谷子SiNADP-ME1基因的光响应模式

为探究谷子光合基因SiNADP-ME1(Seita.3G109300)对光照强度和光质的响应模式,本研究以豫谷1号为材料,采用反转录PCR(RT-PCR)克隆SiNADP-ME1的编码序列(CDS序列),利用MEGA软件构建多物种进化树,构建PCAMBIA1300-SiNADP-ME1-GFP载体,转化农杆菌,注射烟草进行亚细胞定位,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)研究其在不同光照强度、光质处理下的表达模式。结果表明,SiNADP-ME1全长CDS序列为1731 bp,共编码576个氨基酸,定位于内质网,与狗尾草中SvNADP-ME1(XP_034584220.1)亲缘关系最近。该基因在不同组织器官及不同生育期表达量存在显著差异,在灌浆期穗中表达量最高,同时响应不同光强和光质,在不同光照强度处理下,SiNADP-ME1的表达呈显著变化,在1200μmol·m^(-2)·s^(-1)光照3 h表达量最高,是对照(正常光照,250μmol·m^(-2)·s^(-1))的4.25倍;在不同光质处理下,受红光影响最大,红光下表达量是黑暗处理表达量的47.27倍,是白光处理表达量的2.69倍。本研究结果为深入探讨SiNADP-ME1基因的生物学功能提供了一定的参考依据。

北海地区遗传性乳腺癌和健康遗传高危人群BRCA1和BRCA2基因突变研究

目的:探讨北海地区遗传性乳腺癌和健康遗传高危人群乳腺癌易感基因(BRCA)1和BRCA2基因突变特征。方法:选取北海市人民医院普通外科收治的50例遗传性乳腺癌患者及150例健康遗传性高危人群,PCR-DNA直接测序法检测BRCA1、BRCA2的全编码外显子基因序列。结果:50例遗传性乳腺癌患者中共有8例BRCA1/2基因突变,总突变率为16%;其中BRCA1突变占12.0%,BRCA2突变占4.0%。三阴性乳腺癌患者BRCA1/2基因突变率为57.1%(4/7),高于非三阴性乳腺癌患者的9.3%(4/43),差异有统计学意义(P<0.05)。150例健康遗传性高危人群存在2例致病性突变,均位于BRCA1的11外显子,突变率为1.3%(2/150)。结论:北海地区女性遗传性乳腺癌存在BRCA1和BRCA2基因突变,与三阴乳腺癌有关,突变类型以碱基置换突变为主;健康遗传高危人群也存在BRCA1突变。

2022-2023年山东省A(H1N1)pdm09流感病毒HA、NA基因变异特征分析

目的 了解山东省2022-2023流感监测年度分离的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因的变异特征,为流感的防控提供科学依据。方法 从流感监测网络实验室分离的流感毒株中按地市随机选取14株A(H1N1)pdm09亚型流感毒株,以WHO推荐的当季疫苗株为参考进行全基因组测序,并采用荧光法开展神经氨酸酶抑制(neuraminidase inhibition,NI)实验以评估药物敏感性。结果 山东省2022-2023年度分离的A(H1N1)pdm09流感病毒属于6B.1A分支中的5a.2a进化簇,核苷酸序列比对分析显示,HA和NA基因与2021-2023年度北半球疫苗株A/Victoria/2570/2019的亲缘关系较为接近,同源性分别为98.5%~98.7%和98.8%~99.1%。氨基酸序列分析显示,HA蛋白有20个位点发生了氨基酸序列变异,并发现1株病毒可能发生抗原漂移,有3株病毒发生了HA蛋白糖基化位点的缺失。NA酶相关重要位点未发生变异。NI实验显示,所测流感毒株均对抗流感病毒药物敏感。结论 所监测毒株与疫苗株整体同源性很高,但氨基酸存在一定程度变异,今后有必要持续开展流感病毒基因变异特征监测以了解流感流行的风险,以及评价基因变异对流感疫苗和治疗药物效果的影响。

ALDH7A1和EDNRB2基因分型及其与乌骨鸡皮肤乌色度关联分析

【目的】为进一步验证醛脱氢酶7家族成员A1(ALDH7A1)和内皮素受体B2(EDNRB2)在乌骨鸡黑色素沉积中的作用,本研究对ALDH7A1和EDNRB2基因单核苷酸多态性(SNPs)位点进行基因分型,分析其多态位点与皮肤乌色度的关联性,找出对皮肤乌色度有显著效应的SNP标记,为培育乌色度高的屠宰型乌骨鸡肉鸡的分子标记辅助育种提供参考。【方法】采用基于飞行时间质谱对丝羽乌骨鸡192个个体的ALDH7A1和EDNRB2基因SNPs位点进行基因分型,采用HaploView 4.1软件分析这些SNPs位点的连锁不平衡(LD)程度,并分析不同基因型和单倍型与皮肤亮度(L^(*))值的相关性。【结果】ALDH7A1基因的2个SNPs位点(rs317018616 C>A和rs15992676 T>C,分别为SNP1和SNP2)和EDNRB2基因2个SNPs位点(rs739725493 G>A和rs316614064 C>T,分别为SNP3和SNP4)质谱检出率为100%,ALDH7A1基因2个SNPs位点只有2种纯合子基因型,EDNRB2基因2个SNPs位点都有3种基因型。卡方检验表明,ALDH7A1基因2个SNPs位点偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05),EDNRB2基因2个SNPs位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。SNP1位点遗传多样性较低(PIC<0.25),其他3个SNPs位点为中度多态(0.25<PIC<0.05);SNP2位点TT基因型乌骨鸡大腿部皮肤L^(*)值显著低于CC基因型(P<0.05),SNP4位点CC和CT基因型乌骨鸡大腿部皮肤L^(*)值显著低于TT基因型(P<0.05),SNP1和SNP3位点不同基因型间乌骨鸡大腿部皮肤L^(*)值无显著差异(P>0.05)。连锁不平衡分析表明,ALDH7A1基因SNP1和SNP2位点处于强连锁不平衡状态,SNP1-SNP2连锁后产生3种单倍型,其中AATT和CCTT单倍型乌骨鸡大腿部皮肤L^(*)值显著低于CCCC(P<0.05),但3种单倍型个体间背部皮肤和胸部皮肤L^(*)值均差异不显著(P>0.05)。【结论】ALDH7A1和EDNRB2基因与丝羽乌骨鸡大腿部皮肤乌色度密切相关,ALDH7A1基因的AATT、CCTT单倍型和EDNRB2基因的TT基因型可作为研究丝羽乌骨鸡大腿部皮肤乌色度的候选分子标记,本研究为下一步利用分子标记辅助育种加快培育乌色度高的丝羽乌骨鸡新品种提供参考。

MC1R基因在白羽乌骨鸡和黑羽乌骨鸡肌肉和皮肤中的表达分析

本试验旨在探明MC1R基因在白羽乌骨鸡和黑羽乌骨鸡黑色素沉积中的影响效应,为更好地开发利用地方乌骨鸡提供理论依据。以白羽乌骨鸡(丝羽乌骨鸡、竹丝鸡)和黑羽余干乌骨鸡为研究对象,屠宰拔毛后立刻测定胸部皮肤、大腿部皮肤的亮度L^(*)值,然后把测定过肤色的胸皮和大腿皮剪开,测定皮肤下面的胸肌、腿肌亮度L^(*)值,获得胸肌、腿肌、胸皮和大腿皮乌色度的变化趋势,同时比较MC1R基因在3种乌骨鸡的4种组织中的差异表达量。结果发现:2~17周龄期间,随着周龄的增加,3种乌骨鸡腿皮、胸皮、胸肌和腿肌L^(*)值均呈增加趋势;2周龄时MC1R在3种乌骨鸡胸肌、腿肌中的相对表达量较高,随后表达量呈现下降趋势,而在3种乌骨鸡胸皮和腿皮中的表达量变化趋势不同;2周龄时MC1R基因在黑羽余干乌骨鸡腿肌、胸皮和腿皮中的表达量显著大于2种白羽乌骨鸡;6周龄时MC1R基因在黑羽余干乌骨鸡腿肌和胸皮的表达量显著大于2种白羽乌骨鸡;10周龄时MC1R基因在黑羽余干乌骨鸡腿肌的表达量显著大于2种白羽乌骨鸡;10、12、17周龄时MC1R在丝羽乌骨鸡腿皮的表达量显著高于其他乌骨鸡;MC1R基因表达量与黑羽余干乌骨鸡肤色和肉色L^(*)值不相关,而与白羽乌骨鸡腿肌L^(*)值显著相关。结果提示,MC1R基因对白羽乌骨鸡和黑羽乌骨鸡黑色素沉积的影响效应不同,本研究为培育乌色度更高、不同羽色的乌骨鸡新品种提供了科学理论依据。

STXBP1基因相关脑病患儿的临床表型和基因变异分析

目的探讨STXBP 1基因相关脑病患儿的临床表型和基因变异情况。方法回顾性总结2015年10月至2022年5月收治的11例STXBP 1基因相关脑病患儿的临床资料,分析其临床表型、基因结果、治疗及疗效情况。结果11例患儿中男4例,女7例,10例患儿存在癫痫发作伴发育迟缓,1例患儿仅表现为发育迟缓。癫痫首发年龄为3天~1岁半,3个月以内起病者6例,3~12个月起病者3例,1岁以上起病者1例。常见的发作类型为痉挛和局灶发作。11例患儿均存在脑电图异常包括背景慢、多灶放电、爆发抑制和高度失律等。2例早期为大田原综合征,后期演变为婴儿痉挛症,5例为婴儿痉挛症,余为不能分型的癫痫综合征。4例患儿头颅MRI存在非特异性异常,包括髓鞘化发育落后、额颞部蛛网膜下隙增宽。所有患儿均存在STXBP1基因变异,共有11种突变类型,其中错义突变7例、移码突变1例、剪切突变1例、缺失突变2例,7例患儿的突变位点尚未见文献报道,分别为c.1694T>A、c.1115T>G、C.133_135del、C.1543 dupG、6-17号外显子杂合缺失、C.429+1 G>C、C.855 C>G及c.842_843 insGGACGACGGCCTGTGGATAGC ACT。随访中11例患儿均存在不同程度发育迟缓,2例患儿已死亡,4例患儿存在孤独症样表现。10例癫痫患儿均应用左乙拉西坦治疗,1例为单独应用完全缓解,5例患儿部分有效,4例患儿无效。3例患儿癫痫发作完全缓解,余7例为药物难治性癫痫。结论STXBP1脑病患儿发育迟缓相对严重,婴儿痉挛症表型最常见,癫痫治疗效果存在明显异质性,7个未报道突变位点丰富了STXBP1脑病的基因谱。

CHD1基因在美国王鸽和绿壳蛋鸡性别鉴定中的应用研究

为快速、准确鉴定出美国王鸽和绿壳蛋鸡的性别,本研究基于CHD1基因在不同性别鸟类基因组中的大小差异,建立美国王鸽和绿壳蛋鸡性别鉴定的分子生物学方法。首先提取美国王鸽和绿壳蛋鸡基因组DNA,应用引物对2550F/2718R扩增CHD1基因第17、18外显子及之间的内含子区域,琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增结果并进行测序验证。PCR扩增结果表明,雄性个体只有1条条带,而雌性个体都是2条条带,基于PCR技术的性别鉴定结果与人工鉴定的结果一致。测序结果显示,CHD1基因在美国王鸽基因组上的扩增片段大小分别为593 bp和447 bp;在绿壳蛋鸡基因组上的扩增片段大小分别为682、656 bp和448 bp。目的片段中外显子长度均为169 bp,保守性好,同源性为100%。但内含子序列在2群体间的同源性较低,片段大小差异主要是由Z染色体上CHD1基因内含子区变异引起的。本研究成功建立了基于CHD1基因序列大小差异的肉鸽和绿壳蛋鸡性别鉴定方法,为开展精准选种选配提供了技术指导。

HIV-1整合酶基因序列分析方法验证

目的 验证实验室自建人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)整合酶基因序列分析方法。该方法可用于评估HIV-1整合酶区段基因型耐药水平。方法 根据世界卫生组织自建基因序列分析方法验证的建议,从20份HIV-1阳性样本中提取RNA,扩增HIV-1整合酶区基因片段,并测序。通过与病毒质量保证(VQA)共识进行比对,评估实验室自建的HIV-1整合酶基因序列分析方案的准确性,通过扩增成功率评估其灵敏度,通过同一样本的重复检测结果评估其精密度和重现性。结果 20份样本与VQA共识的核苷酸一致率均>98%;10个高病毒载量(>10 000拷贝·mL^(-1))样本和5个低病毒载量(1 000~5 000拷贝·mL^(-1))样本的扩增成功率均为100%;4个样本的同批次5复孔和5个样本5次检测的结果均符合90%的样本配对比较核苷酸一致率>98%的要求。结论 该HIV-1整合酶基因序列分析方法的准确性、灵敏度、精密度和重现性均符合要求,适用于HIV-1整合酶基因序列分析。

2010—2018年江西省人冠状病毒HKU1感染特征和基因型分析

目的分析江西省冠状病毒HKU1感染特征和基因型,为HKU1感染疾病的防控提供技术支撑。方法采集急性呼吸道感染病例标本,采用实时逆转录聚合酶链式反应(real-time RT-PCR)方法进行冠状病毒HKU1核酸检测。阳性标本CT值<30进行棘突蛋白S和核心蛋白N基因巢式PCR扩增,产物纯化后使用测序仪进行序列测定。使用Excel、SPSS 13.0、CLC、DNAStar和MEGA7分析数据。结果共采集3744份标本,检出HKU1阳性42份,阳性率1.12%;HKU1阳性率男性病例高于女性病例,1~3岁儿童HKU1阳性率最高,阳性率在12月最高,差异有统计学意义。2012年HKU1阳性率最高,2016年和2017年未检出。2010—2018年江西省HKU1阳性标本序列基因分型结果为13个A型、6个B型。结论江西省冠状病毒HKU1感染男性高于女性,1~3岁儿童是冠状病毒HKU1感染的高危人群。HKU1阳性率在12月最高,各年间阳性率有差异。省内HKU1流行株基因型为A型和B型。

MCP-1基因对脓毒症急性肾损伤发生的作用研究

目的研究单核细胞趋化蛋白-1(MCP-1)基因对脓毒症急性肾损伤(AKI)发生的作用。方法选取2022年9月-2023年9月新疆维吾尔自治区人民医院重症医学科收治的50例脓毒症AKI患者作为AKI组,纳入同期50例健康受试者作为对照组。分别采集全部受试者清晨空腹静脉血5 mL,采用ELISA法测定AKI患者及健康人群血清中MCP-1的表达情况;通过原代培养肾小管上皮细胞,利用CK14和CK18抗体进行细胞免疫荧光鉴定,过表达和干扰MCP-1基因,利用CCK8细胞增殖检测试剂盒和RT-qPCR检测肾小管上皮细胞增殖情况和肿瘤坏死因子α(TNF-α)、白细胞介素-1β(IL-1β)、白细胞介素6(IL-6)、白细胞介素10(IL-10)、γ-干扰素(IFN-γ)炎性因子表达的变化。结果与对照组相比,AKI组患者外周血中和尿液中的MCP-1表达量显著升高(P均<0.05);通过细胞免疫荧光鉴定,选择上皮细胞标志物CK14和CK18,原代培养24 h,90%以上的细胞表达细胞标志物CK18,约84%的细胞表达CK14;与NC组相比,siRNA组在24、48 h细胞数量增加(P均<0.05);与MCP-1组相比,siRNA组在24、48、72 h的细胞数量增加(P均<0.05);NC组的IL-1β、IL-6、INF-γ因子的表达水平随时间推移逐渐升高,MCP-1组的IL-1β、IL-6、IL-10、INF-γ和TNF-α因子的表达水平随时间推移逐渐升高,siRNA组的IL-1β、IL-6、INF-γ因子表达水平随时间推移无明显升高趋势。结论MCP-1基因在脓毒症急性肾损伤的发病机制中可能发挥重要作用,该基因可能通过调节IL-1β等炎性细胞因子的表达来抑制肾小管上皮细胞的生长和增殖,从而参与脓毒症患者的AKI过程。

IL-1Ra基因多态性与无症状细菌性阴道病自然转归关系的研究

目的 研究白细胞介素1受体a(IL-1Ra)基因多态性与无症状细菌性阴道病(aBV)患者不同转归的关系,以期对aBV患者进行分组管理。方法 对aBV患者进行自然转归的研究,在入组时,所有患者均留取了一份静脉血标本和阴道灌洗液的标本单独冻存。4个月后,临床研究结束时,根据临床结局,将完成研究的患者分为3组:自愈、进展和无改变。再检测所有患者IL-1Ra基因多态性以及阴道微环境中IL-1β和IL-1Ra浓度,并比对上述指标在3组不同结局的患者间的差别。结果 共有1 014例中国汉族女性患者入组,984例完成临床随访并获得临床结局数据。其中13例患者的冻存标本在检测时无法使用,共有971分标本完成检测。所有患者均检测到IL-1Ra基因,有A_(1)/A_(1)、A_(1)/A_(2)和A_(2)/A_(2) 3种基因型,主流人群的基因型为A_(1)/A_(1),最少见的基因型为A_(2)/A_(2),未发现少见类型的基因型女性。病情进展组的A_(2)等位基因的频率明显高于自愈组(P<0.05)。在所有患者的阴道灌洗液标本中均能检测到IL-1β和IL-1Ra存在。与进展组比较,自愈组的IL-1β水平明显偏低(P<0.05)。当携带A_(2)等位基因时,进展组IL-1β水平相对偏低,而IL-1Ra水平相对升高,无变化组的数值介于进展组和自愈组之间。结论 aBV患者中的IL-1Ra基因多态性特征与阴道分泌物中的IL-1Ra含量有关。携带等位基因A_(2)与IL-1Ra含量升高、IL-1β含量降低有密切相关性。携带等位基因A_(2)可能通过与IL-1Ra和IL-1β有关的机制影响了aBV的临床转归。

小麦耐盐基因TaHKT1的新单倍型及其耐盐性评价

本研究利用0.5%盐胁迫对275份小麦品种(系)进行芽期耐盐性鉴定,测定发芽率、芽长、根长、根数、芽鲜质量、根鲜质量及根冠比等指标。利用主成分分析法将7个指标转化为3个主成分,累积贡献率为74.35%。通过主成分贡献率和隶属函数分析进一步将3个主成分简化为综合评价值(D)。根据D值的大小,利用聚类分析法将275份小麦品种(系)划分为高耐盐、中耐盐、耐盐、盐敏感和盐高敏感共5个等级,筛选出高耐盐种质11份、中耐盐107份、耐盐60份,累计占比64.7%。通过对13个小麦品种(系)进行TaHKT1基因序列分析,发现T∶T新单倍型与耐盐性相关。利用KASP标记对275份小麦品种(系)进行检测,有98份小麦品种(系)为新单倍型,占35.64%;新单倍型小麦品种(系)在各省份中所占比例不同。将小麦品种(系)的TaHKT1基因T∶T单倍型与耐盐性D值进行关联分析,结果表明,TaHKT1基因T∶T单倍型与小麦芽期耐盐性差异达极显著水平(p<0.01)。

大白菜BrCYP83B1基因的克隆及表达分析

【目的】细胞色素P450家族是十字花科植物硫苷合成重要的酶系,其中CYP83亚家族主要参与核心结构的合成,旨在探究大白菜(Brassica rapa ssp.pekinensis)CYP83B1基因的功能。【方法】利用RT-PCR技术克隆BrCYP83B1基因,通过生物信息学软件分析其编码蛋白理化性质、同源性及启动子顺式作用元件,利用RT-qPCR技术分析BrCYP83B1的表达模式,并构建其植物超表达载体。【结果】BrCYP83B1 cDNA序列全长为1500 bp,编码499个氨基酸,编码蛋白属于细胞色素P450超家族,主要定位于细胞质,二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲构成,与甘蓝型油菜、青花菜的CYP83B1蛋白具有较高的同源性。启动子分析表明,该基因启动子区域包含水杨酸、脱落酸及茉莉酸甲酯等激素响应的顺式作用元件,说明BrCYP83B1基因表达可能受激素调控。RT-qPCR分析结果表明,BrCYP83B1基因在大白菜的根、茎、叶、花和果中均有表达,且以叶中的表达量最高;茉莉酸甲酯够显著促进该基因的表达,而水杨酸处理对其表达具有一定的抑制作用,脱落酸处理下基因先上调后又下调。【结论】BrCYP83B1可能参与大白菜对激素的响应调控。

OPA 1基因新发无义变异导致ADOA一家系临床表型和基因型分析

目的分析常染色体显性遗传性视神经萎缩(ADOA)一家系的临床表型及基因型。方法采用家系调查研究方法,纳入2023年7-10月在河南省立眼科医院就诊的中国河南地区汉族ADOA一家系2代4名成员,包括2例患者。详细询问患者及其家系成员病史,并进行全面的眼科检查,包括视力、视野、眼底、视网膜电图(ERG)、视觉诱发电位(VEP)、光学相干断层扫描;同时进行听力、肌电图及颅脑磁共振检查以明确是否伴有全身异常。收集该家系4名成员的外周血,对先证者进行全外显子组测序,其他成员采用Sanger测序验证。对新发现的变异位点进行致病性和蛋白结构分析。结果先证者女,15岁,左眼视力下降4年,双眼视神经萎缩,双眼黄斑区中心凹厚度稍变薄,神经节细胞复合体层厚度局部轻度变薄,VEP各波呈低振幅改变,部分视野缺失;全身检查未见明显听力障碍和肌张力异常。先证者母亲视神经部分区域萎缩,双眼黄斑区中心凹厚度稍变薄,VEP检查未见明显异常,ERG轻度异常。全外显子组测序结果显示,先证者及其母亲OPA 1基因外显子6出现杂合无义变异c.676C>T(p.Gln226Ter),该变异位点在HGMD数据库未见报道,千人基因组和gnomAD数据库未见收录,其可导致226位谷氨酰胺处发生提前终止。蛋白结构分析显示,OPA1蛋白p.Gln226Ter可造成蛋白与周围残基相结合的氢键改变,进而导致蛋白功能改变。根据ACMG指南,该变异可能致病。结论该ADOA家系患者表现为青少年时期发病的双眼视神经萎缩,左眼为主;OPA 1基因c.676C>T变异可能为该ADOA家系致病变异位点,该变异位点为首次报道。

棉花凝集素类受体蛋白激酶基因GhLecRK1响应棉蚜危害的功能分析

【目的】克隆棉花(Gossgpium hirsutum)凝集素类受体蛋白激酶(LecRK1)基因GhLecRK1,分析其在响应棉蚜危害中的功能,为培育棉花抗蚜新品种提供理论参考。【方法】在棉蚜诱导的棉花叶片全转录组测序数据分析基础上,克隆响应棉蚜危害的GhLecRK1基因,并对其序列进行生物信息学分析。采用实时荧光定量PCR检测GhLecRK1基因在棉蚜诱导下的表达模式,运用瞬时过表达技术研究其在棉花对棉蚜防御响应中的功能。【结果】GhLecRK1基因开放阅读框(ORF)长度1233 bp,编码410个氨基酸残基,理论等电点(pI)8.36,预测蛋白质分子量45948 Da,由具有1个α-甘露糖凝集素结合结构域、1个S-糖蛋白结构域(SLG)和1个纤溶酶原/苹果/线虫结构域(PAN)组成,属G型凝集素类受体蛋白激酶。同源序列比对分析结果表明,GhLecRK1与其他植物的G型LecRLKs序列具有高度相似性(94.39%)。系统发育分析结果表明,GhLecRK1与Gossypium raimondii的Gr012449778.1亲缘关系最近。在棉蚜取食诱导后24、48和72 h的棉花植株的子叶、根、茎中GhLecRK1基因的表达量均有不同程度上调,但是仅有子叶在棉蚜取食24 h时GhLecRK1基因相对表达量显著上调(P<0.05,下同)。选择性和非选择性试验结果显示,瞬时过表达GhLecRK1基因棉花上棉蚜的数量均少于WT植株和pMD植株,且在取食48 h时过表达GhLecRK1基因棉花上棉蚜蜜露的分泌量显著减少。【结论】GhLecRK1基因响应棉花对棉蚜的防御反应,GhLecRK1基因过量表达后可增强棉花对棉蚜的抗性。

华法林相关基因CYP2C9、VKORC1、CYP4F2的多态性分布

目的研究CYP2C9、VKORC1、CYP4F2基因多态性在陕西省宝鸡地区汉族人群中的分布情况,为华法林个体化用药提供遗传依据。方法选取2022年1月至2023年5月在宝鸡市中医医院心内科接受华法林治疗并进行相关基因检测的住院患者475例,采用飞行时间质谱仪对华法林药物相关基因CYP2C9、VKORC1、CYP4F2分别进行检测,然后对检测结果的基因多态性进行分析。结果华法林药物相关各基因分布频率符合Hardy-Weinberg equilibrium规律,475例患者VKORC1基因型分别是AA型、AG型、GG型,基因频率分别为83.79%,15.58%,0.63%;CYP2C9基因型分别是*1/*1型、*1/*3型、*1/*2型,基因频率分别为95.17%,4.74%,0.11%,未检出*2/*2、*2/*3、*3/*3基因型;CYP4F2基因型分别是*1/*1型、*1/*3型、*3/*3型,基因频率分别为52.40%,39.37%,8.21%。各基因型分布在患者不同性别、年龄之间无统计学差异。结论陕西宝鸡地区汉族人群华法林药物基因VKORC1(c.-1639G>A)以变异型为主,包括纯合变异和杂合变异,而CYP2C9(*1、*2、*3)和CYP4F2(*1,*3)以野生型为主。

人乳头瘤病毒L1基因分型国家参考品的升级换代研制

目的 对人乳头瘤病毒(HPV)L1基因分型国家参考品升级换代,以提高基于L1检测靶区的HPV核酸(分型)试剂的质量。方法 研制包含了34种不同型别HPV L1的质粒样品。经商业化核酸检测试剂复核验证,分装组成国家参考品。采用荧光PCR法进行量值标定,并溯源至WHO第一代HPV16 DNA国际参考品。结合不同实验室的协作标定研究和适用性验证结果,确定参考品的质量标准,并进一步考察参考品的稳定性。结果 国家参考品包括34种不同型别HPV样本和5种HPV阴性病原体,型别上囊括了HPV68a和HPV68b亚型。34种不同型别HPV DNA含量为6.26~7.08 Log10 IU/mL,并要求各试剂准确性应能检出其检测范围内的所有型别且分型正确,其检出限应不高于104 IU/反应。结论 成功建立了新一代HPV L1基因分型国家参考品,用于评价L1检测靶区的HPV核酸检测试剂的质量。

Th1/Th2平衡及HLA-DQA1基因多态性与血液透析导管性感染的相关性

目的:探讨Th1/Th2平衡及人白细胞抗原DQA1(HLA-DQA1)基因多态性与血液透析导管性感染的相关性。方法:选取2020年1月至2024年1月在我院治疗的血液透析导管性感染患者48例作为观察组,同时选取同期血液透析无导管性感染患者260例作为对照组,比较两组Th1、Th2细胞及因子、以及HLA-DQA1基因多态性差异。结果:观察组Th1、Th2、TNF-α、TGF-1、IL-4和IL-6分别为(43.35±9.10)%、(3.10±0.92)%、(46.22±8.87)pg/mL、(50.05±13.36)pg/mL、(1.03±0.35)pg/mL和(40.05±11.65)pg/mL,高于对照组(P<0.05),而Th1/Th2为(14.01±2.20),低于对照组(P<0.05)。观察组和对照组HLA-DQA1基因型差异有统计学意义(P<0.05)。观察组死亡患者TNF-α、IL-4、IL-6分别为(58.07±2.65)pg/mL、(1.22±0.21)pg/mL和(46.67±9.96)ng/L,高于存活患者(P<0.05)。观察组存活和死亡患者HLA-DQA1基因多态性比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论:血液透析导管性感染患者Th1、Th2细胞及相关因子水平升高,发生感染和未发生患者HLA-DQA1基因型有所差异,其中TNF-α、IL-4、IL-6与预后有关。

肺腺癌中HPRT1基因表达对患者总生存的影响

目的 探索HPRT1基因在肺腺癌中的表达特征、总生存率、功能激活以及免疫浸润中的影响。方法 通过对TCGA肺腺癌数据以及多个GEO数据库中的肺腺癌数据进行挖掘分析,对比并验证HPRT1表达量与预后总生存(overall surival,OS)的关系,通过cluster Profiler分析HPRT1基因高表达组中上调基因的功能富集情况。且通过TIMER以及CIBERSORT算法计算肺腺癌中不同免疫细胞的浸润水平并对比在HPRT1高低表达组间的浸润程度差异。结果 HPRT1在肺腺癌组织中表达量显著上调,且在TCGA中证明HPRT1基因高表达的患者预后OS更差(P <0.01)。经过2个GEO数据集的验证同样发现HPRT1基因高表达表现为预后OS更差(GSE13213,P <0.01;GSE67639,P <0.001)。差异分析显示高表达的患者中有683个基因的表达量显著上调且这些上调基因的功能主要富集与p53以及细胞周期等癌症相关的信号通路。TIMER以及CIBERSORT算法进行的免疫细胞浸润程度分析发现在高表达差预后人群中B细胞以及CD4T细胞含量均更低(P <0.05)。结论 HPRT1基因表达量越高肺腺癌患者的总生存越差,且高表达患者的p53信号通路上调,B细胞以及CD4T细胞浸润程度显著下降。

唾液腺腺泡细胞癌中NR4A3基因重排及NOR-1蛋白表达分析

目的:探讨NR4A3基因重排和NOR-1蛋白表达在唾液腺腺泡细胞癌中的表达及在鉴别诊断中的价值。方法:收集2020年5月—2024年1月于上海交通大学医学院附属第九人民医院口腔病理科诊断的唾液腺癌119例,包括腺泡细胞癌(acinic cell carcinoma,AciCC)63例,黏液表皮样癌(mucoepidermoid carcinoma,MEC)31例,分泌性癌(secretory carcinoma,SC)25例。分别使用荧光原位杂交和免疫组织化学染色检测NR4A3基因重排和NOR-1蛋白表达情况,采用SPSS 18.0软件包对数据进行统计学分析。结果:AciCC主要发生于大唾液腺。与MEC和SC相比,AciCC好发于女性(P=0.006)。NR4A3基因重排在AciCC、MEC和SC中的阳性率分别为76.2%(48/63)、0%(0/10)和0%(0/7),NOR-1蛋白表达在AciCC、MEC和SC中的阳性率分别为92.1%(58/63)、9.7%(3/31)和0%(0/25),差异具有统计学意义(P<0.001)。单独使用NR4A3基因重排诊断AciCC时,灵敏度和特异度分别为76.2%和100%。单独使用NOR-1蛋白表达诊断AciCC时,灵敏度和特异度分别为92.1%和94.6%。联合使用NR4A3基因重排和NOR-1蛋白表达诊断AciCC时,灵敏度和特异度分别为96.8%和94.6%,曲线下面积为0.896,诊断价值最优。结论:AciCC好发于女性,主要发病部位为大唾液腺。NR4A3基因重排仅见于AciCC中,在诊断工作中具有100%的特异性,但敏感性较低。NOR-1蛋白表达检测具有很好的灵敏度和特异度,可作为鉴别AciCC、MEC和SC的初筛和替代方法。联合使用NR4A3基因重排和NOR-1蛋白表达检测具有最优的诊断价值。