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甘蔗叶绿体DNA微卫星在禾本科中的进化分析
被引量:
5
1
作者
吴杨
周会
李杨瑞
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第6期624-633,共10页
为开发甘蔗属内及近缘属叶绿体微卫星,或称简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)分子标记,以甘蔗叶绿体SSRs(chloroplast simple sequence repeats,cpSSRs)及其侧翼序列为参照,应用BLAST程序对18种禾本科植物进行多序列比对,分析甘...
为开发甘蔗属内及近缘属叶绿体微卫星,或称简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)分子标记,以甘蔗叶绿体SSRs(chloroplast simple sequence repeats,cpSSRs)及其侧翼序列为参照,应用BLAST程序对18种禾本科植物进行多序列比对,分析甘蔗cpSSR在禾本科中的进化。结果表明,cpSSRs及其两侧翼区域是进化过程中发生突变的热点区域,禾本科植物cpSSRs的数量在进化过程中处于动态变化的过程,但在亚科水平上保持动态平衡;在禾本科叶绿体基因组不同结构位置中反向重复序列(inverted repeat,IR)中的cpSSRs在进化过程中稳定程度最高,小单拷贝(small single copy,SSC)中的cpSSRs稳定程度次之,大单拷贝(large single copy,LSC)中的cpSSRs稳定程度最低;编码区中cpSSRs的稳定性远远高于非编码区,非编码区为cpSSRs突变发生的主要区域;应用编码区cpSSRs信息构建系统进化树结果最为精确,在涉及亚科以上水平的进化分析时使用非编码区的cpSSRs信息可能会造成结果有误。
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关键词
甘蔗
禾本科
叶绿体
微卫星
进化
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职称材料
题名
甘蔗叶绿体DNA微卫星在禾本科中的进化分析
被引量:
5
1
作者
吴杨
周会
李杨瑞
机构
福建农业职业技术学院生物技术系
中国农业科学院甘蔗研究中心
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第6期624-633,共10页
基金
广西自然科学基金项目(0991183, 2011GXNSFF018002)
现代农业产业技术体系项目(CARS-20-3)
广西农业科学院基金项目(G2009004, 2007005)共同资助
文摘
为开发甘蔗属内及近缘属叶绿体微卫星,或称简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)分子标记,以甘蔗叶绿体SSRs(chloroplast simple sequence repeats,cpSSRs)及其侧翼序列为参照,应用BLAST程序对18种禾本科植物进行多序列比对,分析甘蔗cpSSR在禾本科中的进化。结果表明,cpSSRs及其两侧翼区域是进化过程中发生突变的热点区域,禾本科植物cpSSRs的数量在进化过程中处于动态变化的过程,但在亚科水平上保持动态平衡;在禾本科叶绿体基因组不同结构位置中反向重复序列(inverted repeat,IR)中的cpSSRs在进化过程中稳定程度最高,小单拷贝(small single copy,SSC)中的cpSSRs稳定程度次之,大单拷贝(large single copy,LSC)中的cpSSRs稳定程度最低;编码区中cpSSRs的稳定性远远高于非编码区,非编码区为cpSSRs突变发生的主要区域;应用编码区cpSSRs信息构建系统进化树结果最为精确,在涉及亚科以上水平的进化分析时使用非编码区的cpSSRs信息可能会造成结果有误。
关键词
甘蔗
禾本科
叶绿体
微卫星
进化
Keywords
sugarcane
,
poaceae
,
chloroplast
,
cpssr
,
evolution
分类号
S566.1 [农业科学—作物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
甘蔗叶绿体DNA微卫星在禾本科中的进化分析
吴杨
周会
李杨瑞
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2012
5
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