羊口疮病毒F1L蛋白二级结构分析与表位预测

目的利用软件预测羊口疮病毒(ORFV)F1L蛋白的二级结构和细胞表位。方法利用SOPMA服务器预测ORFV F1L蛋白的二级结构,以DNAStar软件单参数(二级结构、亲水性、可及性、柔韧性及抗原性)预测结果为基础,通过二级结构预测初步筛选,并以ABCpred方案作为最终验证,预测羊口疮病毒(ORFV)F1L蛋白的B细胞表位;运用神经网络+量化矩阵法(ANNs+QM法)预测ORFV F1L蛋白的CTL细胞表位;使用MHC-II类分子结合肽在线程序预测ORFV F1L蛋白的Th细胞表位。结果 ORFV F1L蛋白含有α-螺旋34.71%、β-片层18.82%、β-转角5.88%、无规则卷曲40.59%;没有信号肽,可能存在7个B细胞表位,2个CTL表位,3个Th细胞表位。结论该研究结果将为建立ORFV诊断方法、制备单克隆抗体及合成肽疫苗提供理论依据。

SARS病毒基因组所编码的E蛋白的二级结构和B细胞表位预测

目的 预测SARS病毒E蛋白的B细胞表位和二级结构。方法 以SARS病毒基因组序列为基础 ,采用Gar nier Robson方法、Chou Fasman方法和Karplus Schultz方法预测E蛋白质的二级结构 ;用Kyte Doolittle方案预测蛋白质的亲水性 ;用Emini方案预测蛋白质的表面可能性 ;用Jameson Wolf方案预测氨基酸的抗原性指数。综合评判 ,预测SARS病毒E蛋白的B细胞表位。结果 在SARS病毒E蛋白N 端的第 1～ 6、13～ 19、39～ 4 3、4 7～ 6 4区段和第 73～ 76区段有 β 折叠中心 ;第 6～ 12区段和第 6 7～ 6 9区段可能形成转角或无规则卷曲 ,是柔性区域。E蛋白N端第 2～ 13区段和第 6 1～ 74区段为B细胞优势表位区域。结论 用多参数预测SARS病毒E蛋白的二级结构和B细胞表位 。

肿瘤抗原MAGE-12的表位及二级结构预测

目的预测肿瘤抗原 MAGE- 12的α-螺旋二级结构、B细胞表位和 MAGE- 12的 HL A- A2限制性 CTL表位。方法用 Garnier- Robson和 Chou- Fasman方案预测肿瘤抗原 MAGE- 12的α-螺旋二级结构 ;用 Kyte- Doolittle亲水方案预测肿瘤抗原 MAGE- 12的 B细胞表位 ;用简单基序 ( simple motifs)和延展基序 ( extended m otifs)对肿瘤抗原 MAGE- 12的 HL A-A2限制性 CTL 表位进行预测。结果 MAGE- 12可能含有较多的 α-螺旋 ;B细胞识别的表位可能在 82～ 93残基 ( QSDEGSS-NEEQE)或附近和 3～ 14残基 ( L EQRSQHCKPEE)或附近 ;发现 1个 HL A- A2限制性 CTL 表位为 FL WGPRAL V( 2 71～2 79)。结论用亲水性方案和基序法预测肿瘤抗原 MAGE- 12的 B细胞表位和 MAGE- 12的 HL A- A2限制性 CTL 表位 ,为实验方法探索 MAGE- 12的表位提供有用线索。

禽波氏杆菌外膜蛋白A的克隆测序与生物信息分析

本文旨在克隆禽波氏杆菌外膜蛋白OmpA的编码基因,并预测OmpA蛋白二级结构和B细胞抗原表位,从而探讨禽波氏杆菌外膜蛋白OmpA在免疫保护中所起的作用。作者对禽波氏杆菌的外膜蛋白ompA基因进行PCR扩增、克隆及序列测定。应用生物信息学相关软件和方法,对禽波氏杆菌OmpA蛋白的二级结构和B细胞抗原表位进行预测。禽波氏杆菌ompA基因全长597bp,编码199个氨基酸。二级结构以无规卷曲为主,有少量的α-螺旋和β-片层,少见β-转角;推测OmpA蛋白有5个B细胞优势抗原表位区域、2个糖基化位点。本研究为进一步分析禽波氏杆菌免疫机理、制备单克隆抗体和设计表位疫苗等奠定理论基础。

猪内源性反转录病毒囊膜蛋白基因的克隆及其蛋白二级结构和B细胞表位预测

猪内源性反转录病毒(PERV)是与猪-人异种移植病原安全性密切相关的一类病毒。env基因编码病毒的囊膜蛋白,它与病毒的亚型分类、宿主感染范围、细胞的嗜性以及对宿主细胞的感染机制、诱导宿主产生中和抗体等密切相关。本研究利用RT-PCR的方法,从五指山小型猪外周血淋巴细胞中扩增PERV的囊膜蛋白基因并进行测序,随后用生物信息学相关软件和方法,对PERV-Env蛋白二级结构及B细胞表位进行预测。经综合分析评价,结果发现PERV-Env蛋白有18个可能的B细胞优势抗原表位区域,7个可能的糖基化位点。该分析预测结果不但有利于PERV疫苗的设计、单抗及诊断试剂研制,而且将有助于分析Env蛋白的功能及PERV对人源细胞的感染机制。

类猪圆环病毒因子P1 VP2蛋白二级结构与B细胞表位预测

旨为预测类猪圆环病毒因子P1 VP2蛋白的B细胞表位。采用生物信息软件和互联网服务器,预测VP2的二级结构,分析VP2表面特性(亲水性、可塑性、可及性和抗原性),综合预测VP2的B细胞抗原表位。结果表明,P1VP2蛋白肽链的6-18和80-92区段为预测的B细胞表位优势区。多参数方案综合预测P1 VP2蛋白的B细胞抗原表位,为进一步鉴定表位及设计疫苗奠定了基础。

人衰变加速因子的二级结构与B细胞表位预测

目的 :分析预测人衰变加速因子的二级结构特征及B细胞表位。方法 :比较Chou&Fasman经典方案和基于多重序列比较的PHDsec二级结构预测方案的预测准确率 ,应用较优方案对DAF的二级结构进行预测分析 ;运用Hopp&Woods的亲水性方案及PHDacc可及性方案预测DAF的亲水性和可及性 ,结合DAF的二级结构特征 ,分析预测DAF的B细胞表位。结果 :PHDsec方案对SCR的预测准确率明显高于Chou&Fasman方案 ,DAF的SCR1 4中无α螺旋 ,仅包含 β折叠及袢 ;推测最可能的抗原表位位于Pro73 Val79、Arg130 Leu139及Glu15 6 Cys16 3;SCR1、SCR2与SCR3、SCR4在亲水性及二级结构分布方面具有较大差异。结论

蓝舌病病毒VP7蛋白的B细胞表位预测

根据前期试验中测得的蓝舌病病毒VP7蛋白的基因序列和推导的氨基酸序列，利用DNAStar软件和Biosun软件进行生物信息学预测，以单参数（亲水性、可及性、柔韧性、抗原性）预测为基础，结合二级结构预测来综合分析蓝舌病病毒VP7蛋白的B细胞表位。比较两种软件的预测结果发现，在蓝舌病病毒VP7蛋白的381个氨基酸序列中，第81～85、198～202、235～239、253～257区域有较好的亲水性、表面可及性和较高的抗原指数，并且在二级结构上含有易形成抗原袁位的转角和无规则卷曲，最有可能为蓝舌病病毒VP7蛋白的B细胞线性优势表位。上述预测和判定结果表明，在蓝舌病病毒VP7蛋白序列中存在优势B细胞线型表位，为进一步合成多肽并分析已获得的VP7蛋白单抗的结合表位奠定了基础。

Pre-S2蛋白抗原表位及二级结构的预测与比较

本文采用Chou和Fasman方法预测adw,adr,ayw三种亚型的乙肝病毒Pre-S2蛋白的二级结构,并用双亲性方案和亲水性方案分析了抗原表位。结果显示三者均可能含有较多的β-片层和β-转折;N-末端30个残基所形成的二级结构较保守,而C-末端顺序的构象在亚型间差别较大;Th细胞识别的表位可能在39—49肽段,B细胞识别的表位可能主要在13—18残基或其附近,为分子免疫学的深入研究提供了线索。

牦牛多杀性巴氏杆菌外膜蛋白OmpH的扩增与生物信息学分析

旨在扩增牦牛多杀性巴氏杆菌外膜蛋白OmpH的编码基因,并预测OmpH蛋白二级结构和B细胞抗原表位,从而探讨牦牛多杀性巴氏杆菌外膜蛋白OmpH在免疫保护中所起的作用。对牦牛多杀性巴氏杆菌的外膜蛋白OmpH基因进行PCR扩增及序列测定。应用生物信息学相关软件和方法,对牦牛多杀性巴氏杆菌OmpH蛋白的二级结构和B细胞抗原表位进行预测。牦牛多杀性巴氏杆菌OmpH基因全长1 478 bp,ORF包含1 002 bp编码333个氨基酸。二级结构以无规卷曲为主,有少量的α-螺旋和延伸带;推测OmpH蛋白有1个细胞黏附位点、2个糖基化位点。

沙眼衣原体多形态膜蛋白D基因序列分析及其B细胞抗原表位预测

分析沙眼衣原体多形态膜蛋白D（PmpD）的基因序列并预测PmpD蛋白的B细胞抗原表位。在GenBank中检索沙眼衣原体不同血清型的PmpD基因序列，进行序列比对分析。以L2血清型PmpD基因序列为材料，采用Karplus-Schulz、Chou-Faaman和Gamier-Robson方案预测蛋白质的二级结构和柔性区；按Jamesonv-wolf方案预测抗原指数，运用Kyte-Doolittle方案预测PmpD氨基酸的亲水性，利用Emini方案预测蛋白质的表面可及性。检索到20个沙眼衣原体不同菌株的PmpD基因序列，分析发现其核苷酸序列非常保守，一致性高达99．14％-100％；对预测结果综合分析，推测最有可能的B细胞表位位于PmpDN端的67-74、132-140、335-340、851-861、972-988及1091-1097。多参数方案综合预测PmpD蛋白的B细胞抗原表位，为进一步实验鉴定PmpD抗原表位及其多表位疫苗设计和研究奠定基础。

人类表皮生长因子受体2的B细胞表位初步预测分析

目的预测人类表皮生长因子受体2(HER2/neu)的B细胞表位,为肿瘤免疫治疗提供理论基础。方法以生物信息学软件综合预测筛选HER2/neu可能B细胞表位,以吴氏平均抗原性指数为标准,确定目的表位。结果HER2/neu为一跨膜蛋白,其二级结构中以无规则卷曲的区域出现较多。其N端第497～504,939～943,1 106～1 116,1 140～1 158,1 166～1 175,1 225～1 234,1 240～1 246区段,可能为HER2/neu的优势B细胞表位。结论应用多参数预测HER2/neu的B细胞表位,可进一步为HER2/neu相关肿瘤治疗性表位疫苗分子设计和研究提供理论依据。

人卵透明带3蛋白的二级结构和B细胞抗原表位预测

目的：预测并综合分析人卵透明带3（human zona pellucida 3,hZP3）蛋白的二级结构及其B细胞抗原表位。方法：以hZP3蛋白的基因序列为材料,采用Garnier-Robson法、Chou-Fasman法和Karplus-Schulz法预测其结构蛋白的二级结构及蛋白骨架区的柔韧性,采用Kyte-Doolittle法对蛋白的亲水性进行分析,Emini法预测蛋白的表面可能性,Jameson-Wolf法预测蛋白的抗原指数。结果：hZP3蛋白含有较多的β折叠和转角结构。该蛋白第27～31、36～46、114～133、140～151、237～240和324～329区段可能是α-螺旋中心;hZP3蛋白分子第52～54、60～67、74～78、100～111、158～169、181～185、190～193、210～218、226～229、311～317、335～349和353～360区段可能是β-折叠中心。hZP3蛋白具有多处抗原指数较高的区段,其中近中部区段和近羧基端的第92～95、132～137、171～178、239～245、252～255、279～286、292～305和319～324区段含有潜在的B细胞优势抗原表位。结论：以蛋白质的二级结构预测作为辅助手段,用抗原指数、亲水性参数和表面可能性参数预测hZP3蛋白的B细胞抗原表位,为实验确定hZP3蛋白的B细胞抗原表位并以此进行免疫避孕研究奠定基础。

生物信息学对扩展莫尼茨绦虫cDNA文库Cavβ基因分析与B细胞抗原表位预测

【目的】分离和鉴定扩展莫尼茨绦虫(Moniezia expansa)电压门控钙通道β亚基(Cavβ)基因,预测蛋白二级结构和B细胞抗原表位,从而探讨Cavβ在寄生虫病治疗中所起的作用。【方法】构建扩展莫尼茨绦虫成虫cDNA文库,随机挑取重组阳性克隆进行测序,对部分序列进行引物步移法测序,获取全长cDNA序列;采用生物信息学方法对其对应的蛋白进行二级结构和B细胞抗原表位的预测。【结果】获得扩展莫尼茨绦虫Cavβ基因,全长946 bp,编码180个氨基酸,理论分子质量为19.788 8 kD,等电点为5.06,属于Cachannel B超家族。二级结构以无规则卷曲为主,结构预测存在4个可能的B细胞抗原表位。【结论】研究对于扩展莫尼茨绦虫Cavβ基因的获得和B细胞抗原表位的预测,为该基因功能的试验性鉴定工作奠定了基础。

人白细胞介素-33蛋白的二级结构及B细胞抗原表位预测

目的：预测人白细胞介素（IL）-33的二级结构和B细胞抗原表位。方法：以单参数（亲水性、可及性、柔韧性及抗原性）预测为基础，通过二级结构预测初步筛选，并以ABCpred方案作为最终验证，预测人IL-33蛋白的二级结构和B细胞表位。结果：人IL-33蛋白的N端1—19、59-75、108～117和204～210区段为预测的B细胞表位。结论：该预测结果将有助于确定人IL-33的B细胞表位及其生物学活性部位。

猪型布鲁氏菌Omp31基因的抗原表位预测与分析

布鲁氏菌的外膜蛋白在维持细胞结构方面发挥着重要作用,其中,有些外膜蛋白与细菌本身的毒性相关,成为了重要的抗原决定簇相关分子。Omp31分子就是猪型布鲁氏菌的一个重要的抗原表位分子,在研制亚单位疫苗方面有重要作用。本论文以猪型布鲁氏菌Omp31基因作为研究对象,利用DNAStar生物学软件对Omp31分子的立体结构、分子的表面可能性、亲水性、蛋白骨架区的柔韧性、分子的抗原指数进行了详细分析。结果显示:猪型布鲁氏菌Omp31分子一级结构的氨基酸序列中存在4段可能的抗原表位区段,其中,51～80氨基酸残基组成的区段和193～228氨基酸残基组成的区段的抗原指数较高,成为抗原决定簇的可能性很大。

人巨细胞病毒融合蛋白pp150/MDBP二级结构及其抗原表位预测

用Garnier-Robson和Chou-Fasman方案预测人巨细胞病毒融合蛋白pp150/MDBP的α-螺旋、β-折叠及转角的二级结构,用Kyte-Doolittle及Hopp-Woods亲水性方案预测其B细胞表位。研究结果表明,pp150/MDBP融合蛋白可能含有较少的α-螺旋,但可能含有较多的β-折叠及转角;B细胞识别的表位可能在7-56氨基酸残基或附近以及137-192残基或附近。

禽波氏杆菌HagA蛋白基因的序列分析及抗原表位预测

试验旨在对禽波氏杆菌的血凝素HagA蛋白的二级结构与B细胞抗原优势表位进行预测,探讨以血凝素HagA蛋白制作单克隆抗体的可能性。首先对禽波氏杆菌的血凝素hagA基因进行了PCR扩增以及序列测定,利用生物信息学的相关软件与分析方法,对血凝素HagA蛋白的二级结构以及B细胞抗原表位进行分析预测。经综合分析表明,禽波氏杆菌的HagA蛋白氨基酸序列中存在7个B细胞优势抗原表位区域,6个可能的糖基化位点。研究结果为进一步分析禽波氏杆菌HagA蛋白的生物学功能、制备单抗和研制疫苗等奠定了基础。

鹅多杀性巴氏杆菌OmpH的扩增与生物信息学分析

为扩增鹅多杀性巴氏杆菌OmpH基因,预测OmpH蛋白二级结构和B细胞抗原表位,通过PCR扩增测序及生物信息学分析技术对该基因序列进行开放阅读框(ORF)的寻找、编码氨基酸的推导及蛋白质二级结构的初步预测等,探讨了鹅多杀性巴氏杆菌OmpH基因在免疫保护中的作用。结果表明:鹅多杀性巴氏杆菌OmpH基因全长1537bp,ORF包含1056bp编码351个氨基酸;二级结构以无规则卷曲为主,有少量的α-螺旋和延伸带;推测OmpH蛋白有1个细胞黏附位点、3个糖基化位点。该研究为分析鹅多杀性巴氏杆菌外膜蛋白理化特性、制备单克隆抗体和设计表位疫苗等奠定了理论基础。

结核分枝杆菌Rv3134c蛋白抗原表位的预测

目的预测结核分枝杆菌Rv3134c的抗原表位,了解其免疫学特性。方法利用DNAStar软件包中Protean软件对Rv3134c氨基酸序列进行分析,采用包括二级结构、亲水性、抗原性、表面可能性、柔韧性等多参数预测其二级结构及T细胞和B细胞抗原表位,最后BLAST分析其与人类抗原表位的同源性。结果 Rv3134c蛋白具有丰富的二级结构和多处抗原指数较高的区段,含有较多潜在的B细胞抗原表位,可能位于1-7、30-37、65-81、89-100、111-120、138-148、184-195、209-216、233-238位氨基酸残基或其附近,这些区域基本上含有β转角结构,亲水性、表面可能性和柔韧性指数都较高。该蛋白潜在的T细胞抗原表位较少,可能位于62-76、89-97、185-195、203-213、219-231、248-255位氨基酸残基或其附近。BLAST分析结果显示,其与人类抗原表位的同源性很低。结论结核分枝杆菌Rv3134c是一个即含有较多B细胞抗原表位又含有较多T细胞抗原表位的蛋白抗原,实验结果为该蛋白抗原表位的进一步研究与合成肽疫苗奠定了基础。