构建SUMOylation相关基因的结直肠癌患者临床预后模型

目的筛选与SUMOylation过程密切相关的基因,并构建结直肠癌的预后基因表达模型。方法从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中下载与结直肠癌相关的转录组数据和临床资料,结合基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)数据库,筛选SUMOylation过程中与结直肠癌预后相关的基因。采用单因素COX回归和逐步回归进一步筛选关键基因,构建预后模型,并且计算模型风险评分,即SUMO-score。通过校准曲线和临床决策曲线评价该模型的可行性和准确性。结果筛选获得SUMOylation过程中与结直肠癌预后相关的18个基因,并根据基因签名的风险评分将患者分为高风险组和低风险组。结果显示,高风险组患者的预后显著差于低风险组(P<0.001)。多因素分析表明,SUMO-score可作为结直肠癌的独立预测因素。将SUMO-score与临床病理特征相结合,构建列线图预测模型。校准曲线显示,该模型具有良好的拟合度,提示其具有较高的预测能力。结论本研究构建了一个基于SUMOylation过程相关基因的风险模型,可用于预测结直肠癌预后。

犊牦牛肾周棕色脂肪组织的发育及其产热相关基因的表达分析

棕色脂肪组织(BAT)作为非震颤性产热(NST)的主要产热器官,在新生动物的寒冷适应中发挥重要的作用。为探究犊牦牛肾周BAT的发育及其产热相关基因的表达,本试验采集1日龄、7日龄和30日龄犊牦牛肾周脂肪组织,利用苏木精-伊红染色观察脂肪细胞,利用透射电子显微镜观察脂滴和线粒体的超微结构,利用免疫组织化学染色、实时荧光定量PCR和蛋白质免疫印迹(Western blot)检测解偶联蛋白1(UCP1)在脂肪细胞的定位、mRNA和蛋白表达水平,以及脂肪转化因子过氧化物酶体增殖激活受体α(PPARα)和过氧化物酶体增殖物受体γ共激活因子1α(PGC-1α)基因mRNA表达水平。结果显示,犊牦牛肾周存在2种类型的脂肪细胞,即含有小脂滴和大量线粒体的棕色脂肪细胞以及含有大脂滴和少量线粒体的白色脂肪细胞;与1日龄犊牦牛相比,7日龄和30日龄犊牦牛肾周白色脂肪细胞的面积和密度均显著增加(P<0.05),棕色脂肪细胞的面积和密度均显著降低(P<0.05);不同日龄犊牦牛肾周棕色脂肪细胞和白色脂肪细胞质膜上均有UCP1阳性表达,与1日龄犊牦牛相比,7日龄和30日龄犊牦牛肾周脂肪细胞中UCP1阳性表达强度均显著降低(P<0.05);与1日龄犊牦牛相比,30日龄犊牦牛肾周脂肪组织中BAT产热相关基因(UCP1、PPARα和PGC-1α)mRNA表达水平均显著降低(P<0.05);与1日龄犊牦牛相比,7日龄和30日龄犊牦牛肾周脂肪组织中UCP1蛋白表达水平均显著降低(P<0.05)。结果表明,出生后犊牦牛肾周棕色脂肪细胞数量逐渐减少而白色脂肪细胞数量逐渐增加,且产热相关基因表达水平逐渐降低。该结果为深入探究犊牦牛寒冷适应机制提供了参考资料。

维生素D受体基因多态性与RSV感染性毛细支气管炎的相关性研究

目的探讨维生素D受体(VDR)基因多态性与呼吸道合胞病毒(RSV)感染性毛细支气管炎的相关性。方法回顾性分析2023年1~6月佛山市妇幼保健院收治的60例RSV感染性毛细支气管炎患儿的临床资料,根据患儿临床表现分为轻症组(n=37)和重症组(n=23),另选择同期30例RSV阴性的健康体检儿童作为对照组。分别采用酶联免疫吸附法检测三组儿童的血清25-羟基维生素D[25(OH)D]、白细胞介素4(IL-4)、白细胞介素5(IL-5)水平,采用限制性片段长度多态性方法分析维生素D受体TaqI、FokI、ApaI、Bsm I基因多态位点,并比较三组儿童的基因型及等位基因频率情况。结果重症组患儿的血清25(OH)D水平为(52.67±12.22)nmol/L,明显低于轻症组的(65.57±13.54)nmol/L,而轻症组又明显低于对照组的(82.57±15.30)nmol/L,IL-4、IL-5分别为(152.28±22.47)ng/L、(51.83±9.83)ng/L,明显高于轻症组的(130.48±21.35)ng/L、(44.72±8.70)ng/L,而轻症组又明显高于对照组的(77.48±15.26)ng/L、(26.52±7.78)ng/L,差异均有统计学意义(P<0.05);经Hardy-Weinberg平衡定律检测不同组别间VDR基因序列等位基因分布的频率,数据均符合平衡定律(P<0.05);重症组患儿的VDR TaqI(rs731236)基因型TT及等位基因C均高于轻症组和对照组,基因型TC、等位基因T型频率均低于轻症组和对照组,差异均有统计学意义(P<0.05),但三组基因型的CC频率分布比较差异无统计学意义(P>0.05);三组儿童的VDR FokI(rs2228570)基因型频率分布比较差异均无统计学意义(P>0.05),但重症组患儿的等位基因C高于轻症组和对照组,T型频率低于轻症组和对照组,差异均有统计学意义(P<0.05);重症组患儿的VDR ApaI(rs7975232)基因型GG及等位基因G高于轻症组和对照组,基因型GT及等位基因A频率分布低于轻症组和对照组,差异均有统计学意义(P<0.05);重症组患儿的VDR Bsm I(rs1544410)基因型GA、AA及等位基因A均高于轻症组和对照组,基因型GG及等位基因G频率分布低于轻症组和对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论RSV感染性毛细支气管炎患儿的血清25(OH)D明显较低,VDR TaqI、FokI与患儿发病具有一定相关性,临床上可通过检测患儿VDR基因多态性状况,进一步分析患儿病情严重程度状况,并及时根据遗传体征状况提供针对性的预防和治疗方案。

小鼠精子发生与相关基因调控研究进展

精子发生是一个生殖细胞不断增殖和分化的特殊历程,此过程中精原细胞进行自我更新和分化,产生的精母细胞经历2次减数分裂形成了圆形精子,而圆形精子最终经过形态和细胞学变化成为长形精子。文章阐述了这一复杂而有序的过程中受生精细胞内众多基因的调节,这些基因具有时间和空间上阶段性表达特征,在同源重组、染色体联会、染色质浓缩和精子头尾形成等精子发生的特殊过程中起决定性作用。并就近年来许多基因在精子发生中重要作用进行综述。

山药块茎生长膨大相关基因的筛选与分析

为筛选山药块茎生长膨大相关基因,采用生物信息学方法,对山药块茎发育前期和中期构建的不同发育阶段抑制性消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)文库进行分析。结果表明:山药块茎发育前期与中期差异表达基因(differential expression genes,DEGs)序列主要涉及九大类,其中发育调控占比最大(27.1%),其他依次为细胞组织结构(14.0%)、物质代谢(11.2%)、生物合成(4.7%)等。初步筛选出泛素-连接酶体(F-box associated,F-box)、碳酸酐酶(carbonic anhydrase,CAs)、核苷二磷酸激酶(nucleoside diphosphate kinase,NDPK)、氨基酸透性酶(amino acid permease)、糖基转移酶(glycosyl transferase)、α-淀粉酶(α-amylase,AMY)等候选基因,它们可能与细胞增殖、细胞伸长、激素代谢、酸碱环境调节及功能物质代谢物等功能有关,参与调控山药块茎的生长膨大。

陆地棉抗虫与抗草甘膦基因的分子聚合及经济性状相关分析

培育抗棉铃虫兼抗草甘膦的棉花,可以同步提高品种的抗虫与抗除草剂能力,降低植棉的除虫、除草用工成本,提升植棉综合经济效益。本研究利用自育的高产优质陆地棉品系、国产转Bt基因抗虫棉品系以及转GR79+GAT基因的抗草甘膦陆地棉品系为杂交亲本,配置复交组合。在繁殖的复交分离群体后代,通过在苗床喷洒0.2%草甘膦,去除不抗草甘膦棉苗;并在大田不防治棉铃虫的条件下,筛选抗虫棉株。而后在实验室利用特异引物对抗虫基因与抗草甘膦基因进行分子跟踪检测,将同时具有Bt基因与GR79+GAT基因的单株繁殖成株系,经大田筛选获得9个抗虫兼抗草甘膦的优良品系。然后对育成品系进行产量比较试验,结果显示,其中品系BG-6不但实现了抗虫与抗草甘膦基因的聚合,而且该品系的皮棉产量水平较高、纤维品质表现良好:纤维长度达30.9 cm、比强度30.1 cN tex^(-1)、马克隆值4.9。对产量性状与纤维品质性状相关分析显示,只有衣分与棉纤维整齐度呈极显著负相关(r=-0.838**),其他产量性状与纤维品质性状均不存在显著相关性。文章最后得出结论:在复合杂交组合的分离后代,通过在苗床喷洒草甘膦筛选抗性棉苗,再结合大田不治虫筛选抗虫单株;而后在室内对2种抗性基因进行PCR分子跟踪检测,再在大田对产量性状与品质性状进行系统选育,可实现抗虫与抗草甘膦基因以及高产与优质性状的多元聚合。

调补心肾方通过活化PI3K/Akt/mTOR通路促进阿尔茨海默病5xFAD转基因小鼠突触可塑性相关蛋白的合成

目的探讨调补心肾方(党参、制首乌、枸杞子、黄芪等)对阿尔茨海默病5xFAD转基因小鼠突触可塑性的影响及机制。方法取5月龄雄性野生型(WT)小鼠和5xFAD转基因小鼠各18只,分别随机分为对照组(0.9%NaCl)、调补心肾方组(颗粒剂,4.18 g·kg^(-1))、安理申组(盐酸多奈哌齐,0.625 mg·kg^(-1)),每组6只。按照上述分组灌胃给药,每日1次,共60 d。采用透射电镜观察小鼠海马组织超微结构;Western Blot法检测小鼠皮层组织中Synaptophsin、PSD-95、p-NMDAR1、NMDAR1、p-CaMKⅡa、CaMKⅡa、PI3K、p-Akt、Akt、p-mTOR、mTOR蛋白表达水平。结果与WT对照组比较,5xFAD对照组小鼠海马CA1区突触的超微结构不规则,线粒体萎缩、减少,线粒体嵴断裂、消失,突触膜弯曲不规则,突触囊泡减少,突触后致密物(PDS)变薄甚至断裂;皮层组织中Synaptophsin、PSD-95、p-NMDAR1/NMDAR1、p-CaMKⅡa/CaMKⅡa、PI3K、p-Akt/Akt、p-mTOR/mTOR蛋白表达均明显下调(P<0.05)。与5xFAD对照组相比较,5xFAD调补心肾方组小鼠海马CA1区突触的超微结构有明显变化,线粒体数量增加,突触囊泡增多,突触膜完整,突触后致密物有增厚现象;皮层组织中Synaptophsin、PSD-95、p-NMDAR1/NMDAR1、p-CaMKⅡa/CaMKⅡa、PI3K、p-Akt/Akt、p-mTOR/mTOR蛋白表达明显上调(P<0.05)。结论调补心肾方可能通过活化PI3K/Akt/mTOR通路,促进突触可塑性相关蛋白合成,进而改善AD的认知功能障碍。

瘦素受体基因rs1137101位点多态性与老年人群代谢相关脂肪性肝病发生风险的关系研究

目的探讨瘦素受体(LEPR)基因rs1137101位点多态性与老年人代谢相关脂肪性肝病(MAFLD)发病风险的关系。方法2020年1月—2021年9月于北京市门头沟社区招募健康体检的1019例老年志愿者,其中MAFLD组569例、非MAFLD组450例。记录受试者的临床资料,基因芯片法检测LEPR-rs1137101多态性基因分型。Logistic回归分析评估基因多态性与MAFLD发生的关系。结果老年人群MAFLD患者携带rs1137101 G>A多态性较非MAFLD患者多(36.91%vs 24.00%,P<0.05)。携带LEPR-rs1137101 A等位基因与MAFLD的发生风险增加有关(OR=1.695,95%CI:1.1402.520,P<0.05)。结论老年人群LEPR-rs1137101 A基因可能与MAFLD的发生有关。

CHIP相关基因与MPN患者心脑血管事件的风险分析

目的:分析骨髓增殖性肿瘤(MPN)患者不确定潜能的克隆性造血(CHIP)相关基因突变谱和临床特征,探讨CHIP相关基因与其心脑血管事件(CCE)的相关性及可能作用机制。方法:回顾性分析2019年8月-2022年7月首都医科大学附属北京安贞医院血液科收治的73例MPN患者的临床资料和二代测序结果,采用Logistic回归分析CHIP相关基因、炎症细胞因子对MPN患者CCE的影响。结果:55例(75.3%)MPN患者检出CHIP相关基因,原发性血小板增多症(ET)和真性红细胞增多症(PV)患者CHIP相关基因各突变频率差异无统计学意义。CHIP相关基因突变以单基因形式为主,检出率从高至低依次为JAK2V617F(63.0%,46/73)、ASXL1(16.4%,12/73)、TET2(11.0%,8/73)、DNMT3A(9.6%,7/73)、SRSF2(6.9%,5/73)、SF3B1(4.1%,3/73)、TP53(1.4%,1/73)和PPMID(1.4%,1/73)。年龄>60岁患者CHIP相关基因检出率明显高于≤60岁者[91.7%(33/36)vs 59.5%(22/37)]。27例(37.0%)MPN患者伴CCE(MPN/CCE),2次CCE者5例,均为动脉事件。CCE组患者年龄(62.8±12.8 vs 53.9±15.8岁,P=0.015)、IL-1β水平(17.7±26.0vs 4.3±8.6,P=0.012)、IL-8水平(360.7±598.6 vs 108.3±317.0,P=0.045)、血栓形成史(29.6%vs 2.2%,P=0.020)和CHIP相关基因检出率(88.9%vs 67.4%,P=0.040)高于无CCE组。多因素Logistic回归分析结果显示,年龄(OR=0.917,95%CI:0.843-0.999,P=0.047)、血栓形成史(OR=34.148,95%CI:2.392-487.535,P=0.009)、任何1个CHIP相关基因突变(OR=16.065,95%CI:1.217-212.024,P=0.035)和IL-1β水平升高(OR=0.929,95%CI:0.870-0.992,P=0.027)均是MPN/CCE的独立危险因素;CHIP相关单基因突变与MPN/CCE无关,但DNMT3A(OR=88.717,95%CI:2.690-292.482,P=0.012)、ASXL1(OR=7.941,95%CI:1.045-60.353,P=0.045)突变是PV/CCE的独立危险因素。结论:MPN患者CHIP相关基因突变率高,尤其是60岁以上患者;高龄、血栓形成史、CHIP相关基因突变和IL-1β水平升高是MPN发生CCE的独立危险因素。DNMT3A、ASXL1单基因突变是PV患者CCE的独立危险因素。CHIP相关基因突变及炎症细胞因子IL-1β升高是MPN新的CCE危险因素。

Lp-PLA2基因多态性与颈动脉斑块组织病理染色结果的相关性

目的探讨脂蛋白相关磷脂酶A2(Lp-PLA2)基因多态性与颈动脉斑块组织病理染色结果的相关性。方法选取2021年1月—2023年10月在延安大学附属医院行颈动脉剥脱术的患者135例。收集所有患者的临床资料和药物使用情况,并检测血清总胆固醇(TC)、三酰甘油(TG)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、同型半胱氨酸(Hcy)、脂蛋白(a)[Lp(a)]、高敏C反应蛋白(hs-CRP)、Lp-PLA2水平和Lp-PLA2基因R92H、V297F、A379V位点多态性。对剥脱的颈动脉斑块组织行Von kossa染色、α-SMA染色、油红O染色、EVG染色、CD68+免疫组化染色。根据Lp-PLA2基因多态性检测结果,将所有患者分为对照组(R92H、A379V、V297F位点均未发生突变)、A379V组(仅A379V位点发生突变)、V297F组(仅V297F位点发生突变)、R92H组(仅R92H位点发生突变)。采用Spearman相关分析评估斑块组织不同病理染色结果之间的相关性。采用Logistic回归分析评估Lp-PLA2基因多态性对斑块组织病理染色结果的影响。结果对照组、A379V组、V297F组和R92H组之间年龄和血清HDL-C、LDL-C、Lp-PLA2水平差异均有统计学意义(P<0.05),其他指标4个组之间差异均无统计学意义(P>0.05)。对照组、A379V组、V297F组、R92H组斑块组织内钙化和坏死核、脂肪、弹力纤维胶原纤维和巨噬细胞阳性百分比差异均有统计学意义(P<0.05)。4个组之间平滑肌细胞阳性百分比差异无统计学意义(P>0.05)。R92H组斑块组织Von kossa染色结果与CD68+免疫组化染色结果呈正相关(r=0.819,P=0.025),其他病理染色结果之间均无相关性(P>0.05)。对照组、A379V组和V297F组斑块组织不同病理染色结果之间均无相关性(P>0.05)。调整年龄和血清HDL-C、LDL-C、Lp-PLA2后,Lp-PLA2基因R92H位点突变是斑块组织内钙化和坏死核阳性百分比、巨噬细胞阳性百分比升高的独立危险因素[比值比(OR)值分别为1.97、1.26,95%可信区间(CI)为1.56~2.19、1.06~1.53,P<0.05]。结论Lp-PLA2基因R92H位点突变会影响颈动脉斑块的稳定性,增加斑块破裂的风险,临床应重点关注LpPLA2基因R92H位点突变人群。

焦亡相关基因在膀胱癌中的作用鉴定与预后分析研究

目的:通过生物信息学的方法分析并确定膀胱癌患者的关键焦亡相关基因(PRGs)表达谱,并阐明其潜在功能。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载了对应膀胱样本的mRNA表达谱和临床数据,进行功能富集分析,包括基因本体论分析(GO)和京都基因与基因组百科全书的分析(KEGG)。构建评估预后的基因模型,计算风险评分,分高、低风险组评估膀胱癌的预后。评估PRGs与肿瘤免疫浸润的相关性,并构建基于它们的共表达和预测目标的竞争性内源性RNA(ceRNA)调控轴。结果:我们选择了33个PRGs,功能富集分析显示,它们主要参与细胞因子产生、炎症小体复合物、凋亡过程和NOD样受体信号通路的正调控。我们用LASSO Cox回归分析筛选6个基因(CASP9、PRKACA、CASP6、TNF、AIM2、GSDMB)构建PRGs模型,KM曲线提示高风险评分的膀胱癌患者的总生存时间概率低于低风险评分患者,差异有统计学意义(P<0.001),列线图表明该模型对预后预测较准确。AIM2、CASP6与免疫细胞浸润显著相关(P<0.05)。通过构建ceRNA网络,确定了膀胱癌中的CASP6/hsa-let-7c-5p/MIR29B2CHG调控轴。结论:预后相关的PRGs与膀胱癌患者免疫细胞浸润显著相关。膀胱癌的CeRNA调控轴尚需进一步验证。

H9N2 AIV灭活疫苗免疫SPF鸡攻毒后肺组织免疫相关基因表达变化研究

[目的]本试验旨在探究H9N2亚型禽流感病毒攻击对H9灭活疫苗免疫SPF鸡呼吸系统的影响。[方法]选用36只3周龄SPF鸡,随机分为对照组(Con)、攻毒组(Flu)、免疫后攻毒组(Vac+Flu)。以每只0.4 mL剂量免疫接种H9灭活疫苗,3周后以10~6 EID_(50)的病毒量进行攻毒,采集拭子、血清、气管、肺组织等样品,通过血凝抑制(HI)试验、RT-PCR、荧光定量PCR(qPCR)等方法检测血清中HI抗体滴度、肺脏流感病毒M基因拷贝数以及免疫相关基因CD4、CD8、GATA3、T-bet、IL-4、IL-13、TNF-α、IFN-γ、Perforin、Granzyme、FasL、Fas等的表达量;并利用HE染色、免疫组织化学的方法观察气管、肺脏的病理变化及病毒特异性抗原NP蛋白的分布特征。[结果]HI试验结果显示,SPF鸡疫苗免疫后可产生较高的H9N2 AIV抗体效价。免疫保护试验和RT-PCR结果显示,SPF鸡疫苗免疫后攻毒仍能检测到机体排毒和流感病毒M基因在肺脏组织中的表达。HE染色和免疫组化结果显示,接种H9N2 AIV灭活疫苗后能够明显减轻SPF鸡气管和肺脏的病理损伤,降低气管、肺脏中的病毒载量。荧光定量PCR结果显示,接种H9N2 AIV灭活疫苗后能够提高SPF鸡肺脏中Th1、Th2细胞因子分泌水平,促进穿孔素/颗粒酶途径相关基因表达进而增强肺脏中细胞毒性反应。[结论]H9N2疫苗免疫鸡感染H9病毒后虽然仍存在排毒现象,但其抗病毒免疫系统活跃、其主要器官病毒载量降低,建议按照流感疫苗免疫程序进行免疫接种,提高对流感的防控水平。

双硫死亡相关基因ACTN4对肺腺癌预后的影响

目的:采用双硫死亡相关基因构建的风险评分模型在肿瘤免疫景观和预测预后方面具有出色的能力。但缺乏在肺腺癌中的研究报道。本研究探讨双硫死亡相关基因在肺腺癌中的意义及其对患者预后的影响。方法:从肿瘤与癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载正常肺和肺腺癌样本的基因表达谱及临床信息。使用Deseq2包分析差异基因,采用Cox回归分析差异基因与相关性。利用Timer数据库进行靶基因泛癌分析,按靶基因表达中位数将患者分为高表达组与低表达组,分析靶基因表达与临床特征及预后的关系。通过癌症影像档案馆(The Cancer Imaging Archive,TCIA)数据库分析靶基因和免疫相关性。最后进行临床样本免疫组织化学表达和治疗效果分析。结果:识别出预后相关的双硫死亡相关基因溶质载体家族成员SLC7A11(solute carrier family 7 member 11)、CD2AP(CD2 associated protein)和辅肌动蛋白α4(actinin alpha 4,ACTN4),其中ACTN4的风险比最高。ACTN4在泛癌种中广泛表达,在肺腺癌中显著降低,可以显著区分不同预后的患者。ACTN4的表达与临床分期和免疫检查点表达水平显著相关。临床样本的免疫组织化学结果表明肺腺癌中ACTN4高表达患者对免疫治疗的反应效果较好。结论:双硫死亡相关基因ACTN4在肺腺癌中发挥重要作用,有望为肺腺癌患者的治疗提供一定的参考。

茵陈水提物对多药耐药蛋白3基因突变致新生儿肠外营养相关性胆汁淤积的保护作用

目的探讨茵陈水提物对多药耐药蛋白3(MDR3)基因突变导致的新生儿肠外营养相关性胆汁淤积(PNAC)的保护作用及可能机制。方法①将人原代培养肝细胞应用体外细胞培养、CRISPR/Cas9慢病毒感染、MDR3突变基因导入等技术处理后,比较1%脂肪乳诱导处理前(0)和处理后16、32、48 h不同时间点肝细胞上清液中肝胆生化指标〔丙氨酸转氨酶(ALT)、天冬氨酸转氨酶(AST)、总胆红素(TBil)、直接胆红素(DBil)、间接胆红素(IBil)、总胆汁酸(TBA)〕的水平,确定构建MDR3基因突变PNAC肝细胞模型脂肪酸诱导所需的时间。②将人原代培养肝细胞株按随机数字表法分为空白对照组、MDR3基因野生型组、MDR3基因突变组、茵陈水提物干预组。空白对照组只用培养液处理,MDR3基因野生型组应用慢病毒感染融入野生型MDR3基因和培养液培养,MDR3基因突变组应用慢病毒感染慢病毒导入MDR3(c.485T>A、c.2793insA、c.1031G>A、c.3347G>A)突变基因和培养液培养,茵陈水提物干预组应用慢病毒感染导入MDR3突变基因和培养液培养的基础上,加入100 g/L茵陈水提物预处理,然后将4组肝细胞分别加入1%脂肪乳诱导处理,处理时间为构建MDR3基因突变PNAC肝细胞模型脂肪酸诱导所需时间。采用酶联免疫吸附试验(ELISA)测定4组肝细胞上清液中肝胆生化(ALT、AST、TBil、DBil、IBil、TBA)水平,采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-PCR)检测4组肝细胞编码MDR3、胆盐输出泵(BSEP)、多药耐药相关蛋白(MRP)2~4和肿瘤坏死因子-α(TNF-α)的三磷酸腺苷结合盒蛋白(ABCB4、ABCB11、ABCC2、ABCC3、ABCC4)和TNF基因mRNA的表达丰度。结果与空白对照组和MDR3基因野生型组比较,MDR3基因突变组在经1%脂肪乳诱导处理前和处理后16 h肝细胞上清液中肝胆生化指标(ALT、AST、TBil、DBil、IBil、TBA)水平比较差异无统计学意义,经1%脂肪乳诱导处理32 h和48 h MDR3基因突变组肝细胞上清液肝胆生化指标(ALT、AST、TBil、DBil、IBil、TBA)水平均明显升高(均P<0.05),确定构建MDR3基因突变PNAC肝细胞模型脂肪酸诱导所需的时间为32 h。与MDR3基因突变组比较,茵陈水提物干预组肝细胞在脂肪乳处理后32 h肝细胞上清液中肝胆生化指标(ALT、AST、TBil、DBil、TBA)水平均明显降低〔ALT(ng/L):148.3±2.3比164.9±7.0,AST(ng/L):2767.4±78.8比3239.4±107.1,TBi(lμmol/L):7.6±0.2比13.6±0.3,DBi(lμmol/L):1.8±0.1比5.7±0.2,TBA(μmol/L):3.4±0.2比6.7±0.1,均P<0.05〕;空白对照组、MDR3基因野生型组、MDR3基因突变组和茵陈水提物干预组肝细胞编码MDR3、MRP2、MRP3、MRP4的ABCB4、ABCC2、ABCC3、ABCC4基因mRNA表达丰度差异无统计学意义;TNF基因mRNA在MDR3基因突变组呈高表达(2-ΔΔCt:1.258±0.200比1.001±0.052),茵陈水提物干预组呈低表达(2-ΔΔCt:0.387±0.247比1.258±0.200),组间比较差异有统计学意义(P<0.05)。与MDR3基因突变组比较,茵陈水提取物干预组肝细胞编码BSEP的ABCB11基因mRNA的表达丰度明显增高(2-ΔΔCt:2.955±0.479比1.333±0.529,P<0.05)。结论茵陈水提物对MDR3基因突变导致的PNAC有一定保护作用,可能与拮抗炎症反应,降低TNF基因的mRNA表达和改善编码BSEP的ABCB11基因的mRNA表达有关。

肝细胞癌预后相关的炎症反应关键基因的筛选及其预后价值

目的:筛选与肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)预后密切相关的炎症反应关键基因,构建预后风险评分模型,并评估该模型在HCC中的预后价值。方法:从TCGA数据库获取HCC患者肝肿瘤组织及正常肝组织的mRNA表达数据作为训练集,从GEO数据库中获取HCC患者的mRNA表达数据作为验证集。筛选出与HCC预后相关的炎症反应相关基因,运用LASSO回归和随机生存森林(RSF)方法筛选与HCC预后相关的炎症反应关键基因。基于这些关键基因构建预后风险评分模型并验证,应用Cox比例风险回归评估该模型对患者预后的影响。构建列线图并进行一致性分析。结果:共筛选出15个与HCC预后相关的炎症反应基因,经LASSO回归和RSF分析,确定11个炎症反应关键基因,即IL18RAP、MEP1A、RIPK2、CYBB、SLC7A1、ADM、IL7R、P2RX4、ACVR2A、SERPINE1、SLC7A2。构建的预后风险评分模型在训练集和验证集上预测1、3、5年生存率,AUC值均超过0.60;Kaplan-Meier分析显示高风险组总生存期(OS)显著低于低风险组(P<0.01);PCA和t-SNE分析显示该模型能有效区分高、低风险患者。Cox回归分析提示预后风险评分是独立的预后因素,且与OS显著相关(P<0.01)。列线图模型C-index为0.672,具有较高的预测精度,1年和3年校准曲线与标准曲线吻合度好,5年吻合度稍弱。结论:本研究成功构建并验证了一个基于炎症反应相关基因的风险评分模型,筛选出的11个炎症反应关键基因(IL18RAP、MEP1A、RIPK2、CYBB、SLC7A1、ADM、IL7R、P2RX4、ACVR2A、SERPINE1、SLC7A2)与HCC进展密切相关,且在模型中显示出较强的预后预测能力。

特发性肺纤维化肺内相关共病异病同证基因组生物信息学分析

目的通过基因组生物信息学分析探讨特发性肺纤维化(IPF)肺内相关共病(肺动脉高压、阻塞性睡眠呼吸暂停综合征、慢性阻塞性肺疾病、肺癌)异病同证生物学基础。方法下载GSE110147、GSE113439、GSE135917、GSE106986和GSE118370数据集,筛选各病例组与对照组的差异基因,运用Cytoscape3.10.0软件进行拓扑分析以筛选核心基因,运用OmicShare平台对核心基因进行GO和KEGG通路富集分析。结果共筛选出IPF肺内相关共病核心基因23个。GO富集分析显示,核心基因生物过程主要富集于细胞进程、代谢进程、生物调控/生物进程调控、发育进程、底物定位进程、刺激反应、免疫系统进程、信号转导,细胞组分主要富集于细胞解剖实体、含蛋白复合物,分子功能主要富集于结合途径、酶催化活性、结构分子活性、分子适配器活性、分子功能调节因子、转录调控因子活性;KEGG通路富集分析显示,核心基因主要富集于真核生物核糖体的生物合成、糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路、Th17细胞分化、JAK-STAT信号通路、RNA聚合酶、中性粒细胞胞外诱捕网形成等信号通路。结论运用基因组生物信息学分析探讨IPF肺内相关共病核心基因及信号通路,可在一定程度上揭示IPF肺内相关共病异病同证作用机制。

胱硫醚β合成酶基因多态性与妊娠期高血压疾病的相关性

目的分析胱硫醚β合成酶基因多态性与妊娠期高血压疾病的相关性。方法选取2022年1月到2023年5月新疆维吾尔自治区人民医院收治的200例妊娠期高血压疾病患者为病例组,另选取同期于新疆维吾尔自治区人民医院进行产前检查的健康孕妇200例为对照组。检测叶酸、维生素B_(12)、同型半胱氨酸(Hcy)水平、胱硫醚β合成酶基因多态性。结果与对照组相比,病例组孕前体重指数(BMI)、焦虑情绪占比较高(P<0.05);病例组叶酸、维生素B_(12)水平较低,Hcy水平较高(P<0.05);研究组胱硫醚β合成酶基因型构成中-/+、+/+占比较高,-/-占比较低,等位基因频率中+占比较高,-占比较低(P<0.05)。叶酸、维生素B_(12)、Hcy水平与胱硫醚β合成酶基因多态性相关。多因素logistics回归分析显示:孕前BMI、有焦虑情绪、叶酸、维生素B_(12)、Hcy、胱硫醚β合成酶基因型构成、等位基因频率为影响妊娠期高血压疾病发生的主要因素(P<0.05)。结论妊娠期高血压疾病患者孕前BMI、焦虑情绪、叶酸、维生素B_(12)、Hcy及胱硫醚β合成酶基因多态性均为妊娠期高血压疾病发生的影响因素,且叶酸、维生素B_(12)、Hcy水平与胱硫醚β合成酶基因多态性存在联系。

基于GEO数据库分析脓毒症相关性死亡的潜在差异表达基因和微小RNAs

目的基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学筛选与脓毒症相关性死亡相关的潜在差异表达基因和微小RNAs(miRNAs)。方法从GEO数据库下载人类血液样本基因表达谱芯片数据集GSE48080和GSE54514,选择两个时点(诊断脓毒症时、脓毒症病程中),使用GEO2R在线工具对脓毒症存活患者和非存活患者进行差异表达基因(DEGs)筛选。通过基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,研究脓毒症相关性死亡DEGs涉及的病理生理过程和潜在信号通路。使用STRING在线工具构建DEGs蛋白-蛋白相互作用(PPI),使用Cytoscape软件构建PPI网络拓扑,使用CytoHubba工具筛选枢纽(Hub)基因。使用NetworkAnalyst构建Hub基因的目标miRNAs,使用RT-qPCR验证本院脓毒症存活患者和非存活患者相关基因表达变化。结果在脓毒症病程中,脓毒症存活患者和非存活患者基因表达呈现异质性,共筛选出15个DEGs。KEGG通路富集分析显示,金黄色葡萄球菌感染、NOD样受体信号通路、硫代谢和集管酸分泌四个途径存在显著富集。PPI和CytoHubba分析筛选出10个Hub基因(SLC4A1、EPB42、LTF、LCN2、DEFA4、HBM、HBG1、GMPR、CAMP、OLFM4)。NetworkAnalyst分析预测了10个关键miRNAs。RT-qPCR验证结果显示,5个Hub基因(SLC4A1、EPB42、LCN2、DEFA4、OLFM4)与上述分析中的趋势一致。结论基于GEO数据库的生物信息学分析,脓毒症存活患者和非存活患者在脓毒症病程中存在差异表达基因,为探索脓毒症相关性死亡的生物标志物提供了数据支持。

血清抗黑色素瘤分化相关基因5阳性皮肌炎胸部CT特征定性及定量分析

目的 定性及定量分析血清抗黑色素瘤分化相关基因5(MDA-5)抗体阳性的皮肌炎患者胸部CT特征及其与短期预后的关系。资料与方法 回顾性纳入2017年1月—2018年12月中日友好医院收治的67例MDA-5阳性的皮肌炎患者,分析胸部CT特征与短期不良预后的关系。结果 9例患者1年内死亡。死亡组与存活组间质性肺疾病(ILD)影像学类型(χ^(2)=9.964,P=0.025)和肺动脉直径/主动脉直径比值(U=103.0,P=0.004)差异有统计学意义。抗MDA-5抗体阳性的皮肌炎患者合并ILD影像学类型主要为机化性肺炎。弥漫性肺泡损伤的患者死亡率显著高于其他几种类型。Logistic回归分析显示,肺动脉直径/主动脉直径比值(OR 4.208,P=0.002)是抗MDA-5抗体阳性的皮肌炎合并ILD患者发生死亡的强独立危险因素。结论 MDA-5阳性皮肌炎患者大部分伴ILD,其中以机化性肺炎为主要特征。1年内不良预后患者ILD类型不同,但肺动脉直径/主动脉直径比值是MDA-5阳性皮肌炎合并ILD患者发生死亡的独立危险因素。

叶酸干预对MTHFR基因型和脑卒中发生风险的相关性研究

目的:探讨叶酸干预对亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因型和脑卒中发生风险的相关性研究。方法:选取2022年1月至2022年12月于佳木斯大学附属第一医院就诊的100例脑卒中患者为受试者,其中包含缺血性脑卒中、H型高血压并发缺血性脑卒中等不同类型的患者,按照治疗方法不同将其分为两组。对照组受试者给予低剂量叶酸进行治疗;研究组受试者给予高剂量叶酸进行治疗。对两组受试者MTHFR基因多态性频率、MMSE评分、叶酸干预后Hcy的指标水平、脑卒中多因素回归分析以及叶酸干预是否增加脑卒中发生风险的相关性分析等指标进行观察。结果:研究组受试者MTHFR的C677T位点基因型以CT和TT为主,其中TT型和CT型基因频率高于对照组,CC型基因频率低于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);两组受试者基线差异无统计学意义(P>0.05),研究组在第8周时MMSE评分为(28.50±0.69)分高于对照组(t=13.016,P<0.001);两组受试者干预前无统计学意义(P>0.05)。受试者经治疗后,研究组受试者Hcy水平为(11.67±1.46)μmoI/L高于对照组(t=15.363,P<0.001)将研究组=1,对照组=0,单因素分析差异显著的因素作为协变量进行逻辑回归分析,TT、CC、Hcy均是影响脑卒中的主要危险因素。Log(P)=TT×3.365+CC×5.365+Hcy×7.520-23.961;Pearson分析结果显示,脑卒中受试者疾病发生风险与叶酸干预总分呈负相关(r=-3.465,P=0.467),脑卒中受试者叶酸干预越高,即脑卒中发生风险越低。结论:Hcy是影响脑卒中患者脑卒中发生的一项重要的影响因素,对于脑卒中患者可以在适当的范围之内给予叶酸,降低Hcy水平,减少脑卒中的发生。