果蝇tap基因表达模式的测定

果蝇tap基因因具有和哺乳动物ngn基因极高的碱基序列相似度,被定性为ngn同源基因。近二十年来,在已知ngn同源基因中,除tap以外,其他基因的功能和调控基本都得到了比较充分的研究,而对tap基因的相应研究几乎停滞。直到利用同源重组技术,将tap基因的编码序列准确地替换成Gal4蛋白的编码序列,培育出tap Gal4品系,并与UAS-GFP品系杂交,通过对子代果蝇中GFP进行荧光染色,明确了tap基因在蕈形体发育过程的表达模式。进而通过量化分析,确定了tap基因在蕈形体发育中不具有原神经功能,而是对神经轴突的生长和靶向延伸起重要作用。主要展示了tap基因在大脑,复眼发育过程中的表达模式,利于针对性地在这些器官中敲除、敲低或过量表达Tap蛋白,进而根据由此产生的表型改变,探究tap基因在这些器官发育中的功能和调控。

tap基因靶向表达导致果蝇神经系统异常发育

[目的]果蝇tap基因编码进化保守的碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)蛋白,该研究初步探索其在果蝇神经系统发育中的功能。[方法]合成tap基因的编码序列并亚克隆至p UAST质粒,通过胚胎显微注射和mini-white标记基因筛选,获得UAS-tap转基因果蝇。将该转基因品系分别与ap-GAL4和GMR-GAL4果蝇品系杂交,采用定量RT-PCR方法检测杂交前后tap基因表达水平,并在显微镜下观察杂交后代的发育情况。[结果]成功构建了p UAS-tap重组质粒,通过显微注射与转基因果蝇筛选、平衡及定位,共获得5个独立转基因品系。tap基因靶向表达后引起成虫出现糙眼,翅膀出现异位刚毛和异位翅脉表型。[结论]tap基因可能通过原神经模式,也可能通过调节神经前体细胞分化而参与神经发育。对该基因功能与调控的深入研究,将与脊椎动物中其同源基因ngn的同类研究互相借鉴。

TAP1基因和FcεRIβ基因多态性与哮喘及其表型的相关性研究

目的 :为研究TAP1基因和FcεRIβ基因多态性与哮喘及其表型的关系。 方法 :选择TAP1基因中微卫星DNA标志———TAP1及FcεRIβ基因中RFLP位点———RsaI,采用Amp FLP和RFLP方法在散发哮喘病人中进行分析 ,并检测其血清总IgE水平 ,过敏原皮试及气道高反应性 ,应用相关分析观察TAP1及RsaI等位基因与哮喘及其表型的关系。结果 :RsaI位点等位基因片段与哮喘及气道高反应性相关 ,未见TAP1与哮喘或其表型相关。结论 :FcεRIβ基因可能是哮喘发病的一个候选基因 ,TAP1基因可能与哮喘的发病无关。

3个安徽地方猪品种TAP1基因编码区遗传多态性分析

以3个安徽地方猪品种皖南黑猪、圩猪和霍寿黑猪共324头猪为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测猪TAP1基因编码区的遗传多态性。结果表明,在皖南黑猪、圩猪和霍寿黑猪TAP1基因的第10外显子41 bp碱基处发生G>A突变,检测到AA、GA、GG 3种基因型,其中AA基因型频率在这3个群体中分别为59.53%、41.27%和54.91%,为优势基因型;皖南黑猪、圩猪和霍寿黑猪的多态信息含量(PIC)分别为0.2991、0.3611和0.3242,在该位点均处于中度多态。卡方检验表明,皖南黑猪、圩猪和霍寿黑猪群体均处于哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05)。

不同鸡种TAP1基因SNPs和INDEL比对分析

为探究抗原加工相关转运体1(TAP1)基因在不同鸡种中的遗传多样性及其进化机制,采用目标序列捕获测序技术对29个不同鸡种TAP1基因的序列进行比对分析。结果显示:在29个鸡种中共有270个单核苷酸多态性(SNPs),其中TAP1基因外显子中共有116个SNPs,主要发生在外显子9和外显子1上,分别占突变核苷酸总数的25%和24%;引起非同义突变的SNPs共有82个,突变最多的是A/G,氨基酸同源性高于核苷酸;所有29个鸡种中都存在SNPs,快大型青脚麻鸡和红色原鸡在外显子上具有最多的SNPs,发生碱基缺失的鸡种包括固始鸡、安卡鸡、斗鸡罗斯鸡杂交品种、绿壳蛋鸡、来航鸡,其中固始鸡缺失片段最长。TAP1基因在不同鸡种中存在高度变异性,说明这种多样性对于鸡抗病性具有重要作用,研究结果也为鸡的抗病育种提供了参考。

汉族人群Tap1和Tap2基因座等位基因频率和基因型频率分布

本研究分析汉族人群tap1和tap2基因座等位基因和基因型频率的分布及意义。运用TaqManPCR分型技术调查339例中国健康汉族人群随机样本tap1(transporter associated with antigen processing)和tap2基因座等位基因频率和基因型频率分布,并计算个体鉴别力、累积鉴别力、多态性信息含量、无偏倚期望杂合性、观察杂合性等遗传参数。结果表明:共有5种tap1等位基因(tap1*0101、020101、020102、0301和0401)和4种tap2等位基因(tap2*0101、0102、0103和0201)被检出,tap1实际检出基因型8种,占理论基因型的53.3%,tap2实际检出基因型6种,占理论基因型60%。Tap1和tap2基因型分型结果符合Hardy-Weinberg定律(p>0.05)。Tap1*0101(79.79%)和tap2*0101(82.74%)在中国汉族人群中分布最广。结论:Tap1*0101和tap2*0101在汉族人群中分布最广。Tap1和tap2基因座具有一定的信息量和个体鉴别能力,可用于人类遗传学、遗传疾病基因连锁分析、法医学亲子鉴定和个体识别等研究领域。

日本血吸虫SCP/TAPS基因家族的生物信息学分析和克隆表达

目的以黄蜂Vv Vesv5蛋白为检索源检索日本血吸虫EST数据库,对检索出的序列进行生物信息学分析,并挑选出有代表性的基因进行克隆表达,为日本血吸虫SCP/TAPS家族蛋白的功能研究打下一定的基础。方法利用生物信息学软件对检索出的日本血吸虫SCP/TAPS家族蛋白进行生物信息学分析,经PCR确定后,以AAW24579为代表进行进一步的研究,将其命名为SjVAL2。根据SjVAL2的序列设计引物,通过RT-PCR扩增出全长编码区域,克隆到原核表达载体pET-28a(+)中,在大肠埃希菌中诱导表达并纯化,免疫印迹实验(Western-blotting)鉴定纯化的重组蛋白。结果日本血吸虫SCP/TAPS家族中至少有17个不同的蛋白成员存在,多序列比对分析发现它们初步可以分为3个不同的亚组。以日本血吸虫成虫cDNA为模板RT-PCR扩增出SjVAL2序列,PCR、双酶切及DNA测序均证实pET-28a(+)-SjVAL2重组质粒构建成功。SDS-PAGE结果表明,目的基因在大肠埃希菌中获得高效表达,重组蛋白能识别日本血吸虫感染的小鼠血清,说明其具有免疫反应性。结论日本血吸虫SCP/TAPS家族中至少有17个不同的蛋白成员存在,其中SjVAL2基因可在原核表达系统中高效表达,为进一步研究该家族蛋白的功能打下基础。

人类TAP2基因克隆及其核表达质粒的构建

抗原处理相关转运体(transporter associated with antigen processing,TAP)属于ABC(ATP-binding cassette)超家族成员,由TAP1(75 kD)和TAP2(71 kD)形成异二聚体,负责抗原肽从胞浆到内质网的转运,在MHC Ⅰ类分子的抗原处理及提呈过程中发挥重要作用.

Tet-on调控TAp63γ基因表达EC9706细胞系的建立及对细胞增殖的影响

目的:利用Tet-on基因表达调控系统建立由强力霉素(Dox)诱导TAp63γ基因表达的EC9706细胞系,为进一步研究TAp63γ基因的功能奠定基础。方法:将调控质粒pTet-on转入EC9706细胞,经G418筛选后的细胞再次转染反应质粒pTRE-TAp63γ-HA,再用潮霉素筛选出阳性细胞克隆,RT-PCR法选择对Dox敏感的细胞克隆。最后用不同浓度Dox诱导,Westernblot法确定Dox的最佳诱导浓度。采用此浓度的Dox分别诱导EC9706、EC9706/Tet/pTRE、EC9706/Tet/pTRE-TAp63γ3组细胞,细胞增殖分析试剂盒(CCK-8试剂盒)检测细胞生长抑制率。结果:Dox浓度为3mg/L时可诱导TAp63γ基因高表达,EC9706/Tet/pTRE-TAp63γ细胞的生长抑制率均高于EC9706和EC9706/Tet/pTRE细胞(P<0.05或0.01)。结论:成功构建了Tet-on调控TAp63γ基因表达的EC9706细胞系,为进一步研究食管鳞癌细胞内P63蛋白的生物学行为提供了一个理想的研究平台。TAp63γ基因表达可使EC9706细胞增殖受到抑制。

TAP63γ基因调节Col10a1基因表达及软骨细胞分化成熟

目的拟应用两种软骨细胞模型MCT和ATDC5细胞阐明TAP63γ基因如何调节十型胶原蛋白基因(Col10a1)基因表达及软骨细胞分化、成熟。方法应用荧光定量聚合酶链反应(PCR)技术检测TAP63γ基因和Col10a1基因分别在增殖/肥大状态下小鼠MCT细胞和ATDC5细胞中的表达。应用基因转染,在MCT细胞和ATDC5细胞中过表达或抑制TAP63γ基因的表达,以研究其对Col10a1基因表达的调控作用。在细胞诱导培养的第4、7、14、21天,用阿尔新蓝染色、碱性磷酸酶染色和茜素红染色分别对稳定转染TAP63γ表达质粒的目的组和转染空载体pCMV的对照组及未转染的空白组进行染色,统计分析阳性染色面积,从而确定过表达TAP63γ基因在软骨细胞骨化期间给软骨内成骨所带来的影响。结果与增殖型软骨细胞比较,TAP63γ基因与Col10a1基因在MCT和ATDC5两种肥大型软骨细胞的相对表达量都明显升高(P<0.05)。在MCT细胞和ATDC5细胞中抑制TAP63γ基因的表达,结果导致Col10a1基因的相对表达量明显降低,而过表达TAP63γ基因则明显升高Col10a1基因的相对表达量。阿尔新蓝染色在诱导培养的第7天显示出最强的染色强度,但目的组与对照组没有明显差异;在诱导培养的第21天,碱性磷酸酶染色目的组比对照组显示出更强的染色强度,茜素红染色未见差异。结论TAP63γ基因与两种软骨细胞模型MCT和ATDC5细胞中Col10a1基因的表达一致,TAP63γ基因促进软骨细胞的成熟分化。TAP63γ基因可能与多种转录因子一起构成调节Col10a1基因表达的新型机制进而影响骨骼发育与疾病中软骨细胞成熟的进程。

苏太断奶仔猪TAP1基因启动子区甲基化修饰与F18大肠杆菌抗性的关系

本试验运用亚硫酸氢盐(BSP)+Miseq测序法分析苏太断奶仔猪F18大肠杆菌抗性型和敏感型个体十二指肠和空肠组织TAP1基因启动子区的甲基化水平,并运用real-time PCR(RT-PCR)方法检测TAP1的m RNA表达量,进而分析TAP1基因启动子区甲基化修饰对m RNA表达的影响,探讨TAP1基因启动子区甲基化修饰对F18大肠杆菌抗性的调控作用。结果表明:TAP1基因启动子区2个Cp G岛及其中间区域内存在28个Cp G位点,且都存在不同程度的甲基化;其中在Cp G-6位点,抗性型个体空肠组织中的甲基化水平显著低于敏感型个体的甲基化水平(P<0.05);在Cp G-7和Cp G-8位点,抗性型个体十二指肠组织中的甲基化水平显著高于敏感型个体的甲基化水平(P<0.05);Cp G-7和Cp G-8位点甲基化水平与TAP1基因m RNA表达量呈负相关。本实验结果显示,Cp G-6、Cp G-7和Cp G-8是调控基因转录水平的关键性位点,断奶仔猪可能通过对TAP1基因启动子区Cp G岛这些关键位点的去甲基化来提高十二指肠和空肠组织中m RNA的表达水平,进而发挥对E.coli F18抗性的调控作用。

儿童急性白血病骨髓单个核细胞中TAp63基因的表达及意义研究

目的探讨TAp63基因在儿童急性白血病骨髓单个核细胞中的表达及意义。方法收集2015年6月—2016年6月郑州大学第三附属医院和郑州儿童医院住院的初治或复发急性白血病患儿104例为急性白血病组,其中急性淋巴细胞白血病(ALL)80例[急性B淋巴细胞白血病(B-ALL)61例,急性T淋巴细胞白血病(T-ALL)19例],急性非淋巴细胞白血病(ANLL)24例;初发患儿90例(高危型18例,低危型72例),复发患儿14例。选择同期郑州大学第三附属医院和郑州儿童医院住院的非恶性血液病患儿36例作为对照组。利用半定量反转录聚合酶链反应法检测各组患儿TAp63基因表达。结果急性白血病组104例患儿TAp63基因阳性表达86例,阳性表达率为82.7%,TAp63 m RNA相对表达量为(0.61±0.19);对照组患儿TAp63基因阳性表达0例。ALL与ANLL患儿TAp63基因阳性表达率比较,差异无统计学意义(P>0.05);ALL患儿TAp63 m RNA相对表达量较ANLL患儿升高(P<0.05)。初发与复发患儿TAp63基因阳性表达率比较,差异无统计学意义(P>0.05);复发患儿TAp63 m RNA相对表达量较初发患儿升高(P<0.05)。B-ALL患儿TAp63基因阳性表达率、TAp63 m RNA相对表达量较T-ALL患儿升高(P<0.05)。高危型与低危型初发患儿TAp63基因阳性表达率比较,差异无统计学意义(P>0.05);高危型初发患儿TAp63 m RNA相对表达量较低危型初发患儿升高(P<0.05)。完全缓解与未缓解患儿TAp63基因阳性表达率比较,差异无统计学意义(P>0.05);未缓解患儿TAp63 m RNA相对表达量较完全缓解患儿升高(P<0.05)。结论儿童急性白血病的发生、发展可能与TAp63基因的过度表达相关,可作为探讨化疗疗效的观察指标之一;TAp63高表达者易复发,可作为评估预后的指标之一。

晋汾白猪和新山西黑猪TAP1基因多态性和组织表达谱研究

抗原处理相关转运体1(Transporter associated with antigen processing 1,TAP1)属于ABC转运体超家族的成员,在免疫反应中起着重要的作用。通过采用PCR-RFLP的方法,对猪TAP1基因外显子3的单核苷酸多态性进行检测和分析,结果表明:在晋汾白猪中检测到三种基因型(AA,AG,GG),而在新山西黑猪中检测到两种基因型(AG,GG),晋汾白猪和新山西黑猪在TAP1基因的多态位点的基因型分布差异极显著(P<0.01)。采用RT-PCR半定量方法检测猪TAP1基因在晋汾白猪和新山西黑猪18个组织中的特异性表达,结果显示TAP1基因在晋汾白猪的心、肝、脾、肾、胃、卵巢、皮肤、肌肉、脂肪、大脑、小脑、支气管、盲肠中表达量较高,而在新山西黑猪的18个组织中表达量均较高。研究成功建立了TAP1基因变异信息及其组织表达情况,将为进一步分析猪TAP1基因的分子标记与免疫调控提供基础资料。

TAP2基因突变导致的裸淋巴细胞综合征Ⅰ型1例

患者男,47岁。因“咳嗽、咳痰35年,活动后气促20余年,再发2月余”于2018年8月16日至中南大学湘雅二医院就诊。反复咳嗽咳痰、劳累后气促30余年,合并鼻窦炎,冷凝集素滴度≥64,T淋巴细胞(CD3^(+))比例46%,Th淋巴细胞(CD4^(+))比例30%,免疫球蛋白未见异常。第一秒用力呼气容积(FEV1)与用力肺活量(FVC)的比值,即1秒率(FEV1/FVC)为49%。肺部CT示双肺弥漫性小气道病变。全外显子测序检测到TAP2基因c.223_224del(p.Leu75AspfsTer91)纯合突变,其姐姐也发现TAP2基因相同位点突变,裸淋巴细胞综合征Ⅰ型及弥漫性泛细支气管炎诊断明确。予以阿奇霉素(0.5 g,1次/d)治疗后,患者咳嗽咳痰、气促症状明显改善。

云南地区汉族人群PSMB8、PSMB9及TAP2基因多态性与类风湿关节炎的关联研究

目的研究云南汉族人群中PSMB8、PSMB9及TAP2基因多态性与类风湿关节炎（rheumatoid arthritis，RA）的相关性。方法应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性法对177例RA患者及288名健康对照PSMB8基因的rs2071543、rs55745125、rs138635403位点和PSMB9基因的rs17587多态性位点进行基因分型，应用多聚酶链反应扩增阻碍系统法对TAP2基因的rs2228396多态性位点进行基因分型。计算基因型及等位基因频率。采用EpiInfo7软件计算上述多态位点在RA组及正常对照组之间的比值比（OR值）。结果rs138635403及rs17587位点的等位基因及基因型频率在RA组和对照组间差异有统计学意义（P〈0．05），其中RA组rs17587的GG基因型频率（0．672）高于对照组（0．524）（OR=1．862，95％CI：1．261～2．749）。结论云南汉族人群PSMB9基因的rs17587位点多态性与RA存在关联。

水稻内生链霉菌中的线型和环型质粒

植物内生放线菌的研究是一个近年来兴起的学科领域，在进一步探索和开发微生物资源方面，植物内生放线菌逐渐成为相关领域同行的关注热点。本期介绍了“中国科学院上海生命科学院植物生理生态研究所”田新莉、覃重军与“中山大学生命科学院”周世宁等合作发表的文章《水稻内生链霉菌中线型和环型质粒的检测》，作者通过脉冲电泳技术，对采集到的44株水稻内生链霉菌进行了内源性质粒的检测，观察到了内源性质粒不但以环型存在，同时也以线型状态存在，这是在相关研究领域首先报道植物内生放线菌中存在线型质粒。他们还发现水稻内生链霉菌的线形质粒存在的比例和端粒酶tap基因存在比例与土壤中的链霉菌相当，而环形质粒却显示出较高的存在比例。两位审稿专家与相关编委认为：本文获得了较为重要的初步检测结果，并具有深入研究的价值。