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夏南牛SOX6基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究
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作者 邢珊珊 李鑫 +3 位作者 余磊 许会芬 蔡含芳 李明 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期2651-2660,共10页
【目的】克隆夏南牛SRY-box转录因子6(SRY-box transcription factor 6,SOX6)基因CDS区序列并进行生物信息学分析,探究SOX 6基因在不同月龄夏南牛不同组织及牛原代骨骼肌细胞分化过程中的表达规律。【方法】以夏南牛腿肌组织cDNA为模板,... 【目的】克隆夏南牛SRY-box转录因子6(SRY-box transcription factor 6,SOX6)基因CDS区序列并进行生物信息学分析,探究SOX 6基因在不同月龄夏南牛不同组织及牛原代骨骼肌细胞分化过程中的表达规律。【方法】以夏南牛腿肌组织cDNA为模板,PCR扩增SOX 6基因CDS区序列,与其他物种进行相似性比对及系统进化树构建,运用在线软件对SOX6蛋白进行生物信息学分析;采用实时荧光定量PCR方法分别检测SOX 6基因在夏南牛犊牛(0月龄)、青年牛(12月龄)和成年牛(24月龄)不同组织以及牛原代骨骼肌细胞不同分化时期的表达情况。【结果】夏南牛SOX 6基因CDS区序列全长2526 bp,编码841个氨基酸。系统进化树结果表明,夏南牛与牦牛亲缘关系最近,与鸡亲缘关系最远。SOX6蛋白为弱碱性、亲水性蛋白,分子质量为93.35 ku,定位于细胞核中,不含跨膜结构与信号肽。SOX6蛋白二级结构主要由α-螺旋、无规则卷曲、延伸链和β-转角组成,占比分别为41.26%、45.54%、8.09%和5.11%。蛋白互作分析表明,SOX6蛋白与Ⅱ型胶原α1(COL2A1)、软骨蛋白聚糖(ACAN)、羧基端结合蛋白2(CTBP2)和叉头框J3(FOXJ3)等蛋白间存在相互作用。实时荧光定量PCR结果显示,夏南牛SOX 6基因在不同月龄夏南牛腿肌组织中相对表达量均最高,在脾脏中表达量最低;在12月龄腿肌组织中表达量显著高于0、24月龄(P<0.05)。随牛原代骨骼肌细胞分化,SOX 6基因表达量逐渐升高,第6天时SOX 6基因表达量显著高于0、2、4和8 d(P<0.05)。【结论】本研究成功克隆了夏南牛SOX 6基因CDS序列,其编码蛋白为不稳定、弱碱性、亲水性蛋白,在不同月龄腿肌组织中表达量均显著高于其他组织,分化6 d牛原代骨骼肌细胞中表达量显著高于其他时期。本试验结果为进一步研究SOX 6基因在夏南牛肌肉发育过程中的调控作用提供理论依据。 展开更多
关键词 夏南牛 SOX 6基因 克隆 生物信息学 组织表达
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乌龟Sox gene的PCR扩增及其条件 被引量:4
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作者 张海军 程双怀 +3 位作者 张小爱 聂刘旺 阚显照 房龙后 《四川动物》 CSCD 2001年第2期82-85,共4页
参照人SRYgeneHMG -box保守区的序列 ,设计一对引物 ,扩增了乌龟的Soxgene,并对扩增条件进行了优化。结果显示乌龟Soxgene的扩增片段与人SRYgene扩增片断大小相同 ,为 2 2 0bp左右 ,且雌雄个体间无差异 ;最佳扩增条件为 :Mg2 +2 .0mM、d... 参照人SRYgeneHMG -box保守区的序列 ,设计一对引物 ,扩增了乌龟的Soxgene,并对扩增条件进行了优化。结果显示乌龟Soxgene的扩增片段与人SRYgene扩增片断大小相同 ,为 2 2 0bp左右 ,且雌雄个体间无差异 ;最佳扩增条件为 :Mg2 +2 .0mM、dNTP 12 0 μM、引物 0 .3μM及退火温度 5 2℃。本研究为探索乌龟的性别决定机制以及Soxgene进化的保守性提供分子资料。 展开更多
关键词 PCR sox-gene 乌龟 性别决定基因 扩增
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中华鳖4个Sox基因保守区的序列分析 被引量:15
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作者 聂刘旺 单祥年 +2 位作者 汪鸣 郭超文 鲁晓萱 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第3期245-250,共6页
采用PCR技术 ,扩增和克隆了中华鳖Sox基因 (TSSox)。经DNA序列分析显示 ,Sox基因在系统进化上十分保守 ,其中TSSox4与鸟类LF4基因编码的氨基酸序列完全相同、与人类SOX4和小鼠Sox4编码的序列仅一个氨基酸的差异 ;TSSox5与鸟类的LF5基因... 采用PCR技术 ,扩增和克隆了中华鳖Sox基因 (TSSox)。经DNA序列分析显示 ,Sox基因在系统进化上十分保守 ,其中TSSox4与鸟类LF4基因编码的氨基酸序列完全相同、与人类SOX4和小鼠Sox4编码的序列仅一个氨基酸的差异 ;TSSox5与鸟类的LF5基因的编码也仅一个氨基酸发生了改变 ;TSSox2与海龟的TSox2相似性最高。 4条TSSox序列中 ,TSSox与人SRY基因序列相似性最高 ,达 75% ; 展开更多
关键词 中华鳖 SOX基因 序列分析 PCR 保守区 性别决定
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Sox基因家族研究的新进展 被引量:42
4
作者 常重杰 杜启艳 邵红伟 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期470-476,共7页
Sox基因家族是在动物中发现的一类新的编码转录因子的基因家族,其产物具有一个HMG基序保守区,参与诸如性别决定、骨组织的发育、血细胞生成、神经系统的发育、晶状体的发育等多种早期胚胎发育过程。人类SOX基因的突变或缺失会导致发育... Sox基因家族是在动物中发现的一类新的编码转录因子的基因家族,其产物具有一个HMG基序保守区,参与诸如性别决定、骨组织的发育、血细胞生成、神经系统的发育、晶状体的发育等多种早期胚胎发育过程。人类SOX基因的突变或缺失会导致发育异常和严重的先天性疾病。SOX蛋白与其他转录因子相互作用形成复合体而发挥作用。同一Sox基因在不同的细胞或在同一细胞中对不同的启动子具有不同的影响。部分Sox基因之间在功能上相互交叉并且是可以相互替代的。本文比较全面地对Sox基因家族近几年来的新研究成果作一综述。 展开更多
关键词 SOX基因家族 HMG框 基因功能 研究进展
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两种龟类Sox基因的PCR扩增及SSCP分析的研究 被引量:17
5
作者 聂刘旺 单祥年 +2 位作者 郭超文 汪鸣 鲁晓萱 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 1999年第4期378-381,共4页
采用PCR技术,扩增了平胸龟、黄缘盒龟的Sox基因,扩增产物与人pY53.3SRY基因探针进行Southern杂交,证实了扩增产物是人SRY基因的同源片段;采用SCP分析技术,显示龟类该基因片段的序列与人有较大差异... 采用PCR技术,扩增了平胸龟、黄缘盒龟的Sox基因,扩增产物与人pY53.3SRY基因探针进行Southern杂交,证实了扩增产物是人SRY基因的同源片段;采用SCP分析技术,显示龟类该基因片段的序列与人有较大差异,而龟类种间差异则较小,种内雌雄个体间则无差异.本文结果支持Sox基因在系统演化上十分保守的结论. 展开更多
关键词 SOX基因 龟类 PCR SSCP
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脊椎动物Sox基因家族的系统发生分析 被引量:15
6
作者 汪锐 程汉华 +1 位作者 郭一清 周荣家 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第11期990-994,共5页
脊椎动物Sox基因是一类高度保守的基因家族 ,它们编码一类转录因子 ,参与多种发育过程的调控。这个家族的共有特征是Sox蛋白具有一个约 79个氨基酸 ,可与DNA特异结合的HMG盒区。该基因家族成员众多复杂 ,对它们的基因结构、功能及进化... 脊椎动物Sox基因是一类高度保守的基因家族 ,它们编码一类转录因子 ,参与多种发育过程的调控。这个家族的共有特征是Sox蛋白具有一个约 79个氨基酸 ,可与DNA特异结合的HMG盒区。该基因家族成员众多复杂 ,对它们的基因结构、功能及进化关系的研究有助于对该基因家族的全面认识。利用已克隆的全部脊椎动物全长核苷酸 /蛋白质数据 ,对这些数据进行序列比对及进化树的构建 ,分析Sox基因家族成员的分类及分子进化模式。 展开更多
关键词 脊椎动物 SOX基因家族 系统发生分析 HMG盒
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三倍体湘云鲫3个Sox基因保守区的序列分析 被引量:7
7
作者 郭新红 刘少军 +1 位作者 向兵 刘筠 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期101-104,共4页
关键词 三倍体湘云鲫 SOX基因 序列分析 保守区 性别分化 组织器官形成 胚胎发育
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PCR扩增泥鳅和大鳞副泥鳅SRY盒基因 被引量:16
8
作者 常重杰 周荣家 余其兴 《动物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 1998年第1期12-15,共4页
以特异扩增人SRY基因保守区的一对引物,研究了泥鳅和大鳞副泥鳅基因组中SRY盒基因的扩增。结果表明,该引物可以在泥鳅中扩增出四条带,其长度分别为200,550,940和1000bp。在大鳞副泥鳅中扩增出三条带,大小为... 以特异扩增人SRY基因保守区的一对引物,研究了泥鳅和大鳞副泥鳅基因组中SRY盒基因的扩增。结果表明,该引物可以在泥鳅中扩增出四条带,其长度分别为200,550,940和1000bp。在大鳞副泥鳅中扩增出三条带,大小为200,550和900bp。经Southern杂交显示出二者的阳性带为200和550bp。阳性带在雌雄个体间和两个物种间无差异。 展开更多
关键词 SRY盒 基因 泥鳅 大鳞副泥鳅 PCR
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平胸龟Sox基因的克隆和序列分析 被引量:11
9
作者 聂刘旺 单祥年 +3 位作者 郭超文 汪鸣 张海军 鲁晓萱 《激光生物学报》 CAS CSCD 2000年第2期106-109,共4页
本文采用 PCR技术扩增和克隆了平胸龟的 Sox基因 ,并通过银染测序进行了序列分析。结果显示 ,平胸龟雌雄个体均能扩增出相同长度的片段 ,其 DNA序列与人 SRY基因的 HMG box同源性达 72 .7% ,推测的氨基酸序列与 SRY基因的 HMG box序列... 本文采用 PCR技术扩增和克隆了平胸龟的 Sox基因 ,并通过银染测序进行了序列分析。结果显示 ,平胸龟雌雄个体均能扩增出相同长度的片段 ,其 DNA序列与人 SRY基因的 HMG box同源性达 72 .7% ,推测的氨基酸序列与 SRY基因的 HMG box序列同源性为 4 6.5% ,充分显示出 Sox基因在系统进化上的保守性。本文为 Sox基因的起源和进化研究提供了资料。 展开更多
关键词 SOX基因 序列分析 PCR 平胸龟
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性别决定基因的研究进展 被引量:21
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作者 张悦 鲁晓萱 单祥年 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2000年第5期328-330,共3页
SRY基因在哺乳动物性别分化中起着关键作用,目前研究认为SRY仅是性别决定过程的基因之一,其他基因如SOX基因家族、MIS、SF-1、DAX1、DSS等基因都参与了性腺分化与发育。性别决定研究取得很大进展并建立了一些假说,但仍有一些问题有... SRY基因在哺乳动物性别分化中起着关键作用,目前研究认为SRY仅是性别决定过程的基因之一,其他基因如SOX基因家族、MIS、SF-1、DAX1、DSS等基因都参与了性腺分化与发育。性别决定研究取得很大进展并建立了一些假说,但仍有一些问题有待于进一步研究。 展开更多
关键词 性别决定 SRY基因 SOX基因 基因调控
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乌龟Sox基因的克隆及测序 被引量:7
11
作者 张海军 聂刘旺 +1 位作者 单祥年 张小爱 《Zoological Research》 CAS CSCD 北大核心 2001年第4期336-339,共4页
参照人SRY基因HMG box保守区的序列 ,设计 1对兼并引物 ,扩增了乌龟 (Chinemysreevesii)的Sox基因 ,并对扩增产物进行了克隆和测序。结果在雌雄个体中均筛选出 4个不同的Sox基因 ,无性别差异性 ;其DNA序列和编码的氨基酸序列与人相应的... 参照人SRY基因HMG box保守区的序列 ,设计 1对兼并引物 ,扩增了乌龟 (Chinemysreevesii)的Sox基因 ,并对扩增产物进行了克隆和测序。结果在雌雄个体中均筛选出 4个不同的Sox基因 ,无性别差异性 ;其DNA序列和编码的氨基酸序列与人相应的SOX基因的相似性分别为 92 %、 91%、 84 %、 92 %和 10 0 %、93 %、 98%、 98% ,显示出高度的保守性。 展开更多
关键词 乌龟 SOX基因 克隆 测序
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SRY基因及其性别决定 被引量:7
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作者 郭亚平 贺艳萍 +1 位作者 张红梅 马恩波 《动物学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第S1期241-246,共6页
对近十年来关于脊椎动物尤其是哺乳动物的SRY基因及其性别决定机制的研究进展作了简要的综述。扼要阐述了哺乳动物的SRY基因的结构、转录、表达及其在性别决定中的作用模式及相关的基因家族。
关键词 SRY基因 性染色体 性别决定 SOX基因
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骨形态发生蛋白-2与椎间盘细胞Sox9和Ⅱ型胶原基因的调控关系 被引量:12
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作者 赵勇 王文波 +2 位作者 李吉友 卢宇 霍锐 《中国脊柱脊髓杂志》 CAS CSCD 2005年第10期612-615,共4页
目的:探讨骨形态发生蛋白-2(BMP-2)对椎间盘细胞Sox9和Ⅱ型胶原基因表达的调节作用。方法:应用逆转录聚合酶链反应和Western印迹检测不同浓度BMP-2对培养的人椎间盘细胞中软骨特异性基因Sox9和Ⅱ型胶原基因表达的调节作用。结果:BMP-2... 目的:探讨骨形态发生蛋白-2(BMP-2)对椎间盘细胞Sox9和Ⅱ型胶原基因表达的调节作用。方法:应用逆转录聚合酶链反应和Western印迹检测不同浓度BMP-2对培养的人椎间盘细胞中软骨特异性基因Sox9和Ⅱ型胶原基因表达的调节作用。结果:BMP-2浓度为100ng/ml和1000ng/ml时,椎间盘细胞中Sox9和Ⅱ型胶原基因mRNA表达与0ng/ml组(对照组)相比明显增加(P<0.05);在蛋白水平的检测中,也得到了一致的结果。结论:BMP-2可以按照剂量依赖方式正向调节椎间盘细胞Sox9和Ⅱ型胶原基因的表达,提示BMP-2可能对退变早期的椎间盘具有修复功能。 展开更多
关键词 骨形态发生蛋白-2 SOX基因 胶原 基因表达 椎间盘
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Sox基因家族功能的研究进展 被引量:11
14
作者 江玲霞 李纪委 +4 位作者 贺彧 李美丽 方威 李贵强 徐银学 《生物技术通报》 CAS CSCD 2008年第6期44-48,共5页
Sox(Sry-related high mobility group box)基因是由众多具有HMG-box保守基序构成的超基因家族,是与位于雄性动物Y染色体上的Sry基因同源的家族基因,在很多动物中都有表达。由于其编码的蛋白质具有结合DNA的能力,因而认为Sox基因家族是... Sox(Sry-related high mobility group box)基因是由众多具有HMG-box保守基序构成的超基因家族,是与位于雄性动物Y染色体上的Sry基因同源的家族基因,在很多动物中都有表达。由于其编码的蛋白质具有结合DNA的能力,因而认为Sox基因家族是一类重要的转录调控因子。在个体发育过程中,Sox基因广泛参与了动物的早期胚胎发育、性别决定和分化、神经系统发育、软骨及多种组织器官的形成,具有重要的生物学功能。主要对Sox家族基因的功能及其研究进展进行简要的综述。 展开更多
关键词 SOX基因家族 性别决定与分化 HMG盒
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黄鳝Sox9基因的克隆及其鉴定分析 被引量:12
15
作者 刘利 郭一清 周荣家 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第6期535-539,共5页
Sox9基因在人和多种动物中具有进化保守性,在性别决定过程中发挥着重要作用。通过对黄鳝Sox9基因的分子克隆及其限制酶切分析,确定了该克隆的限制酶图谱。从限制酶片段的PCR分析以及HMG盒的DNA序列测定,鉴定该阳性... Sox9基因在人和多种动物中具有进化保守性,在性别决定过程中发挥着重要作用。通过对黄鳝Sox9基因的分子克隆及其限制酶切分析,确定了该克隆的限制酶图谱。从限制酶片段的PCR分析以及HMG盒的DNA序列测定,鉴定该阳性克隆为黄鳝Sox9基因克隆。黄鳝Sox9基因的克隆进一步说明Sox9基因在进化上的高度保守性。对其基因组DNA和cDNA序列结构和转基因黄鳝的深入研究,无疑有助于从进化上阐明Sox9基因功能。 展开更多
关键词 性别决定 SOX9基因 限制酶图谱 鉴定 基因克隆 动物 黄鳝
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两种鱼类Sox基因保守区的克隆和Sox9基因保守区内含子的遗传变异性 被引量:4
16
作者 陈金平 孙大江 +3 位作者 梁冰 石兴娣 吴文化 张树义 《动物学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第4期681-685,共5页
Four different Sox genes in Amur sturgeon Acipenser schrenckii and five Sox genes in chum salmon Oncorhynchus keta were identified for the first time in this paper, and there was no sexual difference for these genes i... Four different Sox genes in Amur sturgeon Acipenser schrenckii and five Sox genes in chum salmon Oncorhynchus keta were identified for the first time in this paper, and there was no sexual difference for these genes in these two fishes. For Amur sturgeon, the encoded amino acid sequences exhibited 98%, 98%, 98%, 86% of sequence homology with those reported for human SOX HMG box, respectively, and for chum salmon, the encoded amino acid sequences exhibited 93%,98%,98%,98%,96% of sequence homology with those reported for human SOX HMG box, respectively. Two different forms of Sox9 gene in chum salmon were found, and Sox9 contained a 303 bp and 258 bp introns in the HMG box for chum salmon respectively while 572 bp for Amur sturgeon. No clear similarity was observed between the introns in the Sox9 HMG box of different fishes, but the introns occur in the HMG box region between the second and third bases of the codon for arginine at residue 42 in HMG box for the three fishes, and obey the rule of “GT AG”. and the encoded amino acid sequences in the three Sox9 genes HMG box are very conservative in the two fishes (100% identification). Identification of these genes is a potential step in understanding development regulations including sex determination in Amur sturgeon. 展开更多
关键词 史氏鲟 大麻哈鱼 SOX基因 克隆 外显子 内含子 遗传变异性
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(鱼央)属4种鱼SRY、SOX和HOX基因同源序列的PCR扩增分析 被引量:3
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作者 付元帅 龙华 +2 位作者 陈建武 张燕 汪登强 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2007年第1期19-23,共5页
选用根据人类SRY基因HMG保守区序列、HMG-box序列以及HOX基因保守序列设计的3对引物,分别对白缘(Liobagrus marginatus)、大拟缘(Liobagrus marginatoidesW u(b ig))、小拟缘(Liobagrus margina-toidesW u(sm all))、黑尾(Liobagrus nig... 选用根据人类SRY基因HMG保守区序列、HMG-box序列以及HOX基因保守序列设计的3对引物,分别对白缘(Liobagrus marginatus)、大拟缘(Liobagrus marginatoidesW u(b ig))、小拟缘(Liobagrus margina-toidesW u(sm all))、黑尾(Liobagrus nigricauda)4种鱼的雌雄基因组进行了PCR扩增。结果在4种鱼的雌雄基因组中发现1个1 200 bp左右的SRY基因同源序列片段,3个分别为200 bp、500 bp和1 200 bp左右的SOX基因同源序列片段,2个分别为150 bp和200 bp左右的HOX基因同源序列片段。对结果进行分析显示:SRY、SOX和HOX基因同源序列在4种雌雄个体间和种间无性别特异性和种属特异性,并且在SRY和SOX基因同源序列中可能含有内含子。 展开更多
关键词 [鱼央]属(Leiobagru shilgendorf) 性别决定 SRY基因 SOX基因 HOX基因 PCR
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斑节对虾Sox基因HMG盒的PCR扩增及SSCP分析 被引量:6
18
作者 汪桂玲 朱琴 李家乐 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期478-481,共4页
SRY基因是人类及哺乳动物睾丸决定因子的最佳候选基因,HMG盒是SRY基因编码蛋白质的唯一功能区,在性别决定中极其重要且高度保守,许多进化程度上明显不同的物种中都能检测出SRY基因的HMG盒,即Sox基因。斑节对虾是一种重要经济虾类,其性... SRY基因是人类及哺乳动物睾丸决定因子的最佳候选基因,HMG盒是SRY基因编码蛋白质的唯一功能区,在性别决定中极其重要且高度保守,许多进化程度上明显不同的物种中都能检测出SRY基因的HMG盒,即Sox基因。斑节对虾是一种重要经济虾类,其性别决定机制研究薄弱,至今未找到性染色体。本研究根据人的SRY基因的HMG盒保守区的核苷酸序列,设计了1对兼并引物,通过PCR扩增出斑节对虾的Sox基因,并对扩增产物进行SSCP分析。结果表明,斑节对虾雌雄个体均存在Sox基因,从雌雄个体中均扩增出约350bp和220bp两条基因片段,推测其中350bp片段含内含子,SSCP结果显示斑节对虾内存在Sox基因家族的不同成员,且雌雄存在差异。最后我们讨论了对虾性别决定可能的机制。 展开更多
关键词 斑节对虾 SOX基因 HMG盒 SSCP分析 性别决定
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锯缘青蟹Sox基因的PCR扩增(英文) 被引量:8
19
作者 刘艳红 楼允东 邱高峰 《上海水产大学学报》 CSCD 2003年第S1期24-27,共4页
SRY基因(sex-determining region of the Y chromosome)是人类及哺乳动物睾丸决定因子TDF(testisdetermining factor)的最佳候选基因。SRY蛋白含有204个氨基酸,其中1个约79个氨基酸区域即HMG盒(high mobility group box)是SRY基因编码... SRY基因(sex-determining region of the Y chromosome)是人类及哺乳动物睾丸决定因子TDF(testisdetermining factor)的最佳候选基因。SRY蛋白含有204个氨基酸,其中1个约79个氨基酸区域即HMG盒(high mobility group box)是SRY基因编码蛋白质的唯一功能区。由于SRY的发现,人们进而发现了1个庞大的与性别决定有关的SRY盒-Sox(SRY-related HMG box gene)基因家族。锯缘青蟹是我国重要的海洋经济蟹类之一,其性染色体和性别决定机制仍处于进化的早期阶段,在分子水平上探讨其性别决定机制尚不多见。通过采用PCR技术,以特异扩增人SRY基因HMG盒保守区的1对兼并引物,扩增了锯缘青蟹基因组的Sox基因。结果表明锯缘青蟹雌雄个体与人一样,均能扩增出1条大小约为216bp左右的基因片段,显示出该基因在进化上的高度保守性,为探索锯缘青蟹的性别决定机制及Sox基因的进化提供了分子资料。 展开更多
关键词 锯缘青蟹 SOX基因 SRY基因 HMG盒 性别决定
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鱼类性别决定及分化相关基因研究进展 被引量:14
20
作者 路畅 苏利娜 朱邦科 《湖北农业科学》 北大核心 2014年第13期2981-2986,共6页
综述了Sox、DMRT、芳香化酶、FTZ-F1、FOXL2、Pod1、GSDF、Fanconi anemia/BRCA等一些与鱼类性别决定及分化相关的基因的研究动态与进展。旨在为系统研究鱼类性别决定机制提供参考。
关键词 鱼类 性别决定基因 SOX DMRT 芳香化酶基因 FOXL2
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