Cloning and Sequence Analysis of 16S rRNA and COI Gene in Mitochondrial DNA of Scortum barcoo

[Objective] The aim was to provide molecular biological basis for the researches on the genetic resources,genetic relationship among species and phyletic evolution of S.barcoo.[Method] PCR amplification and sequencing were used to study the 16S rRNA and COI gene fragments.[Result] As for 16S rRNA gene fragments,nucleotide sequences of 791 bp were obtained,and the A,T,G and C contents in this fragment were 31.6%,21.4%,20.4% and 26.7%respectively.As for the COI gene fragments,the size was 631 bp and the A,T,G And C contents were 27.7%,23.6%,29.8% and 18.9% respectively.Among these two gene fragments,the content of GC was lower than AT,and AT/GC of these two fragments was 1.13 and 1.05 respectively.[Conclusion] The genetic characteristics of gene fragments of 16S rRNA and COI of S.barcoo suggested that the variation in the same species was relatively low.The sequences of 16S rRNA gene in three samples the same,while the sequences of COI gene was also the same,indicating that these two gene of S.barcoo were conservative.

澳洲宝石鲈线粒体DNA COI基因的克隆与序列分析

对澳洲宝石鲈线粒体DNA细胞色素氧化酶I亚基(cytochrome oxidase subunit I,COI)基因进行了扩增、克隆和测序,并对COI序列进行了分析。结果显示,澳洲宝石鲈COI基因序列长度为631 bp,其中A、T、G和C 4种碱基的含量分别为27.7%,23.6%,29.8%和18.9%。与从GenBank中查到的其他4种鯻科鱼类的同源序列比对,邻接法(neighbor-joining)构建系统进化树。结果显示,5种鯻科鱼类聚在一起,分为两个大的支系,其中花身鯻与条纹鯻首先聚成一支,然后与詹氏弱棘鯻和银锯眶鯻聚成的一支共同组成一个支系;而高体革鯻单独聚为一个支系,所得的聚类结果与传统的分类结果基本一致。

高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段的克隆与序列分析

[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16S rRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791 bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631 bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16S rRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16S rRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。

澳洲宝石鲈热休克蛋白90-β基因(HSP90-β)的cDNA克隆与表达

热休克蛋白(heat shock proteins,HSPs)在鱼类的应激与免疫反应中起着重要的作用,HSP90-β是该家族的重要成员。为了探讨澳洲宝石鲈(Scortum barcoo)HSP90-β在免疫应答中的作用,本研究首次克隆得到了澳洲宝石鲈HSP90-β的全长cDNA序列。该序列长2708 bp,其中5’UTR长86 bp,3’UTR长444 bp,ORF长2178 bp,编码725个氨基酸,相对分子质量约为83200,具有5个HSP90家族的特征序列,没有信号肽序列和跨膜结构域,与其他鱼类HSP90-β氨基酸的序列一致性皆超过90%。正常情况下,澳洲宝石鲈HSP90-βmRNA主要在肝脏表达。而感染无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)后,其在肝组织中的表达呈先降低后增加的趋势,在脾脏、头肾和脑组织则呈先上升后下降的趋势。这些结果表明澳洲宝石鲈HSP90-β可能参与了无乳链球菌感染引发的免疫反应。

苹果蠹蛾线粒体DNA COⅠ基因克隆与序列分析

本研究采集新疆阿拉尔地区苹果蠹蛾Cydia pomonella(L.)幼虫,对其线粒体DNA细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因进行了扩增、克隆和测序,并对COⅠ序列进行了分析。结果显示:苹果蠹蛾DNA扩增出的COⅠ基因序列片段长度为709bp,序列中A+T含量极高,占68.7%,而G+C的含量只有31.3%。经基因序列比对,与其它几种食心虫的同源性为85.4%～88.1%,遗传距离为0.130～0.162;采用NJ法构建了卷蛾科系统树,所得的聚类结果与传统的分类结果基本一致。本研究结果为苹果蠹蛾快速鉴定的DNA条形码技术研究提供重要基础。