利用SYBR Green检测衣原体Real-Time PCR方法的建立

利用SYBR Green建立了检测种特异性衣原体的Real-Time PCR方法。本方法应用衣原体种特异性的高度保守特异引物，能够扩增627bp特异片段；使用定量标准基因组DNA，本方法能准确检测最少250fg衣原体DNA。Real-TimePCR方法与免疫荧光方法的检测结果表明：检测4种衣原体临床样本，Real-TimePCR敏感性均在96％～98%；特异性均为100％；这两种方法符合率达97％以上（n=60）；批内和批间重复性试验结果表明，本方法具有良好的准确性。本方法的建立对于快速、准确检测临床样本种特异性衣原体提供了一种切实有效的方法。

基于SYBR Green Ⅰ的茎-环Real-time PCR定量检测miRNA-7方法的建立

目的本研究旨在利用常规荧光燃料SYBR GreenⅠ,通过茎-环法设计原理,建立有效检测微小RNA-7(miR-7)的Real-time PCR方法。方法利用miRBase数据库获得miR-7的成熟体序列,分别设计1条miR-7特异性反转录引物,以及Real-time PCR上游和下游引物;观察不同退火温度和不同引物浓度对扩增miR-7的Ct值影响,选择最优的退火温度和引物浓度;测定不同稀释度RNA下Real-time PCR扩增miR-7的效果;并利用该方法检测小鼠4个器官中miR-7的灵敏性和特异性。结果在基于SYBR GreenⅠ的茎-环Real-time PCR检测法中,miR-7扩增的最优退火温度为60℃,最优引物浓度为10μmol/L;在不同稀释度RNA下miR-7的Ct值线性关系较好,且在模板RNA低于100 pg的条件下,该方法仍可有效检测miR-7分子;最后有效检测出小鼠4个不同器官中miR-7的差异性表达。结论成功建立基于SYBR GreenⅠ的茎-环Real-time PCR定量检测miRNA-7的方法,可为后续研究miR-7的生物学功能提供了重要工作基础。

Determining the Copy Number of Exogenous Gene in Transgenic Plant by SYBR Green Real-time Quantitative PCR

[Objective] To explore the feasibility of using SYBR Green real-time quantitative PCR technique to estimate the copy numbers of exogenous gene in a transgenic plant.[Methods] Using SYBR Green real-time quantitative PCR technique,we have determined the copy numbers of the exogenous CYCD3;1 in transgenic Arabidopsis by comparing an endogenous single copy reference gene with CYCD3;1 copy numbers in transgenic plant,meanwhile comparing CYCD3;1 copy numbers between wild plant and transgenic plant.[Results]The exogenous CYCD3;1 copy numbers calculated by this method is identical with results of traditional Southern blot analysis which is highly accurate.[Conclusion]This method is simple,effective and safe for estimating transgene copy numbers.

寨卡病毒SYBR GreenⅠreal-time PCR方法的建立及应用

为建立一种针对寨卡病毒的快速诊断方法,本研究根据寨卡病毒的3’端保守基因序列,设计合成1对引物,建立了检测寨卡病毒的荧光定量PCR方法。结果显示:所建立的检测方法的Ct值与标准品在1.41×10^1~1.41×10^10^ copies/μL具有良好的线性关系,相关性为1,斜率为-3.502;灵敏性结果显示,该方法的检测限度为1.41×10^1 copies/μL,是普通PCR的10000倍;特异性结果显示,对CHIKV、DENV和JEV无特异性扩增,特异性强;重复性试验结果显示,组内和组间变异系数均小于1%,重复性好。本研究建立的SYBR Green I real-time PCR检测方法,可用于寨卡病毒感染的快速诊断。

SYBR Green Ⅰ Real-time PCR检测IFN-CSP对HepG2.2.15细胞内HBV-DNA影响

目的建立SYBR GreenⅠReal-time PCR检测HBV-DNA方法,并检测IFN-CSP对HepG2.2.15细胞内HBV-DNA影响。方法提取HepG2.2.15细胞DNA,PCR扩增后纯化,PCR纯化产物梯度稀释作为标准品,采用SYBR GreenⅠReal-time PCR检测,建立标准曲线,并分析方法的特异性、灵敏度、重复性和稳定性。运用建立的SYBR GreenⅠ方法检测IFN-CSP对HepG2.2.15细胞内HBV-DNA影响,并与Taqman方法进行比较。结果 SYBR GreenⅠReal-time PCR方法特异性、重复性及稳定性均较好,线性范围为107~102copies,检测灵敏度可达102copies。IFN-CSP对HepG2.2.15细胞内HBV-DNA具有抑制效果,且呈剂量依赖性。SYBR GreenⅠ方法与Taqman商业试剂盒检测结果差异无统计学意义。结论 SYBR GreenⅠReal-time PCR方法简便快速、结果准确、价格低廉,可以满足HBV-DNA拷贝数检测的需要。

非典型性瘟病毒SYBR Green Ⅱ荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

为建立一种快速检测猪非典型性瘟病毒(APPV)的方法,本实验建立了APPV SYBR Green Ⅱ荧光定量RT-PCR检测方法。该方法特异性试验结果显示,除APPV外,猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒、猪流行性腹泻病毒和猪轮状病毒等常见猪病病原检测均为阴性,表明其特异性良好;该方法最低检测限为2.8×10~3拷贝/μL,敏感性较高;重复性试验的组内、组间变异系数均小于1%。利用该方法对临床56份来自四川各地的临床病料样品进行检测,检出5份阳性样品,且与常规PCR检测方法的阳性符合率为100%。本研究建立的APPV荧光定量RT-PCR检测方法为APPV临床检出以及后期并发症的研究奠定了基础。

Ⅱ型猪圆环病毒SYBR Green Ⅰ模式实时定量PCR检测方法的建立

登录GenBank下载猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type2,PCV-2)的全基因组序列,根据其保守区域,设计1对特异性引物,采用SYBR Green Ⅰ随机结合渗入法,建立该模式的实时定量PCR检测方法,构建了检测PCV-2型的标准DNA模版,循环阈值(Ct)与标准DNA模板在1.0×102～1.0×107拷贝·μL-1浓度范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.999。该方法用于猪圆环病毒2型的检测具有很高的特异性,其敏感性与常规PCR相比可以提高100倍,可以用于猪圆环病毒2型的快速检测。

猪戊型肝炎病毒SYBR Green Ⅱ荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

目的建立一种快速检测猪戊型肝炎病毒(HEV)的方法。方法针对HEVORF2基因保守序列设计1对引物,基于SYBR GreenⅡ染料,建立了检测HEV的实时荧光定量RT-PCR方法。结果该方法只能对猪戊型肝炎病毒检测到荧光,对猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒、猪流行性腹泻病毒、猪嵴病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒均不能检测到荧光信号,特异性好;检测HEV时,在4.10×10~2~4.10×10~8拷贝/μL内具有良好的线性关系,灵敏度可以达到1.00×10~2拷贝/μL,扩增相关系数为0.996,扩增产物的熔解温度为84.0℃±0.1℃,该检测方法组内变异系数为0.83%~0.94%,组间变异系数为0.83%~0.94%,重复性较好。利用该方法对临床61份来自四川各地的猪肠内容物进行检测,检出9份阳性,且与常规PCR检测方法的阳性符合率为100%。结论建立的针对HEV的荧光定量RT-PCR有效可行,对HEV的临床检测和进一步研究奠定了基础。

啮齿类螺杆菌SYBR Green Ⅱ荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立一种啮齿类螺杆菌(helicobacter rodentium)的快速检测方法。方法根据啮齿类螺杆菌16SrRNA的基因序列设计了1对特异性引物,建立了啮齿类螺杆菌SYBR GreenⅡ荧光定量PCR检测方法。结果在10~2拷贝/μL～10~7拷贝/μL浓度范围中标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系。该方法特异性良好,仅对啮齿类螺杆菌产生特异性扩增,且灵敏度可达到30拷贝/μL,组内和组间的变异系数均小于2%,具有良好的重复性。结论建立了SYBRGreenⅡ荧光定量PCR检测啮齿类罗杆菌的一种方法 。

SYBR Green实时定量PCR检测转基因大豆中外源基因拷贝数

采用SYBRGreen Ι real-time PCR方法检测转基因大豆中外源基因35S边界基因的拷贝数,以大豆凝集素基因(Lectin)作为内参照基因,以转基因大豆基因组DNA为内参照基因标准品,初始浓度为0.43μg·μL-1,进行5倍梯度稀释得到内参照基因CT值与起始模板量的相关性标准曲线:y=-2.9915x+22.3321,R2=0.996;以含35S边界序列的质粒DNA为目的基因为标准品,初始浓度为0.64μg·μL-1,同样进行5倍梯度稀释,建立目的基因CT与起始模板量的相关性标准曲线:y=-3.4021x+17.7219,R2=0.999。通过SYBR Green Ιreal-time PCR获得样本中目的基因和内参基因的CT值,将CT值分别代入标准曲线计算该样本中内参基因和目的基因起始模板量,目的基因与内参基因起始模板量比值即是目的基因在该转基因中的拷贝数。计算结果为4份样品中,2个拷贝的1个,3个拷贝的3个。

猪流行性腹泻病毒Real-timePCR检测方法的建立

为定量检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)载量,建立PEDV的Real-time PCR方法。用RT-PCR方法扩增PEDV的M基因片段,构建含有M基因片段的重组质粒,用该重组质粒进行SYBR Green I Real-time PCR,来建立检测PEDV的荧光定量PCR方法。结果显示:在(5.56×102～5.56×107)拷贝/μL范围内,所建立方法具有优良的线性关系,其决定系数为0.9996,扩增效率为99.5%,扩增产物的熔解曲线只有一个特异性峰,无引物二聚体峰,熔解温度为(81.18±0.21)℃。该方法对猪传染性胃肠炎病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、伪狂犬病病毒、猪圆环病毒II型等猪源病毒均检测不到扩增产物,重复性试验的变异系数小于3%,对临床样品的检出率高于常规PCR方法。研究结果表明:建立的Real-time PCR检测方法特异性强、重复性好、灵敏性高,可用于PEDV的定量检测及其早期感染的快速诊断。

检测蚊虫感染黄病毒属病毒Real-time PCR方法的建立

目的建立SYBR Green Real-time PCR检测和筛选黄病毒属病毒方法。方法参照文献报道的通用引物,以JEV cDNA和DEN cDNA为模板,建立RT-PCR和SYBR Green Real-time PCR,检测和筛选黄病毒属病毒,并比较两者的敏感性。结果此黄病毒属引物适合两种反应体系,SYBR Green Real-time PCR方法的敏感性是RT-PCR方法的100倍,最低检出病毒浓度为0.5×10-2PFU/ml。结论建立的两种方法均可用于黄病毒属病毒检测,以SYBR Green Real-time PCR方法具有更高的敏感性,对于黄病毒属病毒初筛检测具有应用价值。

鹅细小病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank发表的鹅细小病毒(GPV)NS1基因序列设计合成了1对引物,以构建的含有该引物扩增序列的重组质粒作为阳性标准品,建立了检测GPV核酸的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。检测结果表明,该方法线性关系良好,标准曲线的相关系数达到0.998;对初始模板的检出下限为30个拷贝/μL,比常规PCR方法高100倍;与鸭瘟病毒、犬细小病毒、新城疫病毒和鹅副粘病毒均不发生交叉反应;组内与组间的变异系数均小于2%。用建立的Real-time PCR检测13例GPV感染阳性病例,GPV阳性检出率为100%。表明建立的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可以用于GPV的病原检测及定量分析。

基于lolB基因的SYBR GreenⅠ实时定量PCR检测病原霍乱弧菌方法的建立

基于霍乱弧菌lolB基因保守序列设计1对特异性引物,建立了SYBR GreenⅠ实时定量PCR检测霍乱弧菌的方法。常规PCR检测仅霍乱弧菌扩增出大小为519bp的目的片段,其他3种病原弧菌均为阴性;SYBR GreenⅠ实时定量PCR,在Tm为86.5～87℃,扩增产物的熔解曲线只出现1个单特异峰,无引物二聚体,表明该引物具有较好的特异性。SYBR GreenⅠ实时定量PCR扩增曲线反映了PCR的指数增长阶段和平台阶段;所制作的标准曲线在2.59×108～2.59×100拷贝数之间有较好的线性关系,相关系数为0.993,能对霍乱弧菌进行准确的定量分析。该方法检测时间从核酸抽提到结果分析仅需4～5h,较传统方法敏感、操作简单、耗时短,是霍乱弧菌引起的水产动物疾病的快速诊断及流行病调查的有效方法。

Development of A Real-Time PCR Assay for Plasmodiophora brassicae and Its Detection in Soil Samples

A SYBR Green I real-time PCR assay was developed to detect and quantify Plasmodiophora brassicae ribosomal DNA（rDNA） and internal transcribed spacer（ITS）.A pair of primers PBF1/PBR1 was designed based on the conservative region of rDNA-ITS of P.brassicae.The positive plasmid pB12 was obtained and used as the template to create standard curve.The specificity,sensitivity,and reproducibility of real-time PCR were evaluated respectively.Naturally and artificially infested soil samples containing different concentrations of P.brassicae were detected.The results demonstrated that standard curve established by recombinant plasmid was shown a fine linear relationship between threshold cycle and template concentration.The melting curve was specific with the correlation coefficient of 0.995 and that the amplification efficiency was 93.8%.The detection limit of P.brassicae genomic DNA was approximately 40 copies per 25 μL.The sensitivity of the assay was at least 100-fold higher than conventional PCR.Only DNA from P.brassicae could be amplified and detected using this assay,suggesting the highly specific of this assay.The coefficient of variation was less than 3%,indicating the PCR method revealed high reproducibility.The detection limit in soil samples corresponded to 1 000 resting spores g-1soil.Bait plants were used to validate the real-time PCR assay.This developed real-time PCR assay allows for fast and sensitive detection of P.brassicae in soil and should be useful in disease management and pest interception so as to prevent further spread of P.brassicae.

同时检测猪圆环病毒2型、猪细小病毒、猪伪狂犬病病毒和猪细环病病毒1型和2型的多重SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR方法的建立

在集约化养殖条件下,猪场常见多种病毒混合感染。本试验研究的5种病毒与多种猪病相关,在全球范围的猪场造成了严重的经济损失。本研究建立了能同时检测和鉴别猪圆环病毒2型(PCV2)、猪细小病毒(PPV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)和猪细环病病毒1型和2型(TTSuV1和TTSuV2)的多重SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。该方法能够区分这5种病毒,且对其他DNA病毒检测证明了该系统的特异性。该多重实时荧光定量PCR灵敏度高,检测限为3.65×103～5.04×103拷贝DNA模板/反应。批内和批间变异系数低。该方法对临床样本的检测结果与特异性PCR方法检测结果符合率为100%。这种方法可能成为流行病学研究和疾病控制的有效工具。

Comparison of Two Real-time PCR Technigues for Quantification of GMO Contents in Highly Processed Products of Soybean

The RR soybean was quantitatively detected by ABI Prism 7300 sequence detector with PCR primers and fluorescence probes were designed according to the sequences of endogenous Lectin gene and exogenous CP4-EPSPS gene, and the PCR systems were based on SYBR Green I and TaqMan. The standard curve of ACt between CP4-EPSPS gene and Lectin gene of the RR soybean in standard materials was generated and a linear regression equation was obtained. Quantification methods were optimized through two different real-time PCR chemistries, i.e. SYBR Green I and TaqMan, and the RR soybean contents were quantified in five standard samples and seven highly processed products by the two assays. Both methods are proved to be specific, highly sensitive and reliable for both identification and quantification of soybean DNA. The results indicate that the two optimized PCR system can be used for the practical quantitative detection of RR soybean in highly processed products.

水貂圆环病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用

为快速检测水貂圆环病毒(MiCV),本试验根据MiCV Cap基因序列设计合成特异性引物,建立了水貂圆环病毒SYBR Green II实时荧光定量PCR检测方法。结果显示,该方法在模板浓度为1.0×10^(6)~1.0×10^(1) copies/μL范围内呈良好线性关系,相关系数为0.9983。本试验建立的检测方法对水貂阿留申病毒、猪圆环病毒2型、水貂肠炎病毒、犬瘟热病毒和猪伪狂犬病毒进行检测均无特异性扩增,批内和批间CV均小于2%,对重组阳性质粒的检测下限为1.0×10^(1) copies/μL,比普通PCR的敏感度高100倍,对阳性样品DNA的检测下限为2.38×10^(-2) pg/μL,比普通PCR的敏感度高1000倍。应用该方法对吉林省部分毛皮动物养殖场的水貂、狐狸、貉和环境样品进行检测,结果其阳性率分别为57.23%、48.42%、39.71%和68.48%。上述结果表明,本研究建立的实时荧光定量PCR检测方法具有良好的灵敏性、特异性和重复性,为MiCV的诊断及流行病学调查提供技术支持。

登革病毒SYBR Green Ⅰ real-time PCR方法的建立及应用

为建立灵敏、高效的登革病毒检测方法,本试验拟以包含登革病毒3′端保守序列的质粒pUC57-DENV为模板,建立检测DENV的荧光定量PCR方法。结果显示,该检测方法在4.88×10^1~4.88×10^9copies/μL范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.999,斜率为-3.653。最低检测限度为4.88 copies/μL,对照组未出现特异性扩增,所有稀释度的标准品在80.20℃出现特异性熔解峰。组内和组间试验的变异系数均小于1%。本试验建立的SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR方法,可为登革病毒早期检测提供技术支持。

犬圆环病毒Rep基因SYBR GreenⅠreal-time PCR方法的建立及应用

为建立一种检测犬圆环病毒的快速诊断方法,本试验拟采用普通PCR方法扩增犬圆环病毒Rep基因,将目的基因克隆到T-Vector pMD19 (Simple),以测序正确的重组质粒作为模板,建立针对犬圆环病毒Rep基因的SYBR GreenⅠreal-time PCR检测方法,并对该方法进行敏感性、特异性和重复性试验。结果显示,Ct值与标准品在6.18×10^9~6.18×10^2copise/μL范围内呈良好的线性关系,其相关性为0.998,斜率为-3.671。检测下限为6.18×10^1copies/μL,且对猪圆环病毒2型、猪圆环病毒3型、犬瘟热病毒、犬传染性肝炎病毒、犬细小病毒、犬副流感病毒、犬腺病毒2型、狂犬病病毒等均无特异性扩增,所有稀释度标准品模板均在86.45℃出现特异性熔解峰。通过对临床样品进行检测,本方法对犬圆环病毒核酸的检出率为9.72%(7/72)。结果表明,本试验成功建立了针对犬圆环病毒Rep基因的SYBR GreenⅠreal-time PCR方法,可实现对犬圆环病毒快速、灵敏及准确的诊断。