大豆油中转基因成分的Nested PCR和Semi-nested PCR检测方法研究

对大豆油中DNA提取方法进行了研究,结果表明CTAB、SDS和Wizard试剂盒提取大豆油DNA均具有良好的效果。利用nested PCR和semi-nested PCR检测大豆(Roundup Ready)油中的转基因成分发现,该方法能够检测到大豆原油中的Lectin基因(112bp)、CaMV35S基因(147bP)和CP4-EPSPS基因(205bp),检测灵敏度达到10-6ng/μl;但该方法未能从人豆成品油(一级)中扩增到上述基因,当中的转基因成分DNA含量低于10-12ng/μl。

分子改造羰基还原酶CpCR提高其催化合成2-苯乙醇能力

该研究对近平滑假丝酵母ATCC 7330羰基还原酶CpCR进行分子改造,以提高其催化合成2-苯乙醇的能力。通过易错PCR构建突变文库,利用2,4-二硝基苯肼高通量筛选阳性突变株,测序确定氨基酸突变位点。再通过蛋白质半理性设计进行虚拟饱和突变,采用定点突变技术进行构建和评价。筛选获得突变体T171F具有更强的催化能力和热稳定性。进一步考察了催化时间、温度、pH值和底物浓度对wtCpCR和T171F催化合成2-苯乙醇的影响。研究表明,酶最适催化合成2-苯乙醇的温度为30℃;T171F最适催化合成2-苯乙醇的pH为6.5;苯乙醛的质量浓度为1000 mg/L时T171F产率可达91.24%,是wtCpCR的2.8倍。此外,突变体T171F相比wtCpCR催化时间由10 h降低到4 h,催化效率得到很大的提高。该研究为羰基还原酶催化合成2-苯乙醇提供科学基础,同时具有一定的应用价值。

荧光定量PCR方法检测头孢类产品中的残留DNA

目的荧光实时定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR,RTFQ-PCR)检测头孢类产品中残留DNA方法开发、验证及应用。方法采用柱式游离DNA抽提试剂盒(离心柱法)提取供试品中残留DNA;将已知浓度的产黄枝顶孢霉基因组DNA标准溶液系列稀释后,根据DNA标准溶液的循环阈值与浓度之间的线性关系,对5种头孢类产品中的残留DNA进行定量分析;对方法进行专属性、线性和范围、准确度、精密度验证,并使用该方法对5种头孢类产品进行残留DNA检测。结果DNA标准溶液的线性范围为10 fg/μL~1 ng/μL、相关系数R^(2)>0.99、扩增效率为90%~110%、LOD相当于83 pg/g,质控样品回收率为50%~150%,供试品相对标准偏差(RSD)均小于30%,方法学验证的各项参数均符合规定。结论离心柱法结合qPCR探针法能够简便、快速、准确地对5种头孢类抗生素中的残留DNA进行定量测定,方法的专属性、线性、准确度、精密度等各项指标均可达到方法验证的要求,适用于头孢类产品中残留DNA的检测,对其他发酵或半合成抗生素的质量控制具有借鉴意义。

应用半巢式PCR检测我国北方一些蜱种中的查菲埃立克体

目的 :了解我国北方一些蜱种中是否携带查菲埃立克体 (Ehrlichiachaffeensis,简写为EC)。方法 :应用半巢式PCR检测蜱的带菌率 ,利用 16SrRNA基因测序方法鉴定所测序列。结果 :从内蒙古莫尔道嘎林业局采集的全沟硬蜱和森林革蜱中扩增出查菲埃立克体的 16SrRNA基因 ,阳性率分别是 39.0 6 %和 10 .0 0 % ;并从新疆精河采集的全沟硬蜱和草原革蜱中也测到相同的序列 ,最小阳性率分别为 5.79%和 1.6 7%。对莫尔道嘎采集的蜱标本进行 12 2 0bp的EC16SrRNA基因分析 ,结果与美国 1株查菲埃立克体 (GenBankU2 350 3)的相应序列只差 1个碱基。结论 :所使用的两套半巢式PCR扩增引物 。

痕量及微量转基因大米成分半巢式PCR检测方法的建立

采用半巢式PCR技术建立了食品中痕量及微量转基因大米成分的检测方法。根据大米内源SPS基因以及转基因大米Bt63含有的外源Cry1A(b)/Cry1A(c)融合基因和Btc基因,分别设计了6对普通与半巢式PCR引物。扩增结果显示,针对理论DNA浓度的检测灵敏度,普通PCR扩增灵敏度为1ng/μl左右,半巢式PCR扩增灵敏度达到10-3～10-4ng/μl,半巢式PCR比普通PCR方法提高了103～104倍;在质量百分比的检测灵敏度方面,普通PCR方法扩增灵敏度在0.1%～1%之间,半巢式PCR方法的检测灵敏度能够达到0.001%～0.01%,半巢式PCR比普通PCR方法要提高10倍以上。在实际样品的检测中,速冻汤圆、婴儿米粉及芝士小圆饼等食品经普通PCR扩增,其内源SPS基因条带模糊或未扩增到,进一步采用半巢式PCR扩增后,能够得到清晰明亮的特异性条带。所有样品均未扩增到外源Cry1A(b)/Cry1A(c)和Btc基因。

荧光定量PCR与半定量PCR检测HBVDNA的对比分析

目的对照分析荧光定量PCR与半定量PCR检测血清HBVDNA的载量,为临床基因检测实验室提供方法学选择依据。方法取164份临床检测标本各用荧光定量PCR与半定量PCR检测,结果作统计学分析。结果两种检测方法的灵敏度和特异度没有显著差异(χ2=1.75,P>0.05)。结论临床基因检测实验室可用半定量PCR法替代荧光定量PCR法检测血清HBVDNA的载量。

用半套式PCR检测蜱和啮齿动物中查菲埃立克体

目的 了解福建西北部林区查菲埃立克体 (Ehrlichiachaffeensis)的存在情况。方法 用 16SrRNA基因特异引物进行半套式PCR ,检测从福建武夷山和宁化采集的蜱类及野生动物中的查菲埃立克体DNA ,然后对有代表性的标本的扩增产物进行克隆和序列测定 ,并与GenBank中注册的核苷酸序列进行同源性比较。结果 从该地区的越原血蜱 ,野鼠(褐家鼠、黄毛鼠、黄胸鼠、社鼠、小家鼠 )和野兔的脾脏和 /或血块中均扩增出了查菲埃立克体的特异片段。越原血蜱成蜱 2 40组 (6 16只 ) ,31组阳性 ,最小阳性率 5 0 %。野鼠脾脏标本 39份 ,2 2份阳性。野鼠和野兔血块标本共 35份 ,14份阳性。 390bp的PCR产物经克隆、测序后分析发现其DNA序列与美国查菲埃立克体分离株对应位置一致。结论 福建西北部林区可能存在人单核细胞埃立克体病的自然疫源地。

用半定量RT-PCR方法分析小麦TaMlo-A1c基因的表达

以小麦稳定表达的肌动蛋白基因(Actin)作为对照,利用半定量反转录聚合酶链式反应(Semi-QRT-PCR)技术,对与抗白粉病有关的小麦(TriticumaestivumL.)TaMlo-A1c基因的表达进行了研究。结果发现:TaMlo-A1c基因在小麦的叶、茎、根中均表达,穗中不表达,在白粉菌(Blumeriagraminis(DC.)E.O.Speerf.sp.triticiEm.Marchal,Bgt)诱导不同时间后小麦叶片中的表达稍微有所增强。研究表明,用半定量RT-PCR技术研究小麦基因表达,具有特异性高、操作简便和可靠性强的优点。

草莓斑驳病毒分子变异及PCR检测技术研究

【目的】明确草莓斑驳病毒(Strawberry mottle virus,SMoV)的分子变异特点;探索利用嵌套PCR和转录增强技术检测SMoV的方法。【方法】利用RT-PCR扩增SMoV3′非编码区(non-coding region,NCR)和大外壳蛋白(large coat protein,LCP)基因特异片段,并对扩增产物进行克隆测序。利用生物信息学软件分析不同地区分离物变异特点及系统发育关系。参考测序结果,在SMoV基因组保守区设计引物,利用嵌套PCR和转录增强技术检测SMoV。【结果】获得了SMoV中国分离物的NCR区和部分LCP基因核酸序列,不同分离物部分LCP基因核酸序列同源性为76.8%～99.7%。系统进化分析显示不同分离物呈现轻微的地理相关性。3个波兰分离物,4个中国分离物中的3个,7个荷兰分离物中的4个分别聚集成一簇;2个德国分离物与其它分离物亲缘关系较远,形成一个独立的分支。建立了利用半嵌套PCR和转录增强技术检测SMoV的技术体系,灵敏度高于常规PCR。【结论】SMoV不同分离物变异复杂,德国分离物可能是一个代表特殊株系的群体;基于定位基因组保守区引物,利用嵌套PCR和转录增强技术可有效检测SMoV。

半套式PCR检测军团菌方法的建立及应用

目的 建立检测军团菌的分子生物学方法。方法 采用常规PCR对军团菌属 16SrRNA编码区域和嗜肺军团菌巨噬细胞感染增强子 (mip)基因编码区域进行扩增 ,同时采用半套式PCR对常规PCR的扩增结果进行确证。结果 采用常规PCR对军团菌属 16SrRNA编码区域进行扩增 ,5种军团菌 (包括 3种嗜肺军团菌 )扩增产物均可见6 5 4bp的特异性扩增带 ,非军团菌菌株PCR结果为阴性 ,采用半套式PCR对常规PCR扩增产物进行验证 ,扩增产物均可见 4 30bp扩增带 ;同时采用常规PCR对嗜肺军团菌mip基因编码区域进行扩增 ,3种嗜肺军团菌扩增产物均可见6 4 9bp扩增带 ,非嗜肺军团菌菌株均为阴性 ,采用半套式PCR对常规PCR扩增产物进行验证 ,3种嗜肺军团菌扩增产物均可见 399bp扩增带。敏感性为 10CFU/ml。并且应用此方法成功检测环境水样中分离的疑似军团菌菌株。结论 半套式PCR经济、简便、快速、敏感、特异 ,为军团菌的早期检测、环境监测。

刺五加皂苷合成关键酶基因表达的半定量RT-PCR分析

根据已克隆的刺五加鲨烯合酶(squalene synthase,SS)、鲨烯环氧酶(squalene epoxidase,SE)和β-香树酯醇合成酶(β-amyrin synthase,bAS)基因序列信息设计引物,通过半定量RT-PCR分析了SS、SE和bAS基因在刺五加不同生长发育时期和不同器官中表达量的变化。结果表明,SS、SE和bAS基因在各生长发育时期和各器官中均有表达,但表达量差异显著(P<0.05),三者均在盛花期表达量最高,之后降低,进入果实成熟期后SS和bAS的表达量迅速回升,SE无显著变化。SS和bAS在叶片和根中的表达量较高,SE表达量的最大值出现在叶片和幼茎中。刺五加SS、SE和bAS基因的表达间存在显著的正相关关系(P<0.05)。研究结果为进一步分析关键酶基因对刺五加三萜皂苷生物合成的影响奠定了基础。

利用半定量PCR方法分析中国地方猪种内源病毒序列拷贝数的多态性

研究采用PCR方法检测了我国地方猪种内源病毒的拷贝数 ,希望能够找到拷贝数低或无内源病毒的个体或品种 ,培育一个适用于异种器官移植的品种或品系。共检测了 1 1个品种、2 60个个体 ,贵州猪、五指山猪、巴马猪的内源病毒拷贝数相对较低 ,分别为 34 61± 1 9 0 9、2 9 1 9± 1 3 47和 2 7 1 1± 1 4 46 ,膜蛋白A拷贝数分别为 9 33±6 40、1 0 0 4± 6 51和 1 0 56± 5 39,膜蛋白B拷贝数分别为 2 2 1 7± 9 2 0、2 1 0 0± 1 2 53和 2 1 86± 7 2 0。其他如二花脸猪、梅山猪、沂蒙黑猪、蓝塘猪等基因拷贝数相对较高 ;近交有造成内源病毒基因的拷贝数下降的倾向 ;另外民猪和香猪中分别有一头个体含有内源病毒 2个拷贝、膜蛋白A两个拷贝、膜蛋白B一个拷贝。中国地方猪种中内源病毒的拷贝数间差异较大 ,如进行大规模检测 。

用半定量RT-PCR法分析基因表达水平的影响因素

半定量逆转录聚合酶链式反应(Semi-QRT-PCR)以其灵敏、简捷及特异性高等优点已逐渐成为分析基因表达水平的一种有效手段。着重对用半定量RT-PCR法分析基因表达水平的相关影响因素进行了综合论述,并讨论了半定量RT-PCR法在基因表达研究方面的应用潜力。

半套式PCR和DNA探针技术检测Q热立克次体

目的 建立半套式PCR和DNA探针技术由于检测Q热立克次体。方法 依据已知的Q热立克次体的 16S和 2 3SrRNA基因及其间区的序列 ,设计 3条引物 ,建立了扩增 16S 2 3SrRNA基因间区的半套式PCR方法 ,并将扩增片段制成探针 ,建立了斑点杂交技术。结果 10株Q热立克次体分离株均可扩增出 5 72bp的PCR条带 ,而对照菌都为阴性 ,此半套式PCR方法的灵敏度高达 1pg ;用九里株扩增片段标记后制成的探针 ,与 10个Q热立克次体分离株的全DNA呈阳性杂交 ,对照菌为阴性 ,此杂交方法的灵敏度为 0 .5ng。结论 基于Q热立克次体 16S 2 3SrRNA基因间区的半套式PCR和DNA探针技术具有较好的特异性和灵敏度 ,可联合应用于Q热的病原学诊断。

猪附红细胞体半巢式PCR诊断方法的建立

目的为能够更加准确、敏感的检测出猪附红细胞体(Mycoplasma suis,M.suis),本试验建立一种新的诊断方法—半巢式聚合酶链反应(hemi-nested Polymerase Chain Reaction,hemi-nested PCR)。方法利用Oligo 6.0和Primer 5.0软件设计筛选出合适的PCR引物,经酶切分析和半巢式PCR进一步鉴定后进行序列测定。同时与普通PCR诊断方法进行比较。结果测得的猪附红细胞体基因序列与GenBank中发表的猪附红细胞体基因序列(AJ504999)同源性为100%。特异性试验结果表明本实验设计的PCR引物不能从弓形虫、链球菌、大肠杆菌、猪肺炎支原体和猪伪狂犬病病毒的基因组DNA中扩增出条带。通过敏感性试验,半巢式PCR诊断方法最低能够检测出0.12fg的标准模板DNA。通过与普通PCR比较,证明本试验建立的半巢式PCR更具敏感性和实用性。结论本试验建立的半巢式PCR诊断方法具有特异、敏感、实用等特点,为猪附红细胞体的检测提供了一种可靠的诊断方法。

聚丙烯酰胺凝胶银染技术在半定量RT-PCR中的应用

目的 :探讨聚丙烯酰胺凝胶银染技术在半定量RT PCR中的应用。方法 :提取正常组大鼠和链脲佐菌素致糖尿病模型组大鼠心肌组织总RNA ,逆转录得到cDNA第一链 ,以此为模板进行PCR扩增 ,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳和DNA银染技术分析不同循环数及模板量与PCR产物量间的关系。结果 :PCR扩增反应在第 2 0～ 2 5个循环 ,起始模板量为 0 8～ 2 4 μg时 ,PCR产物量与起始模板量呈现较好的线性关系。 结论 :通过控制起始模板量 ,减少PCR循环数使目的基因的扩增处于PCR扩增指数期 ,利用聚丙烯酰胺凝胶电泳和DNA银染技术 。

应用单管半巢式PCR技术筛查转基因食品

建立转基因作物中常见的两种外源调控元件的单管半巢式聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)检测方法,为转基因食品的筛选检测提供一种快速、精确的方法。针对6种转基因作物中Ca MV35S启动子和NOS终止子的一致性核苷酸序列,分别设计巢式PCR的内、外引物,在测试不同引物组合的扩增效率基础上,建立Ca MV35S启动子和NOS终止子的单管半巢式PCR方法。结果表明,上述方法对两种转基因成分具有良好的特异性,检测灵敏度分别为0.01%和0.05%,显著优于常规PCR方法。该方法具有便捷、准确、灵敏等特点,适合筛查食品中的转基因成分。

小麦硫转运蛋白基因半定量RT-PCR检测方法的建立

为进一步研究干旱胁迫下小麦硫转运蛋白基因(ST)的表达,选用小麦-αT ubu lin基因(T a)为内参照,提取小麦根系总RNA,反转录cDNA,同批异管对2个基因片段进行PCR扩增.通过对PCR体系中M g2+浓度、退火温度及循环次数的优化和对体系重复性、准确性的分析,最终建立了一个稳定、方便的半定量RT-PCR体系.该体系可用于比较不同小麦样品间硫转运蛋白基因的表达,且因为两对引物均垮内含子,其稳定RT-PCR体系,也为实验室建立小麦mRNA反转录体系提供了参考依据.

半巢式RT-PCR检测进口大豆中菜豆荚斑驳病毒的研究

菜豆荚斑驳病毒（Bean pod mottle virus，BPMV）在美国东部和南部的大豆产区广泛分布。该病毒能够造成3％～52％的产量损失并使大豆品质降低，目前我国未见其分布。针对进口大豆种子的植物病毒检测，本文建立了半巢式RTPCR技术检测BPMV的方法。该方法采用Trizol快速提取大豆种子病毒总RNA，并根据BPMV的外壳蛋白编码基因设计特异性引物，经第一轮RT—PCR和第二轮半巢式PCR扩增．分别得到275bp和196bp大小的特异性基因片段。半巢式RT—PCR扩增产物的测序表明，该产物序列与BPMV的外壳蛋白编码基因存在91％～95％的高度同源性。检测灵敏度比较研究显示，DAS—ELISA与RT—PCR的检测灵敏度相近，半巢式RT—PCR的检测灵敏度比这2种方法高出10^3倍以上。

单管半套式RT-PCR法检测贝类中轮状病毒的研究

轮状病毒(Rotavirus)是一种以贝类为载体的重要食源性病毒,目前来说,RT_PCR是贝类中轮状病毒最有效的检测方法,但通常由于病毒含量较低以及贝类中存在大量的PCR抑制物,致使将其运用于实际样本的检测时灵敏度仍较低。在实验室模拟自然环境,以人工播毒的方式使贝类富集轮状病毒,运用单管半套式RT_PCR法进行检测,并将单管半套式RT_PCR与ELISA、RT_PCR的检测灵敏度做了比较,表明单管半套式RT_PCR比ELISA的灵敏度高10 0 0倍,是传统RT_PCR的10倍,有时甚至10 0倍。另外,单管半套式RT_PCR法降低了实验过程中的内源性和外源性污染,使检测所需时间从6h缩短至4 5h ,大大改进和完善了食源性病毒检测方法。并同时以整只贝和仅以贝的消化道为样检测表明,以消化道为样时的病毒检出率和检测灵敏度较高。