TAGLN基因对膀胱癌患者的临床意义:基于GEO数据集的分析

目的探讨TAGLN基因在膀胱癌患者中的表达情况及与临床病理特征的关系,评价其对膀胱癌患者临床预后的影响。方法检索并下载GEO膀胱癌基因表达数据集,分析膀胱癌患者基因表达谱数据及临床信息,明确TAGLN基因对膀胱癌患者预后的影响,并通过基因富集分析方法进一步探讨TAGLN基因对膀胱癌细胞的具体作用机制。结果膀胱癌患者中TAGLN低表达组膀胱癌患者在肿瘤侵袭程度及T、N、M分期方面明显优于TAGLN高表达组膀胱癌患者(P=0.001,P=0.002,P=0.009,P=0.05);而在年龄、肿瘤恶性等级和肿瘤是否进展的分布方面无明显差异;TAGLN低表达组患者的肿瘤特异性生存期(P<0.000 1)和总生存期(P<0.000 1)亦均优于TAGLN高表达组的患者,提示低表达组患者预后更佳。TAGLN基因高表达组的膀胱癌样本主要富集在Notch信号通路、TGF-β信号通路、上皮-间质转换、缺氧、炎性应答、TNF-αNF-κB信号通路等多种生物学过程。这些通路主要与肿瘤血管细胞生成和肿瘤细胞分化、侵袭和转移相关。结论 TAGLN基因与膀胱癌多个病理指标相关,可以作为潜在的诊疗膀胱癌患者预后的标志物和治疗肿瘤的靶标。

人TAGLN基因及基因启动子的生物信息学分析

人TAGLN基因编码的蛋白参与细胞骨架重构,在肿瘤细胞的增殖、迁移、侵袭和转移等生物学过程发挥重要作用。为探究TAGLN基因的启动子区、CpG岛、转录因子结合位点、翻译后修饰位点、亚细胞定位及B细胞线性表位,利用多种生物信息学方法在线分析TAGLN基因5′端的启动子、CpG岛、转录因子结合位点、翻译后修饰位点和亚细胞定位及B细胞线性表位。结果表明,Promoter 2.0未显示明显的启动子序列;其余3种软件显示人TAGLN基因5′调控区2000 bp含启动子序列,但核心启动子区不同且对应不同的转录本;4种软件均未发现CpG岛,但均显示有一处CpG集中分布区域;AliBaba2.1和PROMO数据库预测与TAGLN基因启动子区的共同转录因子结合位点17个;JASPAR获得6个与转录方向一致(正链)的转录因子;SwissRegulon显示第1个启动子结合的转录因子JUNB、SMAD4、SMAD1和SMAD3与转录方向一致;人TAGLN基因编码的蛋白主要定位于细胞质和细胞核,可被磷酸化、乙酰化、泛素化和甲基化等翻译后修饰调控,有9个B细胞线性表位(抗原表位)热点片段。生物信息学软件能预测人TAGLN基因的启动子区、CpG岛、转录因子结合位点、翻译后修饰位点、亚细胞定位及B细胞线性表位,可以高效地获得TAGLN基因的相关信息,为深入研究该基因对乳腺癌的影响及作用机制和抗体开发等提供理论依据。