Effects of Compound Plant Extract on Growth Performance of Sujiang Pigs

The experiment was conducted to investigate the effects of compound plant extract on the growth performance and economic benefits of Sujiang pigs during the fattening period. A total of 50 Sujiang pigs,weighing about 60 kg( there were no significant differences in the weight of the pigs),were selected. They were randomly and evenly divided into five groups: control group,A,B,C and D groups. The pigs in the control group were fed basal diet. For the pigs in the A,B,C and D groups,per kg of basal diet was added with 100,200,300 and 400 mg of compound plant extract,respectively. The experimental duration was 44 d. The results showed that in the treatment groups,the average daily weight gains were 15. 57%,20. 68%,17. 95% and 7. 31%,respectively higher than that of the control group,the feed-gain ratios were13. 29%,16. 92%,15. 11% and 11. 48%,respectively lower than that of the control group( P > 0. 05),and the economic benefits were62. 65,83. 23,72. 50 and 42. 11 yuan,respectively higher than that of the control group. In conclusion,the addition of compound plant extract in the basal diet of Sujiang pigs during fattening period can improve the economic benefit,and the economic benefit is best when the addition amount is 200 mg/kg.

苏姜猪mtDNA D-loop序列的遗传多样性分析

【目的】通过对苏姜猪线粒体DNA(mtDNA)D-loop高变区Ⅰ的序列扩增测序,探究苏姜猪种群的种质资源特性和遗传多样性。【方法】采集苏姜猪核心群100头经产母猪耳组织,提取DNA后扩增苏姜猪核心群母猪mtDNA D-loop高变区Ⅰ的基因片段并测序,运用NCBI在线BLAST对测序序列与参考序列进行比对、校正并寻找同源序列,确定mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列的长度和位置;使用DnaSP v.5.10.1软件统计获得群体中核苷酸多态位点和变异位点数量,分析单倍型多样度(Hd)、核苷酸多样性(Pi)、平均核苷酸差异度(K)等参数;使用Mega 7.0软件对不同单倍型进行基于Kimura’s 2-prarmetermodel的遗传距离计算,采用邻接法(Neighbor-Joining,NJ)对苏姜猪的4个单倍型、17个中国地方猪种、欧洲家猪(登录号:AF034253.1)的mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列构建系统发育树。【结果】对100头苏姜猪的mtDNA D-loop序列高变区Ⅰ进行扩增测序,获得长度为429 bp的有效序列,获得的序列中,AT含量为63.1%,GC含量为36.9%;中性检验Tajima’s D值为-1.80517(P<0.05),证实苏姜猪种群显著性偏离中性检验;被测序列中检测到19个变异位点,定义了4个单倍型,单倍型多样度为0.578,核苷酸多样性为0.0032;种群内4个单倍型之间的平均遗传距离在0.004~0.031之间。系统发育树结果显示,群体分为国内和国外2个类群,苏姜猪4个单倍型都聚集在国内分支上,其中单倍型H2和二花脸猪聚为一类,单倍型H4和姜曲海、皖南花猪等聚为一类。【结论】苏姜猪种群mtDNA D-loop高变区Ⅰ多态位点比例高,单倍型多样度高,核苷酸多样性低;苏姜猪群体内优势单倍型的遗传距离较近,占比较高,反映出苏姜猪群体母系来源较少。

苏姜猪不同生长阶段背膘组织差异表达基因及其调控通路分析

【目的】比较苏姜猪背膘组织生长发育过程中基因表达谱的差异,挖掘影响背膘组织生长发育的关键基因。【方法】选择1、3、6和8月龄(M1、M3、M6、M8)4个生长时期苏姜猪背膘组织进行高通量转录组测序,组成3个比对组(M1 vs M3、M3 vs M6、M6 vs M8)进行差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)的筛选,并进行功能富集和表达趋势分析。【结果】转录组测序显示,M1 vs M3、M3 vs M6、M6 vs M8组分别筛选到1869、296、1257个DEGs。功能富集显示,Wnt信号通路、细胞外基质-受体相互作用等信号通路在M1 vs M3组表现活跃,PI3K-Akt信号通路、AMPK信号通路、丁酸代谢、柠檬酸循环等信号通路在M6 vs M8组表现活跃。基因表达趋势分析显示,富含半胱氨酸的酸性分泌蛋白(secreted protein,acid and rich in cysteine,SPARC)、组织蛋白酶S(recombinant cathepsin S,CTSS)、Kruppel样因子7(Kruppel-like factor 7,KLF7)等基因与细胞增殖发育相关,在3月龄时高表达;胰岛素样生长因子-1受体(insulin-like growth factor 1 receptor,IGF1R)、信号转导与转录激活因子1(signal transducer and activator of transcription 1,STAT1)、脂肪酸合成酶(fatty acid synthase,FASN)等基因与细胞脂质代谢相关,在6月龄后表达显著上调。【结论】本研究获得苏姜猪4个生长时期背膘组织的基因表达谱,筛选到SPARC、CTSS、KLF 7等与细胞增殖发育相关的关键基因,IGF 1 R、STAT 1、FASN等与细胞脂质代谢相关的关键基因,为苏姜猪背膘厚的遗传改良提供了基础数据。

日粮营养水平对育肥苏姜猪血清生化指标和肉质相关基因的影响

【目的】研究日粮不同消化能(DE)、粗蛋白(CP)和粗纤维(CF)水平对育肥阶段苏姜猪血清生化指标和肉质相关基因的影响。【方法】选用162头体重(50.49±4.78)kg的苏姜猪,设定不同DE(11.64、12.24、12.84MJ·kg^-1)、CP(12%、13%、14%)及CF(5%、8%、11%)水平,采用L9(3^4)正交试验设计,设置9组日粮处理,每组3个重复,每个重复6头(公母各半)。预饲期7d,试验期42d。【结果】(1)血清生化指标:12.84MJ·kg^-1DE组总蛋白含量显著高于11.64MJ·kg^-1DE组(P<0.05);12.84MJ·kg^-1DE组球蛋白含量均极显著高于11.64、12.24MJ·kg^-1DE组(P<0.01);8%、11%CF组尿氮含量分别极显著(P<0.01)、显著(P<0.05)高于5%CF组;13%、14%两CP组总胆固醇含量极显著低于12%CP组(P<0.01),14%CP组甘油三酯含量极显著低于12%CP组(P<0.01);11%CF组葡萄糖含量极显著低于5%CF组(P<0.01),12.84MJ·kg^-1DE组肌酐含量显著低于11.64MJ·kg^-1DE组(P<0.05)。(2)血清激素及酶活:12.84MJ·kg^-1DE组血清胰岛素水平显著高于11.64MJ·kg^-1DE组(P<0.05),11%CF组血清中三碘甲腺原氨酸含量显著低于5%CF组(P<0.05)。日粮营养水平对试验猪血清中各酶活没有显著影响(P>0.05)。(3)肉质相关基因:11.64MJ·kg^-1DE组背最长肌H-FABP、PRAKG3基因的表达量显著高于12.24、12.84MJ·kg^-1两DE组(P<0.05),HSL基因表达量极显著高于12.24、12.84MJ·kg^-1两DE组(P<0.01);日粮CP和CF水平对试验猪各基因表达均没有显著影响(P>0.05)。【结论】日粮中不同DE、CP和CF水平可通过调控血清生化指标和肉质相关基因表达影响育肥苏姜猪的生长发育,育肥苏姜猪适宜的DE、CP和CF水平分别为12.84MJ·kg^-1、12%、11%。

饲粮中消化能、粗蛋白质和粗纤维水平对育肥苏姜猪生长性能、胴体性状和肉品质的影响

本试验旨在研究饲粮中消化能、粗蛋白质和粗纤维水平对育肥苏姜猪生长性能、胴体性状及肉品质的影响。试验选用162头体重(50.49±4.78)kg的苏姜猪,随机分为9组,每组3个重复,每个重复6头(公母各占1/2)。采用3因素3水平正交试验设计,消化能水平分别为11.64、12.24、12.84 M J/kg,粗蛋白质水平分别为12%、13%、14%,粗纤维水平分别为5%、8%、11%,配制9种饲粮。预试期7 d,正试期42 d。结果显示:1)11.64 M J/kg消化能组平均日采食量(ADFI)极显著高于12.24、12.84 MJ/kg消化能组(P<0.01);饲粮消化能水平对试验猪的平均日增重(ADG)、料重比(F/G)无显著影响(P>0.05)。饲粮粗蛋白质水平对试验猪的ADG、ADFI和F/G均无显著影响(P>0.05)。8%和11%粗纤维组的ADG、ADFI、F/G分别显著高于(P<0.05)、极显著低于(P<0.01)、极显著低于(P<0.01)5%粗纤维组。2)12.24 MJ/kg消化能组屠宰率和胴体长显著高于11.64 MJ/kg消化能组(P<0.05);11%粗纤维组平均背膘厚极显著低于5%粗纤维组(P<0.01)。3)12.84 MJ/kg消化能组的肌肉红度值极显著高于11.64和12.24 M J/kg消化能组(P<0.01);13%粗蛋白质组肌肉p H24 h显著低于12%粗蛋白质组(P<0.05);8%和11%粗纤维组肌内脂肪含量极显著低于5%粗纤维组(P<0.01)。综合考虑上述因素,育肥苏姜猪饲粮中消化能、粗蛋白质、粗纤维的适宜水平分别为12.24 MJ/kg、12%、11%。

ESR基因在苏姜猪世代选育中的遗传变异及与猪群繁殖性状的关联

【目的】探讨苏姜猪ESR基因的PvuⅡ酶切位点多态性在世代选育过程中的遗传变异及与猪群繁殖性状的关系。【方法】采用PCR-RFLP的方法对906头、2—6世代苏姜猪ESR基因PvuⅡ酶切位点的多态性进行分析,并采用最小二乘法和单因子方差分析该位点多态性与苏姜猪群的繁殖性状的关联效应。【结果】ESR基因在苏姜猪的第2—6世代中B等位基因频率呈现出不断增加的趋势,BB基因型个体从第三世代开始出现,并且频率呈现出上升的趋势。仅考虑公猪基因型时,与配母猪总产仔数、产活仔数及死胎数之间无显著差异,但不同基因型公、母猪交配后母猪产仔数则有显著差异(P<0.05)。【结论】ESR基因的PvuⅡ酶切位点的多态性对不同基因型公、母猪交配后母猪的产仔数有显著影响。

苏姜猪ESR基因和FSHβ基因多态性及其对部分生长性状的影响

研究157头苏姜3世代猪ESR和FSHβ基因型分布,并对基因型与6月龄体高、体长、胸围和体重作了相关分析。结果表明:两位点在苏姜猪中存在多态性;ESR基因BB基因型猪的体高、体长、胸围和体重显著(P<0.05)低于AA基因型的个体,体高、胸围、体重达到极显著水平;FSHβ基因BB基因型个体的体长显著(P<0.05)低于AA型的个体。合并基因型BBBB个体的体高和胸围显著(P<0.05)低于AAAB、AABB、ABAB和ABBB基因型个体,而体重则显著(P<0.05)低于其他合并基因型的,部分基因型之间达到极显著水平(P<0.01)。结果提示,两基因有利于产仔数的BB型体尺性状较小,生长速度较慢。苏姜猪选育时应进行ESR和FSHβ基因的分子标记辅助选择,可避免B等位基因的流失。

苏姜猪ESR基因和FSHβ基因的多态性与繁殖性能的相关性研究

[目的]从DNA水平上为苏姜猪的选育提供技术支持。[方法]对293头苏姜猪的ESR基因和FSHβ基因的多态性进行检测,分析不同多态性间繁殖性能(总产仔数、产活仔数和初生重)的差异,探讨将ESR基因和FSHβ基因作为标记辅助选择用于苏姜猪核心群选育的可行性。[结果]苏姜猪ESR基因位点上的3个基因型AA型、AB型、BB型的频率分别为38.25%5、7.54%和4.21%,而FSHβ基因位点上AA型、AB型和BB型的频率分别为21.33%、37.2%和60.07%。在ESR基因位点上BB型和AB型苏姜猪的总产仔数显著高于AA型,而BB型苏姜猪的产活仔数显著高于AA型和AB型。FSHβ基因位点上3个基因型苏姜猪的总产仔数、产活仔数和初生重差异均不显著。[结论]ESR基因可作为辅助标记选择用于苏姜猪核心群的选育,以提高其繁殖性状。

基于RNA-seq数据鉴定苏姜猪肉质性状相关基因

试验通过对苏姜猪背最长肌和腿肌进行转录组分析,旨在挖掘影响苏姜猪肌肉肉质性状的候选基因。选取90和180日龄苏姜猪各3头,利用RNA-seq技术对90日龄苏姜猪背最长肌、180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌进行测序,对差异表达基因进行GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析。结果显示,180日龄苏姜猪背最长肌和90日龄苏姜猪背最长肌中有1 655个基因差异表达,其中474个基因表达上调,1 181个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,474个表达上调基因主要参与肌肉纤维、转录调节、钙信号通路、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、FOXO信号通路等生物学功能,1 181个表达下调基因主要参与免疫、造血、溶酶体、绑定、酶活性等生物学功能;180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌中有383个基因差异表达,其中70个基因表达上调,313个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,70个表达上调基因未能显著富集,313个表达下调基因主要参与细胞分化增殖、肌肉发育、细胞外基质、cGMP-PKG信号通路等生物学功能。本试验获得了苏姜猪背最长肌和腿肌组织的转录组信息,筛选出6个与苏姜猪肉质性状相关的候选基因:FOXO1、FOXO3、FOXO4、MYF6、A-FABP和H-FABP,为深入研究苏姜猪肉质性状的分子机理奠定基础。

苏姜猪四至六世代雌激素受体(ESR)基因PvuⅡ多态性分析

研究了雌激素受体（ESR）基因在苏姜猪世代选育中的遗传变异情况。结果表明：在苏姜猪四、五、六3个世代中都存在AA，AB，BB三种基因型，四世代、五世代、六世代A等位基因的频率分别为71．67％，66．67％，68．33％，B等位基因的频率分别为28．23％，33．33％，31．67％。在苏姜猪3个世代检测个体中，A等位基因频率显著（P〈0．05）高于B等位基因的频率。苏姜猪3个世代中AA，AB，BB三种基因型的第1胎总产仔数差异都不显著。3个世代中AA与AB基因型的第2～4胎总产仔数差异不显著，而BB型基因的第2～4胎总产仔数显著高于AA和AB的第2～4胎总产仔数。在今后的选育中，应加强BB基因型种猪的选留，进一步提高苏姜猪窝产仔头数。

苏姜猪MC4R基因多态性及其与生产性状的关联分析

本研究旨在探讨MC4R基因多态性对苏姜猪生产性状的影响,以期能够筛选出可用于提高苏姜猪生产性状的分子标记。利用DNA混合池和Sanger测序法对MC4R基因外显子进行单核苷酸多态性(SNP)检测,分析SNP的遗传多态性及其与生产性状的关联性。结果显示,苏姜猪MC4R基因外显子中共检测到6个SNP位点,其中1个错义突变[rs81219178 G>A(Asp298Asn)],5个3′UTR突变(rs325999553 G>A、rs344775772 T>A、rs334536177 A>C、rs335628164 C>T和rs81221063 A>T),均包含3种基因型,且符合Hardy-Weinberg平衡,2个SNP位点为低度多态,4个SNP位点为中度多态。关联分析结果显示,rs81219178 G>A(Asp298Asn)位点对胸围和胸宽有显著影响,5个3′UTR突变位点对体质量、体高和胸围有显著影响。rs325999553 G>A和rs344775772 T>A呈现高度连锁,rs334536177 A>C、rs335628164 C>T和rs81221063 A>T呈现高度连锁。结果提示,MC4R基因对苏姜猪的部分生产性状有显著影响,可作为苏姜猪早期选育的分子标记。

复合植物提取物对育肥期苏姜猪胴体性状、肌肉品质及血清指标的影响

【目的】试验旨在探讨复合植物提取物对育肥期苏姜猪胴体性状、肌肉品质及血清指标的影响。【方法】将200头120日龄、体重55 kg的健康苏姜猪阉公猪随机分为5组,每组4个重复,每个重复10头。对照组饲喂玉米-豆粕型基础饲粮,试验A、B、C、D组分别在基础饲粮中添加100、200、300、400 mg/kg植物提取物(由杜仲、女贞子、五味子按4∶3∶1混合提取,提取物的主要活性成分为绿原酸、齐墩果酸和木脂素等)。试验预试期7 d,正试期45 d。试验结束后采血并屠宰,测定胴体性状、肌肉成分、肉品质、血清生化指标、抗氧化指标及免疫指标。【结果】B和C组平均背膘厚显著低于对照组(P<0.05),B组眼肌面积显著高于对照组和A组(P<0.05)。各组间粗蛋白质、粗脂肪、粗灰分等常规肌肉成分均无显著差异(P>0.05)。试验B组大理石纹评分显著高于对照组、A和C组(P<0.05)。B和D组肉色评分显著高于对照组(P<0.05)。B组肌肉红度显著高于对照组和A组(P<0.05)。B组血清总蛋白含量显著高于对照组(P<0.05)。D组血清白蛋白含量显著高于对照组(P<0.05)。A和D组血清MDA含量显著低于对照组(P<0.05)。B组IgA含量显著高于对照组与A组(P<0.05)。其他指标各组间差异均不显著(P>0.05)。【结论】在苏姜猪育肥期基础饲粮中添加200 mg/kg复合植物提取物有利于改善胴体性状、肌肉品质及血清生化指标,可在苏姜猪的生产中加以应用。

苏姜猪杂交配合力测定与分析

本试验对苏姜猪与大白猪、长白猪、巴克夏猪、皮特兰猪的杂交配合力进行测定研究。结果表明：在生长和肉质性状方面,苏姜猪与大白猪、长白猪、巴克夏猪的杂交F1代优于与皮特兰猪的杂交F1代。30~90 kg阶段大白×苏姜、长白×苏姜和巴克夏×苏姜杂交F1代平均日增重分别为693.48、689.05和684.01 g/d,均显著高于皮特兰×苏姜杂交F1代平均日增重628.06 g/d（P≤0.05）;皮特兰×苏姜杂交F1代料重比最低,为3.13∶1,巴克夏×苏姜杂交F1代料重比最高,为2.93∶1,大白×苏姜和长白×苏姜杂交F1代分别为3.02∶1和3.03∶1;皮特兰×苏姜杂交F1代的失水率最高,到达41.34%,显著高于大白×苏姜、长白×苏姜和巴克夏×苏姜杂交F1代的失水率30.89%、31.55%和32.42%（P≤0.05）;皮特兰×苏姜杂交F1代的肉色较差,为2.32,显著低于大白×苏姜、长白×苏姜和巴克夏×苏姜杂交F1代的肉色2.90、2.88和2.92（P≤0.05）。本研究表明苏姜猪与大白猪、长白猪、巴克夏具有较好的杂交配合力,与皮特兰杂交配合力较差。

复合植物提取物对苏姜猪生长性能、养分消化率及粪中微生物比例的影响

为探讨复合植物提取物对苏姜猪生长性能、饲料消化率及粪中主要微生物比例的影响,选择60 kg左右的育肥期苏姜猪150头分成5个组,每组3栏,每栏10头。对照组饲喂玉米-豆粕型基础饲粮,试验组分别在基础饲粮中添加质量分数为0.01%、0.02%、0.03%、0.04%的复合植物提取物,试验期45 d。结果表明:0.02%添加组的末质量比对照组和0.01%添加组显著升高,0.02%添加组与对照组相比平均日增量显著提高,料质量比显著降低;0.02%和0.03%添加组与对照组相比粗蛋白质表观消化率显著提高,0.03%、0.04%添加组与0.02%添加组相比粗灰分表观消化率显著提高,0.02%添加组显著高于对照组和0.01%添加组;与对照组相比,试验组大肠杆菌数量显著降低,0.02%、0.03%、0.04%添加组乳酸菌数量显著提高。综上所述,在基础饲粮中添加质量分数为0.02%复合植物提取物有利于提高育肥期苏姜猪生长性能,提高营养物质的表观消化率,改善粪中微生物比例。

PRLR、RBP_4基因与苏姜猪繁殖性能的相关性分析

采用PCR-RFLP方法对71头苏姜猪的PRLR基因、RBP4基因的多态性进行了检测,分析不同多态性间繁殖性能的差异,探讨将PRLR基因、RBP4基因作为标记辅助选择用于苏姜猪核心群选育的可行性,从DNA水平上为苏姜猪的选育提供技术性支持。结果表明:PRLR、RBP4两个基因位点在苏姜五世代母猪中均存在多态性。在该试验中,PRLR基因、RBP4基因各自基因型的效应差异均不显著(P>0.05),合并基因型的效应显著(P<0.05),可以联合标记用于苏姜猪核心群的选育。

猪Leptin基因多态性及其与产仔性状的相关性分析

试验旨在探究Leptin基因对猪产仔性状的影响,为其新品种持续选育提供遗传学依据。参考GenBank发布的猪Leptin基因DNA序列(登录号:U66254、AF026976)设计3对引物,采用PCR-SSCP技术分析Leptin基因在苏姜猪和姜曲海猪中的单核苷酸多态性(SNP),并用统计学方法分析基因座多态性与产仔性状的相关性。结果发现,Leptin基因在苏姜猪、姜曲海猪群体中均具有多态性,检测到3种基因型:AA、AB和BB;测序结果发现,编码区第3 469位碱基处发生单碱基突变(T3469C),为同义突变。χ2适合性检验显示,2个猪种Leptin基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。多态信息含量(PIC)分析显示,苏姜猪为中度多态,姜曲海猪为低度多态。Leptin基因型与产仔性状关联分析显示,不同基因型间产仔性状差异不显著(P>0.05),但T3469C位点AB基因型平均产仔数较AA和BB基因型高,初步推断Leptin基因T3469C位点可能是影响猪产仔性状潜在的遗传标记,建议做进一步的研究。

苏姜猪血清HSL、MDH活性变化规律的研究

【目的】探讨苏姜猪激素敏感酯酶(HSL)和苹果酸脱氢酶(MDH)的变化规律。【方法】本试验采用酶联免疫法测定了70头不同月龄、公母各半、健康无病的苏姜猪血清HSL和MDH活性。【结果】(1)苏姜猪血清HSL活力在不同月龄之间、同一月龄不同性别之间的差异均较大,2月龄达到高峰(9.05 U/m L),继而开始下降,4月龄达到最低值(7.08 U/m L),然后再次回升。(2)苏姜猪血清MDH活性在2月底达到最低值(518.17 m U/m L),然后逐渐上升。6月龄MDH活力与其他月龄间差异均极显著(P<0.01),5月龄与3月龄间差异极显著(P<0.01)。相同月龄不同性别之间血清MDH活性变化差异较大,但总体变化趋势一致。试验结果需要在今后的生产及试验过程中加以验证。【结论】血清HSL活性先上升,在2月龄时达到高峰,然后开始下降,4月龄达到最低值后再次回升。血清MDH活性总体呈现出逐渐升高的趋势。

不同生长性能苏姜猪保育仔猪器官的发育差异

为预防苏姜猪弱仔的发生和救治提供参考,选取同日龄体重相近健康情况良好的保育仔猪100头,在相同饲养条件下饲养42 d后,从中选取体重最轻的4头弱仔猪、体重最重的4头健壮仔猪,研究2种生长性能苏姜猪保育仔猪不同器官的发育差异。结果表明:弱仔猪的平均体重极显著轻于健壮仔猪,主要免疫器官胸腺、脾脏重量显著低于健壮仔猪;弱仔猪胸腺指数和胸腺脑比显著小于健壮仔猪;弱仔猪胸腺切片观察边缘区较薄,淋巴细胞较稀疏,凋亡小体较多;弱仔猪肺部切片观察有轻微病变,胃肠粘膜厚度极显著变小,小肠杯状细胞增多,胃肠道免疫功能受损;弱仔猪小肠绒毛长度极显著低于健壮仔猪,隐窝深度极显著高于健壮仔猪,消化吸收功能变弱。弱仔猪免疫系统和消化系统显著弱于健壮仔猪,其他器官发育受到的影响相对较小。

基于全基因组差异甲基化分析鉴别影响苏姜猪体重的候选基因

本研究旨在分析不同体重苏姜猪的全基因组DNA甲基化差异,以期筛选出影响苏姜猪体重的差异甲基化基因(differentially methylated genes,DMGs)。利用全基因组重亚硫酸盐测序(whole genome bisulfite sequencing,WGBS)技术分析了3头180日龄高体重和3头180日龄低体重苏姜猪的全基因组DNA的甲基化程度、差异甲基化区域(differentially methylated regions,DMRs)和DMGs,对DMGs进行GO和KEGG分析,鉴别影响苏姜猪体重的候选基因。结果显示,苏姜猪全基因组范围内胞嘧啶(C)的平均甲基化率为4.1%,胞嘧啶(C)甲基化平均98.41%发生在CG序列上,CG序列环境下外显子、内含子和3′UTR的甲基化水平高于启动子和5′UTR。本研究共检测出1657个DMRs和575个DMGs,8号染色体上DMRs分布最多,88.89%的DMRs的长度在500 bp以内,62.78%的DMRs分布在远端基因间区,98个DMGs显著富集于TOR信号的负调控、碳水化合物衍生物分解代谢过程、脂肪细胞因子信号通路、FoxO信号通路等53个GO条目和29个信号通路,鉴别到5个与苏姜猪体重相关的候选基因:瘦素受体(leptin receptor,LEPR)基因、肿瘤坏死因子受体相关因子6(tumor necrosis factor receptor associated factor 6,TRAF6)基因、生肌因子6(myogenic factor 6,MYF6)基因、钙依赖性分泌激活因子2(calcium dependent secretion activator 2,CADPS2)基因和表皮生长因子(epidermal growth factor,EGF)基因。本研究利用WGBS绘制了高、低体重组苏姜猪的全基因组DNA甲基化图谱,为深入研究苏姜猪体重差异的分子机制奠定了基础。

苏姜猪SIRT3基因多态性及其组织表达定位分析

本研究通过基因重测序、实时荧光定量(RT-PCR)和免疫组织化学方法测定苏姜猪群体中SIRT3基因的多态性以及各脏器组织中SIRT3 mRNA的表达量和蛋白定位分布,分析基因突变对苏姜猪胴体肉质性状的影响。结果表明:苏姜猪群体中SIRT3基因在外显子1区和内含子6区分别存在T→A和C→T的碱基突变,其中外显子1处的突变位于5'非翻译区(5'UTR),存在TA和TT基因型,内含子6区碱基突变位点存在CC和CT基因型,其中CC和CT基因型苏姜猪的屠宰指标差异均不显著,在肉品质指标中,CC型苏姜猪肉的剪切力显著高于CT型;对比公母苏姜猪的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胃、大肠、小肠、腹脂、背最长肌、腿肌、卵巢、输卵管、子宫角等14个组织中SIRT3 mRNA的表达量,结果显示脾脏组织中的表达量相对最低,除肝脏和脾脏组织外,公猪组织中SIRT3 mRNA相对表达量均高于母猪,其中公猪的肾脏和胃组织中表达量显著高于母猪;SIRT3免疫阳性颗粒主要分布于苏姜猪的肝脏细胞、肌肉细胞、黏膜层细胞、卵巢颗粒细胞和卵母细胞。