胃肠道间质瘤c-Kit/PDGFRA基因Sanger法测序套峰产生的原因及解决方案

目的探讨胃肠道间质瘤c-Kit/PDGFRA基因Sanger法测序套峰产生的原因及解决方案。方法提取111例胃肠道间质瘤石蜡样本的基因组DNA,采用PCR-Sanger测序法检测其c-Kit基因(外显子9、11、12、13、14、17和18)与PDGFRA基因(外显子12、14和18)序列。选择套峰出现频率较高的c-Kit基因18号外显子作为实验对象,将其PCR扩增产物分为甲、乙两组(甲组将111例PCR扩增产物5μL加入2μL SAP-ExoI中,乙组将111例PCR扩增产物1μL加入2μL SAP-ExoI中)进行酶解纯化,并行Sanger法测序,比较两组测序结果中出现套峰例数及突变例数的差异性。结果甲组c-Kit基因18号外显子测序结果中有95例(95/111,85.59%)出现明显套峰;乙组中有8例(8/111,7.21%)出现明显套峰;两组套峰例数差异有统计学意义(P<0.001)。甲、乙两组111例c-Kit基因18号外显子测序结果中均有1例检测到突变,且突变位置及突变类型相同。结论充分酶解PCR扩增产物能够显著优化测序结果,降低套峰出现频率,且对突变检测未见明显影响,为胃肠道间质瘤的c-Kit/PDGFRA基因的准确测序奠定基础。

ARMS法与Sanger测序法检测结肠癌KRAS基因突变的对比

目的:对比分析突变扩增阻滞系统法(ARMS)及Sanger测序法对结肠癌患者KRAS基因突变的检测效果。方法:收集2019年3月—2023年4月医院收诊的98例结肠癌手术患者,并对其手术切除病理标本中KRAS基因突变情况进行探究,每个标本均同时展开ARMS法、Sanger测序法检测,深入对比分析两种检测结果。结果:98个病理标准中ARMS法检测出40例KRAS基因突变(40.82%),Sanger测序法检出39例KRAS基因突变(39.80%),两种方法均检出1例有GGT>GAT(G12D)和GGC>GAC(G13D)双突变(P>0.05);ARMS法与Sanger测序法检测结果与年龄、性别无明显关联(P>0.05);两种方法检测KRAS基因突变具有明显一致性,其Kappa系数=0.578(P=0.001)。结论:在直肠癌KRAS基因突变检查中,ARMS法与Sanger测序法均有明显的优缺点,相比于金标准Sanger测序检查,ARMS法的临床实用价值更高,可进一步解决其检测局限性,以提高检出率。

SNPscan法与Sanger测序法用于感音神经性聋患者常见聋病基因检测的对比研究

目的比较SNPscan法与Sanger测序法用于甘肃省部分感音神经性聋患者常见聋病基因检测的优缺点。方法在知情同意的前提下,抽取甘肃省东乡族(122例)、裕固族(11例)、保安族(18例)三个特有少数民族共151例中重度至极重度感音神经性聋患者静脉血,用磁珠法提取基因组DNA,应用SNPscan法对GJB2、SLC26A4和mtDNA基因常见115个突变位点进行筛查,采用Sanger测序法对GJB2基因的第二个外显子、SLC26A4基因P8和P18两个外显子、mtDNA的两个常见突变位点进行测序,比较两种方法基因筛查的结果。结果经SNPscan法检测151例患者GJB2、SLC26A4、mtDNA A1555G和mtDNA C1494T基因突变的总检出率为23.18%(35/151),其中东乡族、裕固族、保安族的检出率分别为21.31%(26/122)、54.54%(6/11)、16.67%(3/18),与Sanger测序法的筛查结果一致,差异无统计学意义(P>0.05);SNPscan法在三个基因的致病基因型检出率分别为11.26%(17/151)、1.32%(2/151)、0.66%(1/151),而Sanger测序法的检出率分别为9.93%(15/151)、1.32%(2/151)、0.66%(1/151),差异无统计学意义(P>0.05)。完成上述三种基因突变筛查SNPscan法耗时约10天,而Sanger测序法耗时约1个月,且前者费用较低,可同时对多个位点进行检测。结论与Sanger测序法相比较,SNPscan法用于聋病基因检测耗费时间短,通量较高,成本较低,得到更多的有意义的突变位点,有利于降低假阴性率,因此,在进行全部外显子测序前先进行SNPscan法筛查更有意义。

ARMS法和Sanger测序法检测结肠癌KRAS基因突变的比较

目的探讨ARMS法和Sanger测序法检测KRAS基因突变的差异。方法整理收集南方医院2013—2016年间手术切除的113例结肠癌标本,同时应用ARMS法和Sanger测序法检测KRAS基因突变,分析两种方法的检测结果以及检出模式,考察两种方法的检测差异程度。结果 113例结肠癌手术标本ARMS法和Sanger测序法检出KRAS基因突变的阳性率分别为47.8%(54/113)和34.5%(39/113),两种方法检测结果阳性符合率为72.2%(39/54)。ARMS法检测总突变率显著高于Sanger测序法(P<0.05);ARMS法检测4种单碱基的突变率均高于Sanger测序法(P>0.05)。其中4例Sanger测序法检测结果为(+),ARMS法为(-);19例标本ARMS法检测结果为(+),用Sanger测序法检测结果为(-);另有1例标本用ARMS法检测到有GGT>GAT(G12D)和GGC>GAC(G13D)双突变。结论 ARMS法和Sanger测序法各有优缺点,2种方法检测,其结果一致。ARMS法能检测出的阳性病例更多,且结果差异显著,而Sanger测序法检测突变种类较多。综合考虑临床检测结肠癌手术标本KRAS基因突变应以ARMS法为主,Sanger测序法作为补充,可提高KRAS基因突变检出率。

Sanger测序法和Snapshot法检测乳腺癌BIM缺失多态性比较分析

目的比较分析Sanger测序法和Snapshot法检测乳腺癌BIM缺失多态性的一致性。方法共收集336例乳腺癌患者手术标本制备成石蜡包埋的蜡块,提取DNA后采用Sanger测序法和Snapshot法检测乳腺癌患者中BIM基因缺失多态性突变率。采用卡方检验分析BIM缺失多态性在不同临床特征患者中的比例情况。采用配对卡方检验和κ系数检验分析两种方法的一致性。结果 Sanger测序法检测出39例患者BIM基因缺失,阳性率为11.61%;Snapshot法检测出47例患者BIM基因缺失,阳性率为13.99%。Sanger测序法检测出的BIM突变状态在不同年龄阶段(χ~2=6.242,P=0.044)和孕激素表达水平(χ~2=4.070,P=0.044)的乳腺癌中差异有统计学意义。配对卡方检验显示两种检测方法差异无统计学意义(P=0.152),Kappa检验结果表明两种方法的一致性较好(吻合系数κ=0.695,P=0.000)。结论在中国乳腺癌患者中BIM缺失多态性的比例约为11.61%。Sanger测序法和Snapshot法检测乳腺癌BIM缺失多态性具有较好的一致性,可以相互补充。

ARMS法和Sanger测序法检测晚期肺腺癌小标本EGFR基因突变分析

目的应用ARMS法和Sanger测序法检测晚期肺腺癌小标本组织表皮生长因子受体(EGFR)基因突变的情况并比较其一致性。方法分别使用ARMS法和测序法检测102、138例晚期肺腺癌小标本的EGFR基因突变情况,并分析其与患者临床病理特征的关系,比较其间的一致性。结果 ARMS法及测序法检测EGFR基因突变率分别为46.1%(47/102)、37.7%(52/138),ARMS法EGFR基因突变率女性高于男性(61.9%vs 35.0%,P=0.007),而与年龄、吸烟、活检部位、活检方法、标本性质、原发肿瘤、淋巴结、远处转移、分期无关(P>0.05)。测序法EGFR基因突变率与活检部位存在相关性(P=0.049),与其他临床病理特征均无关(P>0.05)。二者的一致率为64.1%(25/39),Kappa系数为0.499(P<0.001)。结论 ARMS法与测序法对晚期肺腺癌的临床小样本进行EGFR检测具有中等的一致性。

荧光聚合酶链反应–毛细管电泳法与Sanger测序法检测胶质瘤中端粒酶反转录酶基因启动子突变状态对比分析

目的对比分析荧光聚合酶链反应-毛细管电泳(polymerase chain reaction-capillary electrophoresis,PCR-CE)法及Sanger测序法检测胶质瘤中端粒酶反转录酶(telomerase reverse transcriptase,TERT)基因启动子突变的敏感度、特异度及一致性,为临床检测提供方法学依据。方法收集2017年11月至2019年11月首都医科大学宣武医院265例胶质瘤标本及临床病理资料,分别采用Sanger测序法与荧光PCR-CE法检测TERT基因启动子突变。结果TERT基因启动子突变与年龄、组织学分型和WHO分级均显著相关(P<0.05)。Sanger测序法与荧光PCR-CE法的TERT基因启动子突变检出率分别为52.8%(140/265)及51.3%(136/265),敏感度和特异度分别为96.4%和99.2%,符合率为97.7%,具有较好一致性(Kappa=0.955)。Sanger测序法检出TERT C228T突变103例(38.9%),荧光PCR-CE法检出99例(37.4%),敏感度和特异度分别为95.2%和99.4%,符合率为97.7%,具有较好一致性(Kappa=0.952)。Sanger测序法和荧光PCR-CE法均检测出TERT C250T突变37例(14.0%),符合率为100.0%,具有较高一致性(Kappa=1.000)。结论荧光PCR-CE法检测TERT基因启动子突变率与Sanger测序法相当,敏感度、特异度及一致性均较高,且操作相对简便快速。

ddPCR技术和Sanger测序法检测甲状腺乳头状癌患者BRAF V600E基因突变的比较分析

目的探讨微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)技术在甲状腺乳头状癌(papillary thyroid cancer,PTC)患者BRAF V600E基因突变检测中的应用。方法应用ddPCR技术和Sanger测序法同时检测病例组90例PTC患者及对照组19例甲状腺良性病变患者术后福尔马林固定后石蜡包埋标本的BRAF V600E基因突变,检测结果加以分析对比。结果ddPCR法检测病例组BRAF V600E基因突变,检出率73.33%(66/90),Sanger测序法检出率53.33%(48/90)。与Sanger测序法相比,采用ddPCR法检测敏感性和特异性分别为100.00%和57.14%,阳性预测值和阴性预测值分别为72.73%和100.00%,两种方法一致率为80%。采用ddPCR法检测基因突变丰度为0.35%~47.50%。其中68.18%的样本(45/66)基因突变丰度≥10%,9.09%的样本(6/66)基因突变丰度在5%~10%,22.73%的样本(15/66)基因突变丰度≤5%。突变丰度≥10%的全部45例样本采用Sanger测序法均可检测出,突变丰度在5%~10%的6例样本中有3例可检测出,其余样本未检测出突变。Sanger测序法和ddPCR法均未在对照组中检出BRAF V600E基因突变。结论ddPCR法检测PTC患者BRAF V600E基因突变,灵敏度好,检出率更高,特别适合检测肿瘤DNA含量和突变丰度较低的样品。可替代Sanger测序法,在临床检测中应用推广。

Sanger测序和AMRS-PCR检测ALDH2基因突变结果的比较

目的比较Sanger测序法与扩增阻滞突变系统PCR(ARMS-PCR)在检测患者线粒体乙醛脱氢酶2(ALDH2)基因突变方面的差异。方法将2019年10月至2020年1月于陆军军医大学第一附属医院治疗的350例有冠心病、心肌梗死、心绞痛、原发性高血压病史的患者纳入研究,收集受试者外周血标本。用Sanger测序法与ARMS-PCR法检测ALDH2基因突变,分析两种方法检测结果的差异。结果两种方法检测ALDH2基因突变的总突变率均为33.1%,AA纯合型突变率为3.7%,GA杂合型突变率为29.4%。两种方法检测结果的总符合率为100.00%,突变型阳性符合率和阴性符合率均为100.00%,ARMS-PCR法与Sanger测序法对临床标本的检测结果一致性较好(Kappa≥0.7,P<0.05),具有等效性。另外,ARMS-PCR法检测出的ALDH2基因型分布情况与性别、年龄无关(P>0.05)。结论Sanger测序法和ARMS-PCR法均可准确、有效地检测ALDH2突变情况,但基于成本优势和操作简便的原则,ARMS-PCR法在临床实践中更具优势。

结直肠癌K-ras基因突变两种检测方法的比较及临床相关性分析

目的比较ARMS法和Sanger测序法在检测K-ras基因突变时的敏感性、一致性和特异性,并且探讨结直肠癌患者K-ras基因突变与临床病理特性的相关性。方法采用ARMS法和Sanger测序法对200例结直肠癌患者进行K-ras基因突变检测。结果 ARMS法检出K-ras基因突变75例,阳性率为37.50%。Sanger测序法检出K-ras基因突变72例,阳性率为36.00%。两种方法的符合率为96%。同时,K-ras基因突变与淋巴结转移具有相关性(P<0.05),与患者年龄、性别、肿瘤部位、分化程度、肝转移和肿瘤类型均无相关性(P>0.05)。结论 K-ras基因突变检测有助于筛选靶向治疗有效的结直肠癌患者。ARMS法更适用于临床检测。

蝎子PCR法与传统测序法检测K-ras基因突变的比较

目的建立一种简单、便捷、有效检测K-ras突变的蝎子PCR新方法。方法同时用蝎子PCR法和Sanger测序法对87例结直肠癌组织的K-ras基因进行热突变型G12D(GGT>GAT)进行检测,统计其符合率。结果 87例结直肠癌组织样本中,蝎子PCR法和Sanger测序法检测到同样9例G12D突变,其符合率为100%。结论蝎子PCR法能有效检测到K-ras突变,且比Sanger测序法更为简便、快速,适合临床应用。

建立一种EGFR突变检测的凸环引物荧光PCR新方法

目的建立一种能快速、有效检测EGFR突变的凸环引物荧光PCR新方法。方法同时用凸环引物荧光PCR技术法和Sanger测序法对混有不同比例的EGFR突变型质粒的样本进行对照检测,以对比两者灵敏度;采用两种方法对93例肺癌组织的EGFR基因进行热突变位点E746-A750del和L858R的检测,并统计其符合率。结果在93例肺癌组织的DNA中,凸环引物荧光PCR技术法和Sanger测序法检测到EGFR突变分别为29例(E746-A750del 15例,L858R14例)和28例(E746-A750del 15例,L858R 13例),符合率达96.6%,且凸环引物荧光PCR技术法能检测出混有5%突变质粒型的样本,其灵敏度达5%,比Sanger测序法高。结论凸环引物荧光PCR技术法比测序法更为简便,且灵敏度更高,易于实现,2小时内即可得出准确结果。

下一代测序法检测乙型肝炎病毒YMDD突变的方法学建立及性能评价

目的建立乙型肝炎病毒YMDD突变的下一代测序法,并对此方法进行性能评价。方法采用离心柱法提取血清标本中的DNA,设计引物对乙型肝炎病毒P基因区扩增并靶向捕获,通过下一代测序技术对捕获的DNA进行检测,利用生物信息学分析软件系统对检测结果进行分析,得到基因突变结果,建立下一代测序用于乙型肝炎病毒YMDD突变的检测方法。收集慢性乙型肝炎患者血清样本共229例,采用下一代测序法和Sanger测序法同时检测YMDD基因突变,评价下一代测序法的检测性能。选取5例基因突变阳性的样本(包含不同基因突变型别)、2例基因突变阴性样本,采用下一代测序法对所选样本进行重复检测,评价该方法的重复性。结果建立了乙型肝炎病毒YMDD突变的下一代测序检测方法。对229份临床样本的检测中,2种测序方法均检测到74例(74/229,32.31%)YMDD突变,其中下一代测序法检测到44例(44/229,19.21%)rtM204V突变,25例(25/229,10.92%)rtM204I突变,5例(5/229,2.18%)rtM204V/I混合突变。Sanger测序法检测到47例(47/229,20.52%)rtM204V突变、25例(25/229,10.92%)rtM204I突变和2例(2/229,0.87%)rtM204V/I混合突变。下一代测序法检测到3例Sanger测序法漏检的rtM204V/I混合突变。与Sanger测序法相比,下一代测序法的灵敏度、特异度和准确度均为100%,突变类别完全符合率为95.95%(71/74),部分符合率为4.05%(3/74)。2种方法的一致性(κ)为0.97(P<0.01)。经重复性试验检测,下一代测序法的检测结果均一致,重复性符合率为100%。结论本研究建立的乙型肝炎病毒YMDD突变的下一代测序法灵敏度高,特异性好,重复性好,准确性高,比Sanger测序法更灵敏,能检测到更多的混合突变,为乙型肝炎病毒耐药基因检测提供了新的手段。

植物基因组编辑检测方法

以CRISPR/Cas9技术为代表的基因组编辑在生物领域的革命性应用使得生命科学研究迈入新篇章。该技术以其灵活性、易用性且扩展性强等优势,大大加快了基因工程研究,也加速了植物分子育种的步伐。但是,遗传转化过程中产生大量潜在的基因编辑植株,使得早期高通量快速筛选和检测目标编辑植株面临很大挑战。本文综述了近年来植物基因组编辑检测的各种方法,比较了其优缺点和适用范围;同时,还对近几年植物基因组编辑检测方法的发展趋势进行了深入分析和展望,以期对基因组编辑技术在植物中的应用提供参考。

PCR-荧光探针法检测婴幼儿和儿童人鼻病毒的初步评估

目的通过PCR-荧光探针法和Sanger测序法检测呼吸道感染婴幼儿和儿童人鼻病毒(HRV)的感染情况,以评估PCR-荧光探针法的病毒检测能力,并分析HRV载量对患儿临床指标的影响。方法收集2019年5—7月在遵义医科大学第三附属医院住院收治的具有呼吸道感染症状的175例患儿的鼻咽拭子标本,采用PCR-荧光探针法和Sanger测序法检测HRV感染情况并分析HRV载量对婴幼儿和儿童临床指标的影响。结果PCR-荧光探针法检出阳性标本51份(51/175,29.14%),阴性标本124份(124/175,70.86%)。Sanger测序法检出阳性标本48份(48/175,27.43%),阴性标本127份(127/175,72.57%)。与Sanger测序法相比,PCR-荧光探针法检测HRV的灵敏度和特异度分别为100.00%和97.64%,阳性预测值和阴性预测值分别为94.12%和100.00%,一致率为95.80%。两种方法对HRV的检出率比较,差异无统计学意义(P>0.05)。高载量病毒组和低载量病毒组住院天数、入院前最高体温、发热天数、白细胞计数、淋巴细胞百分比及降钙素原比较,差异均无统计学意义(P>0.05),超敏C反应蛋白比较,差异有统计学意义(P<0.05)。结论PCR-荧光探针法检测HRV灵敏度高、特异度高、检测周期短、费用较低且操作简便快捷,可在临床检测HRV中广泛推广。此外,高载量HRV的婴幼儿和儿童的超敏C反应蛋白水平较低载量HRV的婴幼儿和儿童更高。

PCR-电化学基因芯片法在人乳头瘤病毒感染检测中的价值

目的对PCR-电化学基因芯片法检测人乳头瘤病毒(HPV)核酸进行方法学评价。方法收集贵州省某三甲医院309例宫颈脱落细胞有效样本,采用PCR-电化学基因芯片法检测人乳头瘤病毒并分型,以Sanger测序法为金标准,并与临床常用的荧光PCR法作比较,分别统计分析PCR-电化学基因芯片法与Sanger测序法和荧光PCR法检测结果的一致性和差异,并比较PCR-电化学基因芯片法和荧光PCR法的诊断效能。结果采用3种方法分别对309例有效样本进行HPV检测,均检测到20种不同的HPV基因型;PCR-电化学基因芯片法与Sanger测序法(Kappa=0.955,P<0.001)和荧光PCR法(Kappa=0.944,P<0.001)检测结果均有较高的一致性;与测序法金标准相比,PCR-电化学基因芯片法出现4例假阴性,1例分型结果不一致;PCR-电化学基因芯片法的敏感性为98.44%、特异性为100%、阳性预测值为100%、阴性预测值为92.86%、符合率为98.71%,荧光PCR法敏感性为100%、特异性为98.08%、阳性预测值为99.61%、阴性预测值为92.86%和符合率为99.68%。结论PCR-电化学基因芯片法与Sanger测序法和荧光PCR法的一致性良好,且具有高特异性和阳性预测值,可作为临床HPV感染检测方法的补充。

建立一种HBV突变检测的蝎子实时荧光PCR新方法

目的为HBV突变检测建立一种有效、快速、简捷的蝎子实时荧光PCR新方法。方法同时用蝎子实时荧光PCR新方法和Sanger测序法对比:对157例HBV患者的血清的DNA进行HBV基因rtN236T突变检测,统计其符合率;通过对混有不同比例的HBV基因rtN236T突变核酸的样本进行对照检测来比较两者的灵敏度。结果在157例HBV患者的血清样本中,蝎子实时荧光PCR新方法检测到rtN236T突变的有69例,而Sanger测序法检测的有68例,其符合率为98.6%;蝎子实时荧光PCR新方法能检测出混有5%突变的样本,其灵敏度达5%,比Sanger测序法高。结论蝎子实时荧光PCR新方法能有效检测到HBV突变,且比Sanger测序法更为简单、快速、灵敏度高,适合临床应用。

新乡地区Rh阴性无偿献血者Rh表型分布及RhD变异型基因型分析

目的分析新乡地区Rh阴性无偿献血者Rh表型分布及RhD变异型基因型。方法选择2018年1月至2019年12月于新乡市中心血站无偿献血的110667名无偿献血者为研究对象。采用试管法ABO正反定型试验检测ABO血型,采用试管法Rh抗原分型试验检测Rh表型并初筛RhD阴性受试者,采用间接抗人球蛋白试验对初筛RhD阴性受试者进行RhD阴性确认,并检出RhD变异型受试者。采用聚合酶链式反应法扩增RhD变异型受试者RHD基因外显子E1~E10,将扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳,观察相应的外显子区域有无特异性条带出现。采用Sanger测序法对RhD变异型受试者的RHD基因外显子E1~E10的特异性扩增产物进行基因测序,应用SeqMan软件分析基因序列,根据单核苷酸多态性位点确定RhD变异型。结果110667名受试者中,初筛RhD阴性269例(0.24%)。269例初筛RhD阴性受试者中,Rh阴性256例(95.17%),RhD变异型13例(4.83%)。256例RhD阴性受试者中,ABO血型为A型78例(30.47%)、B型92例(35.94%)、O型64例(25.00%)、AB型22例(8.59%),Rh表型分布以ccdee(60.55%)和Ccdee(29.30%)居多。11例RhD变异型受试者的RHD基因外显子E1~E10为特异性条带,2例RhD变异型受试者的RHD基因外显子E1~E5、E8、E10为特异性条带。13例RhD变异型受试者中,7例弱D型、4例DEL型和2例部分D型。13例RhD变异型受试者RHD基因RhCE表型分别为CCee(2/13)、Ccee(6/13)和ccEe(5/13)。7例RhD变异型受试者等位基因RHD*15的E6外显子发生845G>A杂合突变。4例RhD变异型受试者的E9外显子发生1227 G>A杂合突变,其中1例受试者同时发生ZVS7+152 C>A突变。2例RhD变异型受试者的RHD基因E6~E9外显子发生突变,被RHCE基因所取代,表现为RHD-CE(6-9)-RHD。结论新乡地区RhD阴性无偿献血者中Rh表型分布以ccdee和Ccdee居多,RhD变异型以弱D型为主,其RHD等位基因为RHD*15。

广西地区葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症的分子流行病学分析

目的对新生儿葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)筛查阳性患儿采用G6PD/6PGD比值法进行酶活性检测和采用Sanger法进行G6PD基因突变检测,了解广西地区G6PD缺乏症患儿的患病情况。方法收集2016-2017年于广西壮族自治区妇幼保健院进行新生儿疾病筛查G6PD活性阳性的新生儿及儿科门诊就诊的疑似G6PD缺乏患儿共457例作为研究对象,行G6PD/6PGD比值法酶活性检测和基因突变检测,对相关数据进行回顾性分析。结果在457例疑似患儿中,G6PD/6PGD酶活性异常391例,酶活性正常66例;同时行G6PD基因检测分析,391例酶活性异常的疑似患儿均为G6PD基因致病性突变携带者;酶活性正常的66例疑似患儿中,致病性杂合突变携带者40例,均为女性。另外,基因检测显示G6PD基因突变:95 A>G 74例(17.17%),871 G>A 32例(7.42%),1024 C>T 28例(6.50%),1376 G>T 123例(28.54%),1388 G>A 156例(36.19%),为广西地区的热点突变;其余位点突变18例(4.18%)。结论广西地区G6PD基因突变类型既有中国人群常见的基因突变类型,又有该地区特有的基因突变类型。

十五项耳聋基因芯片联合一代测序检测聋儿家庭的致聋变异分析

目的应用十五项耳聋基因芯片联合一代测序技术对非综合征型耳聋家庭易感基因进行检测,揭示常见的耳聋分子病因构成,并验证基因芯片技术的准确性及有效性。方法对广州市两个特殊听障机构的80组聋儿家庭(共241例)进行病史采集、听力评估,应用十五项耳聋基因芯片技术进行GJB2(c.35delG,c.176del16bp,c.235delC及c.299_300delAT),GJB3(c.538C>T),SLC26A4(c.919-2A>G,c.2168A>G,c.1229C>T,c.1975G>C,c.1174A>T,c.1226G>A,c.2027T>A和c.IVS15+5G>A)和MT-RNR1(m.1555A>G,m.1494C>T)的检测,并用Sanger法对变异阳性家庭进行序列测定。结果在80组聋儿家庭中,基因芯片检测出GJB2及SLC26A4基因变异共62例,总检出率为25.73%(62/241),GJB2 c.235delC(34/62)与SLC26A4 c.919-2A>G(16/62)热点变异居多。Sanger法测序结果显示:携带GJB2及SLC26A4基因共73例,总检出率为30.30%(73/241),其中GJB2 49例,SLC26A4 24例;基因芯片检测出的基因变异经一代测序验证,符合率达100%;除基因芯片包含的位点外,还检测出部分GJB2 c.109G>A、c.79G>A、c.341A>G变异,及SLC26A4 c.259G>T、c.754T>C变异。结论十五项耳聋基因芯片联合一代测序技术可以提高非综合征型耳聋的变异检出率,此基因芯片准确率高,适合快速、大规模检测;广州市此特殊听障机构的耳聋相关基因热点变异仍以GJB2 c.235delC与SLC26A4 c.919-2A>G最常见。