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Genotype-dependent activation or repression of HBV enhancer Ⅱ by transcription factor COUP-TF1 被引量:2
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作者 Silke F Fischer Katja Schmidt +6 位作者 Nicola Fiedler Dieter Glebe Christian Schüttler Jianguang Sun Wolfram H Gerlich Reinald Repp Stephan Schaefer 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS CSCD 2006年第37期6054-6058,共5页
AIM: To study the expression of HBV enhancer Ⅱ by transcription factor COUP-TF1. METHODS: In order to study the regulation of HBV variants in the vicinity of the NRRE we cloned luciferase constructs containing the HB... AIM: To study the expression of HBV enhancer Ⅱ by transcription factor COUP-TF1. METHODS: In order to study the regulation of HBV variants in the vicinity of the NRRE we cloned luciferase constructs containing the HBV enhancer Ⅱ from variants and from HBV genotypes A and D and cotransfected them together with expression vectors for COUP-TF1 into HepG2 cells. RESULTS: Our fi ndings show that enhancer Ⅱ of HBV genotype A is also repressed by COUP-TF1. In contrast, two different enhancer Ⅱ constructs of HBV genotype D were activated by COUP-TF1. The activation was independent of the NRRE because a natural variant with a deletion of nt 1763-1770 was still activated by COUP- TF1. CONCLUSION: Regulation of transcription of the HBV genome seems to differ among HBV genomes derived from different genotypes. These differences in transcriptional control among HBV genotypes may be the molecular basis for differences in the clinical course among HBV genotypes. 展开更多
关键词 Hepatitis B virus Hepatitis B virus x protein COUP-TF1 genotype Enhancer
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云南2株基因Ⅱ型新城疫病毒F基因变异特性分析 被引量:6
2
作者 张文东 宋建领 +4 位作者 赵焕云 刘庆亮 胡媛媛 曾伟 张富强 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2014年第7期54-59,共6页
对云南省2个发病鸡场的组织病料进行病原分离,通过血凝、血凝抑制试验和RT-PCR检测,证明分离毒株为新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)。采用特异性引物经RT-PCR扩增F基因,纯化后克隆至pMD18-T载体,并对其进行测序。序列... 对云南省2个发病鸡场的组织病料进行病原分离,通过血凝、血凝抑制试验和RT-PCR检测,证明分离毒株为新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)。采用特异性引物经RT-PCR扩增F基因,纯化后克隆至pMD18-T载体,并对其进行测序。序列比对及系统发育分析结果表明,分离获得的云南省2株NDV毒株F基因核苷酸与La Sota株的核苷酸同源性为99.4%~99.6%,与国内外分离的流行毒株SP13和NDV027344核苷酸同源性均为99.7%~99.8%,与F48E9株的核苷酸同源性为89.0%~89.1%;F蛋白氨基酸与La Sota株的氨基酸同源性为99.3%~99.5%,与流行毒株SP13和NDV027344的氨基酸同源性均为99.5%~99.6%,与F48E9株的氨基酸同源性为91.8%~92.0%。系统发育分析结果表明,2株病毒均属于基因Ⅱ型,裂解位点氨基酸为G-R-Q-G-R L,属于弱毒株裂解位点氨基酸排列特征。 展开更多
关键词 基因 新城疫病毒 F基因 序列分析
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京海黄鸡IGF-Ⅱ基因SNPs及其与生产性能关系研究 被引量:3
3
作者 杨凤萍 李其松 +3 位作者 戴国俊 谢恺舟 施会强 王金玉 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第11期1470-1475,共6页
以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP技术测定IGF-Ⅱ基因3个SNPs位点,同时分析它们对不同周龄体重及产蛋性状的遗传效应。结果显示,3个位点分别发生C→G、G→C、G→A的单碱基突变,各检测到3种基因型,P1位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P<0... 以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP技术测定IGF-Ⅱ基因3个SNPs位点,同时分析它们对不同周龄体重及产蛋性状的遗传效应。结果显示,3个位点分别发生C→G、G→C、G→A的单碱基突变,各检测到3种基因型,P1位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05)。最小二乘方差分析表明,AA与BB基因型个体300日龄产蛋数存在显著差异(P<0.05),A为增效等位基因,B为减效等位基因;CD基因型个体12周龄体质量显著高于CC型(P<0.05);EE、EF基因型个体300日龄平均蛋质量显著高于FF型(P<0.05),E为增效等位基因,F为减效等位基因。联合基因型AA/CC/EF平均蛋质量显著高于AB/CD/EE与AB/CD/EF(P<0.05);AB/CD/EF基因型个体300日龄体质量显著高于AA/CC/EF、BB/DD/EE型(P<0.05)。 展开更多
关键词 京海黄鸡 IGF- SNPS 组合基因型 生产性能
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广东清远IVS-Ⅱ-654点突变地中海贫血的分子流行特征及血液表型分析 被引量:6
4
作者 林金端 刘红伟 +5 位作者 望丹丹 尹卫国 刘倩 刘艳枚 黄振勇 李介华 《中国医药导报》 CAS 2019年第13期78-82,共5页
目的了解广东省清远地区IVS-Ⅱ-654点突变β地中海贫血(以下简称“654Mβ地贫”)基因携带情况及基因型组合特点,并分析其红细胞参数特点,为更好地筛查和预防地贫提供参考数据。方法收集2014年1月~2015年9月清远市人民医院门诊地贫基因... 目的了解广东省清远地区IVS-Ⅱ-654点突变β地中海贫血(以下简称“654Mβ地贫”)基因携带情况及基因型组合特点,并分析其红细胞参数特点,为更好地筛查和预防地贫提供参考数据。方法收集2014年1月~2015年9月清远市人民医院门诊地贫基因诊断标本6760例,根据受检者年龄将标本分为婴幼儿组(≤3岁,n=804),儿童组(>3岁~<18岁,n=1050),成人(≥18岁n=4856)。采用gap-PCR扩增法检测3种常见的缺失型α地贫基因(-α3.7/、-α4.2/、--SEA/),PCR-膜反向点杂交(PCR-RDB)技术检测17种突变型β地贫基因,统计654Mβ基因的携带率;并对基因型为654M的受检者进行血常规检测,观察红细胞计数(RBC)、血红蛋白浓度(Hb)、红细胞压积(Hct)、平均红细胞体积(MCV)、平均红细胞血红蛋白含量(MCH)和红细胞平均血红蛋白浓度(MCHC)6项指标,分析性别、年龄等因素对654Mβ基因的携带者红细胞参数的影响,并与(第4版)《全国临床检验操作规程》比较,观察654M杂合子与健康人红细胞参数的异同。结果①调查人群中,654M总携带率为4.79%(324/6760),其中654M杂合子256例(3.79%),654M复合α地贫52例(0.77%),654M复合β地贫16例(0.24%);各年龄组654M杂合子携带率和654M复合α地贫基因携带率比较,差异均无统计学意义(P>0.05);婴幼儿组654M复合β地贫基因携带率高于儿童组,差异有统计学意义(P<0.05),成人组目前未发现654M复合其他β地贫基因的基因型。②654M杂合子、654M复合α地贫基因和654M复合β地贫基因三种基因型对RBC、Hb、Hct影响大小顺序为654M复合β地贫>654M杂合子>654M复合α地贫(均P<0.05),但三种基因组合的MCV、MCH、MCHC差异均无统计学意义(P>0.05)。③不同人群的654M杂合子携带者的红细胞参数差异表现在男性RBC、Hb、Hct高于成人女性、男性婴幼儿与男性儿童,差异均有统计学意义(P<0.05),其他组间各红细胞参数差异均无统计学意义(P>0.05)。④与健康人比较,男性654M杂合子的血液表型主要体现在RBC增高,MCV、MCH、MCHC下降(均P<0.05);Hb、Hct处于临界低值(均P>0.05);女性654M杂合子血液表型主要体现Hb、Hct、MCV、MCH、MCHC下降(均P<0.05);RBC处于临界高值(P>0.05)。结论清远地区654Mβ地贫以654M杂合子最为常见,其次为654M复合α地贫,654M复合β地贫最为少见。不同基因组合的654Mβ地贫红细胞参数差异较大,在进行遗传咨询时,应做好遗传告知;成年男性654M RBC、Hb、Hct与婴幼儿、儿童及成人女性的差异较大,在制订筛查指标临界值时需注意区分。 展开更多
关键词 IVS--654点突变 地中海贫血 基因型 红细胞参数
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中药复方多糖对不同MHC B-Lβ Ⅱ基因型鸡淋巴细胞中NF-κB、TNF-α、IL-6 mRNA表达的影响 被引量:4
5
作者 马昭 朱晓庆 +4 位作者 杨莉 刘晓婷 张保军 谷新利 商云霞 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第12期3446-3452,共7页
为探讨中药复方多糖(compound Chinese herbal medicine polysaccharides,cCHMPS)对不同MHC B-LβⅡ基因型鸡免疫调节作用的影响,采用PCR-SSCP方法将200羽白羽肉鸡按不同MHC B-LβⅡ基因型分组,采集不同MHC B-LβⅡ基因型鸡的外周血淋... 为探讨中药复方多糖(compound Chinese herbal medicine polysaccharides,cCHMPS)对不同MHC B-LβⅡ基因型鸡免疫调节作用的影响,采用PCR-SSCP方法将200羽白羽肉鸡按不同MHC B-LβⅡ基因型分组,采集不同MHC B-LβⅡ基因型鸡的外周血淋巴细胞,分别加入终剂量为100、75、50、0μg/mL的cCHMPS,共培养24h,采用实时荧光定量PCR方法检测cCHMPS对鸡淋巴细胞NF-κB、TNF-α、IL-6mRNA表达量的影响。结果显示:与对照组相比,cCHMPS能显著增强不同MHC B-LβⅡ基因型鸡淋巴细胞NF-κB、TNF-α、IL-6mRNA的表达量(P<0.05)。并且同一基因型鸡中,当cCHMPS剂量为50μg/mL时,AB、AA基因型鸡淋巴细胞NF-κB、TNF-α、IL-6mRNA表达量显著高于其他剂量组(P<0.05);AC基因型鸡淋巴细胞NF-κB、IL-6mRNA的表达量显著高于其他剂量组(P<0.05);AC基因型鸡淋巴细胞TNF-αmRNA的表达量在cCHMPS为100μg/mL时显著高于其他剂量组(P<0.05)。综上所述,cCHMPS能不同程度的促进各MHC B-LβⅡ基因型鸡NF-κB、TNF-α、IL-6mRNA的表达,且不同MHC B-LβⅡ基因型鸡淋巴细胞最适中药复方多糖免疫调节剂量不同。 展开更多
关键词 中药复方多糖 MHCBLβ基因型 鸡淋巴细胞 细胞因子
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心脏移植中HLA-Ⅱ类抗原基因配型的实验研究 被引量:4
6
作者 董然 陈宝田 +1 位作者 邱长春 石镜 《心肺血管病杂志》 CAS 2000年第3期203-206,共4页
建立人类白细胞抗原 (HLA) Ⅱ型抗原 4个基因位点DRB1、DQA1、DQB1、DPB1的聚合酶链式反应 -单 -链构象多态分析 (PCR -SSCP)配型方法。实验分三部分 :1 通过预实验确定使用PCR -SSCP检测HLA -DRB1、DA1、DQB1、DPB14个位点的实验条件 ... 建立人类白细胞抗原 (HLA) Ⅱ型抗原 4个基因位点DRB1、DQA1、DQB1、DPB1的聚合酶链式反应 -单 -链构象多态分析 (PCR -SSCP)配型方法。实验分三部分 :1 通过预实验确定使用PCR -SSCP检测HLA -DRB1、DA1、DQB1、DPB14个位点的实验条件 ;2 使用以上方法对 1例拟行心脏移植的患者在 12 7例健康人群中进行基因位点的检测配型 ;3 对配型一致及不一致的供体和受体 ,进行体外混合淋巴细胞培养(MLC) ,以检验这种基因配型方法的可靠性。通过PCR -SSCP的检测配型 ,在 12 7例供体中 ,2例DRB1位点、2例DQA1位点、3例DQB1位点、2例DPB1位点与受体相一致。体外MLC证实与受体不一致的供、受体MLC中 ,受体淋巴细胞呈高度增殖反应 ;而与受体某一位点一致的供体 ,其MLC中受体淋巴细胞增殖反应明显降低 (P <0 0 1)。PCR -SSCP是一种快速、准确的HLA 展开更多
关键词 心脏移植 HLA-类抗原基因配型 PCR-SSCP
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中药复方多糖对不同MHC B-Lβ Ⅱ基因型蛋鸡育雏育成期免疫功能的影响 被引量:1
7
作者 刘晓婷 罗燕 +5 位作者 陈洁 连科讯 刘钢 马昭 朱晓庆 谷新利 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期763-773,共11页
【目的】研究肌注中药复方多糖对不同MHC B-LβⅡ基因型蛋鸡免疫器官指数、血常规指标及血清中GM-CSF、G-CSF质量浓度的影响。【方法】采用PCR-SSCP方法,对试验鸡按不同基因型进行分组,将各组分成高、中、低剂量中药复方多糖试验组和空... 【目的】研究肌注中药复方多糖对不同MHC B-LβⅡ基因型蛋鸡免疫器官指数、血常规指标及血清中GM-CSF、G-CSF质量浓度的影响。【方法】采用PCR-SSCP方法,对试验鸡按不同基因型进行分组,将各组分成高、中、低剂量中药复方多糖试验组和空白对照组。各组试验鸡分别于8日龄肌肉注射0.2 mL 50、25和12.5 mg/mL中药复方多糖和生理盐水,连续7 d,于21、35和49日龄时从各组随机抽取5只鸡,测定胸腺、脾脏和法氏囊脏器指数,并采集血液检测血常规指标、粒细胞集落刺激因子(G-CSF)和粒-巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)质量浓度的变化。【结果】不同基因型鸡中,高、中、低剂量多糖对免疫器官、血常规部分指标及GM-CSF均有一定影响,但各剂量多糖对各基因型同一指标的影响不相同。其中,AA基因型鸡中,高、中剂量中药复方多糖可显著提高胸腺、脾脏和法氏囊的脏器指数,低剂量中药复方多糖可显著提高其白细胞总数和淋巴细胞数;BB基因型鸡中,高、中剂量中药复方多糖可显著提高胸腺和脾脏指数,而对血常规指标无影响;BC基因型鸡中,高剂量中药复方多糖可显著提高胸腺指数、白细胞总数和淋巴细胞数,中剂量中药复方多糖可显著提高白细胞总数和淋巴细胞数。【结论】不同剂量的中药复方多糖可以不同程度的提高各基因型组蛋鸡免疫器官指数、部分血常规指数及GM-CSF质量浓度,以高、中剂量中药复方多糖免疫效果更好。 展开更多
关键词 中药复方多糖 MHC B-Lβ 基因型 蛋鸡 免疫器官指数 血常规
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髓系白血病细胞系HLA-Ⅱ基因型的探讨
8
作者 谢桂岚 李志祥 《中国现代医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期18-20,共3页
目的检测髓系白血病细胞系HLA-Ⅱ基因型。方法采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术对4种髓系白血病细胞系(U937、K562、HEL、MEG)的HLA-Ⅱ基因型进行DNA分型。结果该4种白血病细胞系的HLA-Ⅱ基因型分别是,U937细胞:DRB... 目的检测髓系白血病细胞系HLA-Ⅱ基因型。方法采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术对4种髓系白血病细胞系(U937、K562、HEL、MEG)的HLA-Ⅱ基因型进行DNA分型。结果该4种白血病细胞系的HLA-Ⅱ基因型分别是,U937细胞:DRB1*0301/*0301,DQB1*0201/*0201,DPB1*0402/*0402;K562细胞:DRB1*0301/*0301,DQB1*0201/*0201,DPB1*0402/*0402;HEL细胞:DRB1*1302/*1302,DQB1*0201/*0201,DPB1*1401/*1401;MEG细胞:DRB1*1406/*0410,DQB1*0401/*0401,DPB1*0501/*0501。结论该4种细胞系虽然来源于不同个体,但均属于髓系肿瘤细胞,国际FAB分类均属于急性髓系白血病细胞。然而,分子免疫遗传学类型有所差异。通过本研究提高了髓系白血病细胞系HLA-Ⅱ基因型认识,对今后髓系白血病分子免疫遗传学的研究,提供了初步资料。 展开更多
关键词 髓系白血病细胞系 HLA-基因型 聚合酶链反应-限制性片段长度多态性
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人类白细胞Ⅱ类抗原DR、DQ基因型与妊娠期糖尿病的相关性研究
9
作者 周信芳 狄文英 +2 位作者 陶建英 蒋创 戴建荣 《中国优生与遗传杂志》 2007年第11期64-65,66,共3页
目的探讨人类白细胞II类抗原DR、DQ基因型与妊娠期糖尿病的相关性。方法对26例GDM孕妇及同期入院的42例正常健康孕妇,采用序列特异性引物聚合酶链反应技术(PCR-SSP)检测HLA-II类抗原DR和DQ的等位基因。结果研究中发现,DQA1*0101、DQA1*0... 目的探讨人类白细胞II类抗原DR、DQ基因型与妊娠期糖尿病的相关性。方法对26例GDM孕妇及同期入院的42例正常健康孕妇,采用序列特异性引物聚合酶链反应技术(PCR-SSP)检测HLA-II类抗原DR和DQ的等位基因。结果研究中发现,DQA1*0101、DQA1*0201、DQB1*0609、DRB l*07-DQA1*0201-DQB1*0201基因频率在GDM中显著高于正常对照组,两组比较,统计学有差异(Ρ<0.05)。DQB1*0301基因频率在GDM中显著低于正常对照组,两组比较,有统计学差异(Ρ<0.05)。结论人类白细胞II类抗原DR、DQ基因型与GDM的易感性和保护性存在关联。DQA1*0101、DQA1*0201、DQB1*0609、DRB l*07-DQA1*0201-DQB1*0201基因是GDM的易感基因。DQB1*0301基因是GDM的保护基因。 展开更多
关键词 人类白细胞类抗原 DR、DQ基因型 妊娠期糖尿病 易感基因 保护基因
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造血干细胞移植中HLA-Ⅱ类基因分型影响因素的探讨 被引量:1
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作者 屠敏 孔繁华 +7 位作者 奚永志 孙玉英 郑黎燕 金荔 刘楠 陈兴国 郭斯启 张惠丽 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2000年第7期369-370,共2页
目的:为了准确地进行造血干细胞移植供-受体的HLA-Ⅱ类配型,对HLA-Ⅱ类基因分型实验的影响因素进行了探讨。方法:采用美国莱姆达公司提供的微量SSP^TMHLA-Ⅱ类PCR-SSP分型试剂盒对400例造血干细胞移植... 目的:为了准确地进行造血干细胞移植供-受体的HLA-Ⅱ类配型,对HLA-Ⅱ类基因分型实验的影响因素进行了探讨。方法:采用美国莱姆达公司提供的微量SSP^TMHLA-Ⅱ类PCR-SSP分型试剂盒对400例造血干细胞移植供-受体进行基因分型。结果:采用0.5%EDTA抗凝的血标本与肝素抗凝的血标本相比,前者的护增效果好。DNA终浓度为25~200ng/ul,最佳浓度为100ng/ul。 展开更多
关键词 HLA- 基因分型 造血干细胞移植
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微载体规模化培养草鱼鳔细胞以增殖Ⅱ型草鱼呼肠孤病毒的工艺研究 被引量:2
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作者 杨玉茹 王英英 +3 位作者 王庆 周文礼 尹纪元 石存斌 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2022年第5期577-588,共12页
为优化草鱼(Ctenopharyngodon idella)鳔细胞(CiSB)细胞悬浮培养工艺,以提高基因Ⅱ型草鱼呼肠孤病毒(grass carp reovirus,GCRV)含量,利用Cytodex 1微载体悬浮培养系统规模化培养CiSB和Ⅱ型GCRV,对CiSB细胞初始接种密度、搅拌转速和微... 为优化草鱼(Ctenopharyngodon idella)鳔细胞(CiSB)细胞悬浮培养工艺,以提高基因Ⅱ型草鱼呼肠孤病毒(grass carp reovirus,GCRV)含量,利用Cytodex 1微载体悬浮培养系统规模化培养CiSB和Ⅱ型GCRV,对CiSB细胞初始接种密度、搅拌转速和微载体浓度等工艺参数进行摸索和优化。结果显示,在CiSB细胞贴壁期,以转速30 r·min^(-1)、每静置30 min搅拌2 min的间歇搅拌方式培养最佳,4 h后细胞贴附率可达96%以上;在微载体密度2 g·L^(-1)、细胞初始接种密度2×10^(5)个·mL^(-1)、搅拌速度30 r·min^(-1)的条件下,初始培养血清浓度设定为10%,培养3 d后更换50%的培养基并使血清浓度达到5%,可获得最佳的细胞生长效能。CiSB经消化转移放大至1 L,微载体上细胞贴附均匀、生长良好。接种Ⅱ型GCRV至规模化培养的CiSB细胞,拷贝数最高达6.2×10^(5)拷贝数·μL^(-1)。研究结果可为草鱼出血病疫苗的规模化生产工艺研究提供依据。 展开更多
关键词 草鱼鳔细胞(CiSB) 型草鱼呼肠孤病毒 微载体培养 工艺优化
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青岛及周边地区马铃薯Y病毒株系类型分析
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作者 赵亮 张兆良 +3 位作者 邢明祯 孙殿林 迟胜起 张剑峰 《青岛农业大学学报(自然科学版)》 2023年第2期97-103,共7页
马铃薯Y病毒(potato virus Y,PVY)是目前马铃薯生产中的重要病毒,PVY侵染马铃薯会造成产量、质量的严重下降。为了探明青岛及周边地区PVY株系类型,本次共采集青岛及周边地区485份马铃薯疑似PVY样本,共检测出298份PVY阳性样本。对PVY样... 马铃薯Y病毒(potato virus Y,PVY)是目前马铃薯生产中的重要病毒,PVY侵染马铃薯会造成产量、质量的严重下降。为了探明青岛及周边地区PVY株系类型,本次共采集青岛及周边地区485份马铃薯疑似PVY样本,共检测出298份PVY阳性样本。对PVY样本进行RT-PCR扩增,结果显示:本地区的主要株系为PVY^(NTN-NW)(SYR-Ⅱ型),占比为62.4%;PVY^(N-Wi)株系占比为31.6%;复合侵染株系占比为6.0%。对复合侵染株系的单株块茎(编号ShouGuang)进行测序、BLSAT比对及Simplot和RDP软件分析,显示PVY复合侵染的马铃薯植株体内存在两种重组类型(ShouGuang-Y1和ShouGuang-Y2);发生重组的位点主要集中在P1-1、HC-Pro/P3、6K2/VPg 3个区域。通过对PVY的不同变异株系分析,可为PVY株系的遗传多样性提供理论基础,为青岛及周边地区PVY防控提供理论依据。 展开更多
关键词 马铃薯Y病毒 PVY^(NTN-NW)(syr-型)株系 PVY^(N-Wi)株系 复合侵染 青岛
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马铃薯Y病毒多基因系统发育分析及其在株系鉴定中的应用 被引量:6
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作者 邹文超 沈林林 +3 位作者 沈建国 蔡伟 詹家绥 高芳銮 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2017年第10期918-929,共12页
为实现马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)常见株系的快速鉴定,本文以PVY的P1、HC-pro、VPg和CP 4个基因为研究对象建立了快速准确的多基因联合体系。根据基因的不同组合建立5个不同数据集,分别进行系统发育分析,并通过贝叶斯标签关联显著... 为实现马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)常见株系的快速鉴定,本文以PVY的P1、HC-pro、VPg和CP 4个基因为研究对象建立了快速准确的多基因联合体系。根据基因的不同组合建立5个不同数据集,分别进行系统发育分析,并通过贝叶斯标签关联显著性(Bayesian tip-association significance,Ba TS)分析各数据集中代表分离物与株系的关联性,以确定实现PVY快速鉴定的最佳组合。不同数据集的系统发育及Ba TS分析结果显示,除了联合P1、VPg和CP 3个基因数据集外,其他4个数据集均无法实现PVY常见株系的准确鉴定。采用不同建树方法对联合P1、VPg和CP 3个基因数据集比较分析显示,基于ML法和NJ法的系统发育树在拓扑结构上基本一致,均优于基于贝叶斯算法的最大分支置信(maximum clade credibility,MCC)树。同时,以HLJ26分离物为研究对象,对建立的多基因联合体系进行实际应用,结果显示该分离物与PVY^(NTN-NW)株系的3个分离物SYR-Ⅱ-2-8、SYR-Ⅱ-Be1和SYR-Ⅱ-Dr H以高置信值聚为一亚簇,表明该分离物可能属于PVY^(NTN-NW)株系(SYR-Ⅱ型)。重组分析显示,HLJ26基因组存在4个潜在的重组信号,分别位于P1、HC-pro/P3、VPg和CP的5¢-末端,与PVY^(NTN-NW)株系(SYR-Ⅱ型)的重组位点相一致,表明其属于PVYNTN-NW株系(SYR-Ⅱ型)。同时,应用多重RT-PCR成功扩增出约为1000 bp和400 bp的2个特异性片段,与PVY^(NTN-NW)株系(SYR-Ⅱ型)的特异条带大小相一致。这些结果进一步支持了多基因联合体系的鉴定结果。联合P1、VPg和CP 3个基因数据集系统发育分析,可以实现PVY常见株系的准确鉴定。 展开更多
关键词 马铃薯Y病毒 多基因系统发育分析 系统发育与性状关联分析 syr-
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人乳头瘤病毒基因分型方法的建立和应用 被引量:3
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作者 王方金 王敏 +2 位作者 王丁 肖克林 何蕴韶 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期170-172,共3页
目的建立一种简便快捷、灵敏度高、经济实用的人乳头瘤病毒(HPV)基因分型的低密度基因芯片技术,并对该方法进行评价。方法用低密度基因芯片技术对355例疑似HPV感染女患者检测HPV并分型;用杂交捕获Ⅱ代(HCⅡ)法进行评价,并用该法对珠江... 目的建立一种简便快捷、灵敏度高、经济实用的人乳头瘤病毒(HPV)基因分型的低密度基因芯片技术,并对该方法进行评价。方法用低密度基因芯片技术对355例疑似HPV感染女患者检测HPV并分型;用杂交捕获Ⅱ代(HCⅡ)法进行评价,并用该法对珠江三角洲地区的730例标本进行HPV分型检测。结果355例疑似样本中,低密度基因芯片技术和HCⅡ法分别检出211例(59.4%)和222例(62.5%)阳性标本,符合率达94.1%(334/355)。低密度基因芯片技术共检测出15种常见高危型和5种低危型,其中16、52、58、56型检出率较高。结论低密度基因芯片技术能具体分型和检测混合感染,HPV检测与细胞学检测结合,对宫颈癌筛查有重要意义。 展开更多
关键词 人乳头瘤病毒 低密度基因芯片 杂交捕获 基因分型
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乙型肝炎病毒基因型与肝细胞癌的关系 被引量:5
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作者 陈示光 江家骥 +2 位作者 朱月永 刘景丰 郑琦 《肝脏》 2009年第3期194-197,共4页
目的研究乙型肝炎病毒(HBV)基因型与肝细胞癌(HCC)相关性的病毒分子基础。方法应用PCR-RFLP法或测序法测定回顾性随机配对的124例HBsAg阳性HCC患者和124例慢性HBV感染者的HBV基因型;比较HCC患者中不同HBV基因型的临床资料;检测HBV的HBx... 目的研究乙型肝炎病毒(HBV)基因型与肝细胞癌(HCC)相关性的病毒分子基础。方法应用PCR-RFLP法或测序法测定回顾性随机配对的124例HBsAg阳性HCC患者和124例慢性HBV感染者的HBV基因型;比较HCC患者中不同HBV基因型的临床资料;检测HBV的HBx、Enh2与Bcp基因序列的变异。结果慢性HBV感染者中HBV基因型B型占62.1%,C型占37.9%,HCC患者中基因B型占41.5%,C型占58.5%,未见其他基因型。基因B、C型的HCC患者平均年龄均在50岁左右。在≤35岁的HCC患者,感染的HBV以B型为主;在36~50岁组中,C型比例明显大于B型;而在50岁以上组中二者无明显差别。感染HBV基因B型HCC患者的血清总胆红素水平高于C型[分别为(56.3±79.5)μmol/L和(23.7±18.3)μmol/L,P=0.015];感染C型者HBeAg阳性率高于B型(分别为34.1%和9.74%,P=0.024);所有发生肝外转移的HCC患者的HBV基因型均为B型。在整个HBx、Enh2与Bcp区,基因B、C型HBV株氨基酸水平变异无明显差别。70.0%基因B型和96.2%C型HBV株发生nt1762/1764的双位点变异。此外,在反式激活区和增强子II区,B型HBV的基因变异明显,C型HBV株共有64个氨基酸发生热点变异,而B型HBV株仅有23个氨基酸发生热点变异。结论福建省HCC患者HBV基因型以C型为主。C型HBV株在反式激活区的基因变异较大,这可能与感染C型HBV株者更易发生HCC有关。感染基因B型HBV的HCC患者较易发生肝外转移的现象值得进一步探讨。 展开更多
关键词 HBV HCC 基因型 HBX 增强子 核心启动子
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2代3人同患家族性高胆固醇血症及其低密度脂蛋白受体基因突变分析 被引量:1
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作者 吴弘 谢芳 +9 位作者 郎希龙 郭志福 朱霓 白元 陈峰 潘静薇 郑兴 赵仙先 秦永文 黄薇 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期445-448,共4页
目的调查2代3人同患家族性高胆固醇血症(familial hypercholesterolemia,FH)的家系,并检测和分析低密度脂蛋白受体(LDL-R)基因突变,以探讨FH发病的分子机制。方法对17岁先证者进行体格、心电图、血脂水平、心脏超声、冠状动脉造影检查... 目的调查2代3人同患家族性高胆固醇血症(familial hypercholesterolemia,FH)的家系,并检测和分析低密度脂蛋白受体(LDL-R)基因突变,以探讨FH发病的分子机制。方法对17岁先证者进行体格、心电图、血脂水平、心脏超声、冠状动脉造影检查。根据患者及其家系的血缘关系绘制家系图谱。以PCR法分别扩增家系成员LDL-R基因启动子、18个外显子及侧翼序列,应用直接测序法进行突变检测;并以90名来自患者原籍的正常人群和190个随机人群样本为对照。结果共检查先证者4代28人。先证者、其胞姐及姨外祖母均为FH黄色瘤患者,3人血浆总胆固醇分别为18.89、15.23、12.89mmol/L;临床诊断基因型分别为纯合型、杂合型及杂合型。系谱分析该家系遗传方式符合常染色体显性遗传规律。核苷酸序列分析显示3名患者LDL-R基因的10号外显子存在G1448A改变,为W462X终止突变。先证者、其胞姐及姨外祖母的基因型分别是GA、GA、AA;先证者的父亲家系均为GG纯合子。90名来自患者原籍的正常人群和190个随机人群样本该位点测序结果均为GG纯合子。结论3名患者LDL-R基因均存在G1448A突变,为终止突变,来自母系亲属,此位点的突变很可能是该家系发病的分子基础。 展开更多
关键词 高胆固醇血症 基因型 低密度脂蛋白受体 突变
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葡萄糖激酶基因启动子区-30位G/A变异与2型糖尿病的相关性研究
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作者 王玉明 马春宇 +1 位作者 段勇 刘华 《昆明医学院学报》 2006年第4期63-67,共5页
目的探讨葡萄糖激酶基因-30位启动子G/A变异与中国云南人2型糖尿病是否存在关联.方法运用PCR-RFLP分析方法在389例无亲缘关系之中国云南汉族人中对GCK基因变异进行检测.结果在2型糖尿病患者组中GG、GA和AA基因型频率分别为63.1%、31.9%... 目的探讨葡萄糖激酶基因-30位启动子G/A变异与中国云南人2型糖尿病是否存在关联.方法运用PCR-RFLP分析方法在389例无亲缘关系之中国云南汉族人中对GCK基因变异进行检测.结果在2型糖尿病患者组中GG、GA和AA基因型频率分别为63.1%、31.9%和5.0%;健康对照者组中分别为66.4%、31.8%和1.8%,A等位基因频率在2型糖尿病患者组中和健康对照组中分别为21.0%和17.7%,基因型频率以及等位基因频率在2型糖尿病患者与健康对照者两组之间无显著性差异.结论在中国云南昆明地区的汉族人中存在胰岛β细胞GCK基因启动子-30位G/A变异的多态性,此G/A变异虽然可能对胰岛β细胞功能降低起促进作用,但在无其它相关基因变异以及糖尿病易感因素的存在下,对2型糖尿病的发生不起主要作用,也可以说此多态性与2型糖尿病不存在关联. 展开更多
关键词 葡萄糖激酶 2型糖尿病 基因型 多态性
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草鱼呼肠孤病毒097株L3、M5和S8片段部分编码区的克隆与分析 被引量:1
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作者 闫娜娜 苏建国 雷初朝 《家畜生态学报》 北大核心 2015年第3期25-28,共4页
草鱼呼肠孤病毒(Grass carp reovirus,GCRV)可以引发草鱼出血病,给我国淡水渔业造成严重经济损失。GCRV基因组由11个分节段双链RNA组成,研究克隆了GCRV-097株的L3、M5和S8三个片段的部分编码区(CDS)序列,其中L3片段长度为675bp(JQ782741... 草鱼呼肠孤病毒(Grass carp reovirus,GCRV)可以引发草鱼出血病,给我国淡水渔业造成严重经济损失。GCRV基因组由11个分节段双链RNA组成,研究克隆了GCRV-097株的L3、M5和S8三个片段的部分编码区(CDS)序列,其中L3片段长度为675bp(JQ782741),M5片段长度为777bp(JQ782742),S8片段长度为785bp(JQ782743)。同源性比较分析发现,GCRV-097株L3、M5、S8片段与GCRV-II型的代表株GCRV-HZ08相应区域的相似性分别为99.7%、99.4%、89.6%,表明GCRV-097株属于GCRV-II型。该结果为研究GCRV-097病毒株的生物学特性奠定基础,为进一步研究鱼类抗病毒疫苗提供一定的理论依据。 展开更多
关键词 草鱼 GCRV-097株 克隆 GCRV-
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γ-干扰素基因型与移植肾慢性排斥反应的关系 被引量:1
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作者 李毅 吴卫真 王禾 《福建医科大学学报》 2007年第4期331-333,共3页
目的探讨供、受者γ-干扰素(IFN-γ)基因型与移植肾慢性排斥反应的关系。方法前瞻性病例分析,用序列特异引物PCR方法,对122例肾移植受者和供给(其中94例受者的53位供者)在肾移植前进行IFN-γ基因型检测。对受者术后随访2年,追踪移植肾... 目的探讨供、受者γ-干扰素(IFN-γ)基因型与移植肾慢性排斥反应的关系。方法前瞻性病例分析,用序列特异引物PCR方法,对122例肾移植受者和供给(其中94例受者的53位供者)在肾移植前进行IFN-γ基因型检测。对受者术后随访2年,追踪移植肾慢性排斥反应发生情况,分析受者基因型、供者基因型及供、受者基因型组合类型对移植肾功能的影响。结果IFN-γ高分泌基因型受者移植肾慢性排斥反应发生率为42.2%(35/83例),中低分泌型受者为12.8%(5/39例),两者差别有统计学意义(P<0.01)。取自IFN-γ高分泌和中低分泌基因型供者的移植肾慢性排斥反应发生率分别为36.7%(24/66例)和35.7%(10/28例),两者比较差别无统计学意义(P>0.05)。供、受者均为高分泌基因型的受者移植肾慢性排斥反应发生率75%(3/4例),明显高于其他基因型组合者的28.9%(36/90例)(P<0.01);供、受者均为中低分泌基因型的受者移植肾慢性排斥反应发生率为19.3%(11/57例),明显低于其他基因型组合者的48.6%(18/37例)(P<0.01)。结论受者IFN-γ基因型及与供者IFN-γ基因型的组合类型,与移植肾慢性排斥反应有显著关联。肾移植术前同时检测移植供、受者IFN-γ基因多态性有助于术前准确预测移植后远期效果,指导术前做出合理的供受者匹配。 展开更多
关键词 干扰素 基因型 肾移植 移植物排斥
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AT_1受体基因型和环境因素对高血压病人群脑梗死发生的影响 被引量:2
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作者 王奇志 陈义汉 +2 位作者 宋艳丽 车琳 徐文渊 《上海铁道大学学报》 2000年第1期18-21,29,共5页
目的 探讨血管紧张素 1型受体基因 (AT1 R基因 ) A/ C1 1 6 6 多态性与高血压病并发脑梗死的关系 ,评价 AT1 R基因以及 10余种侯选危险因素对高血压病人群脑梗死发生的危险贡献。方法 随机收集高血压病例 2 40例 ,按合并脑梗死的有... 目的 探讨血管紧张素 1型受体基因 (AT1 R基因 ) A/ C1 1 6 6 多态性与高血压病并发脑梗死的关系 ,评价 AT1 R基因以及 10余种侯选危险因素对高血压病人群脑梗死发生的危险贡献。方法 随机收集高血压病例 2 40例 ,按合并脑梗死的有无分为两组 ,采集临床病史资料 ,留取血标本进行临床生化指标检验和 AT1 R基因分析。基因分析采用 PCR- ASO点杂交法。结果  12 40例病例 AT1 R基因的检测 ,未发现 CC型 ,两种基因型 (AA、AC)频率以及 A、C等位基因频率在高血压患者脑梗死组和非脑梗死组中差异无显著性 (P =0 .2 71,P =0 .2 87) ;2糖尿病、年龄 (≥ 70岁 )、胆固醇 (TC≥ 5 .2 4mm ol/ L )是原发性高血压人群脑梗死发生的三个独立危险因素。结论 AT1 R基因 A / C1 1 6 6 多态性与高血压病人群脑梗死的发生无关 ;糖尿病。 展开更多
关键词 脑梗塞 AT1受体 环境因素 原发性高血压
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