ERIC-PCR技术在李斯特氏菌种、菌株鉴定中的应用

应用肠杆菌基因间重复一致序列聚合酶链反应技术(ERIC-PCR)对李斯特氏菌基因组DNA进行分析,结果显示,李斯特氏菌种间DNA指纹图谱带型差异较大;单核细胞增生性李斯特氏菌株间及相同血清型不同来源的菌株,其DNA指纹图谱带型也有明显差异。在单核细胞增生性李斯特氏菌各株的DNA指纹图谱中发现1600bp的种专一性扩增带。结果表明,ERIC-PCR技术可用于李斯特氏菌种、菌株的鉴定及进一步分型研究。

沙门菌基因间共有重复序列-PCR分子分型方法的优化及应用初探

目的优化沙门菌基因间共有重复序列-PCR(ERIC-PCR)分子分型方法,分析沙门菌标准菌株及流行分离株基因组DNA ERIC-PCR指纹图谱。方法提取鼠伤寒沙门菌基因组DNA作为模板,根据ERIC核心片段设计引物,运用ERIC-PCR技术扩增沙门菌基因组中的靶序列,PCR产物经琼脂糖凝胶电泳后用凝胶成像分析仪对图谱进行观察分析。反应体系中模板量、Mg2+浓度、引物浓度和退火温度的优化实验则采用对优化项目设置梯度、其它条件不变的方法进行。以优化好的ERIC-PCR方法对16株沙门菌及1株大肠杆菌进行分析。结果在总体积为25μl的反应体系中,选择DNA模板量为100ng/25μl,Mg2+浓度为2.0mmol/L,引物ERIC1R、ERIC2浓度分别为0.4μmol/L,退火温度为52℃时,扩增产物的电泳图谱条带最清晰完整。不同血清群、型和来源的沙门菌株间基因组DNA ERIC-PCR指纹图谱带型差异较大,可在250～5000bp范围内出现3～13条条带,并在250bp处出现一条特征条带。结论优化了沙门菌ERIC-PCR的重要反应条件。ERIC-PCR法能区分不同来源的沙门菌,可用于沙门菌病的流行病学调查和同源性追踪,弥补传统分型方法的不足。

苏云金芽孢杆菌与蜡状芽孢杆菌亲缘关系研究

目的探讨苏云金芽孢杆菌(Bt)与蜡状芽孢杆菌(Bc)的亲缘关系,为Bt鉴定、安全性评价及降低其致病风险等提供科学依据。方法采用肠杆菌基因间重复一致序列-PCR(ERIC-PCR)技术,对6株苏云金芽孢杆菌和3株蜡状芽孢杆菌及对照菌株的基因组DNA进行扩增,对其指纹图谱进行分析;回收并克隆重复性好的苏云金芽孢杆菌基因组DNA扩增片段,以其为探针,分别与供试菌株基因组DNA进行杂交。结果与蜡状芽孢杆菌相比,苏云金芽孢杆菌菌株间基因组DNA指纹图谱较一致;所有供试苏云金芽孢杆菌菌株均扩增产生一条250 bp左右的片段;苏云金芽孢杆菌与蜡状芽孢杆菌均可扩增产生600 bp左右的共有DNA片段。此外,以苏云金芽孢杆菌500 bp片段为探针与苏云金芽孢杆菌基因组DNA杂交有很好的特异性。结论肠杆菌基因间重复一致序列-PCR指纹图谱可以正确反映苏云金芽孢杆菌与蜡状芽孢杆菌亲缘关系;500 bp片段可以作为苏云金芽孢杆菌鉴定探针。

海产品中沙门氏菌的分离及其ERIC-PCR指纹分析

目的了解常见市售鲜活海产品沙门氏菌污染情况及不同菌株间遗传相似性,为沙门氏菌的流行病学研究提供有价值的信息。方法采集市售常见海鱼、贝类和蟹等海产品,按照常规方法分离沙门氏菌,分析分离菌的ERIC-PCR DNA指纹图谱。结果共检查191份样品,从42份中分离到沙门氏菌45株。ERIC-PCR DNA指纹图谱分析,45株分离菌被分为两个大的分支,遗传相似性在50%~100%之间。结论市售海产品有沙门菌污染,同一种海产品污染菌的基因型可有不同,不同海产品之间也存在相同基因型沙门氏菌株污染。

南方食品中沙门氏菌污染调查及分型

【目的】系统调查我国南方代表性地区食品中沙门氏菌污染情况,并对分离株进行血清分型和肠杆菌基因间重复共有序列聚合酶链式反应(Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus Polymerase Chain Reaction,ERIC-PCR)分型研究,为溯源和控制食品中沙门氏菌的污染提供数据。【方法】采用定性法和最大可能数(Most Probable Number,MPN)法对七大类食品(肉与肉制品、水产品、速冻食品、熟食、蔬菜、乳制品和食用菌)中的沙门氏菌进行检测。利用血清分型和分子分型确定南方沙门氏菌血清型的分布和优势血清型,研究分离株的遗传多样性。【结果】从400份食品样品共检出75份沙门氏菌阳性样品,污染率为18.8%(75/400)。其中,97.3%(73/75)的阳性样品污染水平均低于10 MPN/g。对93株分离株进行血清分型,分属9个群、29种血清型。优势血清型为德尔卑沙门氏菌(Salmonella Derby)和鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella Typhimurium)。利用ERIC-PCR对96株沙门氏菌(包括93株分离株和3株标准株)进行分型研究发现,在相似系数为0.75时可分为15个聚类簇,56种型别,分离株的基因型别呈现多样性。【结论】南方食品中沙门氏菌的污染率较高,但污染水平低。S.Derby和S.Typhimurium为优势血清型。初步建立了沙门氏菌ERIC-PCR指纹图谱数据库,南方食品中沙门氏菌的血清型和基因型呈现多样性。