湖南大围子猪SLA-DR基因克隆及其生物信息学分析

目的:研究湖南大围子猪SLA-DR基因特性,评价该猪种在异种器官移植中是否具有应用前景。方法:应用RT-PCR扩增大围子猪SLA-DRA和SLA-DRB基因,插入pUCM-T载体,双向测序,用NCBI中的BLAST和ExPASY软件进行生物信息学分析。结果:大围子猪SLA-DRA和SLA-DRB基因扩增片段大小分别为1177bp和909bp,均包含完整的开放阅读框,分别编码252和266个氨基酸残基。生物信息学分析结果表明,大围子猪SLA-DRA和SLA-DRB与人类相应的DRA、DRB相比,氨基酸同源性分别为82%和73%。SLADRα链与人CD4分子结合部位介于第124至136位氨基酸,大围子猪SLA-DRA在该结合区域与人类相应的DRA存在两个氨基酸差异,即:第127位(lle→Val),第136位(Ser→Thr);SLADRβ链与人CD4分子结合部位位于第134至148位氨基酸,大围子猪SLA-DRB在该结合区域与人类相应的DRB相比氨基酸序列完全相同。与国际GenBank已登录的许多猪种相比,SLA-DRA基因同源性高达100%,而SLA-DRB基因在各猪种之间具有很高的多态性。结论:克隆湖南大围子猪SLA-DRA和SLA-DRB基因,该基因与人类相应的HLA-DRA和HLA-DRB基因高度同源,提示该猪种有望作为异种移植的候选供体。

实验用SPF大白猪和长白猪SLAⅡ类基因多态性研究

目的研究实验用SPF大白猪和长白猪SLA II类基因的多态性。方法分别采集15头SPF大白猪和22头长白猪抗凝血,分离外周血淋巴细胞,提取总RNA,反转录后RT-PCR扩增DQB1、DRB1和DQA基因并进行测序,分析获得的SLA II类等位基因序列多态性。结果 3个基因共获得25个等位基因,包括8个DQB1,10个DRB1和7个DQA,全部获得ISAG SLA命名委员会的官方命名,其中3个等位基因首次提交完整序列,命名为DQB1*02:12(KU754590)、DQB1*02:03(KU754591)和DRB1*06:07(KU754601),3个DQA等位基因为新发现等位基因。SPF大白猪和长白猪DQB1等位基因与外源性抗原结合的15个氨基酸中,共有5个氨基酸具有高度保守性;DRB1等位基因的16个外源性抗原识别位点中,仅1个位点高度保守;DQA等位基因19个抗原结合位点中,有11个高度保守。SLA II类基因氨基酸序列分子进化树表明,3个基因分别聚为两大类,与国外Yucatan小型猪具有较近的亲缘关系,而与其他猪种未表现明显遗传距离相隔。结论成功鉴定了大白猪和长白猪的25个SLA II类等位基因,发现其具有较为丰富的多态性,所获得SLA II类等位基因在其他品种猪也广泛分布,具有多样性,这一研究结果对大白猪和长白猪发展为经典实验动物模型具有重要作用。

中国猪种SLA-DR基因的克隆及序列分析

为探讨SLA DR基因结构及其在猪 人异种器官移植中的作用 ,本研究采用RT PCR扩增三个中国猪种SLA DRcDNA ,然后克隆入测序载体 ,进行双向测序 ,获得了具有完整阅读框架的三个结构和已有序列不同的新DRB等位基因 ,其长度为80 1个核苷酸 ,除末端终止密码外 ,编码 2 6 6个氨基酸残基 ;三个中国猪种DRA基因和已报告的NIH小型猪DRA基因结构相同 ,其长度均为 75 9个核苷酸 ,除末端终止密码外 ,编码 2 5 2个氨基酸残基。分析还揭示 ,(1)中国猪种SLA DR基因及其推导的氨基酸序列与人相应基因的同源性明显高于小鼠I E基因 ;(2 )中国猪DR分子 (DRα链和β链 )存在和人CD4分子相结合的HLA同源序列 ,但个别关键氨基酸残基发生改变 ,其改变幅度明显低于小鼠I E分子。人 猪MHC显示较高的同源性 ,在分子水平为人体T细胞同时采用直接和间接方式识别猪SLA这一免疫学现象提供了依据。