汉族人和法国人Ⅰ型胶原α链Spl结合序列MscⅠ酶切位点基因多态性的比较

目的 了解中国汉族人和法国人Ⅰ型胶原α链Spl结合序列MscⅠ酶切位点基因多态性分布的异同。方法 对 96例中国汉族人和 78例法国人用DXA骨密度仪进行BMD测量 ,同时采集全血并抗凝保存。用聚合酶链式反应、限制性酶切技术对Ⅰ型胶原α链Spl结合序列基因型进行分析。结果 96例汉族人的基因型均为SS ,78例法国人的基因型为 5 3例SS、2 2例Ss和 3例ss,经Fisherχ2 检验 ,显示差异有非常显著性 (P <0 0 1)。结论 汉族人和法国人的Ⅰ型胶原α链Spl结合序列MscⅠ酶切位点基因多态性显著不同。汉族人Ⅰ型胶原α链Spl结合序列MscⅠ酶切位点稀少。

硒半胱氨酸插入序列结合蛋白2基因rs3211703多态性与缺血性中风血瘀证及气虚证显著关联

目的探讨硒半胱氨酸插入序列结合蛋白2(SECISBP2,SBP2)基因rs3211703多态性与缺血性中风(IS)中医证型的关联性。方法共纳入汉族缺血性中风患者774例,正常对照793例。采用《中风病辨证诊断标准》对IS患者进行中医辨证。运用MassARRAY SNP基因分型技术进行基因分型检测。采用PLINK软件进行遗传关联分析。结果SECISBP2基因rs3211703多态性与缺血性中风血瘀证[加性模型:OR(95%CI)=1.36(1.06~1.74),P=0.015;显性模型:OR(95%CI)=1.45(1.04~2.01),P=0.028;等位模型:OR(95%CI)=1.38(1.07~1.77),P=0.013]、气虚证发生风险均显著关联[显性模型:OR(95%CI)=1.72(1.10~2.68),P=0.018;等位模型:OR(95%CI)=1.40(1.00~1.95),P=0.048];校正年龄、性别后,SECISBP2基因rs3211703多态性与缺血性中风血瘀证[加性模型:ORadj(95%CI)=1.36(1.06~1.74),Padj=0.014;显性模型:ORadj(95%CI)=1.45(1.04~2.02),Padj=0.027]、气虚证[显性模型:ORadj(95%CI)=1.69(1.08~2.65),Padj=0.021]发生风险的关联仍具有统计学意义。结论SECISBP2基因rs3211703多态性可能影响中国汉族人缺血性中风血瘀证及气虚证的发生。

猪锚蛋白重复序列和SOCS盒蛋白基因4与生长因子受体结合蛋白基因10的克隆及印迹状态分析

本试验采用单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)直接测序法检测猪锚蛋白重复序列和SOCS盒蛋白基因4(ankyrin repeat and SOCS box containing protein 4,Asb4)与生长因子受体结合蛋白基因10(growth factor recep-tor-bound protein 10,Grb10)在不同组织器官中的印迹状态。首先,克隆得到了1350bp的Asb4基因cDNA序列及1811bp的Grb10基因cDNA序列,然后进行了SNP直接测序法检测。结果发现,Asb4在1月龄仔猪所有检测组织器官中均为双等位基因表达,而Grb10在1月龄仔猪的舌、肾脏、胃、小肠和脑中为父源等位基因表达,在其他组织器官中为双等位基因表达。实时定量PCR结果表明,Grb10在10种组织器官中的表达量存在显著性差异(P<0.05),其中在肺脏组织中的表达量最高,在小肠和脑中表达量最低。上述结果表明,Grb10可能是猪父源表达的印迹基因,而Asb4则属于猪非印迹基因。

黄萎病不同抗性陆地棉品种抗病基因同源序列生物信息学分析

根据已知抗病基因NBS(Nucleotide-binding sites)保守区的P-loop和GLPL区设计一对简并引物F1/R1,以已鉴定黄萎病抗性的9个陆地棉品种基因组DNA为模板进行PCR扩增。在9个品种中均扩增出500 bp左右的条带。对目的条带进行回收,连接、转化克隆得到350个阳性克隆,进行测序。在8个棉花品种中克隆到74条具有完整开放读码框的棉花RGAs序列。这74条序列共有64种不同的基因型,有10条与其它品种中的RGAs序列相同。用MEGA软件对8个棉花品种的74条RGA序列以及12个已知的抗病基因的NBS区域进行聚类分析,结果分为TIR和nonTIR两大类,而nonTIR类又细分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ3类。4类RGAs之间的氨基酸序列相似性较低,而各大类之内来自不同品种的RGAs的相似度却非常高。推测各大类中相似性非常高的这部分序列分别属于同一个基因家族,从位点上说可能处于同一个基因簇。

中国白族、佤族和拉祜族人群MBL基因启动子区SNP的研究

目的:研究中国白族、佤族和拉祜族人群甘露聚糖结合凝集素(MBL)基因启动子区单核苷酸多态性(SNP)。方法:抽提人外周血白细胞基因组DNA,建立SSP-PCR及PCR-分子灯塔实时分析技术,检测MBL基因启动子区SNP位点-550(G/C,称H/L等位基因)、-220(G/C,X/Y等位基因)和 4+4(C/T,P/Q等位基因),分析其单倍型及基因型频率。结果:从 71例白族、73例佤族和 94例拉祜族人中,分别检出等位基因型LYP/LYP4例(5.6% )、4例(5. 5% )和 2例(2. 1% );HYP/LYQ6例 (8. 5% )、11例(15. 1% )和 12例 (12. 8% );LYP/LYQ21例 (29. 6% )、14例 (19.2% )和 51例 (54. 3% );LXP/LXP1例 (1. 4% )、2例 (2. 7% )和 0例;LYQ/LYQ10例(14. 1% )、14例 (19. 2% )、7例 (7. 4% );LXP/LYQ10例(14. 1% )、13例 (17. 8% )和 15例 (16. 0% );HYP/LYP4例(5. 6% )、3例(4. 1% )和 4例(4. 3% );HYP/LXP3例(4. 2% )、1例(1. 4% )和 0例;HYP/HYP12例(16. 9% )、11例(15. 1% )和 3例(3. 2% )。结论:中国白族、佤族、拉祜族普通人群之间,MBL基因启动子区等位基因L/H的分布存在差异(P<0. 01),X/Y和P/Q无统计学意义的差异(P>0. 05);各单倍型和各基因型的分布存在差异(P<0. 01);基因型LYP/LYQ和LXP/LYQ在 3个民族均有较高的分布,其总体频率分别达 36. 1%及 16.

用改进的SSAP方法克隆抗甘薯茎线虫病相关的RGA

甘薯新品系农大603是从感茎线虫病品种徐薯18的辐照后代中获得的一个抗茎线虫病的突变体。根据已报道的植物线虫抗性基因的核苷酸结合位点(NBS)保守氨基酸序列设计兼并引物,用自行改进的SSAP(modified sequence-specific amplification polymorphisms)方法,对农大603和徐薯18的基因组进行PCR扩增,从农大603中扩增出含有抗性基因NBS保守序列的差异片段2个(片段54和片段72)。在GenBank上序列搜索和比对发现,克隆序列与已报道的植物抗病基因之间同源性较低。根据克隆片段的DNA序列设计引物,以抗、感茎线虫病的甘薯品种的基因组DNA为模板进行PCR扩增,结果显示由片段72设计的引物在抗、感品种上没有扩增出多态性带;由片段54设计的引物在抗病品种和感病品种之间扩增出多态性带,推测片段54是与甘薯抗茎线虫病有关的RGA。

中国蒙古族人MBL基因启动子区SNP的研究

目的 研究中国蒙古族人群甘露聚糖结合凝集素 (MBL)基因启动子区单核苷酸多态性 (SNP)。方法 抽提人外周血白细胞基因组DNA ,建立SSP PCR及分子灯塔实时荧光PCR技术 ,检测MBL基因启动子区SNP位点 - 5 5 0 (G C ,称H L等位基因 )、- 2 2 0 (G C ,X Y等位基因 )和 +4(C T ,P Q等位基因 ) ,分析其单倍型及基因型频率。结果 从 82人中检出等位基因型LYP LYP 4例 (4 .9% ) ,HYP LYQ 5例 (6 .1% ) ,LYP LYQ 35例 (4 2 .9% ) ,LXP LXP 1例 (1.2 % ) ,LYQ LYQ 11例 (13.4 % ) ,LXP LYQ 14例 (17.1% ) ,HYP LYP 2例 (2 .4 % ) ,HYP LXP 1例 (1.2 % ) ,HYP HYP 9例 (11.0 % )。结论 中国蒙古族人群MBL基因启动子区SNP等位基因型以LYP LYQ、LXP LYQ、LYQ LYQ和HYP

中国白族人群MBL基因SNP及其单倍型与基因型的研究

目的:研究中国云南白族人甘露聚糖结合凝集素(MBL)基因单核苷酸多态性(SNP)及其单倍型与基因型。方法:对MBL基因启动子区SNP位点550G/C(称H/L等位基因)、221C/G(X/Y)、+4C/T(P/Q)已明确的白族DNA样本,采用序列特异性引物多聚酶链反应技术检测结构基因第一外显子点突变CGT52TGT、GGC54GAC和GGA57GAA(分别称为D、B、C等位基因,野生型即A),并分析MBL基因的单倍型与基因型。结果:只检出GGC54GAC点突变,其频率为0.100;检出的5种单倍型及其频率是:HYPA0.250、LXPA0.107、LYQA0.407、LYPA0.135、LYPB0.100;各基因型及其频率为:LYPA/LYPA0.043、LXPA/LYQA0.143、LYPA/LYPB0.014、HYPA/LYQA0.086、LYPA/LYQA0.157、HYPA/LYPA0.014、LYPB/LYQA0.143、HYPA/LYPB0.043、LXPA/LXPA0.014、HYPA/LXPA0.043、LYQA/LYQA0.143、HYPA/HYPA0.157。结论:中国白族人群MBL基因存在GGC54GAC点突变,单倍型以LYQA和HYPA为主,基因型则多见LYPA/LYQA、HYPA/HYPA、LXPA/LYQA、LYPB/LYQA和LYQA/LYQA。

中国维吾尔族人群MBL基因启动子及第一外显子区SNP及其单倍型与基因型研究

收集新疆维吾尔自治区维吾尔族一般人群血标本,提取白细胞基因组DNA,以序列特异性引物-多聚酶链反应技术检测其甘露聚糖结合凝集素(MBL)基因启动子区单核苷酸多态性位点-550G/C(称H/L等位基因)、-221C/G(X/Y)、+4C/T(P/Q)和结构基因第一外显子点突变CGT52TGT、GGC54GAC和GGA57GAA(分别称为D、B、C等位基因,野生型即A等位基因),并分析其单倍型与基因型。发现MBL基因启动子区等位基因主要为L、Y、P,第一外显子等位基因只发现B,未检出C和D;检出5种单倍型,其频率分别是HYPA 0.282、LYPA 0.268、LXPA 0.260、LYPB 0.120、LYQA 0.070。检出12种基因型,其频率分别为HYPA/HYPA 0.183、LXPA/LXPA 0.141、LYPA/LYQA 0.113、LYPA/LYPA 0.112、LYPA/LXPA 0.085、HYPA/LYPA 0.085、LXPA/LYPB 0.085、HYPA/LXPA 0.070、HYPA/LYPB 0.042、LYPA/LYPB 0.028、LYPB/LYQA 0.028、YPB/LYPB 0.028。

不同品种肉牛H-FABP基因3'-UTR扩增及潜在肌肉生长发育microRNA甄选

为了进一步研究心脏型脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因对牛肌内脂肪沉积的影响,试验采用PCR技术,根据Gen Bank中H-FABP基因序列(登录号为NC-007300),设计并合成了2对引物,以6个品种牛肌肉组织DNA为模板,采用PCR技术用第1对引物扩增牛H-FABP的3'-UTR基因,全长858 bp,再用第2对引物根据巢式PCR进行扩增基因,全长261 bp,并克隆、测序,最后进行microRNA预测、分析。结果表明:预测得到的潜在靶microRNA,即bta-miR-138 MIMAT对肌内脂肪沉积有影响。

基因多态性技术在肠易激综合征个体化针刺治疗中的可行性分析

随着基因多态性技术在疾病个体化治疗中的应用,5-羟色胺(5-HT)转运体基因多态性标志物的筛选是目前肠易激综合征的研究热点,通过分析目前肠易激综合征的针刺和中药结合诊疗规范化方案以及5-HT转运体基因多态性及针刺在该方向的研究成果,在目前形成的肠易激综合征针药结合规范化诊疗方案基础上,评估和筛选5-HT转运体基因多态性标志物在肠易激综合征针刺个体化治疗中的重要性和指导意义,为进一步个体化治疗指导方案的建立提供依据。

霍乱弧菌山梨醇发酵相关基因序列特征分析

目的比较霍乱弧菌流行株与非流行株山梨醇发酵相关基因的差异,为采用分子生物学方法快速区分两类菌株提供理论依据。方法采用基因测序的方法,分别对42株霍乱弧菌(O1群埃尔托型33株、O139群9株)流行株和非流行株的糖发酵激活蛋白、外周质麦芽糖结合蛋白、外周质磷酸盐结合蛋白和外周质氨基酸结合蛋白编码基因进行序列比较。结果糖发酵激活蛋白编码基因在霍乱弧菌流行株与非流行株共发现三个位置有单个碱基的差异,即第106、150和378位核苷酸(在流行株分别为A、A和T,而在非流行株分别为G、G和C)。第106位碱基的差异导致了氨基酸的不同(编码蛋白的第36个氨基酸在流行株和非流行株分别为苏氨酸和丙氨酸)。外周质麦芽糖结合蛋白和外周质磷酸盐结合蛋白编码基因各发现两个碱基的规律变化,外周质氨基酸结合蛋白编码基因未发现一致性碱基改变。结论在这些基因中存在着多个单核苷酸多态性,可能会成为快速区分两类菌株的重要依据。糖发酵激活蛋白第36位氨基酸的改变,可能会引起该蛋白活性的改变。