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毛竹Stowaway-like MITEs转座子的分离与分析
被引量:
3
1
作者
钟浩
周明兵
+1 位作者
白有煌
汤定钦
《林业科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2010年第4期37-42,共6页
微型颠倒重复序列(miniature inverted repeat transposable elements,MITEs)是一类对基因组进化和基因表达有重要调节作用的转座子。为分析MITEs在毛竹基因组中的分布特性,借鉴Fast Isolation by AFLP of Sequences Containing repeats...
微型颠倒重复序列(miniature inverted repeat transposable elements,MITEs)是一类对基因组进化和基因表达有重要调节作用的转座子。为分析MITEs在毛竹基因组中的分布特性,借鉴Fast Isolation by AFLP of Sequences Containing repeats(FIASCO)方法,首次构建Stowaway-like MITEs富集文库。随机挑取21个克隆,测序发现2个含有Stowaway-like MITEs序列(Stow-Ph1和Stow-Ph2),阳性率为9.52%。Stow-Ph1和Stow-Ph2的长度分别为260和258bp,具有Stowaway-like MITEs典型的末端颠倒重复序列(terminal inverted repeats,TIRs)和靶位点重复序列(target site duplication,TSD)。Stow-Ph1和Stow-Ph2与水稻的Stow-Os8(FJ266024)的同源性分别为46.4%和52.6%。Stow-Ph1和Stow-Ph2与水稻16类Stowaway-like MITEs的TIRs前20bp的相似性均高于50%,表明毛竹的Stowaway-like MITEs在TIRs上是高度保守的。
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关键词
毛竹
磁珠富集
转座子
TIRs
stowaway-like
MITES
下载PDF
职称材料
题名
毛竹Stowaway-like MITEs转座子的分离与分析
被引量:
3
1
作者
钟浩
周明兵
白有煌
汤定钦
机构
浙江林学院浙江省现代森林培育技术重点实验室
浙江大学生命科学学院生物信息系
出处
《林业科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2010年第4期37-42,共6页
基金
国家自然科学基金项目(30371181
30771753)资助
文摘
微型颠倒重复序列(miniature inverted repeat transposable elements,MITEs)是一类对基因组进化和基因表达有重要调节作用的转座子。为分析MITEs在毛竹基因组中的分布特性,借鉴Fast Isolation by AFLP of Sequences Containing repeats(FIASCO)方法,首次构建Stowaway-like MITEs富集文库。随机挑取21个克隆,测序发现2个含有Stowaway-like MITEs序列(Stow-Ph1和Stow-Ph2),阳性率为9.52%。Stow-Ph1和Stow-Ph2的长度分别为260和258bp,具有Stowaway-like MITEs典型的末端颠倒重复序列(terminal inverted repeats,TIRs)和靶位点重复序列(target site duplication,TSD)。Stow-Ph1和Stow-Ph2与水稻的Stow-Os8(FJ266024)的同源性分别为46.4%和52.6%。Stow-Ph1和Stow-Ph2与水稻16类Stowaway-like MITEs的TIRs前20bp的相似性均高于50%,表明毛竹的Stowaway-like MITEs在TIRs上是高度保守的。
关键词
毛竹
磁珠富集
转座子
TIRs
stowaway-like
MITES
Keywords
Phyllostachys edulis
enrichment by magnetic beads
transposon
TIRs
stowaway-like
MITEs
分类号
S718.46 [农业科学—林学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
毛竹Stowaway-like MITEs转座子的分离与分析
钟浩
周明兵
白有煌
汤定钦
《林业科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2010
3
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职称材料
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