石柱参SzPLC1基因的生物信息学分析及胁迫应答

利用RT-PCR结合RACE技术,克隆石柱参磷脂酶C(SzPLC1)基因,并采用生物信息学方法对该基因及其编码蛋白进行数据分析,同时探讨干旱胁迫对SzPLC1表达的影响。结果显示:该基因全长1725 bp,开放阅读框(ORF)长度为1455 bp,编码484个氨基酸,分子质量为54.8 ku,具有2个跨膜结构域X和Y区;SzPLC1蛋白二级结构包括无规则卷曲(40.91%)、α-螺旋(37.54%)、延伸链(18.39%)和β-转角(4.96%)。系统进化分析表明石柱参SzPLC1蛋白与萝卜(Raphanus sativus,XP_018480211.1)的RsPLC1蛋白表现出较高的同源性(95%)。String蛋白互作网络分析表明,与SzPLC1蛋白互作的蛋白质共有10个,均为磷脂酰肌醇信号通路的重要酶类,说明SzPLC1是磷脂酰肌醇信号通路中关键的酶。qRT-PCR分析表明,在干旱处理下,SzPLC1的表达量明显上调,说明SzPLC1蛋白具有抗干旱胁迫的功能。