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Effect of RNA interference on WD101 gene of Schistosoma japonicum
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作者 Peng Zhang Gang Feng +2 位作者 Wei-Na Zhang Ying-Ying Zhang Chun-Sheng Liu 《Asian Pacific Journal of Tropical Medicine》 SCIE CAS 2018年第2期136-140,共5页
Objective: To study the effect of RNA interference(RNAi) on WD101 gene and its effect on the expression of WD101 mRNA and protein in Schistosoma japonicum.Methods: Doublestranded RNA(dsRNA) WD101 gene and control gene... Objective: To study the effect of RNA interference(RNAi) on WD101 gene and its effect on the expression of WD101 mRNA and protein in Schistosoma japonicum.Methods: Doublestranded RNA(dsRNA) WD101 gene and control gene(lacZ) were generated by in vitrotranscription and transfected into mechanically transformed schistosomula.The total RNA and protein were isolated simultaneously using TRIzol reagent.The expression levels of mRNA and the protein were determined by quantitative real-time PCR(qPCR) and Western blotting, respectively.After injected dsRNA-electroporated schistosomula into BALB/c mouse six weeks, the male and female reproductive organs were observed and measured under the confocal laser scanning microscope.Results: After 1, 3 and 5 d of RNAi, WD101 mRNA level was decreased by 15%, 39%, and 58% in experiment group compared to that in control group; meanwhile, WD101 protein level was decreased by 11%, 28%, and 43% in experiment group compared to that in control group.There were significantly more sperms in testicular lobes in experiment group than that in control group, while there were no significant differences in terms of ovary and vitelline glands between two groups.Conclusions: The ds WD101-RNAi can effectively induce suppression of WD101 gene expression at both mRNA and protein levels.WD101 gene might be a reproduction-related gene in Schistosoma japonicum. 展开更多
关键词 schistosoma japonicum rna interference WD101
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日本血吸虫小热休克蛋白Sjp40的RNA干扰效应 被引量:3
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作者 陈敏芳 麦荣嘉 +1 位作者 莫倩珍 周晓红 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期456-461,共6页
目的研究日本血吸虫小热休克蛋白(sHSP)Sjp40基因的RNA干扰效应及其干扰后日本血吸虫HSP60、HSP70、HSP90基因在mRNA水平出现的协同效应,观察各期虫体Sjp40、SjHSP60、SjHSP70、SjHSP90基因mRNA表达水平。方法以双链RNA(dsRNA)实现RNA... 目的研究日本血吸虫小热休克蛋白(sHSP)Sjp40基因的RNA干扰效应及其干扰后日本血吸虫HSP60、HSP70、HSP90基因在mRNA水平出现的协同效应,观察各期虫体Sjp40、SjHSP60、SjHSP70、SjHSP90基因mRNA表达水平。方法以双链RNA(dsRNA)实现RNA干扰。体外转录合成dsRNA,将Sjp40的dsRNA(dsSjp40)及阴性对照GFP的dsRNA(dsGFP)通过浸泡法转染到日本血吸虫成虫中,体外培养7 d后用TRIZOL法提取其总RNA及总蛋白,实时荧光定量PCR(qPCR)检测Sjp40基因及SjHSP60、SjHSP70、SjHSP90基因mRNA的表达,Western blot检测Sjp40蛋白表达产物。提取各期虫体总RNA,qPCR检测Sjp40、SjHSP60、SjHSP70、SjHSP90基因的mRNA表达。结果转染后Sjp40 dsRNA转染组目的基因的转录水平较阴性对照GFP dsRNA转染组下降了80%左右;蛋白质水平较空白对照及阴性对照组(dsGFP)出现明显降低,qPCR结果显示在Sjp40基因RNA干扰后SjHSP60、SjHSP70、SjHSP90基因的mRNA表达水平未发现明显变化。此四种HSPs在日本血吸虫生活史不同时期mRNA表达存在明显差异,Sjp40基因在虫卵期mRAN水平表达相对其他HSPs基因高。结论 dsSjp40 RNAi可特异性抑制Sjp40的表达,但对SjHSP60、SjHSP70、SjHSP90基因mRNA的表达没有明显的影响。 展开更多
关键词 日本血吸虫 小热休克蛋白 rna干扰 DSrna
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日本血吸虫成虫RNA CHOMCZYNSKI法快速分离纯化 被引量:6
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作者 陈伟 裘丽姝 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 1993年第2期135-137,共3页
应用异硫氰酸胍-酚-氯仿一步法抽提日本血吸虫成虫RNA,能够在数小时内抽提出完整的成虫RNA。此法对于分离数量很少的寄生虫材料中的RNA尤为有效。通过对日本血吸虫成虫RNA变性琼脂糖凝胶电泳分析,发现其核糖体大亚基RNA(L-rRNA)体内切口... 应用异硫氰酸胍-酚-氯仿一步法抽提日本血吸虫成虫RNA,能够在数小时内抽提出完整的成虫RNA。此法对于分离数量很少的寄生虫材料中的RNA尤为有效。通过对日本血吸虫成虫RNA变性琼脂糖凝胶电泳分析,发现其核糖体大亚基RNA(L-rRNA)体内切口(in vivo nick)现象的存在。并随核糖体小亚基RNA(S-rRNA)一道电泳迁移。反映了L-rRNA的后转录加工。 展开更多
关键词 日本血吸虫 rna 分离 纯化
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日本血吸虫虫卵及其总RNA的快速分离与纯化 被引量:1
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作者 刘兰英 余新炳 +1 位作者 罗树红 方建民 《中国人兽共患病杂志》 CSCD 北大核心 1997年第2期17-19,共3页
本文采用匀浆──分级过滤──中速低温离心──反复洗涤法,在3个小时内从感染免肝组织中分离、纯化具有生物活性的高纯度日本血吸虫虫卵。该虫卵用改进的异硫氰酸胍──酚──氯仿一步法抽提,可在一个半小时内提取出分子完整的RNA。... 本文采用匀浆──分级过滤──中速低温离心──反复洗涤法,在3个小时内从感染免肝组织中分离、纯化具有生物活性的高纯度日本血吸虫虫卵。该虫卵用改进的异硫氰酸胍──酚──氯仿一步法抽提,可在一个半小时内提取出分子完整的RNA。此两种方法经济简便,快速易行,效率高。 展开更多
关键词 日本血吸虫 虫卵 rna 纯化
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日本血吸虫非编码小RNA研究进展 被引量:2
5
作者 阳青兰 肖建华 《微生物学免疫学进展》 2016年第2期93-97,共5页
非编码小RNA是一类通过调节基因的表达从而影响生命活动的小分子,主要包括微小RNA、内源性小干扰RNA、Piwi蛋白相互作用的RNA及竞争性内源RNA。研究发现日本血吸虫感染动物后,宿主和虫体的非编码小RNA的表达水平均发生了改变。宿主源的... 非编码小RNA是一类通过调节基因的表达从而影响生命活动的小分子,主要包括微小RNA、内源性小干扰RNA、Piwi蛋白相互作用的RNA及竞争性内源RNA。研究发现日本血吸虫感染动物后,宿主和虫体的非编码小RNA的表达水平均发生了改变。宿主源的非编码小RNA主要为微小RNA,其中miR-454和miR-203与日本血吸虫病发生发展有关,miR-223和miR-451与日本血吸虫自身生长发育有关;日本血吸虫非编码小RNA包括微小RNA、内源性小干扰RNA,这些非编码小RNA在日本血吸虫的生长、发育、性成熟及产卵中发挥着重要作用,如sjalet-7、sja-bantam,而且像sja-miR-3479和sja-miR-0001还可以诊断日本血吸虫病。就日本血吸虫非编码小RNA的研究进展进行综述,为日本血吸虫病的防治提供参考。 展开更多
关键词 非编码小rna 微小rna 日本血吸虫 生长 发育
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干扰日本血吸虫凋亡抑制因子最佳siRNA分子的筛选 被引量:1
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作者 罗荣 赵江平 +1 位作者 胡超 程国锋 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期846-849,共4页
目的筛选干扰日本血吸虫凋亡抑制因子(Inhibitor of apoptosis protein of Schistosoma japonicum,SjIAP)较好的siRNA分子。方法应用生物信息学设计了针对SjIAP的3对siRNA分子。利用脂质体将每对siRNA分子和表达IAP的重组质粒传染到HEK2... 目的筛选干扰日本血吸虫凋亡抑制因子(Inhibitor of apoptosis protein of Schistosoma japonicum,SjIAP)较好的siRNA分子。方法应用生物信息学设计了针对SjIAP的3对siRNA分子。利用脂质体将每对siRNA分子和表达IAP的重组质粒传染到HEK293T细胞中,利用实时定量RT-PCR和免疫印迹检测IAP的表达。将siRNA分子与日本血吸虫童虫(12d)进行体外共培养,利用实时定量RT-PCR和免疫印迹检测虫体内的IAP表达。结果细胞转染实验的实时定量RTPCR和免疫印迹分析表明本研究获得了2个干扰SjIAP较好的siRNA分子,且其中1对siRNA分子可显著抑制日本血吸虫虫体内IAP蛋白的表达,同时虫体Caspase活性有所上升。结论本研究获得了2个干扰日本血吸虫IAP较好的siRNA分子,为进一步利用RNA干扰研究血吸虫IAP的功能奠定了前期基础。 展开更多
关键词 日本血吸虫 凋亡抑制因子 rna干扰 基因功能
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日本血吸虫成虫RNA的快速分离纯化 被引量:4
7
作者 李传明 石佑恩 《实用寄生虫病杂志》 CAS 1997年第4期165-167,共3页
应用异硫氨酸胍-酚-氯访一步法提取日本血吸虫总RNA,在1h左右即可提取纯度高、完整性较好的RNA。该方法简单易行,既经济又省时,对来源不易的少量组织尤为有效。通过对血吸虫成虫RNA变性琼脂糖凝胶电泳,观察到日本血吸虫大亚基rRNA... 应用异硫氨酸胍-酚-氯访一步法提取日本血吸虫总RNA,在1h左右即可提取纯度高、完整性较好的RNA。该方法简单易行,既经济又省时,对来源不易的少量组织尤为有效。通过对血吸虫成虫RNA变性琼脂糖凝胶电泳,观察到日本血吸虫大亚基rRNA存在体内缺口现象,随核糖体小亚基RNA一道电泳迁移。 展开更多
关键词 日本血吸虫 rna 纯化
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日本血吸虫反式剪接前导RNA的鉴定
8
作者 李锐 贺亮 郝力力 《中国农学通报》 CSCD 2012年第5期36-40,共5页
RNA反式剪接现象广泛存在于真核生物中,包括单细胞原虫以及低等脊索动物。为鉴定日本血吸虫中是否存在SLRNA介导的反式剪接,运用Race方法从成虫中克隆出了1个90nt的SLRNA基因,36nt的RNA前导序列正是来源于此90nt的无PolyA结构的SLRNA,... RNA反式剪接现象广泛存在于真核生物中,包括单细胞原虫以及低等脊索动物。为鉴定日本血吸虫中是否存在SLRNA介导的反式剪接,运用Race方法从成虫中克隆出了1个90nt的SLRNA基因,36nt的RNA前导序列正是来源于此90nt的无PolyA结构的SLRNA,并通过Northern进一步证实了该基因的存在。同时采用荧光定量和Southern对其拷贝数、基因组上的分布方式以及虫体不同阶段的表达量进行了鉴定,发现SLRNA具有55个拷贝并在基因组上呈散在分布;在虫卵和尾蚴时期SLRNA基因的转录丰度最高,雌虫阶段最低,雄虫、3天童虫以及14天童虫阶段无明显差别。结果表明,SLRNA介导的反式剪接可能是日本血吸虫基因转录后重要的调控机制之一。 展开更多
关键词 日本血吸虫 反式剪接 SLrna
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日本血吸虫醛糖还原酶基因RNA干扰效应的初步研究 被引量:4
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作者 王树奇 徐斌 +2 位作者 刘建 王吉鹏 胡薇 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期17-21,共5页
目的研究siRNA诱导的日本血吸虫醛糖还原酶(SjAR)基因转录本和蛋白水平的RNA干扰(RNAi)效应。方法设计并合成2条针对SjAR基因的siRNA(siRNA-1和siRNA-2)和1条阴性对照siRNA(siRNA-NC)。用日本血吸虫尾蚴感染4~6周龄雌性昆明鼠(800~1 000... 目的研究siRNA诱导的日本血吸虫醛糖还原酶(SjAR)基因转录本和蛋白水平的RNA干扰(RNAi)效应。方法设计并合成2条针对SjAR基因的siRNA(siRNA-1和siRNA-2)和1条阴性对照siRNA(siRNA-NC)。用日本血吸虫尾蚴感染4~6周龄雌性昆明鼠(800~1 000条/鼠),13 d后灌注小鼠肝门静脉收集童虫,每(120±10)条童虫为一组,分别采用电转法和浸泡法对各组童虫进行RNAi处理。电转处理法:向电击杯中分别加入5μg siRNA-1、siRNA-2、siRNA-NC或等体积的焦碳酸二乙酯(DEPC)水(空白对照),经125 V 20 ms方波脉冲电击童虫1次后,继续培养48 h;浸泡处理法:向童虫培养基中加入siRNA-1、siRNA-2或siRNA-NC溶液至siRNA浓度为200 nmol/L,第3天时更换一半新鲜培养基并补充siRNA,共培养5 d。每处理设3个平行对照组。干扰结束后,采用TRIzol法提取虫体RNA和可溶性总蛋白,将RNA反转录为cDNA,以SjGAPDH基因为内参,实时定量PCR检测SjAR转录本相对表达水平的变化,Western blotting分析SjAR蛋白水平的变化。结果实时定量PCR结果显示,采用siRNA-1、siRNA-2和siRNA-NC电转后,虫体SjAR转录本水平分别为(90.6±16.2)%、(84.2±7.3)%和(105.9±10.3)%,与空白对照组[(100.9±16.8)%]的差异均无统计学意义(P>0.05);使用siRNA-1、siRNA-2浸泡后,SjAR转录本水平为(48.6±8.2)%和(73.4±4.7)%,均较空白对照组[(100.0±3.3%)]显著下降(P<0.01),而阴性对照siRNA-NC浸泡后的虫体SjAR转录本的表达水平为(101.43±14.33)%,与空白对照组比较表达差异无统计学意义(P>0.05)。Western blotting分析和条带定量结果显示,以空白对照组为标准,使用siRNA-1、siRNA-2和siRNA-NC浸泡后,SjAR蛋白水平分别为79.0%、97.8%和103.2%。结论使用浸泡法对日本血吸虫童虫SjAR进行RNAi处理可降低靶基因转录本和蛋白的表达水平。 展开更多
关键词 日本血吸虫 醛糖还原酶 rna干扰
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兔感染日本血吸虫后血浆中宿主源循环microRNAs变化研究 被引量:1
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作者 王宇清 刀金威 +5 位作者 朱丽慧 杜晓利 陆珂 李浩 刘金明 程国锋 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2015年第5期58-64,共7页
循环性microRNAs不仅参与生命体的重要活动调控,还有望成为某些疾病诊断的新型标志分子。为深入探讨宿主与血吸虫之间的相互作用机制并发现新型诊断标志分子,我们对前期获得的感染和未感染新西兰大白兔血浆小RNA的Solexia测序结果进行... 循环性microRNAs不仅参与生命体的重要活动调控,还有望成为某些疾病诊断的新型标志分子。为深入探讨宿主与血吸虫之间的相互作用机制并发现新型诊断标志分子,我们对前期获得的感染和未感染新西兰大白兔血浆小RNA的Solexia测序结果进行生物信息学分析,对差异表达的microRNAs用实时定量PCR进行验证,同时对这些差异表达的microRNAs的靶基因进行了分析。在剔除虫源性序列后,我们发现了感染和未感染日本血吸虫的新西兰大白兔体内的循环性宿主源microRNAs 173条,选取了10个差异表达的microRNAs利用实时定量PCR进行验证分析,结果表明所选取的10个microRNAs表达与Solex测序结果一致。靶基因的预测与分析结果表明感染血吸虫兔血浆中差异表达microRNAs的靶基因主要参与细胞进程、代谢调控、生命调控、发育进程等生命进程调控。本研究结果为深入开展日本血吸虫与宿主的互作及其寄生的分子机理提供了基础。 展开更多
关键词 日本血吸虫 循环MICROrna 靶基因 功能分析
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日本血吸虫RNA聚合酶转录因子SⅢ-p15真核正反义表达载体的构建和鉴定 被引量:5
11
作者 包俊英 吴忠道 +1 位作者 徐劲 余新炳 《中国血吸虫病防治杂志》 CAS CSCD 2002年第2期102-104,共3页
目的 构建日本血吸虫 RNA聚合酶 转录延长因子 S - p15真核正反义表达载体 ,为进一步鉴定该因子的生物学功能奠定基础。方法 采用表达序列标签法从日本血吸虫成虫 c DNA文库中获得了 1个 RNA聚合酶转录因子 (S - p15 )全长 c DNA序... 目的 构建日本血吸虫 RNA聚合酶 转录延长因子 S - p15真核正反义表达载体 ,为进一步鉴定该因子的生物学功能奠定基础。方法 采用表达序列标签法从日本血吸虫成虫 c DNA文库中获得了 1个 RNA聚合酶转录因子 (S - p15 )全长 c DNA序列 ,克隆及序列测定后 ,将该片段正向及反向插入到真核表达载体 pc DNA 3中。重组载体采用氨苄青霉素 L B培养基筛选、双酶切、PCR及测序鉴定。结果 经鉴定 ,S - p15 - pc DNA3真核正反义表达载体构建成功。结论 构建成功 S -p15 - pc DNA3真核正反义表达载体 ,为下一步鉴定其生物学功能奠定基础。 展开更多
关键词 日本血吸虫 转录延长因子SⅢ-p15 反义DNA 真核表达载体 聚合酶转录因子
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肺吸虫和血吸虫总RNA的提取及电泳分析 被引量:3
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作者 吴宜琴 倪忠耘 张耀娟 《南京医科大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 1999年第4期291-292,共2页
目的为构建肺吸虫cDNA文库,获得目的重组抗原,用以肺吸虫病的诊断,而制备卫氏肺吸虫的总RNA。方法采用改进的一步法(A和B)提取了卫氏肺吸虫成虫的总RNA,同时提取了日本血吸虫成虫及其虫卵、小鼠肝脏的总RNA。结果... 目的为构建肺吸虫cDNA文库,获得目的重组抗原,用以肺吸虫病的诊断,而制备卫氏肺吸虫的总RNA。方法采用改进的一步法(A和B)提取了卫氏肺吸虫成虫的总RNA,同时提取了日本血吸虫成虫及其虫卵、小鼠肝脏的总RNA。结果人睾丸组织的总RNA经琼脂糖凝胶电泳,观察到方法A所提取的肺吸虫、血吸虫及其虫卵的总RNA在凝胶上只有一条略大于18S的条带。用方法B提取的肺吸虫以及血吸虫的总RNA则出现2条条带,其中1条色淡,并略小于28S,另1条色深,并略大于18S。结论肺吸虫的L-rRNA中也存在切口现象。 展开更多
关键词 肺吸虫 日本血吸虫 虫卵 凝胶电泳 PNA
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日本血吸虫成虫的非编码RNA高通量测序分析 被引量:4
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作者 喻祎哲 杨杰 +2 位作者 曾凡胜 王红梅 秦志强 《热带病与寄生虫学》 2017年第1期31-35,共5页
目的通过对日本血吸虫成虫做高通量测序分析,鉴定已知miRNA的表达水平,预测新miRNA的序列结构及生物学功能。方法首先提取日本血吸虫成虫miRNA进行深度测序,其次对miRNA做数据分析、统计长度分布与比对注释,鉴定已知miRNA表达水平,最后... 目的通过对日本血吸虫成虫做高通量测序分析,鉴定已知miRNA的表达水平,预测新miRNA的序列结构及生物学功能。方法首先提取日本血吸虫成虫miRNA进行深度测序,其次对miRNA做数据分析、统计长度分布与比对注释,鉴定已知miRNA表达水平,最后对发现的新miRNA序列进行结构和功能的预测。结果将构建文库中日本血吸虫表达的miRNA与最新Sanger miRBase数据库中的miRNA比对。结果显示,在鉴定的miRNA中,sja-mir-125b是表达量最高的miRNA,另外sjabantam,sja-mir-10,sja-mir-71a,sja-mir-36,sja-mir-61的表达量也较高,上述六种miRNA表达量占到已知miRNA表达量的94.6%。本研究发现了十种在日本血吸虫表达量最高的新miRNA,并对新miRNA进行序列及结构的预测。结论日本血吸虫成虫新miRNAs例如sja-mir-125b的发现将为深入研究其在血吸虫发育与致病的生物学功能打下基础。 展开更多
关键词 非编码核糖核酸 mirna 高通量测序 日本血吸虫病 成虫
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日本血吸虫平衡型核苷转运蛋白3基因(SjENT3)的RNA干扰研究
14
作者 吴洛滨 任雨琪 +2 位作者 秦芳林 刘金明 金亚美 《复旦学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期111-117,共7页
血吸虫以雌雄合抱的方式生存,雌虫在合抱后才能发育成熟,雄虫通过某种非精子传递的机制调控血吸虫雌虫的生长发育,而成熟雌虫所产大量虫卵是血吸虫导致宿主严重病理损害和疾病再传播的根源,因此,了解雄虫对雌虫发育的调控对血吸虫的致... 血吸虫以雌雄合抱的方式生存,雌虫在合抱后才能发育成熟,雄虫通过某种非精子传递的机制调控血吸虫雌虫的生长发育,而成熟雌虫所产大量虫卵是血吸虫导致宿主严重病理损害和疾病再传播的根源,因此,了解雄虫对雌虫发育的调控对血吸虫的致病和传播具有重要意义.本实验室前期蛋白质组学研究结果显示日本血吸虫ENT3蛋白(SjENT3)在两性感染的合抱雄虫体内的表达高于其在单性感染雄虫体内的表达.本研究通过qRT-PCR发现SjENT3基因在日本血吸虫虫体各个检测时间点均转录,从7d到21d逐渐升高,在21d转录水平达到最高,随后逐渐下降;SjENT3基因在18,21,25,28,35,42d在合抱雄虫体内转录水平明显高于合抱雌虫;对合抱雄虫与单性感染雄虫转录水平分析发现其在21d,23d,25d 3个检测时间点与蛋白质组学结果一致,在合抱雄虫体内高表达.利用筛选出效果较好的siRNA对SjENT3在血吸虫体内的转录进行长期干扰,结果发现:特异siRNA干扰显著影响SjENT3转录水平,和NC对照组相比,干扰引起宿主虫荷率下降24.44%(P<0.05),宿主肝脏荷卵率下降57.47%(P<0.01),干扰后雌虫肝产卵能力下降42.28%(P<0.01).本研究结果初步表明SjENT3基因参与日本血吸虫尤其是雄虫的生长发育,并可能与血吸虫雌雄虫合抱及其相互间信息传递有一定的关系. 展开更多
关键词 日本血吸虫 SjENT3基因 QRT-PCR rna干扰
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日本血吸虫感染小鼠慢性致病阶段肝脏中差异表达长非编码RNA筛选及功能分析
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作者 李银龙 李琴 +5 位作者 林伟娜 冯婷 秦志强 曹淳力 李石柱 许静 《中国血吸虫病防治杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期137-147,共11页
目的 筛选日本血吸虫感染小鼠慢性致病阶段肝脏中差异表达长非编码RNA(long non-coding RNA, lnc RNA)并进行功能分析,为探索lnc RNA在日本血吸虫感染所致肝脏病变中的作用提供参考。方法 20只6周龄C57BL/6小鼠随机分为2组,每组10只。... 目的 筛选日本血吸虫感染小鼠慢性致病阶段肝脏中差异表达长非编码RNA(long non-coding RNA, lnc RNA)并进行功能分析,为探索lnc RNA在日本血吸虫感染所致肝脏病变中的作用提供参考。方法 20只6周龄C57BL/6小鼠随机分为2组,每组10只。实验组每只小鼠采用腹部贴片法感染(15±2)条日本血吸虫尾蚴建立日本血吸虫慢性感染小鼠模型,以蒸馏水作为对照组。两组小鼠均于感染70 d后剖杀,获取小鼠肝脏组织样本,进行RNA抽提及文库构建。通过Illumina Nova Seq 6000测序平台对文库进行测序,采用fastp软件进行数据清洗,使用HISAT2软件进行参考基因组比对及基因表达量(FPKM)计算。采用CNIC、CPC、Pfam、PLEK软件对潜在lnc RNA序列进行编码潜能预测,筛选出潜在lnc RNA。采用DESeq2软件进行基因差异表达分析,筛选出差异表达lnc RNA。通过基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析,挖掘差异表达lnc RNA靶基因参与的生物学过程和代谢途径。结果 共筛选出333个潜在lnc RNA,67个鉴定为差异表达lnc RNA,其中49个表达上调、18个表达下调。差异表达lnc RNA预测靶基因共53个,GO富集分析显示这些靶基因主要富集在生物学过程和分子功能;其中Sema7a、Arrb1、Ccl21b等基因可能是细胞外调节蛋白激酶1(extracellular regulated protein kinase,ERK1)和ERK2级联正调控生物学过程的关键靶基因,可能参与调控胶原蛋白表达。KEGG富集分析显示,差异表达lnc RNA靶基因主要参与细胞因子-细胞因子受体相互作用、病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体的相互作用、趋化因子信号通路和核因子κB(nuclear factor kappa-B,NF-κB)通路等信号通路。结论 本研究鉴定了日本血吸虫感染小鼠慢性致病阶段肝脏中差异表达lnc RNA及其靶基因的功能富集,其中上调表达的lnc RNA可能通过调控Sema7a、Arrb1、Ccl21b等靶基因影响ERK1/2级联等生物学过程以及趋化因子信号通路等,影响胶原蛋白表达及炎症相关信号通路,从而影响肝脏病变发展。 展开更多
关键词 日本血吸虫 长非编码rna 肝纤维化 细胞外调节蛋白激酶 小鼠
原文传递
日本血吸虫感染小鼠肝脏枯否细胞差异表达MicroRNA及基因的分析 被引量:3
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作者 白瑞璞 潘卫庆 《中国热带医学》 CAS 2017年第4期344-349,共6页
目的筛选并验证日本血吸虫感染后,肝脏枯否细胞(Kupffer cells,KCs)内差异表达micro RNAs(mi RNAs)及基因。方法实验小鼠随机分为对照组、感染日本血吸虫组。用密度梯度离心和流式分选相结合的方法,分离肝脏F4/80^(hi)CD11b^(lo)枯否细... 目的筛选并验证日本血吸虫感染后,肝脏枯否细胞(Kupffer cells,KCs)内差异表达micro RNAs(mi RNAs)及基因。方法实验小鼠随机分为对照组、感染日本血吸虫组。用密度梯度离心和流式分选相结合的方法,分离肝脏F4/80^(hi)CD11b^(lo)枯否细胞。取感染后6周样本进行mi RNA芯片和转录组测序分析,并利用实时荧光定量PCR方法进行验证。结果与对照组相比,感染组肝脏F4/80^(hi)CD11b^(lo)枯否细胞数量急剧减少,与此同时感染组肝脏逐渐出现F4/80loCD11bhi非实质细胞。采用感染后6周宿主肝脏F4/80^(hi)CD11b^(lo)枯否细胞样本进行mi RNA芯片和转录组测序分析,与对照组相比,感染组肝脏枯否细胞差异表达的mi RNAs有106条,差异表达基因为1 083个,其中包含多个趋化因子。结论日本血吸虫感染导致宿主肝脏F4/80^(hi)CD11b^(lo)枯否细胞数量显著减少,并鉴定一批差异表达的mi RNAs和基因。 展开更多
关键词 枯否细胞 日本血吸虫 MIrna mrna
原文传递
利用RNAi和表达谱芯片分析日本血吸虫Sj34.9基因的功能 被引量:2
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作者 刘萍萍 石艳丽 +3 位作者 杨云霞 刘金明 林矫矫 金亚美 《中国血吸虫病防治杂志》 CAS CSCD 2012年第2期127-131,145,共6页
目的分析日本血吸虫新基因Sj34.9的功能,为进一步研究该基因提供依据。方法采用RNA干扰(RNAi)技术对Sj34.9基因在血吸虫体内的表达进行干扰,利用血吸虫寡聚核苷酸表达谱芯片分析Sj34.9基因表达沉默后血吸虫基因的表达情况。结果 Sj34.9... 目的分析日本血吸虫新基因Sj34.9的功能,为进一步研究该基因提供依据。方法采用RNA干扰(RNAi)技术对Sj34.9基因在血吸虫体内的表达进行干扰,利用血吸虫寡聚核苷酸表达谱芯片分析Sj34.9基因表达沉默后血吸虫基因的表达情况。结果 Sj34.9基因RNAi组与对照组相比,显著差异表达的基因共378个,其中上调基因202个,下调基因176个;通路分析显示,表达差异基因主要与信号转导、信号分子间相互作用及各类物质代谢有关;基因本体论分类结果显示,多数基因与分子间结合、膜构成、细胞过程和机体生长发育及代谢相关。结论 Sj34.9基因可能对日本血吸虫的形成、生长、发育、调节、代谢等具有重要作用。 展开更多
关键词 日本血吸虫 rna干扰(rnaI) 表达谱芯片 基因表达
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热休克蛋白47-shRNA调节肝星状细胞膜受体对日本血吸虫鼠肝纤维化的影响 被引量:5
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作者 邓菊红 陶然 +3 位作者 宋启琴 孔红言 焦云桃 黄加权 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期317-324,共8页
目的了解热休克蛋白47-短发夹RNA(HSP47-sh RNA)调节肝星状细胞(HSCs)膜受体对日本血吸虫鼠肝纤维化的影响。方法建立日本血吸虫鼠肝纤维化模型,感染前(健康对照组)和感染后第4、9、14周,分别随机取5只小鼠,提取肝脏组织总RNA,采用RT-PC... 目的了解热休克蛋白47-短发夹RNA(HSP47-sh RNA)调节肝星状细胞(HSCs)膜受体对日本血吸虫鼠肝纤维化的影响。方法建立日本血吸虫鼠肝纤维化模型,感染前(健康对照组)和感染后第4、9、14周,分别随机取5只小鼠,提取肝脏组织总RNA,采用RT-PCR检测HSP47 mRNA相对表达水平,蛋白质印迹(Western blotting)检测HSP47蛋白表达情况,用RM-6240BD型多道生理信号系统动态检测模型鼠门静脉压力,流式细胞术检测HSCs膜内皮素受体(ETAR和ETBR)的平均荧光强度(MFI),免疫组织化学法检测感染前和感染后14周的模型鼠肝组织膜受体表达情况,采用线性相关分析方法分析各时间点的HSP47 mRNA相对表达水平与门静脉压力、ETAR和ETBR相对表达量的关系。用HSP47-sh RNA质粒转染小鼠成纤维细胞NIH/3T3细胞和血吸虫肝纤维化模型鼠,并设阴性对照组(空质粒)和空白对照组(PBS),每组12只血吸虫感染模型鼠。采用RT-PCR检测NIH/3T3细胞转染0、24、48 h及模型鼠干预至第14周的HSP47 mRNA、Ⅰ型和Ⅲ型胶原mRNA相对表达水平,Western blotting检测对应蛋白的表达情况,流式细胞术检测膜受体(ET、TGF-β及PDGF的受体)的MFI。两组间均数的比较采用Student-t检验,多组间采用单因素方差分析。结果模型鼠感染日本血吸虫后第4、9、14周,RT-PCR结果显示,HSP47 mRNA相对表达水平分别为0.592±1.031、1.253±2.101和0.651±1.532,较感染前(0.253±0.120)均升高(P<0.01);Western blotting结果显示,HSP47蛋白表达情况与mRNA变化一致;门静脉压力分别为(3.010±0.250)、(8.850±0.63)和(12.390±0.830)mm Hg,感染后第14周与感染前的(2.350±0.180)mm Hg比较,差异有统计学意义(P<0.01)。流式细胞术检测结果显示,ETAR的MFI分别为3 245±186、6 108±213和8 784±257,高于感染前的2 104±232(P<0.01);ETBR的MFI分别为3 812±158、4 524±197和5 554±156,高于感染前的2 091±237(P<0.01)。相关性分析结果显示,HSP47 mRNA相对表达水平与门静脉压力、ETAR和ETBR的MFI均呈正相关(r=0.750、0.750、0.508,P<0.05)。免疫组织化学结果显示,感染后第14周,ETB、TGF-β和PDGF的受体在肝纤维聚集部位呈强阳性表达。HSP47-sh RNA转染NIH/3T3细胞48 h后,RT-PCR结果显示,转染组HSP47 mRNA相对表达水平为0.254±2.358,低于阴性对照组的0.911±1.391(P<0.01);Western blotting结果显示,HSP47蛋白表达情况与mRNA变化一致;Ⅰ型和Ⅲ型前胶原mRNA相对表达水平分别为0.656±0.061、1.330±0.155,较阴性对照组的1.521±0.314、2.243±0.142均下调(P<0.01);流式细胞术检测结果显示,ETBR的MFI为53.433±5.243,高于转染前的30.825±5.460(P<0.05),TGF-β及PDGF受体转染前后差异无统计学意义(P>0.05)。转染组小鼠体内干预至第14周后,RT-PCR结果显示,HSP47 mRNA相对表达水平为2.686±0.711,低于阴性对照组的6.001±0.458(P<0.01);Western blotting结果显示,HSP47蛋白表达情况与mRNA变化一致;Ⅰ型、Ⅲ型前胶原mRNA相对表达水平分别为10.956±2.079和14.071±1.915,均较空白对照组的22.687±1.478和29.065±2.537下降(P<0.01);流式细胞术检测结果显示,转染组ETAR表达阳性率为(51.48±4.27)%,低于空白对照组的(81.60±6.07)%(P<0.05);转染组小鼠HSC膜受体ETAR、ETBR的MFI分别为4 249±344和3 706±194,均低于空白对照组的8 538±494和5 052±213(P<0.05),TGF-β和PDGF受体转染前后差异无统计学意义(P>0.05)。结论HSP47-sh RNA可干预活化的HSC和血吸虫肝纤维化鼠,ETR变化为影响肝纤维化尤其门静脉高压的因素。 展开更多
关键词 HSP47 肝纤维化 日本血吸虫 SHrna干扰 内皮素受体
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日本血吸虫侵袭前后的湖北钉螺转录组研究I RNA-Seq数据的de novo拼接 被引量:1
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作者 秦志强 莫筱瑾 +1 位作者 官威 李石柱 《中国血吸虫病防治杂志》 CSCD 北大核心 2017年第3期300-304,共5页
目的利用基于RNA-seq的二代测序技术分析日本血吸虫侵袭前后的湖北钉螺转录组的表达,为进一步完善湖北钉螺基因结构信息及挖掘血吸虫感染钉螺相关分子标记提供实验数据。方法分别提取日本血吸虫毛蚴感染后第7天、第30天湖北钉螺组织和... 目的利用基于RNA-seq的二代测序技术分析日本血吸虫侵袭前后的湖北钉螺转录组的表达,为进一步完善湖北钉螺基因结构信息及挖掘血吸虫感染钉螺相关分子标记提供实验数据。方法分别提取日本血吸虫毛蚴感染后第7天、第30天湖北钉螺组织和正常钉螺组织的总RNA,经RNA质量检测合格后建立e DNA文库,利用Illumina NextSeq500测序仪进行测序得到原始序列数据;测序数据经过滤和de novo拼接后,进一步开展转录本注释和聚类分析。结果共得到63 686条广泛通用的基因数据(Unique gene,Unigene),基因功能注释及功能群组聚类分析结果显示,一般性功能蛋白质编码Unigene占比最多(15.36%),其次是信号转导(11.75%)、转录后修饰(8.89%)等,此外还有较高比例的未知功能蛋白质编码Unigene(12.20%)。结论日本血吸虫侵袭后的湖北钉螺转录组表达信息显示有数个基因呈显著性上调或下调表达,本研究为从分子水平研究湖北钉螺与血吸虫感染相互作用奠定了基础。 展开更多
关键词 日本血吸虫 湖北钉螺 rna测序 DE novo拼接 转录组
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过继转移RNA干扰日本血吸虫的发育表型评价技术的建立
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作者 柳建发 李健 +3 位作者 任怡静 张瑞祥 方芳 胡薇 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期258-263,共6页
目的建立RNA干扰后的日本血吸虫转移至小鼠体内发育情况的评价技术,为后组学时代功能基因研究提供工具。方法设计引物扩增日本血吸虫组织蛋白酶B1(SjCB1)基因dsRNA、绿色荧光蛋白(GFP)dsRNA。用日本血吸虫尾蚴感染小鼠,收集14 d的日本... 目的建立RNA干扰后的日本血吸虫转移至小鼠体内发育情况的评价技术,为后组学时代功能基因研究提供工具。方法设计引物扩增日本血吸虫组织蛋白酶B1(SjCB1)基因dsRNA、绿色荧光蛋白(GFP)dsRNA。用日本血吸虫尾蚴感染小鼠,收集14 d的日本血吸虫童虫。用6 mg/L SjCB1 dsRNA体外培养浸泡法对日本血吸虫童虫的SjCB1基因进行特异性敲低(SjCB1干扰组),对照组加6 mg/L GFP dsRNA(GFP干扰组)。采用外科手术将干扰后的童虫过继转移至小鼠肠系膜静脉(SjCB1干扰组、GFP干扰组各3只小鼠,40条/鼠),待虫体发育至性成熟时收集虫体。统计分析雌雄虫回收数量、合抱率、虫体回收率以及虫体长度,观察虫体生长发育情况。采用荧光定量PCR检测干扰后的14 d雌、雄童虫以及回收的雌、雄成虫SjCB1基因的表达情况。结果SjCB1干扰组、GFP干扰组回收的雌、雄虫数量,合抱率,虫体回收率分别为(9.0±1.4)、(9.0±2.1)条,(13.0±2.9)、(11.3±2.5)条,100%、100%和58.60%、54.67%。两组雌、雄虫数量,合抱率,虫体回收率差异均无统计学意义(P>0.05)。SjCB1干扰组过继转移前雌、雄童虫SjCB1基因的相对表达量为1.022±0.019、0.643±0.105,均低于GFP干扰组的2.880±0.297、2.753±0.164(t=0.000、0.000,P<0.01);SjCB1干扰组回收的雌、雄虫SjCB1基因相对表达量分别为1.286±0.211、1.182±0.287,均低于GFP干扰组的5.506±0.326、4.986±1.230(t=0.013、0.000,P<0.01)。SjCB1干扰组、GFP干扰组雌虫长分别为(7.059±1.255)、(8.433±0.749)cm,雄虫长分别为(6.993±2.734)、(10.561±1.375)cm,两组间雌、雄虫差异有统计学意义(t=0.003、0.001,P<0.01)。SjCB1干扰组、GFP干扰组虫体外观形态及内部的生殖系统、消化系统未见差异,两组雌虫在卵模与子宫中均有成形的虫卵。结论建立了干扰特异性基因后观察虫体体内发育表型的技术,体外培养浸泡干扰后日本血吸虫童虫、成虫SjCB1基因表达水平被显著敲低,该方法可用于研究发育相关基因的表型。 展开更多
关键词 日本血吸虫 rna干扰 过继转移
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