Bioinformatic analysis for structure and function of TCTP from Spirometra mansoni

Objective:To predict structure and function of translationally controlled tumor protein(TCTP)from Spirometraa mansoni by bioinformatics technology,and to provide a theoretical basis for further study.Methods:Open reading frame(ORF)of EST sequence from Spirometra mansoni was obtained by ORE finder and was translated into amino acid residue by DNAclub.The structure domain was analyzed by Blast.By the method of online analysis tools:Protparam,InterProScan,protscale.SignalP-3.0,PSORTⅡ,BepiPred,TMHMM,VectorNT1 Suite 9 packages and Phyre2,the structure and function of the protein were predicted and analyzed.Results:The results showed that the EST sequence was Sm TCTP with 173 amino acid residues,theoretical molecular weight was 19 872.0 Da.The protein has the closest evolutionary status with Clonorchis sinensis.Schistosoma mansoni,and Schistosoma japonicum.Then it had no signal peptide site and transmembrane domain.Secondary structure of TCTP contained twoα-helices and eightβ-strands.Conclusions:Sm TCTP was a variety of biological functions of protein that may be used as a vaccine candidate molecule anti drug target.

广州市售蛙类裂头蚴感染及溯源调查

目的了解广州市肉菜市场蛙裂头蚴感染和市售野生蛙来源地狗猫曼氏迭宫绦虫感染情况。方法从广州肉菜市场采集蛙类检查其肌肉中的裂头蚴,对市售野生蛙栖息地狗猫粪便中的曼氏迭宫绦虫卵进行检查;同时,在1 400名广州市民中开展了与裂头蚴感染相关的问卷调查。结果本次调查共检查虎纹蛙、沼水蛙、牛蛙、泽蛙4种,其裂头蚴的平均感染率约为11.75%(229/1 949)。其中,野生虎纹蛙感染率最高为51.92%(216/416);而养殖蛙类(包括虎纹蛙和牛蛙)感染率为0%(0/1 382)。狗和猫曼氏迭宫绦虫感染率分别为27.51%(63/229)和40.52%(47/116)。问卷调查结果显示市民对裂头蚴病的认知水平为41.04%,广州居民食用过蛙肉的比例约为59.86%;同时,食用蛙、蛇、猪、鸡、鼠和鸟等动物的肉、内脏或血液时,方式不当可能是市民感染裂头蚴的主要方式。结论广州肉菜市场销售的野生蛙类裂头蚴感染率较高,广东曼氏迭宫绦虫传染源猫狗的感染情况也较为严重,广州市民中亦存在一些与裂头蚴感染相关的生活方式和饮食习惯。

脑裂头蚴病—8例临床病理分析

目的探讨人脑孟氏迭宫裂头蚴病的临床病理特点。方法分析本室１９８２～１９９７年确诊的８例脑裂头蚴病的病理资料，复习其病史和影像学资料。结果本病的病理特点为：１蚴虫虫体为实体，无体腔，具特征性体壁；２蚴虫虫体内散在分布的同心圆性圆形或椭圆形的石灰小体及单个肌纤维；３脑内有新旧不一的多发性小脓肿。ＣＴ及ＭＲＩ所见类似胶质瘤和炎症灶。７例有密切接触池塘、河水史。结论本病临床诊断较困难，但有其特征性的病理表现可据以确诊，主张ＣＴ立体定向术用于诊断和治疗，饮用生水可能是近年的主要感染途径。

曼氏迭宫绦虫动物模型的建立和生活史观察

目的建立曼氏迭宫绦虫动物模型,观察其生活史。方法从感染蛇体内分离曼氏裂头蚴,感染终宿主(猫)和中间宿主(剑水蚤、蝌蚪),以观察其从虫卵孵出幼虫、感染第一、二中间宿主剑水蚤、蝌蚪和终宿主猫的生活史过程。结果感染猫12d后粪检发现虫卵,经解剖猫获得成虫、虫卵;虫卵在室温培养12d孵出钩球蚴,感染剑水蚤6d后发育为原尾蚴;感染蝌蚪后第28d发现裂头蚴。结论成功建立曼氏迭宫绦虫动物模型,裂头蚴在猫体内成熟时间仅12d。

2004-2007年广州市售蛙类曼氏迭宫绦虫裂头蚴感染调查

目的了解广州市肉菜市场虎纹蛙感染裂头蚴的情况。方法将从广州肉菜市场购买的虎纹蛙剥皮后,检查和分离寄生于蛙肌肉中的裂头蚴,同时记录虫体寄生部位和虫数。结果从2004-2007年共检查蛙1279只。其中阳性850只,阳性率为66.46;共检出裂头蚴2773条,平均感染度为3.26。2004年感染率与其它年份比较差异均有统计学意义;在春节和秋季间蛙裂头蚴的感染率亦均存在显著差异。结论广州肉菜市场销售的虎纹蛙存在较为严重的裂头蚴感染,且蛙的感染情况在不同年份和不同季节间存在变化。

曼氏迭宫绦虫裂头蚴超微结构的观察

取黑斑蛙肌肉内的曼氏迭宫绦虫裂头蚴,分别切取新鲜头颈部片段5～7个,经漂洗、固定、脱水、浸透、包埋、切片及染色处理后,透射电镜观察裂头蚴的超微结构。可见裂头蚴的体壁由皮层和实质区组成。微毛位于皮层的外表面,呈尖棘状。基质区内有许多形态各异的颗粒状分泌小体、囊泡、内质网和线粒体,其中线粒体多位于近基膜处。实质区有表层肌、皮层细胞、实质细胞、成石灰小体细胞和排泄系统等分布,并可见皮层细胞形成的胞质连接小管通过基膜伸向基质区。

云南省曼氏裂头蚴病流行概况

目的了解曼氏裂头蚴病在云南省的流行情况。方法通过现有病例与过去文献报告的病例进行归纳。结果至今云南已报告的裂头蚴病共10例,其中皮下裂头蚴病5例,眼裂头蚴病2例,内脏裂头蚴病3例。其中2例为男性,其余8例均为女性;年龄最小的4岁,最大的46岁;地区分布在昆明、玉溪、曲靖、昭通、思茅及西双版纳等6个地州市;感染的方式和途径可能是误食受感染的剑水蚤,或者是原尾蚴直接经皮肤和粘膜侵入。结论云南省局部地区有曼氏裂头蚴病的流行。

淮南地区曼氏迭宫绦虫病流行的危险因素调查

目的探讨淮南地区曼氏迭宫绦虫病流行现状及其危险因素,为曼氏迭宫绦虫病的预防提供理论基础。方法采用现场流行病学调查的方法,对淮南市各辖区水域剑水蚤原尾蚴感染状况、青蛙肌肉曼氏裂头蚴感染状况及各辖区家猫或家犬粪便曼氏迭宫绦虫卵感染状况进行随机抽样,分析剑水蚤原尾蚴感染率、青蛙肌肉曼氏裂头蚴感染率及各辖区家猫或家犬粪便曼氏迭宫绦虫卵感染率,另外采用问卷调查的方法调查曼氏迭宫绦虫病流行的环境及社会因素。结果淮南地区6个市辖区或县剑水蚤原尾蚴感染率:田家庵区、谢家集区、八公山区、潘集区、大通区及凤台县分别为2%、1%、1%、2%、2%、3%;淮南地区青蛙曼氏裂头蚴总感染率为7.33%;家猫和家犬粪便中虫卵的检获率分别为0%～15%和0%～5%。问卷调查结果显示农民曼氏迭宫绦虫病预防知识知晓率为为0%,受调查农民中,有捕食青蛙的习俗的占14.77%,曾食过半生熟青蛙者占3.13%,曾用蛙喂猫或喂犬者占36.29%。结论淮南地区剑水蚤原尾蚴感染率和青蛙曼氏裂头蚴总感染率均高,终宿主受到虫卵感染,农民对曼氏迭宫绦虫病预防知识知晓率低,应加强对农民曼氏迭宫绦虫病防治知识的教育,以达到有效控制曼氏迭宫绦虫病的发生、传播和流行的目的。

曼氏迭宫绦虫成虫及裂头蚴蛋白电泳初步分析

本文应用PAGE和SDS-PAGE技术对曼氏迭宫绦虫成虫及其裂头蚴的可溶性蛋白作了初步分析及其分子量测定。PAGE:成虫显带23条,主带4条;裂头蚴显带18条,主带5条。SDS-PAGE:成虫显示37条区带、主带10条(分子量分别为71,63,53,44,41,33,30,22,20,10.5KD);裂头蚴显示24条区带,主带4条(分子量分别为54,41,36,33KD)。成虫和裂头蚴的蛋白电泳图谱及主带分布有显著差别。

南充地区市场贩售蟾蜍体内曼氏迭宫绦虫裂头蚴感染情况调查

目的：了解南充地区市场贩售蟾蜍感染曼氏迭宫绦虫裂头蚴的情况.方法：于2013年7月从南充市场采购蟾蜍,经编号和称重后,检查和分离寄生于蟾蜍体内的裂头蚴,并记录虫体寄生部位和虫体数.结果：共采购蟾蜍112只,其中阳性13只,阳性率为11.61%;共检获裂头蚴38条,多数虫体（73.69%）寄生于后腿肌肉;阳性蟾蜍平均感染数为2.92条,其中以85.1~95 g这一体重段感染率最高,达18.52%,平均感染数为5.2条.结论：南充地区市场贩售蟾蜍体内存在曼氏迭宫绦虫裂头蚴感染,对人群有潜在致病威胁。

曼氏迭宫绦虫四次跨膜蛋白(SmTSP)的生物信息学分析

目的:通过对曼氏迭宫绦虫的4次跨膜蛋白(SmTSP)潜在的生物学特征和参数进行分析,从而获得其具有的潜在生物学功能和应用价值。方法:利用美国国家生物技术信息中心(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/)和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统(http://www.expasy.org/)提供的在线分析工具对编码蛋白的氨基酸序列的理化性质,跨膜结构和三维空间结构进行分析,同时利用Vector NTI suite和TreeView software生物信息分析软件进行编码氨基酸序列的相似性比对和进化树分析,利用CBS Prediction Servers BepiPred进行最大胞外环(LEL)的B细胞线性表位预测。结果:从文库中得到的SmTSP是全长基因,编码的蛋白是24.8kDa,理论等点为7.88,是一个稳定的蛋白分子。编码该蛋白的氨基酸序列共有4个跨膜区,分别是TM1aa16~38、TM2aa58~80、TM3aa87~109、TM4aa200~222。LEL中含有CCG结构、PXSC结构、GC结构和含有9个二聚体结合位点的保守特征结构。SmTSP全长序列与多房棘球绦虫、细粒棘球绦虫的相似性均能达到72%,但是与吸虫之间的相似性仅达到31%~59%,然而与人类相似性仅有23%,与小鼠的相似性最低,仅有17%。在进化树分析中,SmTSP与绦虫的亲源性在对比序列中是最近的,吸虫类次之,但是与埃及裂体吸虫和牛裂体吸虫、其他寄生虫(美洲钩虫和秀丽隐杆线虫)的亲源性相对较远,与哺乳动物亲源性最远。LEL有3个B细胞表位,分别是13aa^21aa、41aa^63aa和70aa^76aa。此外与人类四次跨膜蛋白的LEL中B细胞表位数量、分布的位置和编码的氨基酸都不同。结论:SmTSP可能是一个定位于虫体表膜并且具有应用前景的疫苗候选分子。

曼氏迭宫绦虫裂头蚴可溶性蛋白质的分析

目的分析曼氏迭宫绦虫裂头蚴可溶性蛋白组分。方法提取曼氏迭宫绦虫裂头蚴总蛋白后,用十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)和双向凝胶电泳(2-DE)进行分离,转膜后用感染裂头蚴小鼠的血清和健康小鼠血清作为一抗,行蛋白质印迹(Western blotting)分析,比较杂交蛋白点的差异。结果曼氏迭宫绦虫裂头蚴可溶性蛋白经SDS-PAGE分离出33条蛋白带,相对分子质量(Mr)范围在13800～145400,其中Mr26500、Mr37600、Mr88200和Mr130200为高丰度蛋白区带。经Western blotting分析,Mr31600和Mr37600条带为曼氏迭宫绦虫裂头蚴特异性蛋白条带,能被感染小鼠血清识别。裂头蚴总蛋白双向电泳凝胶的蛋白质斑点总数为367个,大部分分布在Mr18840～46800,246个蛋白质斑点的等电点为4.0～7.0,占总数的67%;Western blotting分析显示,30个抗原抗体结合点为特异性抗原斑点。结论曼氏迭宫绦虫裂头蚴可溶性蛋白有2条特异性蛋白带和30个特异性蛋白斑点,以偏酸性为主。

曼氏迭宫绦虫线粒体载体蛋白结构和功能的生物信息学分析

目的应用生物信息学技术预测曼氏迭宫绦虫线粒体载体蛋白超家族的结构和功能,为进一步研究曼氏迭宫绦虫的蛋白质提供理论依据。方法将测得的曼氏迭宫绦虫成虫EST序列用ORF finder获取开放读码框,Blast进行分析其结构域。应用分析工具Protparam、InterProScan、protscale、SignalP-3.0、PSORTⅡ、BepiPred、TMHMM、VectorNTI Suite 9软件包、Phyre2分别进行该蛋白质的基本性质、结构域、疏水性、信号肽、亚细胞定位、抗原表位、跨膜区及空间结构的预测及分析。结果 Blast预测该蛋白质为线粒体载体蛋白超家族,保守功能域为线粒体二羧酸载体,含294个氨基酸残基,理论分子量为32132.2Da。与曼氏血吸虫进化地位最接近;有1个信号肽位点和6个潜在的抗原表位。结论曼氏迭宫绦虫线粒体二羧酸载体能够介导苹果酸、琥珀酸等二羧酸的转运,使其跨越线粒体膜参与三羧酸循环,为虫体自身提供能量,可能是潜在的疫苗候选分子及药物作用靶点。

曼氏迭宫绦虫钙/钙调素依赖蛋白激酶I(SmCaMK I)基因的生物信息学分析与表达鉴定

目的开展SmCaMK I(曼氏迭宫绦虫钙/钙调素依赖蛋白激酶I)的潜在生物学特征分析和功能研究。方法利用相关网站和软件对SmCaMK I的同源性核苷酸序列比对分析、保守位点预测、构建分子进化树、编码氨基酸的淋巴细胞表位进行分析预测。此外,SmCaMK I进行扩增,并克隆到表达载体pET-28α(+)中进行蛋白的表达纯化,制备大鼠免疫血清进行虫体免疫组织定位分析。结果 SmCaMK I是一个全长基因,由1 068bp组成,编码355个氨基酸。SmCaMK I与细粒棘球绦虫、多房棘球绦虫的CaMK I保守功能域的氨基酸序列一致性分别为89%和88%,与人的CaMK I氨基酸序列一致性仅仅只有44%。分子进化树分析中SmCaMK I与绦虫属的亲缘关系最近,与其他物种亲缘性较远。与人类CaMK I相比,淋巴细胞表位具有统计学差异。SmCaMK I能够定位在成虫的睾丸和虫卵,在裂头蚴中大量表达和特异定位于体表。结论SmCaMK I是参与虫体生长发育繁殖的重要蛋白分子,还可能是一个潜在的疫苗靶标蛋白。

曼氏迭宫绦虫annexinB8的生物信息学分析和基因克隆

目的通过生物信息学预测曼氏迭宫绦虫annexinB8(SmannexinB8)的生物学特征,及潜在功能和结构,并且进行基因克隆,为下一步SmannexinB8参与宿主免疫调节研究提供依据。方法通过NCBI的ORF finder工具对SmannexinB8的开放阅读框进行分析.利用ExPASy网站进行蛋白的物理化学参数、信号肽、跨膜螺旋、潜在分子生物学功能的预测,通过NCBI/BLAST。对蛋白保守功能域进行检测。不同物种的annexin序列从NCBI网站获取,并利用Vector NTI suit 8.0和TreeView软件进行分析。利用SWISS-MODEL网站和SPDBV 4.10软件分析SmannexinB8蛋白的三维空间结构。此外。对SmannexinB8基因进行扩增,并克隆到原核表达载体pET-28a(+)。结果 SmannexinB8是一个全长基因,编码347个氨基酸。蛋白由4个典型的annexin重复结构域组成,序列当中没有信号肽,是一个稳定的可溶性蛋白分子。三维空间立体结构分析结果显示SmannexinB8是一个保守的蛋白。SmannexinB8与多房棘球绦虫、口膜壳绦虫、细粒棘球绦虫、华支睾吸虫以及人类的annexin基因的同源性分别是68%,67%。65%,46%和40%。分子进化分析显示SmannexinB8与绦虫属的亲源性最近,而与其他物种,如吸虫、哺乳动物亲源性较远。结论 SmannexinB8可能具有抑制磷脂酶A2的活性,促进细胞融合、参与调节免疫反应和离子通道形成的功能,可能在参与宿主免疫调节中起到关键性的作用。

广东省蛇类曼氏裂头蚴感染分析

为了掌握广东省蛇类感染曼氏裂头蚴(Spirometra mansoni)情况,于2014-2015年,从广东省广州市、肇庆市、惠州市和韶关市等地农贸市场共采集赤链蛇(Lycodon rufozonatum)、铅色蛇(Hypsiscopus plumbea)、赤链华游蛇(Sinonatrix annularis)和异色蛇(Xenochrophis piscator)4种常见蛇样本共114条,并对这些蛇类样本的曼氏裂头蚴感染情况进行了解剖学检查。结果显示,曼氏裂头蚴感染个体共32条,总感染率为28.07%,共发现裂头蚴243条;赤链蛇、铅色蛇、赤链华游蛇和异色蛇的感染率分别为93.33%、14.58%、38.46%和4.00%;平均感染强度分别为:12.27、0.35、1.58和0.04个/条;肌肉、皮下组织和体腔的感染率分别为80.25%、16.46%、3.29%。研究结果表明,广东省蛇类曼氏裂头蚴感染情况比较普遍,对蛇类消费人群的健康构成潜在威胁。

曼氏迭宫绦虫cathepsin L样蛋白酶的生物信息学分析

目的通过生物信息学预测曼氏迭宫绦虫cathepsin L样蛋白酶(Smcathepsin L样蛋白酶)的生物学特征及其潜在功能和结构,为下一步Smcathepsin L样蛋白酶参与寄生虫和宿主相互作用过程研究提供依据。方法通过NCBI的ORF finder工具对Smcathepsin L样蛋白酶的开放阅读框(ORF)进行分析,利用Ex PASy网站进行蛋白的物理化学参数、信号肽、跨膜螺旋和潜在分子生物学功能的预测,通过NCBI/BLAST对蛋白保守功能域进行预测。从NCBI网站获取不同物种的cathepsin L样蛋白酶序列,并利用Vector NTI suit 8.0和Tree View软件进行分析。利用SWISS-MODEL网站和SPDBV4.10软件分析Smcathepsin L样蛋白酶的三维空间结构。结果 Smcathepsin L样蛋白酶是一个全长基因,编码336个氨基酸。蛋白由2个典型的cathepsin L样蛋白酶结构域组成,序列当中有信号肽,是一个稳定的可溶性蛋白分子。三维空间立体结构分析结果显示Smcathepsin L样蛋白酶是一个保守的蛋白。Smcathepsin L样蛋白酶编码氨基酸序列与细粒棘球绦虫、链状带绦虫、多房棘球绦虫和人的cathepsin L样蛋白酶基因的同源性分别是50%、50%、49%和46%。分子进化分析显示Smcathepsin L样蛋白酶与日本血吸虫、多房棘球绦虫和链状带绦虫亲源性更近,而与其他物种,例如原虫、线虫和哺乳动物亲源性较远。结论 Smcathepsin L样蛋白酶可能是一个潜在的分泌蛋白,该蛋白能在胞外发挥作用,即在寄生虫的消化、转移、入侵及宿主-寄生虫相互作用中起着重要的作用,是一个具有潜在研究价值的多功能分子。

曼氏迭宫绦虫成虫及裂头蚴3种同工酶电泳分析

应用垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳技术(PAGE),对曼氏迭宫绦虫成虫及幼虫裂头蚴的乳酸脱氢酶同工酶、酯酶同工酶及苹果酸脱氢酶同工酶进行了分析测定。结果显示,成虫与幼虫的3种同工酶谱均有明显差别,反映出该绦虫在不同的发育时期,其代谢特点不同。

欧猥迭宫绦虫谷胱甘肽转移酶1基因序列与功能的生物信息学分析

目的:预测欧猥迭宫绦虫成虫谷胱甘肽转移酶1(Glutathione S-Transferase1,GST1)基因及其编码蛋白的结构和功能。方法:应用生物信息学方法对从欧猥迭宫绦虫成虫cDNA文库中所获基因的氨基酸组成、基本性质进行分析,同时构建其编码蛋白的系统进化树并对其抗原表位进行预测及定位;建立其编码蛋白的三级空间结构模型。结果:GST1基因编码221个氨基酸,理论分子量为25767.39Da,理论等电点为5.98,理论分子式为C1188H1786N304O330S5,具有2个完整的保守功能域;在细胞内可能发挥基因表达调控及信号转导功能,与猪带绦虫的同源一致性达53%。在进化的过程中与绦虫类亲缘较近,而与脊椎类亲缘较远。预测最有可能的3个潜在抗原表位分别位于35-46aa、87-94aa、215-221aa之间。结论:GST1基因编码的蛋白为胞质型蛋白,可能是理想的药物作用靶点及新型免疫诊断的分子靶标,为对进一步研究奠定理论基础。

曼氏迭宫绦虫中亮氨酸氨基肽酶基因的生物信息学分析和转录水平检测

目的检测曼氏迭宫绦虫的3个亮氨酸氨基肽酶亚类(leucine aminopeptidases of Spirometra mansoni,Sm LAPs)基因在虫体不同发育阶段的转录水平,为进一步病原诊断研究奠定基础。方法运用生物信息学相关软件对3个亮氨酸氨基肽酶亚类编码蛋白的氨基酸序列的功能区域、免疫学特征、信号肽和跨膜区预测分析。应用Real time PCR方法检测Sm LAPs在曼氏迭宫绦虫的成节、孕节和裂头蚴阶段的转录水平。结果对Sm LAPs编码氨基酸序列的保守区域进行比对,Sm LAPa与Sm LAPb、Sm LAPc的氨基酸序列一致性均为38%,Sm LAPb和Sm LAPc的一致性也只有44%。多功能位点分析发现,Sm LAPs均含有底物结合位点、锌离子结合位点和多肽结合位点。在B细胞线性表位预测结果显示,Sm LAPa有13个、Sm LAPb有14个、Sm LAPc有13个。T细胞表位预测中,Sm LAPa有12个、Sm LAPb有13个、Sm LAPc有14个。3个Sm LAPs亚类序列中均含有一个强烈的信号肽,并且均没有跨膜区域。在虫体各个发育阶段的转录水平检测中,在成节阶段,Sm LAPb的转录水平是Sm LAPa的1.34倍,Sm LAPc的转录水平是Sm LAPa的46.53倍。在孕节阶段,Sm LAPb的转录水平是Sm LAPa的1.96倍,Sm LAPc的转录水平是Sm LAPa的56.89倍。在裂头蚴阶段,只有Sm LAPc有转录,没有检测到Sm LAPa和Sm LAPb的转录。结论在3个Sm LAPs亚类基因中,Sm LAPc是裂头蚴病更有价值的免疫诊断分子。