PCR-SBT法检测北京地区人群HLA-DRB1遗传多态性

目的调查北京地区人群HLA-DRB1基因座多态性,并探讨HLA的聚合酶链反应-直接测序分型(PCR-SBT)在法医物证学中的应用价值。方法应用PCR-SBT分型方法对北京地区人群中494名健康无关个体进行HLA-DRB1基因座高分辨分型。结果检出233种HLA-DRB1基因型、102种DRB1等位基因型,基因型的分布符合Hardy-Weinberg平衡定律,该位点的观察杂合度(Ho)为0.9210,期望杂合度(He)为0.9342,多态信息量(PIC)为0.9333,匹配概率(Pm)为0.0104,个体识别率(DP)为0.9896,非父排除率(PPE)为0.7776。结论使用PCR-SBT对HLA进行精确分型在法医学领域具有重要的应用价值。

嗜肺军团菌SBT、PFGE、AFLP分子分型方法的比较

比较SBT、PFGE、AFLP三种分子分型方法在嗜肺军团菌分型研究中的分辨力,探讨SBT方法在嗜肺军团菌分型中的可应用性。收集石家庄市6所医院冷却塔水中分离的32株嗜肺军团菌,对其中的24株血清I型嗜肺军团菌进行SBT分型研究,并与PFGE和AFLP分型结果进行了比较。24株LP1型嗜肺军团菌共分为4个ST型,分辨系数为0.239 1。PFGE方法将32株菌株共分为15个PFGE型,分辨系数为0.925 4。AFLP方法将32株菌株分为23个AFLP型,分辨系数为0.973 7。通过比对EWGLI网站SBT数据库,ST1021型和ST345型为本地区独特型别且属于同一克隆系;ST1型为优势型别并在我国长期流行;由于缺失neuA而未分型的嗜肺军团菌株与其他23株菌分属于不同的克隆系。SBT方法的分型能力不及PFGE方法和AFLP方法。但SBT分型方法能够通过全球比对数据库得到更多的关于菌株遗传进化和流行分布的资料,在研究菌株分子流行病学及进化方面优于PFGE和AFLP方法。

PCR-SBT 与 IMS-ELISA 法在强直性脊柱炎患者 HLA-B27检测中的比较

目的：比较聚合酶链反应-直接测序法（polymerase chain reaction sequence-based typing，PCR-SBT）和磁珠酶联免疫法（immunomagnetic separation and enzyme-linked immunosorbent assay，IMS-ELISA）检测人类白细胞抗原 B27（human leukocyte antigen B27，HLA-B27）在强直性脊柱炎（ankylosing spondylitis，AS）临床诊断中的价值。方法应用 PCR-SBT法和 IMS-ELISA 法对120例疑似 AS 患者外周血进行 HLA-B27检测。以 SPSS17.0软件的配对χ^2检验和受试者工作特征曲线下面积对两种方法检测 HLA-B27在 AS 诊断中的价值进行评价。结果120例疑似 AS 患者中，PCR-SBT 和 IMS-ELISA 法 HLA-B27检测阳性率分别为45.83％（55／120）和37.50％（45／120）。两种方法检测 HLA-B27差异有统计学意义（χ2＝59.455，P ＝0.000）。PCR-SBT 法敏感度和特异度分别为96.36％和96.92％；IMS-ELISA 法的敏感度和特异度分别为69.09％和89.23％。两者的 AUC 分别为0.966和0.792。结论与 IMS-ELISA 法相比，在 AS 的临床诊断中PCR-SBT 法检测 HLA-B27的敏感度和特异度更高，方法更优。

Flow-rSSO及PCR-SBT方法检测KIR基因有无的对比研究

目的研究流式磁珠序列特异性寡核苷酸探针(Flow-rSSO)杂交及测序分型(PCR-SBT)方法鉴定KIR基因有无的一致性。方法对131例汉族人群的DNA标本采用Flow-rSSO方法鉴定全部16种KIR基因的有无,并采用本实验室建立的PCR-SBT方法对14种功能性KIR基因进行高分辨水平基因检测;分析Flow-rSSO及PCR-SBT两种方法鉴定14种功能性KIR基因有无的一致性。对初检结果不一致的标本,采用同一厂家、不同批号的Flow-rSSO试剂盒进行复检,并采用序列特异性引物-PCR(PCR-SSP)方法进行检测。结果131例标本中有129例完全一致,2例不一致,占1.5%(2/131)。不一致的两例标本,1例标本3DL1基因、另1例标本2DS3及2DS5基因,其Flow-rSSO初检结果均为阴性,而PCR-SBT结果均为阳性。更换新的批号Flow-rSSO试剂盒复检,两例标本的结果均为阳性;采用PCR-SSP方法检测的结果亦为阳性。结论经Flow-rSSO试剂盒检测KIR基因有无,出现2例标本初检结果错误,提示检测KIR基因有无时,试剂的质控工作至关重要。

应用Q-PCR定性检测KIR基因有无方法的建立

目的建立定性检测KIR基因有无的Q-PCR方法。方法根据高分辨水平中国人群KIR等位基因的多态性,并参考国际IPD-KIR数据库,针对16种KIR基因及2DS4-Normal、2DS4-Deleted两种亚型,设计KIR基因特异性引物用于Q-PCR扩增反应;同时设置一孔阴性对照、一孔阳性对照(特异性扩增人体生长激素HGH基因片段),以监控假阳性、假阴性的结果。为验证Q-PCR方法的可靠性,随机选择302份已采用KIR PCR-SSP商品化试剂盒检测的标本,采用Q-PCR方法盲检和对比。结果300人份的Q-PCR检测结果与已知的PCR-SSP检测结果相符,有2份标本结果不一致,其中1例标本的2DS5基因Q-PCR检测结果为阴性,而PCR-SSP检测结果为阳性;另一例标本2DS1基因Q-PCR检测结果为阳性,而PCR-SSP检测结果为阴性。对2份标本分别进行2DS5、2DS1基因测序分型,证实Q-PCR定性检测结果正确。结论本文建立的KIR Q-PCR方法结果准确、可靠,可用于KIR基因有无的定性检测。

云南澜沧拉祜族HLA-DRB1基因多态性研究

采用我们改进的高分辨率基于内含子的PCR -SBT分型方法 ,首次检测云南拉祜族HLA DRB1基因多态性。在 5 5例拉祜族个体中共检出 16种HLA DRB1等位基因 ,最常见的DRB1等位基因是HLA DRB1 12 0 2 1、0 90 12、15 0 11,基因频率分别为 30 .90 9%、15 .45 5 %、13.6 36 % ,共占拉祜族可检出等位基因的 6 0 % ,其中DRB1 0 413、110 81、1312、1418、15 0 4首次在我国人群中检出 ,并且在世界各地人群中也比较罕见。对拉祜族和世界各地人群的HLA DRB1频率进行了比较 ,分析了HLA DRB1等位基因在各人种中的分布特点 ,并用Neighbor -join ing法进行了聚类分析。比较分析的结果显示拉祜族明显属于中国南方族群 ,未显示出其族源来自北方的痕迹。对此遗传数据和民族学、历史学研究的矛盾 。

辽宁地区汉族人群HLA-DRB1位点的测序分型研究

[目的 ]调查辽宁地区人群人类白细胞抗原 (humanleukocyteantigen ,HLA)DRB1位点等位基因多态性 ,获得完整准确的遗传学数据。 [方法 ]应用聚合酶链反应 -直接测序方法 (PCR -SBT)对 1 0 8名健康个体进行HLA -DRB1基因型检测。 [结果 ]检出DRB1等位基因亚型 33个 ,其中等位基因DRB1 0 70 1 1 , 1 5 0 1 1 , 0 90 1 2 , 1 1 0 1 1 , 1 2 0 2 1的频率较高。 [结论 ]提供了辽宁汉族人群HLA -DRB1位点等位基因频率 ,证实了PCR

云南纳西族HLA-DRB1基因多态性研究及其族源分析

首次在国内采用本室改进的高分辨率的基于内含子的PCR -SBT分型方法 ,检测云南纳西族HLA -DRB1基因多态性。在 60例纳西族个体中共检出 37种HLA -DRB1等位基因 ,其显著特点是等位基因的类型检出较多 ,频率分布比较平均 ,除 1 2 0 2 1 ( 1 7 5 0 % )外其他的等位基因频率均低于 8% ,其他较常见的等位基因 ( >5 % )还有 1 40 4 ( 7 5 0 % ) ,1 5 0 4 ( 5 83% ) ,0 4 0 5 1 ( 5 83% ) ,0 80 32 ( 5 83% ) ,0 90 1 2 ( 5 % ) ,0 30 1 1 ( 5 % )。这几种中频等位基因共占可检出等位基因的 35 % ,与 1 2 0 2 1一起共占 5 2 49%。其中DRB1 0 30 5、0 4 38、1 1 2 3、1 1 32、1 31 0、0 81 2为首次在我国人群中检出 ,并且在世界各地人群中也比较罕见。对纳西族和世界各地人群的HLA -DRB1频率进行了聚类分析。比较分析的结果显示纳西族明显属于中国南方族群 ,未显示出其族源来自北方的痕迹。根据遗传数据 ,并参照民族学、历史学研究 。

DNA序列分析鉴定HLA-DRB1新等位基因DRB1 1449

目的鉴定HLADRB1位点新等位基因。方法应用基因克隆和DNA测序技术对1例受检样本HLADRB1基因第2外显子(Exon2)作核苷酸序列分析,与已知等位基因序列比对并作血清学分型。结果基因组DNA和DNA克隆的测序结果一致;DRB1Exon2的核苷酸序列与已知等位基因序列均不相同,与同源性最高的HLADRB11432相比,存在4处碱基的改变;以Exon2的第1位碱基为记数起点,核苷酸71位C→>G,196位G→>A,244位T→>G和245位上G→>T,引起相应编码氨基酸28位上天门冬氨酸(Asp)→>谷氨酸(Glu),70位上精氨酸(Arg)→>谷氨酸盐(Gln),86位上缬氨酸(Val)→>氨基乙酸(Gly)。血清学分型结果表明新等位基因血清学特异性为DR14。结论被检标本HLADRB位点存在新等位基因,2005年2月WHOHLA命名委员会正式将其命名为HLADRB11449。

层控卡林型金矿床矿床模型——贵州水银洞超大型金矿

位于滇黔桂"金三角"灰家堡矿集区东段的水银洞超大型金矿床,是成矿预测的成功范例,二度空间找矿取得了重大突破。我们从成矿构造背景、矿床产出地质环境、地质特征、同位素组成、包裹体特征、矿石矿物组合、热液蚀变、矿床(体)空间分带等方面建立了水银洞层控卡林型金矿矿床模型,总结了找矿标志,对于此类金矿找矿有一定的借鉴意义。

中国滇黔桂及周邻区卡林型金矿构造蚀变体判别指标及其意义

滇黔桂及周邻区为卡林型金矿集中产出区,是我国最重要的金矿资源产地之一。基于贵州西南部地区金矿研究和找矿实践,拓展了构造蚀变体(SBT)的内涵,建立了其判别指标,并简述了区域成矿与找矿空间之间的关系。研究表明,构造蚀变体是成矿作用的产物,产出于岩石能干性差异大的地层不整合面和岩性层界面之间。基于区域多层次产出的构造蚀变体,构建了滇黔桂地区卡林型金矿多层次构造滑脱成矿系统,为系统研究区域卡林型金矿成矿奠定了基础;建立构造蚀变体判别指标并准确识别,对开展滇黔桂及周邻区卡林型金矿成矿预测,指导找矿勘查具有重要意义。

宫颈癌患者人乳头瘤病毒(HPV)主要型别及其感染研究

本文探讨了江西省和广东省宫颈癌患者人乳头瘤病毒(Humanpapillomavirus,HPV)感染及其型别分布,分析了高危型HPV对各种宫颈病变的感染情况,为宫颈癌的早期发现和临床诊治提供科学依据。首先采用细胞学、HPVDNA检测(第二代杂交捕获法,HC2)、电子阴道镜和宫颈化学着色方法筛查宫颈癌患者,经病理镜检确诊,然后用GPPCR-SBT法对宫颈癌患者进行HPV基因分型。江西省溪口镇、古市镇及修水县城宫颈癌癌前病变发生率为5.7‰。HC2方法发现宫颈癌患者13种高危型HPVDNA阳性率为89.9%,宫颈上皮内瘤样病变的为84.8%,对照组为24.5%。采用GPPCR-SBT方法进行基因分型发现,江西省宫颈癌患者存在HPV16、58、31、33、18、66、6、11、56和81十种型别,其中HPV81型在国内外鲜有报道。据此提出生殖道高危型HPV感染是妇女宫颈癌发病的重要因素,并发现江西省宫颈癌高发区妇女高危型HPV感染率为24.5%。建立了HPV基因分型的方法,对HPV致宫颈病变的分子机制进行了分析。

基于Illumina Miseq测序技术的8000份标本HLA分型检测结果分析

目的利用Illumina Miseq二代测序(NGS)技术进行HLA分型工作并分析其结果的准确性。方法利用Illumina Miseq二代测序技术,对8 000人份血液标本进行HLA-A,HLA-B和HLA-DRB1位点的分型工作。为验证二代测序技术的准确性,同时选取1 000人份血液标本进行一代测序(PCR-SBT)分型实验,比较两种测序方法所得分型结果。结果分型结果显示PCR-NGS HLA分型技术获得的数据与一代测序PCR-SBT技术数据完全吻合,且利用NGS测序技术的8 000人份标本中高分辨率结果 7 908份(含G族1 058人份),中分辨率结果 92份,高分辨率比例达到98.85%。结论利用NGS测序技术进行HLA分型可以大大减少实验工作量,提高高分辨率结果比例,更容易对罕见型和新等位基因进行鉴定,在工作量大,时间紧迫时相对于传统的一代测序分型有明显优势。

南方汉族强直性脊柱炎患者及健康人群HLA-B27基因的分子多态性及分布

目的研究南方汉族强直性脊柱炎(AS)患者及健康人群HLA-B27亚型等位基因的多态性和分布特点。方法采用HLA测序分型方法,对收集到的46份B*27阳性的南方汉族AS患者血样以及随机选择的80份经rS-SOHLA流式磁珠低分辨检测为B*27阳性的造血干细胞南方汉族捐献者血样,做HLA-B基因的第2—4外显子测序分型,测序反应产物用ABI PrismTM3730测序仪检测,Assign3.5分析软件分析结果。对检出的模棱两可结果及"罕见型"等位基因,辅以PCR-SSP法HLA-B27高分辨基因分型。结果46名南方汉族AS患者中,共检出4个HLA-B*27相关的等位基因:B*2704的检出比例最高,为82.98%(39/47);其次是B*2705,为12.77%(6/47);B*2707和B*2724各为2.13%(1/47)。80名南方汉族造血干细胞捐献者中,共检出7种B*27相关等位基因:以B*2704的检出比例最高,为57.32%(47/82);其次为是B*2705,为26.83%(22/82);B*2706和B*2707各为6.10%(5/82);B*2703、B*2715和B*2724各为1.22%(1/82)。结论南方汉族AS患者HLA-B*27基因中以B*2704最为常见,健康人群以B*2704和B*2705等位基因为主要亚型。

MICA新等位基因MICA*002:04的DNA序列鉴定及分析

目的:直接测序法及外显子3 DNA片段克隆测序定确认MICA新的等位基因MICA*002:04。方法:用组特异性引物分别扩增MICA基因,采用Sequence Base Typing(SBT)法分型技术及PCR片段克隆测序法对MICA多态性基因的外显子2、3、4、5进行双向测序。结果:发现1个与MICA*002:01序列相近的新等位基因,在外显子3上有1个碱基位置与国际通用MICA数据库不相符。该基因与MICA*002:01相比在外显子3的碱基位置486出现突变(C→A),密码子位置20由GCC→GCA,相应编码氨基酸是同义突变。结论:DNA测序结果表明该基因序列为新的MICA等位基因,已提交GenBank,于2010年9月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为MICA*002:04。

DNA 序列分析鉴定HLA新等位基因B^＊0740

目的确认一个中国人群中的新HLA等位基因.方法应用单倍型特异性分离(haplotype-specific extraction,HSE)技术和DNA序列分析技术鉴定HLA-B*的新等位基因.结果被检标本HLA-B位点有一个等位基因的核苷酸序列与任何已知的HLA等位基因均不同,与同源性最高的B*0705相比,在exon3区域中的605位碱基由A>T,引起编码178位的氨基酸由赖氨酸(K)变成甲硫氨酸(M).血清学分型表明新等位基因的免疫学表型仍为HLA-B7.家系分析提示,HLA- B*0740基因来源于其母亲.结论该等位基因序列为HLA-B位点的一个新等位基因,于2005年2月由WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*0740.

维吾尔族人群HLA-Cw等位基因遗传多态性研究

目的研究新疆维吾尔族人群HLA-Cw等位基因的遗传多态性。方法采用自行建立的HLA-Cw基因测序分型方法,并辅以Ariza商品化测序试剂盒,对100份维吾尔族无关个体血样进行HLA-Cw基因的第2和第3外显子进行序列测定;用ABI PrismTM3100检测测序反应产物,Assign3.5分析软件分析结果。结果(1)经As-sign3.5软件分析,能直接分析出明确的HLA-Cw等位基因型的样本占30%;排除罕见等位基因后,可判定HLA-Cw等位基因型的样本占33%;其余的样本经PCR-SSP高分辨分型试剂盒检测后,可判定出等位基因型;(2)在70份模棱两可的结果中,共有41种NMDP Allele Code,出现120次,其中频率在5%以上的有03BPSK等7种,其频率之和>50%(61/120);(3)检出了27种HLA-Cw等位基因,频率大于10%的2种常见等位基因为:Cw*0602>Cw*0102,介于5%—10%的依次为:Cw*0401>Cw*0303>Cw*0701>Cw*1502,维吾尔族中Cw*02,04,05,06组与Cw*01,03,07,08组的频率分别为0.295和0.485;(4)共检出62种HLA-Cw等位基因型,基因型频率的分布符合Hardy-Weinberg定律。结论本文的结果可为骨髓库和临床无关供/受者样本的HLA-Cw高分辨基因分型提供重要参考;所得到的HLA-Cw位点的等位基因频率可为人类学、遗传学等研究提供基础数据。

中国南方汉族人群HLA-DPA1、-DPB1及-DQA1基因多态性的研究

目的调查中国南方汉族人群HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1等位基因多态性。方法 2017年6月-12月应用PCR-SBT测序分型法对1 000名健康无血缘关系的南方汉族人群外周血样(于2016年8月-2017年5月收集)进行HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1基因测序分型。HLA-DPA1和-DPB1基因采用自行设计的引物同步扩增检测第2、3外显子,HLA-DQA1检测第1~4外显子。电泳序列导入uTYPE 7.2 HLA分析软件判定基因型。采用直接计数法计算等位基因的分布频率。结果在1 000人份南方汉族无关个体HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1测序分型所获的序列中,无背景信号和杂峰。共检出6种HLA-DPA1等位基因,频率由高到低依次为DPA1~*02∶02 (0.541)>DPA1~*01∶03 (0.340)>DPA1~*02∶01 (0.095)>DPA1~*04∶01 (0.021)>DPA1~*02∶07 (0.003)>DPA1~*01∶04 (0.002);共检出HLA-DPB1等位基因33种,频率较高的前4种等位基因依次为DPB1~*05∶01(0.401)、DPB1~*02∶01(0.165)、DPB1~*04∶01(0.085)、DPB1~*02∶02(0.071);共检出19种HLA-DQA1等位基因,频率较高的前4种等位基因依次为DQA1~*01∶02(0.196)、DQA1~*03∶02(0.144)、DQA1~*01∶03(0.087)和DQA1~*06∶01(0.085)。结论本文获得了南方汉族人群HLA-DPA1、-DPB1和-DQA1基因多态性数据,可为人类学、群体遗传学、疾病关联研究等提供重要参考数据。

神经纤维瘤病Ⅰ型患者HLA-DRB1位点等位基因的测序分型

目的 进行神经纤维瘤病Ⅰ型患者的HLA DRB1位点等位基因高分辨率测序分型 ,探讨HLA与神经纤维瘤病发病之间的关系。方法 应用聚合酶链反应 直接测序方法 (PCR SBT) ,对 3 0例神经纤维瘤病Ⅰ型患者及 10 8例正常人进行HLA DRB1位点等位基因分型。结果 神经纤维瘤病Ⅰ型患者HLA DRB1 0 40 6位点等位基因以较高频率出现 ,与对照组比较差异有显著性。结论 HLA DRB1位点等位基因频率在神经纤维瘤病Ⅰ型患者和正常人之间分布不同。

广东汉族人群HLA-B~* 15等位基因分布

目的了解广东献血者汉族人群HLA-B*15等位基因的多态性。方法从1 691名广东汉族献血者中采用中/低分辨分型获得带有HLA-B*15基因型466例样本,进一步应用PCR-SBT技术进行测序分型,获得广东汉族人群B*15高分辨分型结果。应用PyPop软件计算HLA-B*15各等位基因频率,同时与其他人群资料进行比较。结果共检测到16种已知HLA-B*15等位基因,其中以B*15∶02(64.75%)最常见,其次为B*15∶01(13.26%),B*15∶25(4.554%),B*15∶27(4.158%),B*15∶12(3.960%),这5种等位基因占B*15等位基因家族的90.69%。在B*15等位基因家族中,表达B75抗原的等位基因B*15∶02、B*15∶11和B*15∶21共占67.92%,但表达B62抗原的B*15等位基因多态性最强,共检出6种等位基因。结论广东汉族人群中HLA-B*15等位基因表现出高度的多态性及其特有的分布特征。