T2基因突变致3-酮硫解酶缺乏症

目的:在非糖尿病性酮症酸中毒病例中寻找3-酮硫解酶(3-ketothiolase,3KT)(以下简称T2)基因异常情况,进一步为3KT缺乏症(3-ketothiolase deficiency,3KTD)的诊断提供依据,揭示T2在异亮氨酸代谢过程中的作用,并探讨基因突变导致该疾病的潜在机制。方法:采集先证者及家属外周血,同时采集50例正常儿童外周血为正常对照,提取外周血DNA,用PCR法扩增T2基因全部外显子及其侧翼,对扩增产物进行直接测序,检测突变位点。结果:先证者外显子5第46位C突变为T,该突变导致T2蛋白第127位氨基酸由丙氨酸突变为缬氨酸,先证者父母、哥哥及正常对照组该位点均未见突变;先证者外显子1、内含子5、内含子8发现多个单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphism,SNP)。结论:T2基因外显子5 A127V,可能是3KTD的潜在病因。

水稻长穗颈基因eui2(t)共分离SSR标记的获得

水稻长穗颈突变体(eui2)是通过人工诱变获得的,突变基因已经被初步定位在水稻第10染色体的长臂中部。本研究以含有eui2(t)基因的籼稻品系协青早eB2与粳稻品种中花14杂交的F2代(8000个单株)作为定位群体,借助已发表的水稻SSR标记及根据GenBank中的水稻基因组序列设计的SSR标记,找到1个与eui2(t)基因共分离的标记RZH38,为eui2(t)基因的辅助育种提供了分子标记。

猪獾苦味受体T2R2基因的分子克隆与进化分析

苦味的感知是机体有效的自我保护机制之一。文章采用PCR和克隆测序方法首次从猪獾基因组中获得一全长为1169bp的苦味受体T2R2基因DNA序列(GenBank登录号:FJ812727)。该序列含有完整的1个外显子(无内含子),大小为915bp,编码304个氨基酸残基。其蛋白质等电点为9.76,分子量为34.74kDa。拓扑结构预测显示猪獾T2R2蛋白上含有N?糖基化位点、N-肉豆蔻酰化位点各1个,蛋白激酶C磷酸化位点2个。整个蛋白质多肽链含有7个跨膜螺旋区,4个细胞外区和4个细胞内区。亲水性/疏水性分析表明,猪獾T2R2蛋白质为一疏水性蛋白,其亲水性区段所占比例较小。种间相似性比较显示,猪獾T2R2基因与犬、猫、牛、马、黑猩猩和小鼠的T2R2基因cDNA序列相似性分别为91.4%、90.6%、84.4%、85.4%、83.8%、72.1%,氨基酸序列相似性分别为85.5%、85.8%、74.0%、77.6%、75.3%、61.5%。核苷酸替换计算和选择性检验结果表明,猪獾T2R2基因与犬、猫、牛、马、黑猩猩和小鼠间存在着强烈的纯净化选择(Purifying selection),即强烈的功能束缚(Functional constraint),进一步分析发现该选择作用实际上主要存在于跨膜区。猪獾、犬、猫、牛、马、黑猩猩和小鼠的T2R2基因外显子核苷酸序列构建的基因树与其物种树的拓扑结构是相一致的,表明T2R2基因适合于构建不同物种间的系统进化树。

水稻稻瘟病抗性基因Pi-2(t)的精细定位

利用重组自交系群体对水稻稻瘟病抗性基因 Pi- 2 (t)进行精细定位 ,将 Pi- 2 (t)定位于分子标记 RG6 4和 AP2 2之间 ,遗传距离分别为 0 .9c M和 1.2 c M。该研究建立了 Pi- 2 (t)基因和分子标记之间的紧密连锁 ,为提高分子标记辅助选择育种的效率 ,以及克隆该基因奠定了基础。

蒙古族人群FOXC2—512C〉T基因多态性与代谢综合征相关性研究

目的 探讨蒙古族人群代谢综合征（MS）发病的遗传机制和遗传易感性,为MS的早期预防及诊断治疗提供科学依据.方法 通过采用等位基因序列特异性聚合酶链反应法检测FOXC2-512C＞T基因多态性,比较MS组与正常对照组间基因型和等位基因频率分布,同时通过比较不同基因型间BMI、腰臀比、血压、TG、空腹血糖、高密度脂蛋白（HDL）水平差异,分析FOXC2-512C＞T基因多态性与MS的关系.结果 MS组腹围、臀围、BMI、空腹血糖、TG、TC、SBP、DBP均明显高于对照组,HDL值明显低于对照组,差异均有统计学意义（P＜0.05）.MS组及对照组FOXC2-512C＞T基因分布均符合Hardy-Weinberg遗传平衡（x2=1.21,P=0.28;x2=1.51,P=0.20）.MS组FOXC2-512C＞T基因C/C、T/C、T/T频率分别为26.7%、58.3%、15.0%,对照组为13.9%、39.3%、46.7%;MS组C、T等位基因频率为55.8%、44.2%;对照组为33.6%、66.4%.2组间基因型分布比较及等位基因分布比较,差异均具有统计学意义（均P＜0.05）.多元逐步Logistic回归分析显示,在包头地区蒙古族人群中,FOXC2-512C＞T基因型、空腹血糖、TG、血压、BMI是MS发病的危险因素.结论 FOXC2-512C＞T基因型对MS的发生有较高的危险性,其很有可能成为MS治疗的新靶点.但FOXC2-512C＞T基因是否可作为中国内蒙古地区蒙古族人群MS发病的分子遗传学标志,还有待进一步大样本的研究予以证实.

Jr(a-)稀有血型ABCG2^(*) 376T等位基因高分辨熔解曲线检测方法的建立及分布频率研究

目的 建立针对Jr(a-)稀有血型ABCG2^(*)376T等位基因的高通量分子检测方法,并将其应用于中国人群该等位基因的分布频率研究。方法 设计针对ABCG2基因376位点的特异性引物,利用前期已获得的携带ABCG2^(*)376T等位基因的纯合子和杂合子标本作为阳性对照,不携带该突变的野生型标本作为阴性对照,建立该等位基因的高分辨熔解曲线(HRM)检测方法。应用建立的方法对广州地区献血人群的DNA标本进行筛查,对筛查出携带ABCG2^(*)376T等位基因的标本进行测序确证,以验证HRM方法的准确性。结果 成功建立可检测ABCG2^(*)376T等位基因,并可同时对纯合子及杂合子进行准确分型的HRM方法,在1 560例广州地区献血者中筛查出携带杂合型等位基因个体15例,尚未筛查出携带纯合型等位基因的个体。结论 HRM方法可用于准确筛查ABCG2^(*)376T等位基因并进行分型,该等位基因在中国人群的分布频率约为0.48%(15/3120)。

与Pi-2(t)基因连锁的栽培稻BAC克隆在药用野生稻和栽培稻中的比较物理定位

用栽培稻遗传图第 6连锁群中与 Pi- 2 ( t)紧密连锁的 RFL P标记 RG64及其筛选出来的 BAC克隆3 8D17作为探针 ,对药用野生稻和栽培稻进行荧光原位杂交 ( FISH) ,供试探针 RG64及 BAC克隆 3 8D17均被定位于药用野生稻和栽培稻第 6染色体 .药用野生稻杂交信号的百分距离分别为 4 4 .87± 5 .3 3和 4 6.5 0± 4 .5 7,而栽培稻则为 3 5 .85± 3 .0 6和 3 6.0 5± 2 .4 4 ,信号检出率相应地为 7.14 %、4 2 .5 3 %、8.0 9%和 4 0 .78% .BAC克隆和RFL P探针杂交位置几乎一致 ,由此推知 ,与抗性基因 Pi- 2 ( t)连锁的 BAC克隆在药用野生稻中的同源顺序就在第6染色体杂交信号出现的相应位置 .在未封阻的情况下 ,药用野生稻多个染色体上具有信号 ,这表明它和栽培稻的Cot- DNA重复序列在一定的程度上具有同源性 .文中讨论了栽培稻 BAC克隆对药用野生稻原位杂交物理作图的可行性和 Cot- DNA的制备所涉及的一些技术问题 .

CYP11B2-344T/C基因多态性与2型糖尿病肾病的关系

目的:研究2型糖尿病(T2DM)患者CYP11B2-344T/C基因多态性与糖尿病肾病(DN)的相关性以及与DN不同分期的关系。方法:将145例T2DM患者分为DN组73例和糖尿病非肾病组(NDN组)72例,另选择52例门诊体验健康人为正常对照组(NC组)。应用聚合酶链反应-限制性内切酶片段长度多态性(PCR-RFLP)对以上197例观察对象进行基因型分析。结果:(1)DN患者存在CYP11B2-344T/C多态性,本研究197例观察对象中CYP11B2-344T/C多态性存在CC、CT、TT3种基因型,频率分别为12.7%、50.3%、37.1%;C、T等位基因频率分别为31.2%、68.8%。(2)DN组CYP11B2-344T/CT等位基因频率明显高于NC组(P<0.05)。(3)DN组CYP11B2-344T/C多态性CC、CT、TT3种基因型各临床指标均数比较差异无显著性(均P>0.05)。(4)DN组内微量白蛋白尿期、临床白蛋白尿期和肾功能不全期CC、TT、CT基因型频率和C、T等位基因频率差异均无显著性(均P>0.05)。(5)CYP11B2-344T/C基因型与DN无相关性(P>0.05)。(6)DN患者TT基因型血浆醛固酮水平最高。结论:CYP11B2-344T/C多态性与2型糖尿病肾病无显著相关性。

黑龙江省主栽水稻品种抗稻瘟病基因Pi-2(t)的SSR检测分析

为合理搭配种植水稻品种,利用与抗稻瘟病基因Pi-2(t)紧密连锁的SSR标记AP22和SRM24检测49份黑龙江省主栽水稻品种(系)抗瘟基因Pi-2(t)的分布情况。结果表明:用2个与抗稻瘟病基因Pi-2(t)紧密连锁的SSR标记同时对抗瘟基因Pi-2(t)的检测是非常有效的方法,龙粳8号、绥粳4号、龙D99-709和垦676共4个水稻品种(系)检测出含有Pi-2(t)抗稻瘟病基因,并了解了该基因在黑龙江省水稻品种资源中的分布情况。

泛素结合酶UBE2T基因在布鲁氏菌感染过程中的作用

[目的]探讨泛素结合酶E2T(UBE2T)在布鲁氏菌感染过程中的功能。[方法]构建UBE2T基因过表达载体pLVX-puro-UBE2T,对其进行PCR和EcoRⅠ/BamHⅠ双酶切验证,并将其转染小鼠巨噬细胞RAW264.7,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测UBE2T基因过表达效果。设计并合成3条UBE2T基因沉默表达的siRNA(UBE2T-379-siRNA、UBE2T-599-siRNA和UBE2T-661-siRNA),将其转染小鼠巨噬细胞RAW264.7,利用qRT-PCR检测UBE2T基因沉默表达效果。采用四甲基偶氮唑盐(MTT)试验,检测UBE2T沉默或过表达对RAW264.7细胞活性的影响。利用qRT-PCR,检测M5-90感染对RAW264.7细胞UBE2T基因相对表达量的影响,以及对过表达或沉默表达UBE2T基因的RAW264.7细胞中含pyrin结构域NOD样受体家族3(NLRP3)和半胱氨酸天冬氨酸蛋白水解酶1(Caspase-1)基因相对表达量的影响。用布鲁氏菌M5-90菌株感染过表达和沉默UBE2T基因的RAW264.7细胞,用活菌计数法检测UBE2T沉默或过表达对RAW264.7细胞内布鲁氏菌增殖的影响,利用相应的试剂盒检测细胞乳酸脱氢酶(LDH)水平、半胱氨酸天冬氨酸蛋白水解酶3(Caspase-3)活性及白细胞介素6(IL-6)、IL-18、IL-1β和γ-干扰素(IFN-γ)等细胞因子的水平。[结果]成功构建了UBE2T基因过表达载体pLVX-puro-UBE2T,过表达效果良好。3条siRNA中,UBE2T-661-siRNA的干扰效果最佳,其对UBE2T基因的沉默效率为84%。UBE2T沉默或过表达对RAW264.7细胞活性无影响。M5-90感染可提高RAW264.7细胞UBE2T的表达量;沉默UBE2T可提高M5-90介导的NLRP3和Caspase-1的表达,而过表达UBE2T会抑制M5-90介导的NLRP3表达,提高M5-90介导的Caspase-1表达。沉默表达UBE2T可抑制胞内M5-90的增殖,而过表达UBE2T可促进胞内M5-90的增殖。沉默表达UBE2T可抑制M5-90介导的LDH水平,提高Caspase-3活性及IFN-γ、IL-6和IL-1β水平;而过表达UBE2T可提高M5-90介导的LDH水平,抑制Caspase-3的活性及IFN-γ、IL-1β水平。[结论]泛素结合酶UBE2T对胞内布鲁氏菌增殖具有正调控作用。

5-羟色胺2C受体基因-759C/T和-697G/C多态性与抗精神病药物所致体质量增加的关联

目的:探讨5-羟色胺2C受体(5-hydroxytryptamine 2C receptor,HTR2C)基因-759C/T和-697G/C多态性与抗精神病药物所致体质量增加的相关性。方法:用病例匹配进行对照研究,研究组为85例服用抗精神病药物后体质量增加≥7%的精神分裂症患者,对照组为85例服用抗精神病药物体质量增加<7%的精神分裂症患者,对照组在抗精神病药物种类和治疗时间上与研究组匹配。采用高温连接酶检测反应法对170例患者进行单核苷酸多态性分析。结果:研究组男性患者中携带HTR2C-759C半合子和女性患者中携带HTR2C-759C/C型的比率明显高于对照组;研究组男性患者中携带HTR2C-697G半合子和女性患者中携带HTR2C-697CG/GG型的频率明显高于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论:5-羟色胺2C受体基因启动子区-759C/T和-697G/C多态性可能与抗精神病药物引起的体质量增加存在关联。

UBE2T基因在乳腺癌中的差异表达及其与免疫细胞浸润之间的相关性研究——基于生物信息学分析的结果

目的研究泛素结合酶E2T(UBE2T)在乳腺癌肿瘤组织中的差异性表达及其对患者预后的影响,并进一步探讨其表达水平与肿瘤微环境中免疫细胞浸润之间的关系。方法应用TCGA公共数据库,采用UALCAN比较UBE2T基因在乳腺癌组织与正常的乳腺组织之间的差异表达,利用Kaplan-Meier Plotter绘制不同UBE2T表达水平的乳腺癌患者的生存曲线,最后应用TIMER分析UBE2T表达与免疫细胞浸润之间的关系。结果相较于正常的乳腺组织,UBE2T的m RNA在乳腺癌组织中呈明显的高表达状态(P=1.62E-12)。UBE2T高表达的乳腺癌患者术后的DFS上四分位数、OS上四分位数均短于UBE2T低表达的乳腺癌患者(P=1E-16、0.013)。UBE2T表达与常见的体液免疫B细胞的浸润呈正相关(r=0.148,P=3.14E-06),与肿瘤微环境中的巨噬细胞浸润呈负相关(r=-0.134,P=2.64E-05)。结论 UBE2T基因可以作为乳腺癌诊断及预后预测的分子标志物,其表达水平与乳腺癌肿瘤微环境中的B细胞和巨噬细胞浸润相关。

“端粒到端粒”人类参考基因组:精准医学时代的新起点

DNA测序技术的飞速发展使人类基因组学研究迈进“端粒到端粒(T2T)时代”。这个时代的核心标志是实现每一个人类染色体分子——从端粒到端粒——高质量、高完整度的连续线性组装,成为精准医学质量控制的金标准,从而准确和稳定地识别个体变异信息。越来越多个体基因组的完整组装为我们揭示远高于预期的人类基因组差异,也为各人群采用自己的近缘参考基因组进行变异分析提供了关键的理论依据。近缘参考基因组可以更准确地识别和定位个体的基因变异,而准确的变异数据是精准医学中变异与表型关联研究的关键数据基础。这种以人群为单位的基因组分析和研究新范式,必将显著影响国际和国内未来精准医学发展的格局。

河北汉族人群醛固酮合成酶基因-344C/T多态性研究

目的对中国河北省正常人群CYP11B2基因-344C/T多态性分布特点进行初步研究。方法选取唐山市正常健康体检者,提取白细胞DNA,PCR扩增CYP11B片段,应用限制性内切酶HaeⅢ37℃酶切2h。酶切产物行25g/L琼脂糖凝胶电泳。紫外灯下观察基因型。结果CYP11B2基因-344C/T多态性在河北正常人群中分布是CC16.0%、CT41.7%、TT52.5%,C等位基因为26.8%,男女之间基因型、等位基因频率差异无统计学意义(P=0.544、0.382)。CYP11B2基因-344C/T多态性分布与日本、芬兰、南非、法国、德国、比利时等国正常人群分布存在显著性差异,不同种族之间差异有统计学意义(P<0.004)。结论不同种族、不同地区正常人群CYP11B2基因-344C/T多态性分布存在明显差异。

植物端粒到端粒(T2T)基因组研究进展与展望

高质量的参考基因组是基因组学研究的基础。目前,大多数的参考基因组仍然是不完整的。随着长读长测序技术的不断发展,完成端粒到端粒(telomere-to-telomere,T2T)基因组组装的物种越来越多。T2T基因组为深入研究着丝粒等复杂区域奠定了基础,对功能基因的挖掘和重要生物机制的研究具有重要意义。本文概述了植物T2T基因组的研究进展,结合实例介绍了相应的组装策略,讨论了T2T基因组的意义和面临的挑战,并对未来的发展前景进行了展望。

条件性敲除CD4^+T细胞的多巴胺D2受体对帕金森病模型小鼠的影响

目的:研究CD4+T细胞上的多巴胺D2受体(dopamine receptor D2, DRD2)对帕金森病(Parkinson′s disease,PD)模型小鼠的影响。方法:条件性敲除CD4+T细胞DRD2基因的雄性小鼠(CD4-Cre Drd2fl/fl)、C57BL/6小鼠通过腹腔注射1-甲基-4-苯基-1,2,3,6-四氢吡啶(1-methy-4-phenyl-1,2,3,6-tetrahydropyridine, MPTP)制备PD模型,注射7 d后,用旷场实验法来测量小鼠运动的平均速度,再无菌取小鼠脾脏,制备单个核细胞悬液,用Trizol法提取细胞总RNA,然后用实时荧光定量聚合酶链式反应法检测小鼠脾脏单个核细胞中的促炎因子白细胞介素(interleukin, IL)-17、干扰素γ(interferonγ, IFN-γ)和抗炎因子IL-4、转化生长因子-β1(transforming growth factor-β1, TGF-β1)的表达。用流式细胞术来检测脾脏中CD4+T细胞占单个核细胞的百分比。结果:CD4-Cre Drd2fl/fl PD模型小鼠旷场运动速度较野生型PD模型小鼠减慢,脾脏中CD4+T细胞占单个核细胞的百分比较野生型PD模型小鼠降低,脾脏单个核细胞中IL-17、IFN-γ的mRNA表达均高于野生PD模型小鼠,IL-4、TGF-β1的mRNA表达没有明显变化。结论:条件性敲除CD4+T细胞DRD2基因加重了PD模型小鼠的病变及外周炎症的变化。

OR2T3基因与动脉性肺动脉高压的关联性分析

目的寻找动脉性肺动脉高压（PAH）的致病基因并验证OR2T3基因与PAH的关联性。方法对两个PAH家系中的4例患者和1名正常对照进行全外显子测序，利用生物信息学分析和组间比较，筛选出患者特有的变异，并对筛选出的变异使用Sanger测序法在30例特发性肺动脉高压患者、90例健康对照和30例慢性血栓栓塞性肺动脉高压患者中基因分型验证，进一步分析变异与PAH的相关性。结果全外显子组测序筛选到57个变异可能与PAH疾病相关。57个变异中OR2T3rs18748995变异在30例特发性肺动脉高压患者中存在6例AG杂合子，而在两家系其余健康人（AⅠ-1，AⅡ-3和BⅡ-1）及90例健康对照中未发现G等位基因携带者，差异有统计学意义（P〈0．05）；在30例慢性血栓栓塞性肺动脉高压患者中亦未发现该变异。结论OR2T3基因可能是PAH的致病基因，OR2T3rs148748995可能与PAH关联。

5-HT2A T102C基因多态性与阿尔茨海默病精神行为症状关系的meta分析

目的:研究5-HT2A T102C基因多态性与阿尔茨海默病精神行为症状的相关性。方法:检索PubMed、Web of Science、Cochrane、中国知网和万方数据库,时间自建库至2020年9月。经文献筛选、质量评价、数据提取后,使用stata 15统计结果。结果:共纳入9项研究,2113位患者。结果显示5-HT2A T102C基因多态性与幻觉、淡漠和异常运动行为的发生有关:T等位基因变异至C后,幻觉发生的可能性增加(P=0.023)。TT基因型较非TT基因型(CC+TC)发生幻觉(P=0.000)和淡漠(P=0.035)的可能性减小。TC基因型较非TC基因型(CC+TT)发生幻觉(P=0.005)和异常运动行为(P=0.043)的可能性增加。5-HT2A T102C基因多态性在妄想、激越和抑郁上无统计学意义。结论:5-HT2A T102C基因多态性可能与阿尔茨海默病幻觉、淡漠和异常运动行为有关。

菠萝RNase T2家族基因克隆及表达分析

核糖核酸酶T2(ribonuclease T2,RNase T2)家族基因中的S-RNase基因,是部分双子叶植物中自交不亲和的雌蕊决定因子。为了解菠萝(Ananas comosus var.comosus)中的RNase T2家族基因中是否存在S-RNase基因,是否在菠萝自交/异交的过程中起作用,对菠萝RNase T2家族基因进行克隆和表达分析。本研究查找并克隆了菠萝基因组中RNase T2家族基因,分析了基因结构、系统进化关系,重点分析了在不同品种菠萝雌雄蕊及授粉花柱中的基因表达情况。菠萝基因组中仅存在3个RNase T2家族基因,其中一个存在可变剪切。基因结构和进化分析表明S-like RNase1和S-like RNase2均含有3个内含子,被归于第Ⅰ类;S-like RNase3有7个内含子,被归于第Ⅱ类。3个S-like RNase基因均不存在明显的组织特异性表达,其中S-like RNase2整体表达水平低于S-like RNase1和S-like RNase3;S-like RNase1和S-like RNase3在花粉和花柱中的表达水平因品种而异,整体上在花粉中的表达水平高于花柱;转录组、蛋白组及实时荧光定量PCR分析结果均表明自交/异交柱头中S-like RNase1和S-like RNase3表达量显著高于未授粉柱头,且异交高于自交。S-like RNase1和S-like RNase3虽然不属于第Ⅲ类S-RNase,但极有可能在菠萝授粉过程中起重要作用。

唐山汉族CYP11B2-344T/C基因多态性与冠心病的相关性

目的观察唐山地区汉族醛固酮合成酶基因CYP11B2-344T/C多态性与冠心病的相关性。方法采用病例对照研究方法,选取2012年3月—2014年2月华北理工大学附属医院心内科连续收治的诊断为冠心病及胸痛待查患者,采用定量冠状动脉造影(QCA)方法观察冠状动脉狭窄程度,任一支冠脉血管狭窄≥50%者为冠心病组,任一支冠脉血管狭窄<50%或无明显狭窄者为对照组,记录临床资料,多聚酶链反应-限制性片段长度多态性分析(PCR-PFLP)检测醛固酮合成酶CYP11B2-344T/C位点基因型。结果(1)冠心病组与对照组比较,TT、TC、CC三种基因型频率分别为45.2%、45.2%、9.6%vs.54.0%、36.7%、9.3%,TC+CC基因型频率分别为54.8%vs.46.0%,T、C等位基因频率分别为67.8%vs.72.3%、32.7%vs.27.7%,差异均无统计学意义(χ~2=1.129,P=0.209;χ~2=2.907,P=0.099;χ~2=3.382,P=0.037)。(2)冠脉多支病变组与单支病变组比较,TT、TC、CC三种基因型频分别为42.4%、46.1%、11.5%vs.47.8%、44.8%、7.5%,TC+CC基因型频率分别为57.6%vs.52.2%。T、C等位基因频率分别为65.5%vs.70.1%、34.5%vs.29.9%,差异均无统计学意义(χ~2=1.082,P=0.582;χ~2=0.551,P=0.469;χ~2=0.947,P=0.384)。结论唐山汉族CYP11B2-344T/C基因多态性与冠心病未见明显相关性。