上海地方猪种抗腹泻基因与免疫相关因子分析

为鉴定上海地方猪种上海白猪、枫泾猪和沙乌头猪中抗腹泻基因抗原加工相关转运体1(transporterassociated with antigen processing 1, TAP1)、α(1, 2)岩藻糖转移酶1[α (1, 2)-fucosyltransferase 1, FUT1]、天然抗性相关的巨噬细胞蛋白1(natural resistance-associated macrophage protein 1, NRAMP1)、黏蛋白4(mucin 4,MUC4)和黏蛋白13(mucin 13, MUC13)基因的有效遗传标记,为上海地方猪种资源特性提供参考,应用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism, PCRRFLR)和序列测序分析上述基因的多态性,结合部分免疫相关因子,探讨对3个上海地方猪种免疫力的影响。结果显示,3个猪种中TAP1和MUC4基因均具有抗腹泻基因型GG,而仅在枫泾猪和沙乌头猪中检测到MUC13基因抗腹泻基因型GG,在3个猪种中均未检测到FUT1和NRAMP1基因抗腹泻基因型AA。上海白猪、枫泾猪和沙乌头猪TAP1基因处于中度多态,上海白猪的MUC4基因处于低度多态,枫泾猪和沙乌头猪的MUC4基因处于中度多态,上海白猪MUC13基因处于中度多态,其中上海白猪和沙乌头猪的TAP1基因不满足HardyWeinberg平衡,枫泾猪的MUC4基因不满足Hardy-Weinberg平衡。上海白猪MUC13基因AA型的白细胞介素12(interleukin-12, IL-12)水平显著高于AG型,枫泾猪TAP1基因AA型的肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor, TNF-α)指标显著高于GG和AG型,沙乌头猪TAP1基因AG型的IL-12指标显著高于GG型。以上研究结果对上海白猪、枫泾猪和沙乌头猪的抗腹泻育种和分子选育具有一定指导意义,为今后上海各地方猪种抗腹泻育种工作奠定了基础。

基于基因组遗传标记的上海白猪(上系)杂交优势预测分析

通过基于基因组遗传标记的杂交优势预测分析,筛选上海白猪(上系)最优杂交配套组合,以期促进上海白猪(上系)的保种工作,为优质猪肉的生产奠定基础。基于99头上海白猪(上系)与156头国内主要的引进品种(杜洛克、长白猪、大白猪、皮特兰、巴克夏猪)全基因组简化测序得到的100 120个SNP遗传标记,结合性状特异的杂种优势预测方法,利用二元杂交,三元杂交和四元杂交方式,进行了上海白猪(上系)的杂种优势预测。结果显示:二元杂交杜上(DS)、长上(LS)的杂种优势较高,三元杂交的三元杂种肉猪上长大(SLY)最好,双杂交的四元杂种肉猪杜长大上(DLYS)最优、杜上长大(DSLY)次之。针对繁殖、育肥、胴体与肉质性能等多个指标,综合考虑经营管理、成本及当前市场对优质猪肉的需求,确定上海白猪(上系)与长大二元杂种母猪的杂交组合(S×LY)为最宜的杂交配套系组合。

上海白猪(上系)基因组遗传变异检测与功能注释分析

拟通过全基因组范围内遗传变异的检测和注释分析,深入了解上海白猪(上系)群体的遗传现状,以便更好地进行提纯复壮与开发利用。本研究应用基因组简化测序平台—GGRS,对上海白猪(上系)群体(99头)进行基因组测序,并综合实验室前期太湖地方猪种和西方引进品种共计447头测序数据进行SNP和InDel等遗传变异检测和功能注释分析。结果显示,上海白猪基因组测序平均覆盖度为2.87%,平均测序深度为3.9倍,共检测到328 586个SNPs、693 220个InDels。进一步分析表明,SNP和Indel在染色体上的分布相对均一,但在不同染色体上数量和密度的分布存在一定差异。结构注释显示,SNP和InDel对应基因的数量分别为11 496个和13 216个,按照基因的结构区域分类,SNP和InDel在各类功能基因区间的分布特点一致,绝大多数的SNP和InDel变异都分布在基因间区,分别为74.61%和83.38%。内含子中次之,分别为22.76%和14.98%。基因富集分析结果表明,SNP主要与蛋白代谢过程和高分子代谢过程等相关,InDel多在组织、器官发育和疾病相关的通路中发生富集。此外还发现,含有高密度SNP和InDel等遗传变异的QTL主要集中在肉质与胴体性状和健康性状。本研究利用先进的简化基因组测序技术对上海白猪(上系)全基因组范围内的遗传变异进行了普查,并通过对太湖流域地方猪种和西方引进品种的合并比较分析,阐释了这些遗传变异的染色体分布特征,基因区间分布规律和功能注释信息,为后续的开发利用奠定了坚实的基础。

上海白猪腹腔镜胃转流手术两种麻醉方法的比较

目的比较氯胺酮麻醉和丙泊酚-异氟醚复合麻醉用于上海白猪腹腔胃转流术对血流动力学及苏醒时间的影响。方法选择健康上海白猪20只,体重45～52kg,随机分为两组,每组10只,A组采用丙泊酚-异氟醚复合麻醉,B组采用氯胺酮静脉麻醉。观察T1(气腹前5min)、T2(气腹开始后5min)、T3(气腹开始后1h)、T4(气腹结束后5min)时血流动力学变化及术毕麻醉复苏情况。结果两组在T1时MAP和HR差异无统计学意义,但在T2、T3和T4时,B组的HR和MAP均显著高于A组(P<0.05)。两组在停药至自主呼吸恢复的时间差异无统计学意义,而B组的睁眼恢复时间却较A组显著延长(P<0.05)。B组气道分泌物较多,而A组较少。结论丙泊酚-异氟醚复合麻醉和氯胺酮麻醉均可用于上海白猪的腹腔镜胃转流术,但丙泊酚-异氟醚复合麻醉血流动力学稳定,术后复苏安全迅速。