丹参功能基因组学研究Ⅳ——丹参乙烯应答因子(ERF)基因的分析

目的:获得丹参乙烯应答因子结合蛋白基因序列,并进行生物信息学分析和初步的表达特性研究。方法:利用cDNA芯片技术,从不同时期毛状根中获得目的基因。利用BLAST进行序列比对,ORF finder寻找开放读码框,Prosite分析蛋白质的基本结构域。用半定量RT-PCR检测其在丹参组培苗根、茎、叶中的表达情况。结果:得到1个乙烯应答因子结合蛋白基因全长序列,全长952bp,具有1个699bp的开放读码框和87bp的5′非编码区、166bp的3′非编码区,推测的氨基酸序列中含有1个高度保守的AP2/ERFDNA结合域,GenBank EF667000,命名为SmERF。半定量RT-PCR表明,SmERF基因在丹参组培苗根、茎、叶中均有转录水平的表达,根中表达量高于茎和叶中的。结论:首次得到丹参乙烯应答因子结合蛋白基因,为其功能研究提供了基础。