Relationship between hepatitis B virus Sgene mutations and hepatitis B virus-related acute onchronic liver failure

Objective To investigate and analyze the relationshipbetween hepatitis B virus (HBV) S gene mutationsand the occurrence of HBV-related acute on chronic liverfailure (HBV-ACLF). Methods A total of 377 patientswere enrolled in this study,including 51 inactive hepatitisB surface antigen (HBsAg) carriers,78 chronic hepatitisB (CHB) patients,101 HBV-ACLF patients,69HBV-related liver cirrhosis (LC) patients and 78 HBVrelatedhepatocellular carcinoma (HCC) patients. Serumsamples were collected from July 2012 to September 2017in Guangzhou Eighth People's Hospital. Nested polyoneraschain reaction (PCR) was performed for all the samples,the HBV whole genome and HBV S gene were amplified.PCR products were sequenced by Sanger sequencingmethod. HBV genotypes were determined by thephylogenetic tree based on HBV S gene constructed byMega 7. 0 software with the neighbor-joining method. GeneiousR10. 0. 5 software was used to analyze the mutationsof the HBV genome. The data in different groupswere compared by χ2 test or Fisher's exact test. The correlationanalysis was done by logistic regression.

上海市某腹泻猪群猪流行性腹泻病毒检测及全基因序列分析

猪流行性腹泻(PED)是由猪流行性腹泻病毒(PEDV)感染引起的仔猪严重腹泻性疾病,传播快,发病急,死亡率高,给我国养猪业造成巨大损失。2021年10月上海某猪场产房仔猪发生腹泻,发病率为30%~50%,死亡率为20%~30%,猪群之前进行过疫苗免疫。粪便样本经猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪轮状病毒(RV)荧光RT-PCR检测,结果显示:PEDV检测为阳性,TGEV和RV检测均为阴性。经全基因测序后进行系统进化分析,结果显示:全基因序列属于GⅡ-c亚群,S基因序列属于GⅡ-b亚群,与目前的经典疫苗株CV777和变异株AJ1102相比,CV777的全基因和S基因都属于GⅠ-b群,AJ1102的全基因和S基因都属于GⅡ-b亚群,研究结果表明新基因型的PEDV已在上海地区流行,而传统疫苗株无法提供好的免疫效果,提示新的防控策略的制定和有针对性的疫苗的生产和使用,对于预防PEDV感染和流行有重要意义。

猪流行性腹泻病毒S、N和ORF3基因的遗传变异分析

为探明2012—2013年在福建省流行猪流行性腹泻病毒（PEDV）结构蛋白的遗传变异情况,对7株PEDV流行毒株的S、N及ORF3基因进行克隆、测序及分析。结果表明:7株PEDV S基因之间的核苷酸相似性为98.6%99.4%,与attenuated DR13弱毒株和CV777标准株的相似性分别为93.7%94.1%和93.8%94.1%;同CV777标准株比较,存在64个氨基酸突变,其中有3个氨基酸较以往国内外流行毒株的变异不一样,为新变异氨基酸,氨基酸的插入和缺失与2008年泰国NPPED20082株相似;7株PEDV毒株的N基因和ORF3基因之间核苷酸的相似性分别为96.5%99.7%和99.7%100%,与CV777标准株的相似性分别为96.6%98.0%和96.6%96.9%。遗传进化树表明:7株PEDV毒株的S基因和ORF3基因与泰国流行毒株的亲缘关系较近,N基因与CV777标准株亲缘关系较近。7株PEDV毒株的S基因和ORF3基因变异程度较大,可能源于泰国及韩国的变异株。

BRAF^(V600E)突变性中低危甲状腺乳头状癌患者^(131)I治疗疗效评价

目的评估BRAFV600E基因状态对中低危复发风险甲状腺乳头状癌(PTC)患者131I清甲治疗疗效的影响。方法将135例中低危复发风险PTC患者根据BRAFV600E基因状态分为BRAFV600E突变组(n=105)和BRAFV600E野生组(n=30)两组,所有患者均经双侧甲状腺全切及131I清甲治疗后规律随访,中位随访时间2.16年(1.03~4.06年),根据131I治疗后血清学及影像学随诊结果将其临床转归分为疗效满意(ER)、疗效尚可(AR)和疗效不满意(IR),分别比较两组患者经131I清甲治疗后的临床转归情况。结果两组患者的临床病理基线资料及131I治疗剂量差异均无统计学意义(P均>0.05)。BRAFV600E突变组经131I清甲治疗后ER、AR、IR分别为74.3%、20.0%、5.7%,与BRAFV600E野生组的73.3%、20.0%、6.7%差异无统计学意义(P=0.891)。结论对于术后中低危复发风险的PTC患者,BRAFV600E基因突变与否可能不影响其131I清甲疗效,该分子特征不应一概作为中低危人群风险评估中的独立权重因素。

猪流行性腹泻病和猪圆环病毒病混合感染的诊治

2014年2月,突遇降雪天气,某规模化猪场2 000头母猪中约100头母猪所产新生仔猪集中在1周龄内出现大批死亡现象,死亡前均出现呕吐、消瘦及水样稀粪症状。通过采用现场调查、实验室病理解剖、病理组织学观察、免疫组化、RT-PCR、测序、ELISA检测等方法,本试验确定该病是猪流行性腹泻病毒(PEDV)变异野毒株感染引起,同时混合感染猪圆环病毒2型(PCV2)。通过采取母猪群紧急接种疫苗、仔猪口服卵黄抗体及加强保温、消毒等综合措施,该病迅速得到控制。

猪流行性腹泻病毒山西分离株S基因遗传变异分析

为分析山西地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,试验利用RT-PCR方法对2014-2015年山西省疑似猪流行性腹泻的阳性病料进行克隆和测序,获得4个S基因片段,并对其基因序列和推导的氨基酸序列与国内外毒株进行比对分析。序列分析结果显示,4株PEDV山西分离株的S基因与CV777vaccine相比,在170~171bp之间插入12个核苷酸,在401~402、454~455bp之间均插入3个核苷酸,在461~468bp之间缺失6个核苷酸。4株PEDV山西分离株S基因之间核苷酸和氨基酸同源性分别为99.2%~99.8%和98.6%~99.7%,与2011-2015年中国流行毒株、CV777vaccine、attenuated DR13、CV777的核苷酸同源性分别95.0%~98.5%、93.2%~93.6%、93.2%~93.7%、93.7%~94.4%,氨基酸同源性分别为96.2%~98.9%、91.9%~92.6%、92.1%~92.9%、92.9%~94.0%。遗传进化树分析结果表明,PEDVS基因分为3个群,4株PEDV山西分离株属于第一群,与2010年以后国内流行毒株(除AH-M、SQ2014)的亲缘关系较近,与2010年以前中国流行毒株、2个日本株、7个韩国株、2个疫苗株的亲缘关系较远。研究结果提示山西省流行的PEDV发生较明显的变异,需研发新的疫苗来控制PEDV的暴发。

施马伦贝格病毒病焦磷酸测序检测方法的建立

拟建立施马伦贝格病毒(SBV)S基因焦磷酸测序检测方法,用于施马伦贝格病毒病的快速检测和确诊。通过对公开发表的SBVS基因序列与布尼病毒科其他11种病毒S基因进行比对,找出不同病毒变异区域集中且变异区域两侧保守的序列片段,基因合成,体外转录,作为基因扩增模板。在特异性变异序列两端的保守区域设计扩增引物,进行RT-PCR扩增。在保守区域设计双向测序引物,对RT-PCR产物进行双向焦磷酸测序。通过比对测序结果,确定是否为SBV核酸序列;优化条件,确定检测方法的敏感性、特异性和重复性,建立SBVS基因焦磷酸测序检测方法。结果:建立的施马伦贝格病毒病焦磷酸测序检测方法扩增基因片段长度为166bp;敏感性为可检测到104个拷贝;每一条测序引物可准确测出50bp左右核酸序列,双向测序可准确测出100bp左右核酸序列,具有较好特异性,完全满足施马伦贝格病毒病确诊要求;重复测序3次,均能准确测出100bp左右核酸序列。本研究建立的施马伦贝格病毒病焦磷酸测序检测方法,可用于施马伦贝格病毒病的检测和确诊,整个检测过程可在1d内完成,大大缩短了确诊时间。

中国及荷兰人群vWF基因内含子40多态性分析

本文调查了中国汉族及荷兰高加索群体中人类ｖＷＦ基因内含子４０ｎｔ３１／２２１５～２３８０区域ＨＵＭＦＡ３１（Ｃ）遗传多态性的基因频率及基因型频率分布。并对两群体之间的分布以拟然比方法进行比较。对９个等位基因片段测序的结果表明，在ｎｔ３１／２２３４～２２６５区域也有变异存在。提示该座位当被测等位基因ＤＮＡ片段长度相同时，仍可能存在遗传差异。

河南地区猪流行性腹泻病毒S基因和ORF3基因分子特征和遗传进化分析

为了分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)近年在河南省的流行情况,本研究于2014年1月至2015年12月收集河南省不同地区的200份PED疑似病料进行S基因和ORF3基因检测,通过RT-PCR扩增、克隆测序及序列分析,显示15株河南流行株S基因和ORF3基因的部分氨基酸和核苷酸不同于参考株,发生了变异。其中15个毒株的S基因和ORF3基因变化显示,PEDV河南毒株和其他参考株均可分为两个群,基于S基因扩增的15株则独立成群,与其他参考毒株亲缘较远;基于ORF3基因扩增的15个毒株与国内分离株、美国株及韩国株均有较近的亲缘关系;同时,对于S基因和ORF3基因在整个进化关系中,本试验中的15个河南株均相对独立成群,与经典毒株CV777及国内所使用的疫苗株,亲缘关系较远。结果表明,PEDV有变异和进化的趋势,应从当前流行毒株中选用有效的疫苗才能更好地控制本病的发生。

三株递呈猪流行性腹泻病毒S基因的减毒鼠伤寒沙门菌的生物学特性研究

为了探究减毒沙门菌递呈不同长度猪流行性腹泻病毒(PEDV)S基因的可行性,本研究对3株携带不同长度S基因片段的减毒鼠伤寒沙门菌进行了生物学特性评估。主要进行了对所构建的重组减毒沙门菌菌株SL7207(pVAX-S499-650)(长456bp,编码S蛋白N末端499—650位氨基酸)、SL7207(pVAX-S499-789)(长873bp,编码S蛋白N末端499—789位氨基酸)和前期构建的菌株SL7207(pVAXD-S1-789)(长2 367bp,编码S蛋白N末端1—789位氨基酸)的生物学特性研究,包括生长曲线测定、携带质粒的体内/外稳定性、回肠组织内的转录、在小鼠体内动态增殖规律、小鼠口服的安全性等。结果表明:SL7207(pVAX-S499-650)、SL7207(pVAX-S499-789)、SL7207(pVAXDS1-789)3种口服菌株均具有较高的稳定性;携带的目的基因可在肠道组织内转录;菌株在小鼠肝、脾中增殖约5周后逐渐被机体清除;小鼠口服具有良好的安全性。本研究结果表明减毒鼠伤寒沙门菌SL7207可递呈不同长度的S基因抗原片段,为后续开展3种菌株的实际口服免疫效果比较研究奠定了基础。

湖州地区献血人群隐匿性乙型肝炎病毒感染患者S基因突变分析

目的分析湖州地区献血人群隐匿性乙型肝炎病毒感染(OBI)患者S基因突变特点。方法选取本站2018年10月-2020年6月采集的60107人份献血标本,其中52例NAT单阳性,分析其流行病学特征,将52例NAT阳性患者中确诊OBI的27例纳入实验组,选取8例HBsAg、核心抗体(抗-HBc)、HBV-DNA阳性的HBV感染者血清作为阳性对照;比较实验组、对照组的肝功能、乙肝5项指标,并分析实验组、对照组HBV基因型、S区氨基酸突变情况。结果不同性别、年龄、学历的献血人群中NAT单阳性标本数比较差异有统计学意义(P<0.05),且18-30岁献血人群中男性NAT阳性标本数显著高于女性(P<0.05);实验组与对照组肝功能指标、e抗原(HBeAg)、抗-HBc差异无统计学意义(P>0.05),但实验组表面抗原(HBsAg)显著低于对照组,表面抗体(抗-HBs)、e抗体(抗-HBe)显著高于对照组(P<0.05);实验组获得20条S区序列,包括4条S区、16条preSS区,基因型分别为C型16例、B型4例。结论应重视湖州地区NAT阳性的献血人群的跟踪随访,较HBsAg、抗-HBc、HBV-DNA阳性的HBV感染者,OBI具更高的S区基因突变率。

慢性肝病患者拉米夫定耐药毒株突变模式特征分析

目的 探讨拉米夫定（LAM）耐药毒株突变模式及HBV S基因相关变异在不同疾病进展慢性肝病患者中的特征.方法 收集LAM耐药慢性肝病患者的血液标本,获得相应的HBV RT基因核苷酸序列,分析耐药突变位点、药物耐受和耐药相关HBV S基因变异特点及组间差异.结果 本研究纳入慢性乙型肝炎（CHB）患者47例,乙肝肝硬化（LC）和乙肝相关肝细胞癌（HCC）患者16例.M204I单点突变与L180M＋M204I/V为LAM耐药的慢性肝病患者最常见突变形式（35/63,55.56％）.LC/HCC组对三种以上核苷（酸）类似物同时耐药人数高于CHB组（62.50％ vs 34.04％,P =0.046）.LC/HCC组在HBV-S区检测到与免疫逃逸相关的HBsAg突变位点数多于CHB组（62.50％ vs 31.91％,P=0.031）,I126T/V与G145A（LCC/HCC,60％）、I126S/T与S117T（CHB,46.67％）为HBsAg逃逸突变的最常见形式.两组患者均检测到RT区变异伴随HBsAg终止密码子的突变（rtA181T/sW172＊和rtM204I/sW196＊）.结论 不同疾病进展慢性肝病患者LAM耐药毒株突变及相关HBV S基因变异特征存在差异,LC/HCC患者多重耐药和免疫逃逸毒株比例高于CHB患者.

先天性外中耳畸形基因学研究进展

先天性外中耳畸形是一种耳鼻咽喉科常见疾病,在整个头面部先天性畸形中仅次于唇腭裂而位居第二。外耳与中耳的畸形可以单独发生,也可以作为全身性综合征序列征状在耳部的重要表现。近年来随着基因学研究的飞速发展和新技术的应用,针对先天性外中耳畸形致病基因的分子机制的研究日益引起国内外学者的关注。

2020-2021年河南省猪流行性腹泻病毒流行株遗传进化及S蛋白变异分析

2020-2021年在河南省18个地区共收集499份发生腹泻的仔猪临床样品,采用RT-PCR进行猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)筛查。结果显示,共检测出162份阳性样品,阳性率为35.2%。对其中21株PEDV流行毒株S基因进行了测序、同源性比对和遗传进化分析,结果显示21株PEDV流行毒株之间核苷酸同源性为96.9%~100%,氨基酸同源性为95.2%~100%。与52株2011-2019年国内流行毒株之间的核苷酸同源性为95.1%~99.5%,氨基酸同源性为91%~99.8%。遗传进化结果显示,21株PEDV毒株均属于GⅡb群。氨基酸序列比对显示,流行毒株S蛋白存在7处新的且规律的氨基酸突变。本试验对现阶段我国所流行的PEDV S基因进行测序分析,为了解PEDV流行毒株遗传变异趋势和研发新的有效疫苗提供参考。

徐州地区无偿献血者人群的乙型肝炎病毒表面抗原的检测及突变分析

目的探讨徐州地区无偿献血者人群的乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)表面抗原(HBsAg)筛查的漏检情况及S区氨基酸突变状况,为HBV检测策略提供依据。方法对采集的2016-2018年徐州地区无偿献血者人群的288986份血液标本进行HBsAg筛查及HBV DNA检测。应用巢式PCR技术对经核酸检测确认的阳性标本进行HBVS区基因扩增、测序及分析。结果徐州地区无偿献血者人群的HBV总阳性率为0.197%(569/288986),酶联免疫吸附测定法(enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)检测HBsAg双试剂阳性的阳性率为0.101%(292/288986),HBV DNA确证的阳性率为0.096%(277/288986)。对277例HBV DNA确证阳性标本的140条序列进行HBVS基因测序分析,检测到经典突变位点sE2G(0.71%,1/140)、sT47A(2.14%,3/140)、sC69*(2.14%,3/140)、sL98V(1.43%,2/140)、sK122R(0.71%,1/140)、sI126T(6.43%,9/140)和sW182*(2.14%,3/140)及新突变位点sL87M(4.29%,6/140)、sV106A(5.0%,7/140)、sA166V(2.86%,4/140)和sF179L(5.71%,8/140)。利用3种不同品牌的ELISA HBsAg试剂盒检测发现,突变株HBsAg的最低浓度值相应增高,提示可能发生病毒免疫逃逸。结论徐州地区无偿献血者人群存在HBsAg筛查漏检情况,不同试剂检测HBsAg存在差异,其原因可能是HBVS区尤其是sI126T的氨基酸突变。