,依据三代转录组数据选取8个常用内参基因(18S rRNA,GAPDH,PAL,UBQ,TIP,RPS,SAND,TUA)作为候选基因,利用qRT-PCR技术并结合geNorm,NormFinder,BestKeeper和RefFinder软件综合评价候选内参基因的表达稳定性。结果表明,冷胁迫下黄缨菊根、茎、叶中最佳稳定性的内参基因分别为SAND,TIP和GAPDH;干旱胁迫下最稳定的内参基因分别是SAND,TUA和UBQ;盐胁迫下稳定性最好的内参基因分别为RPS,RPS和SAND。此外,分别以干旱胁迫处理下黄缨菊根、茎、叶中2个稳定性最佳和1个稳定性最差的基因作为内参基因,衡量耐逆基因WRKY表达量的准确性,表明不同胁迫下筛选出的黄缨菊不同组织中内参基因的稳定性结果均是可靠的。研究结果为今后黄缨菊耐逆基因的表达分析提供了基因资源和理论依据。 展开更多
关键词 黄缨菊 内参基因 实时荧光定量pcr 非生物胁迫 表达稳定性
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猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF7基因实时荧光定量PCR检测方法的建立
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作者 安乐乐 罗迅 +2 位作者 杨宣叶 胡欣妍 赵永清 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第9期1681-1688,共8页
为建立一种快速、高效检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的实时荧光定量PCR方法,本研究根据GenBank公布的中国流行PRRSV病毒株基因序列,制备包含PRRSV ORF7基因的重组质粒标准品,同时,针对PRRSV保守区域ORF7基因序列设计特异性引物和探... 为建立一种快速、高效检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的实时荧光定量PCR方法,本研究根据GenBank公布的中国流行PRRSV病毒株基因序列,制备包含PRRSV ORF7基因的重组质粒标准品,同时,针对PRRSV保守区域ORF7基因序列设计特异性引物和探针,并优化引物和探针终浓度,建立PRRSV Taq Man实时荧光定量PCR检测方法。以质粒标准品为模板构建检测方法线性模型,评估灵敏度、重复性和特异性,并在疑似临床样品中初步应用。本研究建立的PRRSV Taq Man荧光定量PCR检测方法线性关系良好,线性决定系数为0.9975;病毒载量检测限度为1μL 3.32×10^(1)拷贝;变异系数在组内和组间重复中均小于1.500%;仅与PRRSV发生特异性反应,未与其他病毒发生交叉反应。临床样品qPCR检测阳性率为36.92%,高于PCR检测阳性率(26.15%),阳性符合率为100%。基于PRRSV ORF7基因构建的Taq Man荧光定量PCR检测方法线性关系良好、灵敏度高、重复性好、特异性强,可快速、高效检测临床样品PRRSV,为PRRSV早期诊断、及时防控和流行病学调查提供了科学的技术支撑。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征 ORF7基因 Taq Man实时荧光定量pcr 早期诊断
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印楝素胁迫下草地贪夜蛾幼虫实时荧光定量PCR内参基因表达稳定性评价
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作者 舒本水 黄玉婷 +4 位作者 余萱悦 刘翠婷 谢心怡 沈皓 林进添 《广东农业科学》 CAS 2024年第8期21-30,共10页
【目的】选择合适的内参基因对实时荧光定量PCR技术结果的准确性具有重要意义。通过评估印楝素胁迫下草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda J.E Smith)幼虫候选内参基因在不同样品中的表达稳定性,确定最适内参基因,为后续靶标基因功能分析... 【目的】选择合适的内参基因对实时荧光定量PCR技术结果的准确性具有重要意义。通过评估印楝素胁迫下草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda J.E Smith)幼虫候选内参基因在不同样品中的表达稳定性,确定最适内参基因,为后续靶标基因功能分析和印楝素分子毒理机制解析提供基础。【方法】选取草地贪夜蛾α-TUB、β-1-TUB、Actin、EF1α、EF2、GAPDH、RPL3和RPL138个候选内参基因,通过ΔCt、GeNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件对印楝素胁迫下各候选内参基因在草地贪夜蛾幼虫整虫、表皮、中肠、脂肪体和马氏管样品中转录水平表达量的稳定性进行评估,采用GeNorm软件确定最适内参基因数目,最终确定印楝素胁迫下不同样品中最适内参基因组合。【结果】印楝素胁迫下草地贪夜蛾幼虫样品中,ΔCt和Normfinder分析发现α-TUB和β-1-TUB的表达稳定性最高,GeNorm分析发现RPL3和RPL13的表达稳定性最高,BestKeeper分析则是α-TUB和RPL13表达稳定性最高。表皮样品中,β-1-TUB和α-TUB在ΔCt、GeNorm和Normfinder中表达稳定性最高,Actin和β-1-TUB在BestKeeper评估中最稳定。在中肠组织中,ΔCt分析发现EF2和β-1-TUB表达最稳定,GeNorm发现EF1α和RPL3表达最稳定,Normfinder分析发现EF2和β-1-TUB表达最稳定,BestKeeper分析发现RPL13和RPL3表达最稳定。在脂肪体组织中,ΔCt、GeNorm和Normfinder分析下RPL3和EF1α表达稳定性最高,BestKeeper分析则认为RPL13和RPL3稳定性最高。在马氏管组织中,ΔCt分析发现RPL3和EF2表达最稳定,GeNorm评估EF1α和EF2表达最稳定,Normfinder分析发现β-1-TUB和EF2表达最稳定,BestKeeper分析发现RPL13和β-1-TUB表达最稳定。此外,GeNorm软件分析发现各样品中最适内参基因数目均为2个。RefFinder综合分析结果为,α-TUB和β-1-TUB在幼虫和表皮组织样品中表达稳定性最高;EF2和RPL3在幼虫中肠和马氏管组织样品中表达稳定性最高;RPL3和EF1α在脂肪体组织样品中表达稳定性最高。【结论】印楝素胁迫下草地贪夜蛾幼虫和表皮中最适内参基因组合为α-TUB和β-1-TUB;幼虫中肠和马氏管组织样品中最适内参基因组合为EF2和RPL3;脂肪体组织样品中最适内参基因组合为RPL3和EF1α。 展开更多
关键词 实时荧光定量pcr 草地贪夜蛾 印楝素 内参基因 表达稳定性
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鉴别猪伪狂犬病病毒gI/gE基因部分缺失疫苗株和野毒株的TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立
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作者 李倩倩 黄英 +7 位作者 陈翔鸿 宋文博 杨柳 龙云志 余道兵 梁巩 黄超 汤细彪 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第10期68-74,共7页
为建立一种鉴别猪伪狂犬病病毒(PRV)gI/gE基因部分缺失疫苗株和野毒株的TaqMan实时荧光定量PCR检测方法,本试验依据PRV HB-98株和HB2000株的gE和gI基因缺失片段设计特异性引物和探针,优化反应体系,绘制标准曲线,进行特异性试验和敏感性... 为建立一种鉴别猪伪狂犬病病毒(PRV)gI/gE基因部分缺失疫苗株和野毒株的TaqMan实时荧光定量PCR检测方法,本试验依据PRV HB-98株和HB2000株的gE和gI基因缺失片段设计特异性引物和探针,优化反应体系,绘制标准曲线,进行特异性试验和敏感性试验,对临床样本和疫苗样本进行检测,并与商品化试剂盒的检测结果进行对比。结果显示,本试验建立的TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的标准曲线R^(2)为0.9971;该方法特异性强,能区分PRV与其他常见的猪病原体;敏感性高,最低检测限为10 copies/μL;对临床样本的检测结果与商品化试剂盒的检测结果一致;能够区分PRV gI/gE基因部分缺失的疫苗株和野毒株。结果表明,本试验建立了一种特异性强、灵敏度高、适用范围广的鉴别诊断PRV gI/gE基因部分缺失疫苗株和野毒株的TaqMan实时荧光定量PCR检测方法。 展开更多
关键词 猪伪狂犬病病毒(PRV) gI/gE基因部分缺失疫苗株 鉴别诊断 TaqMan实时荧光定量pcr
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鸡传染性喉气管炎病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用
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作者 张玉霞 董雯雯 +2 位作者 袁小远 孟凯 徐怀英 《山东农业科学》 北大核心 2024年第6期128-132,共5页
鸡传染性喉气管炎病毒(Infectious laryngotracheitis virus,ILTV)以往多感染蛋鸡,近年来在蛋种鸡、商品肉鸡中连续多发,表明该病毒感染谱有扩大风险,因此有必要加强对ILTV的监测。为建立高效、灵敏的ILTV检测方法,本研究以ILTV的TK基... 鸡传染性喉气管炎病毒(Infectious laryngotracheitis virus,ILTV)以往多感染蛋鸡,近年来在蛋种鸡、商品肉鸡中连续多发,表明该病毒感染谱有扩大风险,因此有必要加强对ILTV的监测。为建立高效、灵敏的ILTV检测方法,本研究以ILTV的TK基因为靶基因设计引物,扩增并构建pMD18-T-TK质粒标准品,建立SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法和标准曲线,对其特异性、敏感性和重复性进行验证,并对临床疑似病例进行检测。结果发现,该检测方法特异性良好,与其他常见症状相似病原无交叉反应;最低检测浓度为1.55拷贝/μL,灵敏度是普通PCR方法的10倍;重复性好,批内、批间变异系数在0.79%~1.83%之间。表明本研究建立的ILTV实时荧光定量PCR方法特异性强、灵敏度高,可为ILTV的临床诊断和流行病学研究等提供有效的检测方法。 展开更多
关键词 鸡喉气管炎病毒 TK基因 实时荧光定量pcr 特异性 敏感性 重复性
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鸽微RNA病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立
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作者 张靖鹏 陈翠腾 +5 位作者 林琳 付环茹 李兆龙 江斌 黄瑜 万春和 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期860-866,共7页
旨在建立鸽微RNA病毒(pigeon megrivirus,PiMeV)实时荧光定量RT-PCR检测方法。本研究根据GenBank中PiMeVs序列特征设计特异性检测引物,从信鸽粪便中检测到PiMeV阳性(命名为PiMeV-CHN001株),并对其3 C基因进行核苷酸同源性比较和遗传进... 旨在建立鸽微RNA病毒(pigeon megrivirus,PiMeV)实时荧光定量RT-PCR检测方法。本研究根据GenBank中PiMeVs序列特征设计特异性检测引物,从信鸽粪便中检测到PiMeV阳性(命名为PiMeV-CHN001株),并对其3 C基因进行核苷酸同源性比较和遗传进化分析,明确其基因特征后,设计特异性实时荧光定量RT-PCR检测(RT-qPCR)引物组,建立检测PiMeV的RT-qPCR方法。结果显示:PiMeV-CHN001株3 C基因全长为591 bp,编码197个氨基酸,和其他2株野鸽源PiMeV(MeV-B1株和MeV-B2株)核苷酸相似性分别为89.5%和92.0%。建立的检测PiMeV的RT-qPCR方法的标准曲线Y轴截距为37.93,斜率为-3.335,相关系数为1.00,扩增效率为99.4%。特异性强,仅PiMeV出现特异性扩增信号和特异性峰值[Tm值为(81.69±0.22)℃],对鸽源禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)、鸽源禽I型副黏病毒(pigeon paramyxovirus type I,PPMV-1)、鸽输血传播病毒(pigeon torque teno virus,PTTV)、鸽腺病毒(pigeon adenovirus,PiAd)及鸽圆环病毒(pigeon circovirus,PiCV)检测均未见特异性扩增信号;敏感性优,最低检测限为54.0拷贝·μL^(-1);重复性好,批内和批间变异系数均低于1.5%。用建立的检测方法对42份信鸽粪便样品进行检测,发现2份阳性样品(阳性率为4.76%)。本研究首次证实我国大陆地区信鸽中存在PiMeV,丰富了PiMeV宿主谱信息;建立的RT-qPCR方法为后续开展PiMeV流行病学研究提供支撑。 展开更多
关键词 信鸽 鸽微RNA病毒 3 C基因 序列分析 实时荧光定量RT-pcr方法
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水貂圆环病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用
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作者 盛陈艳 麻宝艺 +7 位作者 李健明 宫庆龙 刘菲 时坤 孙志博 刘艺 冷雪 杜锐 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2024年第2期131-138,共8页
为快速检测水貂圆环病毒(MiCV),本试验根据MiCV Cap基因序列设计合成特异性引物,建立了水貂圆环病毒SYBR Green II实时荧光定量PCR检测方法。结果显示,该方法在模板浓度为1.0×10^(6)~1.0×10^(1) copies/μL范围内呈良好线性关... 为快速检测水貂圆环病毒(MiCV),本试验根据MiCV Cap基因序列设计合成特异性引物,建立了水貂圆环病毒SYBR Green II实时荧光定量PCR检测方法。结果显示,该方法在模板浓度为1.0×10^(6)~1.0×10^(1) copies/μL范围内呈良好线性关系,相关系数为0.9983。本试验建立的检测方法对水貂阿留申病毒、猪圆环病毒2型、水貂肠炎病毒、犬瘟热病毒和猪伪狂犬病毒进行检测均无特异性扩增,批内和批间CV均小于2%,对重组阳性质粒的检测下限为1.0×10^(1) copies/μL,比普通PCR的敏感度高100倍,对阳性样品DNA的检测下限为2.38×10^(-2) pg/μL,比普通PCR的敏感度高1000倍。应用该方法对吉林省部分毛皮动物养殖场的水貂、狐狸、貉和环境样品进行检测,结果其阳性率分别为57.23%、48.42%、39.71%和68.48%。上述结果表明,本研究建立的实时荧光定量PCR检测方法具有良好的灵敏性、特异性和重复性,为MiCV的诊断及流行病学调查提供技术支持。 展开更多
关键词 水貂圆环病毒 Cap基因 SYBR Green II实时荧光定量pcr方法
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青海湖裸鲤实时荧光定量PCR内参基因筛选与验证 被引量:2
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作者 刘思嘉 祁得林 +4 位作者 祁洪芳 韩步鹰 牛依萌 赵凯 田菲 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期413-423,共11页
为探明青海湖裸鲤候选内参基因在低温环境下的表达稳定性,根据RNA-seq定量结果筛选表达稳定的候选内参基因,利用实时荧光定量PCR检测候选基因在0℃和17℃下,脑、肝胰脏、肌肉组织中的表达量,并通过GeNorm、Norm Finder和Best Keeper3种... 为探明青海湖裸鲤候选内参基因在低温环境下的表达稳定性,根据RNA-seq定量结果筛选表达稳定的候选内参基因,利用实时荧光定量PCR检测候选基因在0℃和17℃下,脑、肝胰脏、肌肉组织中的表达量,并通过GeNorm、Norm Finder和Best Keeper3种分析程序分析其表达稳定性,筛选出理想的内参基因。结果显示:根据RNA-seq定量结果,共筛选获得脱水酶(Abhd18)基因、微球蛋白(B2m)基因、延伸蛋白A(Eloa)基因、DAZ相关蛋白2(Dazap2)基因、肌动蛋白(Actb)基因、磷酸甘油醛脱氢酶(Gapdh)基因、BCL细胞死亡激动因子(Bad)基因和脂肪酸结合蛋白3(Fabp3)基因等8个候选基因;对上述基因的表达稳定性进行分析,发现表达最稳定的是B2m和Eloa基因,表达最不稳定的是Fabp3基因;利用B2m和Eloa基因作为双内参基因对4个脂肪酸代谢相关基因在0℃和17℃脑、肝胰脏、肌肉组织中的表达量进行校正,其相对表达比值与RNA-seq结果高度正相关。研究结果可为高原鱼类极端环境适应的研究提供候选内参基因。 展开更多
关键词 青海湖裸鲤 低温适应 实时荧光定量pcr 内参基因
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牛呼吸道合胞体病毒一步法实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用
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作者 梁晓珊 宁鹏 +6 位作者 李小龙 鲍显伟 李昊 石亚楠 王雪妍 郭雪莲 许立华 《畜牧与兽医》 CAS 北大核心 2024年第3期94-98,共5页
为建立一种牛呼吸道合胞体病毒(Bovine respiratory syncytial virus, BRSV)快速简便的检测方法,本研究基于BRSV M基因保守区序列,设计特异性引物及探针,通过优化反应条件,建立用于BRSV检测的一步法实时荧光定量PCR,并验证了该方法的敏... 为建立一种牛呼吸道合胞体病毒(Bovine respiratory syncytial virus, BRSV)快速简便的检测方法,本研究基于BRSV M基因保守区序列,设计特异性引物及探针,通过优化反应条件,建立用于BRSV检测的一步法实时荧光定量PCR,并验证了该方法的敏感性、特异性和重复性;同时利用建立的检测方法对采集的临床样本进行检测。结果表明:本研究所建立的BRSV荧光定量检测方法,其特异性好,仅对BRSV存在特异性扩增;敏感性高,最低可达10 copies/μL;稳定性好,组内变异系数和组间变异系数小。使用所建立的BRSV一步法实时荧光定量PCR对宁夏地区94份临床样品进行检测,阳性率为5.3%(5/94)。上述结果表明,本研究建立的检测方法可为BRSV的快速诊断提供有力的技术支持。 展开更多
关键词 牛呼吸道合胞体病毒 实时荧光定量pcr M基因 诊断
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枸杞实时荧光定量RT-qPCR内参基因筛选与验证 被引量:3
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作者 李浩霞 黄稳娥 +5 位作者 柳西宁 朱馨蕾 任晓月 安巍 周军 赵建华 《江苏农业科学》 北大核心 2023年第9期41-51,共11页
以9种不同基因型枸杞的不同组织(茎、叶、花、果)和不同发育期(FS_(1)~FS_(5))的果实为试材,选取Act-1/Act-3、Ef1a、Gapdh、H3b、Acx4、Pp2a、Rh37、Samc、Tub为候选内参基因,利用实时荧光定量技术(RT-qPCR)检测了9个候选基因在不同基... 以9种不同基因型枸杞的不同组织(茎、叶、花、果)和不同发育期(FS_(1)~FS_(5))的果实为试材,选取Act-1/Act-3、Ef1a、Gapdh、H3b、Acx4、Pp2a、Rh37、Samc、Tub为候选内参基因,利用实时荧光定量技术(RT-qPCR)检测了9个候选基因在不同基因型枸杞的不同组织和不同发育阶段果实中的表达水平。并采用geNorm、NormFinder、BestKeeper、Delta Ct、RefFinder分析方法,评估候选内参基因的表达稳定性,并选择Beat基因验证内参基因。结果表明,Ef1a为不同基因型枸杞的不同组织和5个发育时期果实中表达较稳定的内参基因,Gapdh为表达最不稳定的内参基因;在宁夏枸杞中表达最稳定的内参基因为Rh37,其次为Ef1a。进一步采用Beat基因对不同基因型枸杞的不同组织(茎、叶、花、果)和5个发育时期果实中的表达模式进行验证,表明Ef1a、Act-1基因可作为枸杞稳定的内参基因。 展开更多
关键词 枸杞 内参基因 实时荧光定量pcr 定量分析
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实时荧光定量PCR检测猴痘病毒的方法研究
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作者 冯俊霞 陈锦峰 +3 位作者 崔晓虎 夏语嫣 薛冠华 袁静 《遵义医科大学学报》 2024年第5期508-512,521,共6页
目的建立猴痘病毒(mpox virus)的实时荧光定量PCR(RT-PCR)检测方法。方法以猴痘病毒F3L基因为靶序列,设计特异性引物和探针,建立猴痘病毒RT-PCR检测方法,并对方法的灵敏度、特异性和重复性进行检测;对疑似猴痘阳性的人脓拭子临床样本核... 目的建立猴痘病毒(mpox virus)的实时荧光定量PCR(RT-PCR)检测方法。方法以猴痘病毒F3L基因为靶序列,设计特异性引物和探针,建立猴痘病毒RT-PCR检测方法,并对方法的灵敏度、特异性和重复性进行检测;对疑似猴痘阳性的人脓拭子临床样本核酸进行检测,对RT-PCR方法检测临床样本能力进行评价。结果本研究建立的RT-PCR检测方法可实现猴痘病毒的特异性检测,与天花、痘苗、牛痘等其他正痘病毒无交叉反应,检测重复性好,最低检测限为103copies/μL。可以对人皮肤拭子样本中的猴痘病毒进行准确检测。结论本研究建立了猴痘病毒的RT-PCR检测方法,可在临床样本中快速、特异、灵敏的检测猴痘病毒。 展开更多
关键词 猴痘病毒 实时荧光定量pcr 快速检测方法 F3L基因
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猪圆环病毒3型TB GreenⅡ实时荧光定量PCR检测方法的建立和应用
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作者 李鹏 孙延举 +6 位作者 王寅彪 金前跃 梁晓晓 银梅 王选年 刘兴友 王利平 《河南农业科学》 北大核心 2023年第3期135-142,共8页
为建立猪圆环病毒3型(Porcine circovirus 3,PCV3)快速、灵敏且特异的检测方法,针对PCV3全基因组的保守区域设计特异性引物,构建标准质粒,通过优化反应体系和反应程序,建立基于TB GreenⅡ的实时荧光定量PCR(qPCR)方法,并对其特异性、敏... 为建立猪圆环病毒3型(Porcine circovirus 3,PCV3)快速、灵敏且特异的检测方法,针对PCV3全基因组的保守区域设计特异性引物,构建标准质粒,通过优化反应体系和反应程序,建立基于TB GreenⅡ的实时荧光定量PCR(qPCR)方法,并对其特异性、敏感性、重复性和可行性进行验证。结果显示,建立的TB GreenⅡqPCR检测方法特异性良好,在4.74×10^(2)~4.74×10^(7)拷贝/μL的标准质粒间具有良好的线性关系(R^(2)=0.999)。建立检测方法的最低检出限为10拷贝/μL,与猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪细小病毒(PPV)和猪圆环病毒2型(PCV2)无交叉反应,组内变异系数为0.33%~0.62%,组间变异系数为0.40%~0.73%。对收集的132份临床样品进行检测,PCV3 TB GreenⅡqPCR方法检出率为9.10%(12/132),高于PCV3常规PCR方法的检出率(4.55%,6/132)。综上,建立的PCV3 TB GreenⅡqPCR检测方法具有良好的敏感性、特异性和重复性,可用于临床样品中PCV3感染的诊断、流行病学监测和实验室研究等。 展开更多
关键词 猪圆环病毒3 TB GreenⅡ 实时荧光定量pcr 常规pcr 病毒检测
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L型滑液囊支原体实时荧光定量PCR方法的建立与应用
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作者 刘子卿 任豆豆 +5 位作者 孙丽红 王娟娟 孟晨晨 周守长 刘冠慧 许金朋 《中国家禽》 北大核心 2024年第7期44-50,共7页
为建立一种快速、灵敏的检测我国优势基因型(L型)滑液囊支原体(MS)的方法,试验针对L型MS vlh A基因核苷酸序列保守区设计引物及Taq Man-MGB探针,将PCR扩增的vlh A基因克隆至p MD19-T载体,构建重组质粒vlh A-L作为阳性质粒标准品,建立实... 为建立一种快速、灵敏的检测我国优势基因型(L型)滑液囊支原体(MS)的方法,试验针对L型MS vlh A基因核苷酸序列保守区设计引物及Taq Man-MGB探针,将PCR扩增的vlh A基因克隆至p MD19-T载体,构建重组质粒vlh A-L作为阳性质粒标准品,建立实时荧光定量PCR(q PCR)方法,并检验该方法的特异性、灵敏性和重复性。结果显示:该方法特异性良好,与C型MS-H株及其他鸡常见病原不发生交叉反应;重组质粒vlh A-L最小检出浓度为1.94×10^(1) copies/μL;组内和组间重复性变异系数均小于1%;临床样品检测结果与PCR测序结果吻合。研究表明,建立的q PCR方法特异性强、灵敏性高、重复性好,适用于检测我国L型MS感染情况,还可满足监测免疫MS-H株疫苗鸡群L型MS感染的要求。 展开更多
关键词 滑液囊支原体 vlhA基因 L型 TAQMAN-MGB探针 实时荧光定量pcr
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B型禽偏肺病毒TaqMan实时荧光定量PCR方法的建立及应用
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作者 沈海强 车艳杰 +3 位作者 宋新宇 高冉 付旭彬 金天明 《中国家禽》 北大核心 2024年第9期121-127,共7页
试验旨在开发一种特异性检测B亚型禽偏肺病毒(aMPV-B)的方法。研究参照GenBank中的aMPV-G基因序列设计一对特异性引物,建立aMPV-B TaqMan荧光定量PCR方法,优化该方法的反应条件,建立标准曲线,进行特异性、重复性和敏感性试验,并将该方... 试验旨在开发一种特异性检测B亚型禽偏肺病毒(aMPV-B)的方法。研究参照GenBank中的aMPV-G基因序列设计一对特异性引物,建立aMPV-B TaqMan荧光定量PCR方法,优化该方法的反应条件,建立标准曲线,进行特异性、重复性和敏感性试验,并将该方法用于临床样品的检测。结果显示:建立的TaqMan荧光定量PCR方法只能检测出B亚型aMPV,其敏感性能达到1.34×10^(1) copies/µL,斜率为-3.346,截距为40.01,相关系数(R2)为1.00,循环阈值(Ct)与模板拷贝数之间呈现良好的相关性;临床样品检测结果显示,该方法检测出18份样品阳性,而普通PCR仅检测出10份阳性。综上所述,建立的aMPV-B TaqMan荧光定量PCR方法在样品检测中表现出良好的特异性和较高的敏感性,适用于临床样品的aMPV-B检测。 展开更多
关键词 B型禽偏肺病毒 G基因 实时荧光定量pcr TapMan荧光探针
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猫传染性腹膜炎病毒实时荧光定量PCR(冻干型)检测方法的建立
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作者 柯丽婷 宋丹丹 +5 位作者 王菲 侯广争 曹鹏程 丁艳磊 刘琪琦 范云鹏 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第10期61-67,共7页
为了建立一种灵敏度高、无需冷链运输、操作简便的猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)检测方法,本试验以FIPV的N基因序列为靶基因,进行体外转录制备阳性参考品;筛选特异性引物和探针;对反应体系和条件进行优化;筛选适宜的冻干保护剂并对本试验方... 为了建立一种灵敏度高、无需冷链运输、操作简便的猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)检测方法,本试验以FIPV的N基因序列为靶基因,进行体外转录制备阳性参考品;筛选特异性引物和探针;对反应体系和条件进行优化;筛选适宜的冻干保护剂并对本试验方法的特异性、灵敏度和重复性进行评估;对冻干体系进行稳定性试验,预测室温条件下的有效期;利用本试验方法和商品试剂盒对临床采集的11份确诊FIPV感染病料进行检测,对比二者检出率;绘制接受者操作特征(ROC)曲线,计算曲线下面积,评估本试验方法的诊断效果,计算Cut off值。结果显示,本试验方法可特异性检出FIPV;最低检测限为43 copies/mL;组内和组间重复试验变异系数分别为0.12%~1.67%和0.03%~1.62%;室温有效期至少可达567 d;本试验方法的检出率为100%,市售试剂盒的检出率为91%;ROC曲线下面积为1,Cut off值为39.40。结果表明,本试验建立的FIPV实时荧光定量PCR(冻干型)检测方法具有灵敏度高,方便运输且易于贮藏的优势,可为FIPV的临床检测和流行病学调查提供技术支持。 展开更多
关键词 猫传染性腹膜炎(FIP) N基因 TAQMAN 实时荧光定量pcr(RT-qpcr) 冻干体系
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实时荧光定量PCR技术在食品检测中的应用进展
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作者 任瑞娟 《中国食品》 2024年第18期79-81,共3页
“民以食为天,食以安为先”。近年来,食品安全事件时有发生,泰国假香米、阿斯巴甜致癌疑云、“鼠头鸭脖”等事件不断被曝光,公众对食品安全的关注度日益提高。为了保障食品安全,监管部门加强了对食品检测技术的研发和应用。在各种检测... “民以食为天,食以安为先”。近年来,食品安全事件时有发生,泰国假香米、阿斯巴甜致癌疑云、“鼠头鸭脖”等事件不断被曝光,公众对食品安全的关注度日益提高。为了保障食品安全,监管部门加强了对食品检测技术的研发和应用。在各种检测技术中,PCR技术尤其是实时荧光定量PCR,因具有更灵敏、更省时、更特异等优点,在食品安全检测领域得到了广泛应用。本文综述了实时荧光定量PCR技术的原理,及其在食品中植物源性成分、转基因成分、过敏原、动物源成分和微生物等检测中的应用进展,并对该技术未来的发展方向进行了展望,以期该技术未来在食品检测领域得到更广泛的应用。 展开更多
关键词 实时荧光定量pcr技术 食品检测 阿斯巴甜 食品安全检测 基因成分 食品安全事件 过敏原 香米
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DNA提取方法对实时荧光定量PCR检测花生过敏原Ara h 2基因的比较研究 被引量:3
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作者 李慧敏 汪洋 +6 位作者 王楠希 赵冬蕾 黄凯 崔华 郭宝元 王松雪 管骁 《中国粮油学报》 CSCD 北大核心 2023年第7期221-227,共7页
食物过敏是一个世界性的公共卫生问题,其中花生过敏最为严重。基于DNA的分子生物学检测方法目前已广泛应用于花生过敏原检测,样品DNA的提取质量会显著影响检测的灵敏度及准确率。本研究比较了5种DNA提取方法,包括十六烷基三甲基溴化铵(c... 食物过敏是一个世界性的公共卫生问题,其中花生过敏最为严重。基于DNA的分子生物学检测方法目前已广泛应用于花生过敏原检测,样品DNA的提取质量会显著影响检测的灵敏度及准确率。本研究比较了5种DNA提取方法,包括十六烷基三甲基溴化铵(cetyl trimethyl ammonium bromide,CTAB)法、柱式法及3种基于磁珠纯化技术的DNA快速提取法,对生花生、煮花生、炸花生、烤花生、花生酥和花生酱6种不同加工方式的花生基质样品进行DNA提取,考察了不同方法获得的DNA浓度、纯度指标,并采用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)对花生过敏原Ara h 2基因进行了检测分析。结果表明,月桂酰肌氨酸钠(Sodium Lauroyl Sarcosine)磁珠法的适用性广、提取率高,对于6种花生基质提取的DNA均能高效检出花生过敏原Ara h 2基因;对于花生质量分数为0.05%~1.00%的小麦粉二元混合物,SLS磁珠法的DNA提取率总体优于CTAB法,并且能有效提取出与花生共用1条生产线的燕麦片中污染的花生DNA,证实SLS磁珠法提取的实际样品DNA能够满足花生过敏原检测目的。本研究为花生及其制品DNA提取方法提供了参考,特别是磁珠类方法,高效快速,提取质量能够保障后续基于DNA的花生过敏原分子生物学方法检测结果的准确性。 展开更多
关键词 花生过敏原 DNA提取 Ara h 2基因 磁珠 实时荧光定量pcr
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