结核分枝杆菌Rv3607c T细胞表位分布情况预测及分析

为了预测和分析结核分枝杆菌(MTB)Rv3607c抗原的CD4+T以及CD8+T细胞表位的分布状况,首先在NCBI数据库中获取抗原的氨基酸序列,然后使用BLAST并与人类蛋白进行同源比对;之后使用Net MHC数据库预测并分析MTB的Rv3607c抗原的CD4+T细胞表位的分布状况;再使用SYFPEITHI、NETCTL、BIMAS和Net MHC在线预测分析MTB的Rv3607c抗原CD8+T细胞表位的分布状况。结合两个表位预测结果,筛选出最终表位肽段,为后续验证试验做准备。其结果为:首先预测出MTB的Rv3607c抗原有4个CD8+T细胞候选表位;而CD4+T细胞表位的初步结果为强结合表位29个,弱结合表位183个。结合两个表位预测并分析,最终筛选出2个优势表位肽段。最后预测出的T细胞候选表位将作为结核病特异性诊断和抗结核多表位疫苗的研究根基。

Rv2462c蛋白基本特性及T细胞抗原表位分析

为进行结核分枝杆菌(MTB)Rv2462c蛋白的理化性质分析和T细胞的表位预测,首先在NCBI上查询Rv2462c蛋白的氨基酸序列,运用NCBI Blast对Rv2462c蛋白和人类蛋白进行同源性分析,用ExPASY(ProtParam)分析软件对Rv2462c蛋白进行理化性质分析,用Expasyde的Protscale程序对Rv2462c蛋白进行疏水性分析,用SignalP和TMHMM软件对Rv2462c蛋白进行信号肽和跨膜区预测分析;NetMHCⅡpan3.2Server软件预测Rv2462c蛋白的CD4^+T细胞表位的分布情况;分别用NetMHC、NetCTL和SYFPEITHI三种分析软件预测Rv2462c蛋白的CD8^+T细胞表位的分布情况,综合分析预测结果,最终筛选出T细胞优势表位。结果:综合CD4^+T和CD8^+T细胞表位预测结果,得到一条优势表位RLPGFRPGK40-48。预测出的T细胞优势表位可以为结核病特异性诊断和结核病疫苗开发提供参考。