Sonoclot标记曲线用于体外循环后凝血功能的监测

目的：选用Sonoclot标记曲线监测CPB结束后的凝血功能，观察其特点与效果。方法：选择择期CABG病人9例，于CPB前后抽取血样，分别测定PT、APTT、Fbg、ACT、血小板计数(Plt)和Sonoclot标记曲线。结果：CPB结束用鱼精蛋白1：1拮抗后，ACT值恢复正常，PT、APTT有明显延长，血小板计数和Fbg含量明显下降。Sonoclot标记特征值仍保持正常。结论：病人可以接受在常规CPB方法下的凝血功能变化。Sonoclot标记曲线是一种直接判断凝血功能的便捷方法。

应用高分辨率熔解曲线技术分析水稻分子标记基因型

【目的】验证高分辨熔解曲线(high-resolution melting curve analysis,HRM)技术在水稻分子标记分析中应用的可行性和可靠性,应用该技术对水稻重组自交系(RIL)群体及其亲本进行SSR、InDel和SNP标记基因型分析。【方法】以粳稻品种丽江新团黑谷(LTH)和籼稻品种三黄占2号(SHZ-2)及其衍生的RIL群体为材料,以纯合亲本LTH作为参比基因型,利用HRM技术分析一个G/A转换的SNP标记以及非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)难以分辨的一个SSR标记和一个InDel标记的基因型。【结果】通过加入适量的参比DNA,HRM能够分辨2个纯合亲本及其衍生的纯合体和杂合体RI系的分子标记基因型,并且以加入20%模板量的参比DNA对3种基因型的分辨最好。利用该方法对作图群体的部分RI系进行分子标记基因型分析,结果与变性PAGE的分析结果完全吻合。【结论】验证了HRM应用于水稻SSR、InDel以及SNP标记分析的可行性和可靠性。相对于凝胶电泳分析,HRM具有分辨率高、高效、快速、操作简单、安全等优点,是一种在水稻分子标记分析中很有应用前景的技术。

应用高分辨率熔解曲线(HRM)开发大菱鲆(Scophthalmus maximus)SNP标记的研究

利用Vector NTI Advance 11软件分析了NCBI数据库中大菱鲆的12428条EST序列,筛出候选SNP位点;应用高分辨率熔解曲线(HRM)对大菱鲆不同性状群体进行基因分型。结果表明,522个重叠群中共筛出160多个候选SNP位点;设计56对引物用于实验,能扩增出目的片段的引物有37条,合45个位点,成功率为66.1%;设计探针,能与候选SNP位点杂交的探针有13条,杂交率为28.9%。本实验中能成功进行基因分型的位点共有8个,占杂交位点的61.5%,其中有6个为碱基替换型位点,即G-A和C-T各占3个,2个为碱基颠换型位点,即T-G和A-T各占1个。

基于单标记探针实时荧光定量PCR和熔解曲线分析方法定量检测HBeAg阳性患者前C区变异株

目的建立一种HBV复杂前C区变异株精确定量的检测系统。方法分两步实时PCR完成检测。首先应用野生株阻断探针(WT-blocker probe)进行选择性抑制野生株病毒的扩增,而含量偏低的变异株病毒得以扩增约10000倍,使其在后续反应中易于检出;第二步应用单标记探针(Simple Probe)结合熔解曲线分析系统精确定量检测前C区G1896A、G1899A、G1896A/G1899A变异株。通过PBPPO(primer-blocker-probe partial-overlap)设计减少基因多态性对检测的影响,来提高检测精确度。检验结果经直接测序及聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析方法予以证实。结果 4种标准质粒(G1896/G1899、G1896A、G1899A、G1896A/G1899A)能够很好地被检出并予以区分,突变检测灵敏度达到0.01%;10例HBeAg阳性(直接测序法鉴定前C区变异阴性)患者血清标本中,每例至少1种前C区变异株被检出。结论单标记探针实时荧光定量PCR和熔解曲线分析能够早期灵敏检测前C区变异株,前C区变异株进化过程及机制还需进一步大样本、纵向队列研究予以阐明。

荧光标记杂交双探针PCR融解曲线法在临床的应用评价

目的:对国产荧光标记杂交双探针PCR融解曲线法(FH—PCR—MC)检测乙型肝炎病毒聚合酶酪氨酸-蛋氨酸-天门冬氨酸-天门冬氨酸基序(HBVYMDD)变异的试剂进行临床应用评价.方法:慢性乙型肝炎患者外周血浆标本217份,分别采用荧光标记Taqman探针定量PCR法(FT—PCR)和荧光标记杂交双探针PCR融解曲线法(FH—PCR—MC)检测HBVDNA含量和YMDD及其变异;其中78份HBVDNA阳性标本采用基因型特异性多引物对巢式PCR法进行基因分型(A—F),30份标本用PCR产物克隆测序法检测HBVYMDD及其变异.结果:血浆标本HBVDNA阳性率(≥1.0×106copies/L)为75.6%(164/217).YMDD及其变异检出率为67.7%(147/217).其中YMDD44.9%(66/147),YIDD22.5%(33/147).YVDD17.7%(26/147),YIDD/YVDD混合株10.9%(16/147),其他混合株4.0%(6/147);结合HBVDNA含量,HBVYMDD及其变异的检出下限为HBVDNA=5.0×106copies/L,但在106copies/L时检出率较低,仅为36.4%,随着HBVDNA含量增高,检出率显著增高(>80%),且在107copies/L时即有显著增高(χ2=7.177,P<0.01).在基因分型的78份标本中,C基因型占89.8%,B和D基因型分别占8.9%和1.3%,YMDD及其变异总检出率为100%,变异总检出率为59.0%;1份D基因型YMDD及其变异检测为YIDD/YVDD混合变异;B,C两种基因型变异检出率分别为71.4%和55.7%,但二者无统计学差异.以测序法的检测结果为相对标准,则FH—PCR—MC法检测HBVYMDD及其变异的相对敏感性、特异性和符合率分别为96.3%(26/27),100%(3/3)和96.7%(29/30);对于HBVYMDD及其变异的类型,两种方法检测结果一致.结论:FH—PCR—MC法是一种快速、特异的HBVYMDD及其变异检测方法,具有较高的检出率,且能区分YMDD及其变异的类型.

标记曲线在目标识别中的应用

文章介绍了任意流形空间上的微分不变标记曲线的构造和应用,该方法已经成功得被Olver团队应用到了图像目标识别中。E.Cartan在他早期工作中提出标记曲线一般化理论,他指出在给定变换群下作用的曲线等价当且仅当他们的标记曲线等价。文中将沿着Olver团队在近似数值微分不变量构造的工作对不同标记曲线数值化过程进行研究,利用标记曲线通过数学建模对几何对象进行对称检测,仿真实验结果表明该算法能够检测出目标对称轴,检测的准确性取决于几何对象的局部性质。可以看出标记曲线在这方面的应用有着非常明显的优势,从而能够使活动标架理论在计算机视觉中得以广泛的应用。

基于PCR-HRM的水稻氮高效基因NRT1.1B功能标记开发及应用

水稻对氮肥的高效与合理利用是发展绿色农业的重要保障。培育含有氮高效基因的水稻品种,是提高氮肥利用率最经济有效的途径。本研究开发了一个用于HRM(高分辨率熔解曲线)高通量检测硝酸盐转运蛋白基因NRT1.1B的分子功能标记。利用此标记对78份山东地方水稻品种进行NRT1.1B基因分型,发现有13个水稻品种为含有NRT1.1B的高效单倍型,表明NRT1.1B在山东省水稻品种中分布较少。利用测序分析验证,测序结果与本标记分型结果一致。可见,本研究开发的功能标记能够快速准确鉴定出NRT1.1B基因型,可为筛选和培育氮高效水稻新品种提供有力的技术支撑。

Logistic回归和ROC曲线分析多种肿瘤标志物在鉴别良恶性胸水中的应用价值

目的:应用Logistic回归和ROC曲线探讨癌胚抗原(CEA)、鳞癌抗原(SCC)、神经特异性烯醇化酶(NSE)和细胞角蛋白19片段(CYFRA21-1)在鉴别良恶性胸水中的应用价值。方法:应用化学发光微粒子免疫测定法和电化学发光免疫测定法对24例肺癌患者、32例良性肺部疾病患者的胸水标本进行4种肿瘤标志物测定,通过ROC曲线分析CEA、CYFRA21-1、NSE、SCC及各种Logistic回归结果的ROC曲线下面积(AUC)值。结果:肺癌患者-良性肺部疾病患者胸水中,除SCC外其余3种肿瘤标志物差异均有显著性(P<0.05)。CEA的AUC要高于CYFRA21-1,而CYFRA21-1的AUC要高于NSE,NSE的AUC要高于SCC,而CEA、CYFRA21-1、NSE三者联合诊断的AUC要高于其中任意单一检查的AUC。结论:检测CEA、CYFRA21-1和NSE3种肿瘤标志物对诊断和鉴别诊断良、恶性肺部疾病有重要临床价值。作为一种统计手段,ROC分析中结合Logistic回归模型简单有效,适用于多指标联合诊断试验的分析评价。

绿色荧光蛋白标记对大鼠骨髓间充质干细胞生长的影响

目的:观察腺病毒pAdEasy系统携带绿色荧光蛋白对骨髓间充质干细胞的标记效率及标记对骨髓间充质干细胞生长的影响,为进一步追踪研究骨髓间充质干细胞奠定基础。方法:实验于2006-11/2007-03在四川大学华西组织胚胎学与神经生物学实验室完成。①实验材料:成年雄性SD大鼠,体质量100～120g,由四川大学实验动物中心提供。实验过程中对动物处置符合动物伦理学标准。②实验方法:采用密度梯度离心结合贴壁培养法分离纯化大鼠骨髓间充质干细胞,传代扩增,应用免疫细胞化学方法对培养的骨髓间充质干细胞进行鉴定。将生长到约80%融合的第3代骨髓间充质干细胞随机分为绿色荧光蛋白标记组和对照组。绿色荧光蛋白标记组加入1:100稀释的腺病毒(pAdEasy-1-pAdTrack-CMV)上清液,对照组加入磷酸盐缓冲液。③实验评估:观察绿色荧光蛋白标记对骨髓间充质干细胞生长曲线的影响。结果:体外培养的原代骨髓间充质干细胞24h内可见有少量贴壁细胞,8～10d左右达到70%～80%汇合。免疫细胞化学检测第3代骨髓间充质干细胞显示,CD44和CD90表达阳性,而CD14和CD34表达阴性。生长曲线表明,绿色荧光蛋白标记对骨髓间充质干细胞增殖无明显影响。结论:腺病毒pAdEasy系统携带绿色荧光蛋白标记的骨髓间充质干细胞效率高,标记后对细胞的生长无明显影响。

基于SNP标记的黄瓜杂交种纯度鉴定方法

根据国际葫芦科基因组数据库CuGenDB中序列信息,应用高分辨率熔解曲线技术筛选出用于黄瓜杂交种纯度鉴定的SNP位点CLA6(A/G),该位点在33个市售黄瓜品种中的多态信息量为0.401,处于中度多态;结合焦磷酸测序技术,建立基于CLA6位点的SNP-Pyrosequencing黄瓜杂交种纯度鉴定方法。利用该鉴定方法检测黄瓜杂交种优一90粒种子,结果其种子纯度为96.7%,该结果与CLA0位点及SSR鉴定结果相符,表明该鉴定技术适于黄瓜杂交种纯度鉴定,具有用于DUS测试分析的潜力。

高分辨率熔解曲线及其应用

饱和荧光染料、未标记探针与实时荧光PCR结合产生的高分辨率熔解曲线(HRM)是一种新的实时定量技术,在检测速度、灵敏度和准确性上具有突出的优点,近几年来在突变扫描、DNA甲基化和基因分型等医学检测中发展迅速。就HRM的原理、应用以及在HRM基础上发展起来的未标记探针(un lab led probe)HMR、弹回探针(snap probe)HMR技术作一介绍。

炎症标志物在区分子宫内膜病变中的预测价值

【目的】探讨术前血清炎症标志物在子宫内膜癌中的预测价值。【方法】回顾性分析中山大学附属第三医院2020年1月至2023年12月经病理确诊的子宫内膜非典型增生及子宫内膜癌患者的实验室及临床病理资料,分析两组患者基本信息间的差异,通过Mann-Whitney U检验对比术前血清炎症标志物及肿瘤标志物在两组患者间的差异,有差异的指标使用ROC曲线来分析其特异度、敏感度及最佳截断值。共408名患者纳入研究,其中子宫内膜非典型增生组82名患者,子宫内膜癌组326名患者。【结果】患者术前血清白细胞计数(P=0.039)、单核细胞计数(P=0.046)、血小板计数(P=0.0317)、血小板/淋巴细胞比值(PLR)(P=0.017)、CA-125(P<0.0001)、HE4(P<0.0001)在子宫内膜非典型增生和子宫内膜癌间有统计学差异,为这些存在差异的指标绘制ROC曲线,结果显示白细胞(P=0.041)、血小板(P=0.045)、PLR(P=0.007)、CA-125(P<0.0001)、HE4(P<0.0001)在子宫内膜癌的识别中,其预测价值具有统计学意义。对比单个指标,联合指标CA-125+HE4+PLR+白细胞+单核细胞具有最大AUC[0.76(0.70~0.81)],其预测价值更高。【结论】CA-125+HE4+PLR+白细胞+单核细胞联合筛查可帮助识别子宫内膜癌,为子宫内膜非典型增生及早期内膜癌保守治疗的患者提供有效的信息。

基于高分辨率熔解曲线技术快速筛选黄瓜SNP_1

为筛选用以黄瓜纯度检验和品种鉴定的SNP位点,以17个黄瓜杂交品种及其34份亲本为SNP筛选群体,利用高分辨率熔解曲线(high resolution melting,HRM)技术筛选SNP位点。本研究通过HRM分析和焦磷酸测序确认,获得CLA0(TT/--)、CLA1(C/T)和CLA6(A/G)三个SNP位点,群体中多态信息量(PIC)分别为0.549、0.366和0.477;并对市售12个杂交黄瓜种分型鉴定,结果表明,三个SNP位点适用于其中11个市售品种的纯度鉴定,具备用于品种鉴定的潜能。

血清肿瘤标记物对肺部结节的诊断价值

目的本文通过回顾性分析肺癌患者治疗前血清CEA、CYFRA21-1和NSE水平,旨在评估肿瘤标记物对肺部结节(≤3cm)的诊断价值。方法回顾性分析行肺叶切除术或肺楔形切除术,术后病理证实患者肿瘤直径≤3cm的临床资料。对纳入研究的患者血清肿瘤标记物水平进行ROC曲线分析,计算曲线下面积、P值、灵敏度和特异性指标、约登指数及相应界值。结果血清CEA、CYFRA21-1及NSE对于肺部恶性结节的诊断均具有重要意义,P<0.05。其中,CEA对于诊断肺腺癌结节的灵敏度为0.241,特异性为0.890;CYFRA21-1对于肺鳞癌结节灵敏度为0.350,特异性为0.854;而NSE对于肺小细胞肺癌结节的诊断灵敏度为0.667,特异性为0.724。结论血清CEA、CYFRA21-1及NSE对于肺部恶性结节的诊断均具有重要意义。CEA、CYFRA21-1及NSE分别对肺腺癌、肺鳞癌及小细胞肺癌结节更具诊断意义。

平面标定靶标标记点的圆心提取

基于圆形标记点的平面靶标被广泛应用于摄像机标定与视觉测量中。针对该平面靶标,为得到圆形标记点在像面上的圆心投影,提高摄像机的标定精度,本文提出了一种基于对偶二次曲线几何特性的圆心提取算法。该算法的核心是平面内一个标记点A像面投影二次曲线对应的对偶矩阵CA*,相对于平面内另外一个标记点B的对偶矩阵CB*的一个广义特征向量,穿过这两个标记点的圆心投影。因此,在获取标记点亚像素级边缘点,拟合椭圆得到椭圆二次曲线方程后,通过任意两个标记点的对偶矩阵,均可得到一条穿过这两个圆心投影的向量。经过同一个圆心投影的多个向量叉乘标准化后的结果就是该标记点的圆心投影。为测试本文方法提取圆心像点的精度,本文在像面与靶标平面夹角40°的姿态下,对直径为90mm的超大标记点提取圆心投影,圆心投影误差为0.1～1pixel。并以此方法得到的圆心投影对手持式扫描仪进行摄像机标定,进而对已知坐标的平面靶标及3D工件上的标记点进行扫描,最大误差不超过0.2mm。通过实验证明了本文提取的圆心投影比采用椭圆圆心的精度高,而且提高了摄像机的标定精度。

血清标记物检测结合智能算法在胃癌诊断中的应用

目的:基于智能算法建立胃癌的辅助诊断模型。方法:以经病理学确诊的156例胃癌患者为胃癌组,以150例消化道良性病变患者和健康体检者为对照组,检测其血清中11种标记物的含量,通过比较ROC曲线下面积筛选出9种血清标记物,分别应用BP算法和支持向量机算法建立胃癌的数学辅助诊断模型,并通过40例测试集评价其效果。结果:成功建立了2种不同的胃癌辅助诊断模型,其中BP算法建立的诊断模型诊断准确率、敏感性、特异性分别为82%、85%、80%,支持向量机诊断模型的诊断准确率、敏感性、特异性分别为90%、95%、85%。结论:支持向量机诊断模型的诊断准确率、敏感性及特异性相对较高,对胃癌的早期预测及诊断有重要的参考价值。

HRM-非标记探针法检测IL-15基因SNPs方法的建立

目的建立用于检测白细胞介素-15(IL-15)基因单核苷酸多态性(SNP)位点的高分辨率熔解曲线(HRM)-非标记探针的方法。方法采用HRM-非标记探针法及小片段扩增法对80名健康儿童IL-15基因4个SNPs位点进行基因分型,采用基因测序法进行验证并同时与小片段扩增法分型结果进行比较。结果 HRM-非标记探针法与基因测序分型结果一致,准确率为100%;未加入温度内标的小片段扩增法不能区分野生纯合子和突变纯和子。结论 HRM-非标记探针法是对已知SNP位点突变研究的一种廉价、简便、准确的基因分型技术,适合于对已知的SNP位点或基因突变进行分型和检测。

脂蛋白相关磷脂酶A2联合系统性炎症反应指数对急性一氧化碳中毒迟发性脑病的预测价值

目的测定急性一氧化碳中毒患者系统性炎症反应指数(SIRI)和血清脂蛋白相关磷脂酶A2(Lp⁃PLA2)水平,并探讨二者及其联合对急性一氧化碳中毒迟发性脑病(DEACMP)的预测价值。方法纳入2020年3月至2023年3月河北医科大学哈励逊国际和平医院、河北省衡水市第二人民医院和第四人民医院诊断与治疗的265例急性一氧化碳中毒患者,测定SIRI和血清Lp⁃PLA2水平,根据是否发生DEACMP分为DEACMP组(32例)和非DEACMP组(233例),根据中毒程度分为轻度中毒组(20例)、中度中毒组(107例)和重度中毒组(138例),单因素和多因素Logistic回归分析筛查急性一氧化碳中毒患者发生DEACMP的危险因素,绘制受试者工作特征(ROC)曲线,评估SIRI、Lp⁃PLA2及二者联合对DEACMP的预测效能。结果DEACMP组患者SIRI(t=13.068,P=0.000)和血清Lp⁃PLA2水平(t=8.208,P=0.000)均高于非DEACMP组,且二者随中毒程度的加重而逐渐升高,重度中毒组和中度中毒组SIRI(t=8.764,P=0.000;t=4.586,P=0.000)和Lp⁃PLA2(t=3.726,P=0.000;t=2.038,P=0.044)高于轻度中毒组,重度中毒组亦高于中度中毒组(t=10.294,P=0.000;t=2.700,P=0.007)。Logistic回归分析显示,重度中毒(OR=11.695,95%CI:4.893~39.994;P=0.000)、SIRI增加(OR=1.600,95%CI:1.033~2.476;P=0.001)和血清Lp⁃PLA2水平升高(OR=11.302,95%CI:1.486~38.933;P=0.000)是急性一氧化碳中毒患者发生DEACMP的危险因素。ROC曲线显示,Lp⁃PLA2、SIRI及二者联合预测DEACMP的曲线下面积分别为0.82(95%CI:0.754~0.894,P=0.000)、0.82(95%CI:0.739~0.895,P=0.000)和0.87(95%CI:0.805~0.934,P=0.000),灵敏度为0.66、0.72和0.84,特异度为0.85、0.88和0.90;Lp⁃PLA2联合SIRI预测DEACMP的效能优于单一Lp⁃PLA2(t=2.198,P=0.027)或SIRI(t=2.268,P=0.023)。结论急性一氧化碳中毒患者SIRI和血清Lp⁃PLA2水平较高时易发生DEACMP,二者联合检测可用于DEACMP的早期筛查。

基于人类视觉特性的梯度骨架标记提取算法

针对分水岭算法预处理阶段的标记提取问题,提出一种基于人类视觉特性的梯度骨架标记提取算法。通过标记梯度图像的谷点组成贯通整幅梯度图像的骨架,在不同彩色空间中根据背景亮度自动选取阈值,并从骨架中剔除大于该阈值的鞍点,使骨架离散为各自连通的小骨架群,将每个小骨架作为独立标记。实验结果表明,该算法能够解决传统算法参数选取困难的问题,在抑制分水岭算法过分割边缘的基础上获得更好的分割结果。

受试者工作特征曲线评价帕金森病小鼠模型血浆生化指标的变化

目的利用受试者工作特征曲线（ROC曲线）分析小鼠血浆生化指标与黑质多巴胺（dopamine，DA）能神经元缺失的相关性。方法用神经毒素1-甲基4苯基-1，2，3，6四氢吡啶（MPTP）制备帕金森病（PD）模型鼠。采用均匀正交设计表L9（3^4）安排小鼠年龄、MPTP、辅助药物（丙磺舒）和给药时间4个因素3个水平的组合实验；取外周血采用高效液相色谱法检测DA与8-羟基脱氧鸟嘌呤（8-hydroxy-2’-deoxyguanosine，8-OHdG）水平，ELISA法检测尿酸（uric acid，UA）和表皮生长因子（epidermal growth factor，EGF）水平；以免疫组化方法测定中脑黑质酪氨酸羟化酶（TH）DA神经元数。以TH免疫反应阳性神经元为DA能神经元缺失水平指标，绘制ROC曲线以选择8-OHdG、UA及EGF中具有较高评估效度的指标，分析其成为生物学标记物的可能性。结果血清EGF水平与TH阳性神经元计数呈正相关（r=0．681，P=0．000），8-OHdG水平与TH阳性神经元计数呈负相关（r=-0．674，P=0．000），UA和DA水平与TH阳性神经元计数无相关性（r=0．229，P=0．110；r=0．065，P=0．654）；曲线下面积（AUC）分别为0．82、0．55、0．82、0．53。结论8-OHdG与EGF的AUC在0．7～0．9之间，在判定模型小鼠黑质DA能神经元损伤具有一定准确性。