目的:采用网络药理学方法研究苏杏痰咳合剂治疗慢性阻塞性肺疾病急性加重期(Acute Exacerbation of Chronic Obstructive Pulmonary Disease,AECOPD)的主要活性成分与作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索苏...目的:采用网络药理学方法研究苏杏痰咳合剂治疗慢性阻塞性肺疾病急性加重期(Acute Exacerbation of Chronic Obstructive Pulmonary Disease,AECOPD)的主要活性成分与作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索苏杏痰咳合剂组方中药物的主要活性成分及其作用靶点,应用GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank数据库检索AECOPD治疗靶点,运用Venny 2.1工具获取活性成分与治疗AECOPD的交集靶点,利用STRING平台进行蛋白质-蛋白质相互作用分析并获取核心靶点,运用Cytoscape 3.8.2软件构建中药-活性成分-靶点-疾病网络图及蛋白质-蛋白质相互作用网络图,通过MetaScape数据库对核心靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后将网络中度值较高的10种活性成分与核心靶点利用AutoDock 4.2.6软件进行分子对接。结果:筛选出苏杏痰咳合剂主要活性成分227个、作用靶点243个,以及AECOPD靶点3242个,二者的交集靶点有186个。对交集靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用分析,发现肿瘤蛋白P53(Tumor Protein P53,TP53)、JUN原癌基因(Jun Proto-oncogene,JUN)、α-丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(RAC-alpha Serine/Threonine-protein Kinase,AKT1)、信号转导因子和转录激活因子3(Signal Transducer and Activator of Transcription 3,STAT3)为苏杏痰咳合剂治疗AECOPD的核心靶点。核心靶点GO功能富集和KEGG通路富集分析结果提示苏杏痰咳合剂发挥治疗AECOPD作用的机制与药物化学反应、氧化反应、DNA结合转录等生物学过程以及晚期糖基化终末产物(Advanced Glycation End Products,AGE)-晚期糖基化终末产物受体(Advanced Glycation End Product Receptor,RAGE)、癌症、炎症等信号通路有关。分子对接结果显示各活性成分与核心靶点均可进行自发结合。结论:苏杏痰咳合剂通过多成分、多靶点、多通路发挥治疗AECOPD的作用,作用机制可能与通过TP53、JUN、AKT1、STAT3等靶点干预AGE-RAGE、癌症、炎症等信号通路有关。展开更多
目的:利用中药网络药理学和分子对接技术探讨维血宁合剂防治新型冠状病毒肺炎(COVID⁃19)的潜在活性成分及其作用机制。方法:借助TCMSP数据库检索维血宁合剂中所含的主要化学成分及其作用靶点,并与冠状病毒感染相关的靶点进行叠加分析,...目的:利用中药网络药理学和分子对接技术探讨维血宁合剂防治新型冠状病毒肺炎(COVID⁃19)的潜在活性成分及其作用机制。方法:借助TCMSP数据库检索维血宁合剂中所含的主要化学成分及其作用靶点,并与冠状病毒感染相关的靶点进行叠加分析,筛选维血宁合剂潜防治COVID⁃19的靶点;通过Cytoscape软件构建药材⁃活性成分⁃靶点网络;通过DAVID数据库对活性成分靶点进行基因本体(GO)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集分析;最后运用分子对接技术虚拟筛选维血宁合剂中活性成分与2019⁃nCoV S蛋白、人ACE2蛋白及2019⁃nCoV 3CL水解酶(3CLpro)的作用,预测维血宁合剂潜在的抗2019⁃nCoV成分。结果:从维血宁合剂中共梳理得到326个成分及555个相关靶点,其中101个成分对应的35个靶点与COVID⁃19密切相关;靶点通路富集分析表明,维血宁合剂主要作用于感染性疾病、炎症反应及免疫调节等过程。分子对接结果显示16个成分与S蛋白、ACE2及3CLpro均显示了较好的结合作用,成分类型主要为甾体、脂肪酸和酚类。结论:维血宁合剂可能主要通过调节机体免疫和炎症反应等,从而对COVID⁃19发挥潜在的防治作用。展开更多
文摘目的:采用网络药理学方法研究苏杏痰咳合剂治疗慢性阻塞性肺疾病急性加重期(Acute Exacerbation of Chronic Obstructive Pulmonary Disease,AECOPD)的主要活性成分与作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索苏杏痰咳合剂组方中药物的主要活性成分及其作用靶点,应用GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank数据库检索AECOPD治疗靶点,运用Venny 2.1工具获取活性成分与治疗AECOPD的交集靶点,利用STRING平台进行蛋白质-蛋白质相互作用分析并获取核心靶点,运用Cytoscape 3.8.2软件构建中药-活性成分-靶点-疾病网络图及蛋白质-蛋白质相互作用网络图,通过MetaScape数据库对核心靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后将网络中度值较高的10种活性成分与核心靶点利用AutoDock 4.2.6软件进行分子对接。结果:筛选出苏杏痰咳合剂主要活性成分227个、作用靶点243个,以及AECOPD靶点3242个,二者的交集靶点有186个。对交集靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用分析,发现肿瘤蛋白P53(Tumor Protein P53,TP53)、JUN原癌基因(Jun Proto-oncogene,JUN)、α-丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(RAC-alpha Serine/Threonine-protein Kinase,AKT1)、信号转导因子和转录激活因子3(Signal Transducer and Activator of Transcription 3,STAT3)为苏杏痰咳合剂治疗AECOPD的核心靶点。核心靶点GO功能富集和KEGG通路富集分析结果提示苏杏痰咳合剂发挥治疗AECOPD作用的机制与药物化学反应、氧化反应、DNA结合转录等生物学过程以及晚期糖基化终末产物(Advanced Glycation End Products,AGE)-晚期糖基化终末产物受体(Advanced Glycation End Product Receptor,RAGE)、癌症、炎症等信号通路有关。分子对接结果显示各活性成分与核心靶点均可进行自发结合。结论:苏杏痰咳合剂通过多成分、多靶点、多通路发挥治疗AECOPD的作用,作用机制可能与通过TP53、JUN、AKT1、STAT3等靶点干预AGE-RAGE、癌症、炎症等信号通路有关。
文摘目的:利用中药网络药理学和分子对接技术探讨维血宁合剂防治新型冠状病毒肺炎(COVID⁃19)的潜在活性成分及其作用机制。方法:借助TCMSP数据库检索维血宁合剂中所含的主要化学成分及其作用靶点,并与冠状病毒感染相关的靶点进行叠加分析,筛选维血宁合剂潜防治COVID⁃19的靶点;通过Cytoscape软件构建药材⁃活性成分⁃靶点网络;通过DAVID数据库对活性成分靶点进行基因本体(GO)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集分析;最后运用分子对接技术虚拟筛选维血宁合剂中活性成分与2019⁃nCoV S蛋白、人ACE2蛋白及2019⁃nCoV 3CL水解酶(3CLpro)的作用,预测维血宁合剂潜在的抗2019⁃nCoV成分。结果:从维血宁合剂中共梳理得到326个成分及555个相关靶点,其中101个成分对应的35个靶点与COVID⁃19密切相关;靶点通路富集分析表明,维血宁合剂主要作用于感染性疾病、炎症反应及免疫调节等过程。分子对接结果显示16个成分与S蛋白、ACE2及3CLpro均显示了较好的结合作用,成分类型主要为甾体、脂肪酸和酚类。结论:维血宁合剂可能主要通过调节机体免疫和炎症反应等,从而对COVID⁃19发挥潜在的防治作用。