1起ST19型鼠伤寒沙门氏菌引起的食物中毒调查、溯源分析与探讨

目的分析武汉市某区1起食物中毒事件的致病原因,探讨分离菌株之间的分子流行病学关系,为食源性疾病暴发溯源和临床诊治提供参考依据。方法采集食物中毒相关样本20份,提取样本总DNA进行18种食源性致病菌多重PCR检测,同时按时GB4789.4-2016进行病原菌分离鉴定;应用传统玻片凝集法和微量肉汤稀释法对阳性菌株进行血清型分型和耐药性检测,并提取所有菌株核酸进行全基因组测序组装,利用Abricate和SeqSero在线预测每株菌的血清型和耐药基因,然后与传统方法进行比较分析。对分离的9株沙门氏菌分别采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和全基因组序列方法(WGS)递进分析。结果共检出12株沙门氏菌(菌株编号DXH001~DXH012),其中病例肛拭子样本7份、病例粪便样本2份,工作人员肛拭子样本3份。常规血清型分型均为B群鼠伤寒沙门氏菌,与全基因组测序鉴定分型结果一致。12株菌株耐药谱完全一致,对阿米卡星、氨苄西林、头孢唑啉、庆大霉素、哌拉西林、四环素均耐药。基于全基因组预测的氨基糖苷类、头孢菌素、青霉烷、四环素的耐药性与耐药表型结果完全一致。选取DXH001~DXH009开展PFGE和WGS分析。9株鼠伤寒沙门氏菌获得完全一致的PFGE图谱,全基因组序列大小无明显差异,约为4.9 Mbp,MLST型均为ST19。从SNP的最小生成树来看共存在17个变异位点,各菌株间SNP差异数为1~6。全基因组系统发育进化树分析显示,9株沙门氏菌自成一簇,与数据库其他沙门氏菌相差甚远,属于新的克隆分支。同源性最高的来源于江西的GCF_020221795.1参考样本。结论本次食物中毒事件致病源为鼠伤寒沙门氏菌ST19,为同一暴发来源。9株沙门氏菌遗传距离较近,但与数据库中其他沙门氏菌遗传距离较远,自成一簇属于新的克隆分支。本研究中沙门氏菌具有多重耐药性,需加强对多重耐多药菌株的监控及抗菌药物使用的监管。

遵义市食源性沙门菌分子分型及耐药研究

目的了解遵义市食源性沙门菌分型及耐药特征。方法收集遵义市2020-2022年食源性沙门菌,采用玻片凝集法对沙门菌进行血清分型,利用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对沙门菌进行分子分型,采用肉汤稀释法对沙门菌进行耐药监测,应用BioNumerics软件进行数据分析。结果收集的21株沙门菌分为16种血清型,其中肯塔基沙门菌3株、德尔卑沙门菌2株、肠炎沙门菌2株、希林登沙门菌2株,其余均为1株。PFGE结果显示带型呈现多态性,同源性最高为62.96%。药敏试验结果显示食源性沙门菌对氨苄西林耐药率最高,为71.43%,其次对四环素耐药率达61.90%,多重耐药率为76.19%。结论遵义市食源性沙门菌血清型和遗传性多样,对抗菌药物的耐药率高,多重耐药严重。

丰城市食源性沙门氏菌的血清型、耐药性及同源性分析

目的探究丰城市食源性沙门氏菌的血清型分布特征、耐药性分析及脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子溯源分析,为食源性疾病的暴发预警提供科学依据。方法对丰城市2015年4月至2022年11月分离来自食品和腹泻患者的沙门氏菌进行血清学分型以及耐药性分析,应用PFGE分析菌株之间的同源关系。结果在756份食品和806份腹泻患者样品中,共检出沙门氏菌49株,其中鼠伤寒沙门氏菌占比率为38.78%,其次肠炎沙门氏菌占比率为32.65%。选取的35株沙门氏菌对氨苄西林耐药率最高,耐药率达到82.86%,其次是对头孢唑啉和萘啶酸耐药率达到48.57%,其中30株具有多重耐药性(30/35,85.71%)。49株沙门氏菌DNA指纹图谱同源性为55.4%~100.0%。结论丰城市从食源性分离到的沙门氏菌株主要以鼠伤寒沙门氏菌和肠炎沙门氏菌为主,耐药和多重耐药存在严重,应加强对抗生素规范使用,DNA指纹图谱显示沙门氏菌较高同源性,需加强PFGE的日常监测为沙门氏菌的食品安全风险提供预警。

鸡白痢沙门菌的分离鉴定、耐药性及分子分型研究

为了解广东和广西两省鸡白痢沙门菌的耐药现状及其分子流行病学信息,对疑似鸡白痢沙门菌进行了病原菌分离鉴定.根据鸡白痢沙门菌invA基因进行PCR扩增鉴定,应用PFGE方法对菌株进行分型研究、采用纸片法检测菌株对18种抗菌药的药物敏感性.结果表明,分离到40株鸡白痢沙门菌;PFGE分型结果显示可分为22个不同型别,其相似值约为62％～100％,聚类分析和流行病学发现,广东和广西两省的11个不同地区间存在同源菌株,同个地区也有同源菌株;菌株对青霉素G、利福平、红霉素、等药物等常用药物高度耐药.临床治疗建议避免使用青霉素G、利福平和红霉素,应重视鸡白痢沙门菌的耐药情况;鸡白痢的流行与种鸡感染具有相关性,在防控该病时应加强种鸡的防疫措施.

鼠伤寒沙门菌分子分型及耐药性特点

目的了解广州市鼠伤寒沙门菌的分子分型以及耐药性特点。方法利用脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型技术对鼠伤寒沙门菌进行分子分型,采用纸片扩散(K-B)法进行药敏试验,且采用WHONET 5.6软件对药敏结果进行耐药分析。结果 PFGE结果聚类分析将44株鼠伤寒沙门菌分为15型,其中PFGE9型、PFGE8型、PFGE3型为广州市的优势菌型,菌株比例为54.5%(24/44)。耐药表型分型可将其分为21型,多重耐药菌占61.4%(27/44)。结论广州市鼠伤寒沙门菌分子分型呈多样性,分离株的多重耐药较为严重。

临床分离非伤寒沙门菌耐药性及对头孢曲松耐药机制

目的了解临床分离非伤寒沙门菌(NTS)耐药情况及对头孢曲松的耐药机制,为防治NTS感染与合理使用抗菌药物提供依据。方法选取2014年5—10月天津医科大学第二医院和天津医科大学总医院肠道门诊急性腹泻患者粪便标本分离的108株NTS,对其进行药敏试验;对头孢曲松不敏感的NTS进行血清学分型、多位点序列分型(MLST)、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型以及超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)和AmpC基因检测。结果 108株NTS对11种抗菌药物的单药耐药率为49.07%(53株),多重耐药率为17.59%。对萘啶酸、左氧氟沙星、环丙沙星、头孢曲松和厄他培南的敏感率依次为61.11%、66.67%、68.52%、97.22%和100.00%。共检出3株NTS对头孢曲松不敏感,其中2株为ST11型肠炎血清型(Sa8709、Sa8771),1株为ST34型鼠伤寒血清型(Sa8763)。PFGE聚类分析显示,Sa8709和Sa8771菌株相似度较高(91.70%),但与Sa8763菌株相似度较低,为55.80%;Sa8709菌株携带CTX-M基因,Sa8771菌株携带CTX-M和TEM基因,Sa8763菌株携带OXA基因。结论该地区临床分离NTS对氟喹诺酮类抗菌药物敏感率不高,出现了携带ESBLs基因的多重耐药菌株。

一起伦敦沙门氏菌食物中毒分离株的病原特征分析

目的分析2020年广州市一起伦敦沙门氏菌食物中毒分离株的病原特征。方法对分离纯化的10株沙门氏菌进行血清型鉴定,耐药检测,毒力岛(Salmonella pathogenicity island, SPI)基因片段SPI-1、SPI-2、SPI-3、SPI-4、SPI-5的PCR检测及脉冲场凝胶电泳法(pulsed-field gel electrophoresis, PFGE)分析。结果 10株沙门氏菌血清型鉴定抗原式均为O10:l、v:1、6,即伦敦沙门氏菌,药敏实验显示10株沙门氏菌对氨苄西林(ampicillin,AMP)、萘啶酸(nalidixicacid,NAL)、头孢唑林(cefazolin,CFZ)、复方磺胺(compound sulfamethoxazole tablets,SXT)、氨苄西林/舒巴坦(ampicillin/sulbactam,AMS)100%耐药,对头孢噻肟(cefotaxime, CTX)、头孢西丁(cefoxitin, CFX)、头孢他啶(ceftazidime, CAZ)、亚胺培南(imipenem, IPM)、庆大霉素(gentamicin,GEN)、四环素(tetracycline,TET)、氯霉素(chloramphenicol,CHL)、环丙沙星(ciprofloxacin,CIP)100%敏感。毒力岛基因SPI-1~SPI-5全部为阳性。脉冲场凝胶电泳法(pulsed field gel electrophoresis, PFGE)聚类分析显示,5株病患株、3株食品株、2株环境株为高度同源株。结论引起此次食物中毒事件的病原菌是伦敦沙门氏菌,应进一步加强餐饮环节的卫生监测和控制。

鸡源沙门菌的耐药性及脉冲场凝胶电泳分型研究

为了解北京地区鸡源沙门菌血清型的分布、耐药性以及基因型情况,利用Riboprinter全自动微生物基因指纹鉴定仪对分离到的沙门菌进行血清型鉴定,采用微量肉汤稀释法进行药物敏感性测定,应用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行基因分型。结果显示,共分离到15株肠炎沙门菌、1株鼠伤寒沙门菌,沙门菌对利福平、萘啶酸和多黏菌素E的耐药率较高,15株肠炎沙门菌中有14株的基因型为A型,1株为B型。本次分离的鸡源沙门菌以肠炎沙门菌为主,A型为优势基因型。

北京市昌平区临床分离沙门菌株分子分型与耐药分析

目的了解北京市昌平区沙门菌临床菌株血清型、分子特征及耐药性。方法对2017年昌平区分离的沙门菌进行血清分型、脉冲场凝胶电泳分型分析及药敏实验。结果42株沙门菌主要血清型为肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌。PFGE分析得到31种PFGE带型,菌株相似系数为56.9%~100.0%。沙门菌对萘啶酸、链霉素、氨苄西林和磺胺异恶唑的耐药率较高,分别为57.14%、42.86%、40.48%和40.48%;19株(45.24%)沙门菌同时耐受3种及以上抗生素。结论北京市昌平区引起腹泻的沙门菌主要为肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌,对萘啶酸、磺胺异恶唑、链霉素和氨苄西林等抗生素耐药率高,多重耐药严重,且PFGE带型呈高度多态性。

2014-2020年宁夏沙门菌分子分型与耐药性研究

目的分析2014-2020年宁夏食品及病例来源沙门菌耐药情况、流行优势血清型及PFGE型别。方法对2014-2020年各类食品及临床病例中分离培养的188株沙门菌进行血清分型、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型和肉汤稀释法药物敏感性实验。结果肠炎沙门菌在食品及病例中均为优势血清型,病例来源分离76株,占49.35%(76/154),食品来源分离18株,占52.94%(18/34),总构成比为50%(94/188)。188株不同来源沙门菌有182株出现不同程度的耐药,176株为多重耐药菌株。其中耐2~4种抗生素101株(55.49%),耐5~8种抗生素52株(28.57%),耐9~12种抗生素23株(6.59%)。将所有分离株经Xbal酶切,脉冲场凝胶电泳后,共获得93条PFGE带型,相似度为42.1%~97.1%,优势带型为NXSM0065型,其次为NXSM0074和NXSM0069,共41株,占所有分离株的21.81%。结论宁夏地区沙门菌流行优势血清型为肠炎沙门菌,病例及食品来源分离株耐药状况普遍较为严重,不同来源,同一血清型PFGE带型同源性较高,且与耐药谱未体现出明显的关联性。

进出口食品中沙门氏菌PFGE分型及耐药研究

目的：研究进出口食品中分离的沙门氏菌（SA）分子型别和耐药情况。方法：用限制性内切酶XbaⅠ酶切SA染色体DNA进行脉冲场凝胶电泳（PFGE）实验,用BioNumerics软件分析菌株之间的相似度。用Vitek 2进行药敏实验,分析SA耐药情况。结果：24株SA分成22个PFGE型。SA2和SA11之间相似度100%,鼠伤寒SA之间的相似度62.1%～90.3%。药敏实验结果显示5株鼠伤寒SA共有4种耐药谱,部分菌株对青霉素类、呋喃类、氨基糖苷类、磺胺类耐药。结论：进出口食品中分离的SA表现出较大的遗传多样性,但部分菌株有相关性。

云南省肠炎沙门菌及德尔卑沙门菌脉冲场凝胶电泳分子分型及耐药性研究

目的了解云南省沙门菌患者中分离最多的肠炎沙门菌及食品中分离最多的德尔卑沙门菌脉冲场凝胶电泳(pulse field gel electrophoresis,PFGE)分子分型及耐药状况。方法参照中国细菌性传染病分子分型实验室监测网络Pulse Net China的沙门菌PFGE分子分型方法进行分子分型。分析耐药板最低抑菌浓度(minimal inhibitory concentration,MIC)值,根据美国临床实验室标准化协会(Clinical and Laboratory Standard Institute,CLSI)的相应标准获得S、I、R结果。结果56株肠炎沙门菌呈11种PFGE带型,有4种优势带型,对氨苄舒的耐药率最高,为57.14%,对亚胺培南最敏感。27株德尔卑沙门菌呈25种PFGE带型,对复合磺胺的耐药率最高,为64.29%,对亚胺培南最敏感。结论肠炎沙门菌分子分型有明显的优势带型,本地区肠炎沙门菌对氨苄舒的耐药率最高。德尔卑沙门菌分子分型呈多样分布,复方磺胺是本地区德尔脾沙门菌最耐药抗生素。2种沙门菌都对亚胺培南最敏感。

2015~2019云南省伤寒、副伤寒沙门菌脉冲场凝胶电泳分子分型及耐药研究

目的了解云南省伤寒、副伤寒沙门菌脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)分子分型及耐药状况。方法参照中国细菌性传染病分子分型实验室监测网络PulseNetChina的沙门菌PFGE分子分型方法进行分子分型。分析耐药板最低抑菌浓度(minimal inhibitory concentration,MIC)值,根据美国临床实验室标准化协会(Clinical and Laboratory Standard Institute,CLSI)的相应标准得出敏感、中介、耐药(S、I、R)结果。结果36株伤寒、副伤寒沙门菌呈22种PFGE带型,有5组优势带型,组之间菌株有明显的时间、地域同源性。对萘啶酸耐药率最高,为55.56%,对庆大霉素最敏感,敏感率100%。此外有16.68%菌株对3类以上抗菌素耐药。结论云南省伤寒、副伤寒沙门菌分子分型结果提示5~8月存在甲型副伤寒局部爆发,应加强甲型副伤寒疾病的监测。云南省伤寒及副伤寒对萘啶酸耐药率最高,对庆大霉素最敏感,菌株存在多重耐药性。

2019—2020年桂林市食源性沙门菌耐药分析及PFGE分型研究

目的了解2019—2020年桂林市沙门菌耐药情况及分子分型特征,以期了解桂林市食源性沙门菌的流行变化规律。方法对2019—2020年食源性风险监测及突发公共卫生事件检出的69株沙门菌进行血清分型,根据CLSI 2020推荐标准,采用微量肉汤稀释法测定最低抑菌浓度(MIC),分析耐药性,以脉冲场凝胶电泳法(PFGE)进行分子分型。结果69株沙门菌分属20个血清型,优势血清型为鼠伤寒沙门菌(27.54%)和肠炎沙门菌(14.49%);2019年的32株菌共产生17个耐药谱,其中9株鼠伤寒沙门菌对四环素100%耐药;2020年的37株菌共产生24个耐药谱,其中10株鼠伤寒沙门菌对磺胺异噁唑100%耐药。69株沙门菌呈现出多个不同的基因型别。相同血清型的基因型比较相近,具有同源性,不同血清型的PFGE结果具有多态性。结论2019—2020年桂林市沙门菌的优势菌株为肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌,检出的沙门菌存在耐药现象,不同沙门菌菌株之间可能具有亲缘性关系。

2015年珠三角某市沙门菌监测及其病原学特征分析

目的了解珠三角某市腹泻患者沙门菌感染情况,分析沙门菌菌株的血清型分布、耐药性和分子特征。方法 2015年全年对珠三角某市内哨点医院的腹泻患者的粪便标本进行沙门菌监测,对分离到的沙门菌进行血清分型、药物敏感试验和PFGE分子分型。结果 2015年珠三角某市内哨点医院共检出沙门菌365株,男女比例为1.52∶1(220/145);各年龄段均可感染沙门菌,以婴幼儿为主,<1岁占42.2%。血清型以鼠伤寒沙门菌及其变种为主,分子分型表现较大的遗传多样性。结论在珠三角某市引起感染性腹泻的沙门菌主要为鼠伤寒沙门菌及其变种,沙门菌耐药谱和PFGE图谱无明显关联。

广东省部分地区禽产品中印第安纳沙门菌的耐药性和耐药基因分子特征研究

为了解广东省部分地区禽产品中印第安纳沙门菌的耐药情况和耐药基因分子特征,本研究对2018年分离于广州市及佛山市禽样品中36株印第安纳沙门菌,利用琼脂稀释法检测其耐药性和采用PCR检测其耐药基因,并用脉冲场凝胶电泳对菌株进行分子分型。结果显示:对四环素的耐药性达100%,环丙沙星为55.6%,头孢噻肟为30.6%,97.2%(35/36)株表现出多重耐药性;β-内酰胺酶的质粒blaOXA-1、blaTEM、blaCTX-M-55检出率分别为47.2%、13.9%和2.8%,喹诺酮耐药决定区基因parC和gyrA突变率分别为86.1%和61.1%,在质粒中aac(6’)-Ib-cr、qnrS和qnrB检出率分别为58.3%、36.1%和11.1%;36株印第安纳沙门菌共有32种PFGE基因指纹图谱,且基因型差异较大。本研究结果表明,广东省禽产品中印第安纳沙门菌的感染源较为复杂。

武汉市餐饮从业人员携带常见沙门菌的脉冲场凝胶电泳指纹及耐药谱特征分析

目的分析武汉市餐饮从业人员携带我国最常见沙门菌血清型菌株的脉冲场凝胶电泳指纹图谱及耐药谱,了解来自餐饮行业的沙门菌分离株流行病学特征。方法收集和鉴定武汉市2017年餐饮从业人员体检所检出的60株我国最常见5种沙门菌血清型(鼠伤寒、肠炎、德尔俾、阿贡纳及山夫登堡)菌株。在脉冲场凝胶电泳检测后,应用BioNumerics 7.6软件进行遗传图谱的聚类分析,并应用微量肉汤稀释法开展耐药谱检测。结果在PFGE聚类分析中,16株阿贡纳分为8个型别(相似度49.9%~100.0%);9株山夫登堡分为4个型别(相似度70.3%~93.3%)、9株鼠伤寒分为3个型别(相似度为81.0%~96.8%)、18株德尔俾仅分为2个型别(相似度80.6%~100.0%)、8株肠炎分为5个型别(相似度为65.6%~92.3%)。在耐药谱方面,哌拉西林、头孢唑啉和氨苄青霉素耐药率最高(8.33%),四环素、氨苄西林/舒巴坦居其次(5.00%)。在各型菌中,鼠伤寒耐药率最高(33.33%),其次是肠炎(25.00%),包括1株环丙沙星耐药的鼠伤寒沙门菌。耐药菌株总体占比达11.67%,其中多重耐药株达71.43%。结论武汉市人群携带的阿贡纳和肠炎沙门菌差异性均较大,而鼠伤寒和德尔俾沙门菌同源性较高。鼠伤寒和肠炎沙门菌的多重耐药率较高。根据耐药谱结果,哌拉西林、头孢唑啉、氨苄青霉素及四环素已不适于临床经验性用药。

中国食源性鼠伤寒沙门菌株耐药谱及PFGE分型研究

目的了解掌握中国食品中鼠伤寒沙门菌的耐药状况，并对2002—2005年国家食源性疾病监测网分离的23株鼠伤寒沙门菌进行耐药性监测及PFGE分型研究。方法利用血清学方法对2002—2005年食源性疾病监测网分离的沙门菌进行分型，并运用CLSI（Clinical and Laboratory Standards Institute）推荐的纸片法对鼠伤寒沙门菌株进行耐药性检测。采用脉冲场凝胶电泳法（PFGE）进行PFGE分型。结果发现15株多重耐药鼠伤寒沙门菌，其中耐4～5种抗生素的6株（40％），耐6～9种抗生素的5株（33．3％），耐10种抗生素的4株（26．7％）；可分为16个PFGE型。其中5个PFGE型的菌株数超过1株。结论我国食源性鼠伤寒沙门菌分离株的多重耐药性严重，PFGE分型方法对鼠伤寒沙门菌的分型能力较好，同一PFGE型菌株的耐药谱非常接近。

2019-2021年兰州市腹泻患者肠炎沙门菌耐药特征及分子分型研究

目的了解兰州市肠炎沙门菌的耐药谱及耐药特点,建立兰州市沙门菌基因型数据库,为有效预防沙门菌的感染及治疗提供科学参考。方法对2019—2021年从兰州市食源性主动监测中分离到的94株沙门菌进行血清分型、生化鉴定;利用微量肉汤稀释法进行药物敏感性试验,利用脉冲场凝胶电泳(PFGE)检测41株肠炎沙门菌的指纹图谱;使用BioNumerics软件对41株肠炎沙门菌PFGE指纹图谱进行聚类分析。结果94株沙门菌分属为20个血清型,其中肠炎沙门菌为优势血清群,占43.62%(41/94)。41株肠炎沙门菌对喹诺酮类萘啶酸的耐药率为100.00%,对青霉素类氨苄西林耐药率高达80.49%(33/41),对头孢唑林的耐药率为39.02%(16/41),对氨苄西林/舒巴坦、四环素的耐药率均为31.71%(13/41),但对亚胺培南、头孢西丁的耐药率为0.00%;其中26株菌(63.41%,26/41)出现多重耐药,共产生18种耐药谱。41株肠炎沙门菌通过XbaⅠ酶切共获得19种带型,各带型之间的相似度为74.20%~100.00%,各带型所包含的菌株数不同,同一年份菌株间的同源性较高并且有100.00%相同带型。结论兰州市沙门菌血清型呈多样性,其优势血清群肠炎沙门菌高耐药和多重耐药严重,PFGE带型复杂多样,呈现出一定的遗传多样性。

赣州市食源性腹泻患者分离沙门菌耐药性和分子分型特征研究

目的了解赣州市食源性沙门菌耐药性和分子分型特征,建立赣州市食源性沙门菌耐药性和分子指纹图谱数据库,为临床合理用药和食源性沙门菌病的暴发溯源提供科学依据。方法对赣州市2020—2022年食源性疾病主动监测中分离的136株沙门菌进行血清分型、药物敏感性试验、全基因组测序(WGS)和脉冲场凝胶电泳(PFGE),并进行耐药基因注释和图谱聚类分析。结果赣州市食源性沙门菌对STR耐药率最高(83.09%),其次为TET(78.68%)和AMP(76.47%);多重耐药菌株占76.47%,耐药谱型广泛,主要流行耐药谱型为AMP-TET-CHL-STR-SXT;WGS预测出7种类别共61种耐药基因,以氨基糖苷类耐药基因携带率(99.19%)最高,大环内酯类(8.87%)最低;136株沙门菌以鼠伤寒变种和鼠伤寒为优势血清型,经PFGE分子分型分为98种带型。结论赣州市食源性沙门菌耐药状况严重,耐药基因携带率高且基因型多样,PFGE分子型别呈多态性,优势血清型别可能引起暴发流行,应加强监测和研究。