甘蔗叶绿体DNA微卫星在禾本科中的进化分析

为开发甘蔗属内及近缘属叶绿体微卫星,或称简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)分子标记,以甘蔗叶绿体SSRs(chloroplast simple sequence repeats,cpSSRs)及其侧翼序列为参照,应用BLAST程序对18种禾本科植物进行多序列比对,分析甘蔗cpSSR在禾本科中的进化。结果表明,cpSSRs及其两侧翼区域是进化过程中发生突变的热点区域,禾本科植物cpSSRs的数量在进化过程中处于动态变化的过程,但在亚科水平上保持动态平衡;在禾本科叶绿体基因组不同结构位置中反向重复序列(inverted repeat,IR)中的cpSSRs在进化过程中稳定程度最高,小单拷贝(small single copy,SSC)中的cpSSRs稳定程度次之,大单拷贝(large single copy,LSC)中的cpSSRs稳定程度最低;编码区中cpSSRs的稳定性远远高于非编码区,非编码区为cpSSRs突变发生的主要区域;应用编码区cpSSRs信息构建系统进化树结果最为精确,在涉及亚科以上水平的进化分析时使用非编码区的cpSSRs信息可能会造成结果有误。