HR-HPV感染合并CIN与阴道微环境、TAP1及TAP2基因多态性的关系研究

目的探讨高危型人乳头瘤病毒(HR-HPV)感染合并宫颈上颈上皮内瘤变(CIN)与阴道微环境、TAP1及TAP2基因多态的关系。方法收集2022年5月至2024年5月宁波大学附属第一医院收治的HR-HPV感染患者120例,行液基薄层细胞学检测或宫颈活检,合并CIN 75例(HR-HPV感染合并CIN组),不合并CIN 45例(HR-HPV感染组)。采集宫颈阴道分泌物,运用16S rRNA技术进行测序,比对Greengene数据库,以“门、属”水平分析两组阴道微环境菌群分布;收集外周静脉血行聚合酶链式反应扩增TAP1及TAP2基因多态性片段,分析HR-HPV感染合并CIN与TAP1、TAP2基因多态性的关系。结果“门”水平上,HRHPV感染合并CIN组厚壁菌门相对丰度低于HR-HPV感染组,放线菌门、拟杆菌门、变形菌门、软壁菌门及梭杆菌门均高于HR-HPV感染组(均P<0.05);“属”水平上,HR-HPV感染合并CIN组乳酸杆菌属低于HR-HPV感染组,加德纳菌属、普氏菌属、奇异菌属、脲原体属、纤毛菌属、链球菌属及厌氧球菌属均高于HRHPV感染组(均P<0.05)。两组TAP1、TAP2基因多态性位点理论值与实际值差异均无统计学意义(均P>0.05);两组TAP1 rs41549617位点基因型分布差异有统计学意义(P<0.05),且HR-HPV感染合并CIN组AA基因型、A等位基因频率高于HR-HPV感染组(均P<0.05);两组TAP2 rs1135216位点基因型分布差异无统计学意义(P>0.05)。结论HR-HPV感染患者可因阴道微生物菌群变化以及TAP1 rs41549617位点改变进一步发展为CIN,检测阴道微生物菌群以及TAP1 rs41549617位点有助于对HR-HPV感染患者进行风险分层,以便制定个体化随访策略。

中国华北地区人群TAP1基因多态性与乙肝关联性的研究

目的 探讨华北地区人群TAP1基因SNPs与乙肝发生的关联。方法 提取中国华北地区 176例乙肝患者及该地区2 0 8例健康献血者外周血基因组DNA ,用PCR方法扩增TAP1基因包含Codon3 3 3、63 7片段 ,采用DNA直接测序法检测健康个体基因型 ,用RFLP明确乙肝患者基因型。并采用PHASE1 0软件构建这两个多态性位点的个体单倍体型。以非条件Logistic回归校正混杂因素 ,并进行多态性与乙肝风险关联性的统计学分析。结果 TAP1基因 2个多态性位点在华北地区人群中具有多态性 (均为A→G)。其中Codon63 7多态性位点在两组人群中的差异有高度显著性 (P <0 . 0 1) ,较之野生型A/A ,杂合型A/GOR =4 . 68(95 %CI =2 . 99～ 7 . 3 3 ) ,纯合型G/GOR =6 . 3 4(95 %CI =2 . 49～ 16 . 13 ) ;Codon3 3 3多态性位点在两组人群中无差异 (P >0 . 0 5 )。在这两个位点所构建的单倍体型中 ,我们研究发现含有AG单倍体的个体在两组人群中具有高度差异 (P <0 . 0 1) ,OR =19 . 85 (95 %CI =8 . 3 3～47 . 3 1)。结论 TAP1基因Codon63 7位点的多态性对于乙肝的发生有着显著的易患关联 ,其杂合、纯合形式分别增加乙肝患病风险4 . 68倍和 6 . 3 4倍。而具有AG单倍体的个体对于乙肝的发生具有更强的易感关联 。

TAP1基因和FcεRIβ基因多态性与哮喘及其表型的相关性研究

目的 :为研究TAP1基因和FcεRIβ基因多态性与哮喘及其表型的关系。 方法 :选择TAP1基因中微卫星DNA标志———TAP1及FcεRIβ基因中RFLP位点———RsaI,采用Amp FLP和RFLP方法在散发哮喘病人中进行分析 ,并检测其血清总IgE水平 ,过敏原皮试及气道高反应性 ,应用相关分析观察TAP1及RsaI等位基因与哮喘及其表型的关系。结果 :RsaI位点等位基因片段与哮喘及气道高反应性相关 ,未见TAP1与哮喘或其表型相关。结论 :FcεRIβ基因可能是哮喘发病的一个候选基因 ,TAP1基因可能与哮喘的发病无关。

3个安徽地方猪品种TAP1基因编码区遗传多态性分析

以3个安徽地方猪品种皖南黑猪、圩猪和霍寿黑猪共324头猪为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测猪TAP1基因编码区的遗传多态性。结果表明,在皖南黑猪、圩猪和霍寿黑猪TAP1基因的第10外显子41 bp碱基处发生G>A突变,检测到AA、GA、GG 3种基因型,其中AA基因型频率在这3个群体中分别为59.53%、41.27%和54.91%,为优势基因型;皖南黑猪、圩猪和霍寿黑猪的多态信息含量(PIC)分别为0.2991、0.3611和0.3242,在该位点均处于中度多态。卡方检验表明,皖南黑猪、圩猪和霍寿黑猪群体均处于哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05)。

不同鸡种TAP1基因SNPs和INDEL比对分析

为探究抗原加工相关转运体1(TAP1)基因在不同鸡种中的遗传多样性及其进化机制,采用目标序列捕获测序技术对29个不同鸡种TAP1基因的序列进行比对分析。结果显示:在29个鸡种中共有270个单核苷酸多态性(SNPs),其中TAP1基因外显子中共有116个SNPs,主要发生在外显子9和外显子1上,分别占突变核苷酸总数的25%和24%;引起非同义突变的SNPs共有82个,突变最多的是A/G,氨基酸同源性高于核苷酸;所有29个鸡种中都存在SNPs,快大型青脚麻鸡和红色原鸡在外显子上具有最多的SNPs,发生碱基缺失的鸡种包括固始鸡、安卡鸡、斗鸡罗斯鸡杂交品种、绿壳蛋鸡、来航鸡,其中固始鸡缺失片段最长。TAP1基因在不同鸡种中存在高度变异性,说明这种多样性对于鸡抗病性具有重要作用,研究结果也为鸡的抗病育种提供了参考。

汉族人群Tap1和Tap2基因座等位基因频率和基因型频率分布

本研究分析汉族人群tap1和tap2基因座等位基因和基因型频率的分布及意义。运用TaqManPCR分型技术调查339例中国健康汉族人群随机样本tap1(transporter associated with antigen processing)和tap2基因座等位基因频率和基因型频率分布,并计算个体鉴别力、累积鉴别力、多态性信息含量、无偏倚期望杂合性、观察杂合性等遗传参数。结果表明:共有5种tap1等位基因(tap1*0101、020101、020102、0301和0401)和4种tap2等位基因(tap2*0101、0102、0103和0201)被检出,tap1实际检出基因型8种,占理论基因型的53.3%,tap2实际检出基因型6种,占理论基因型60%。Tap1和tap2基因型分型结果符合Hardy-Weinberg定律(p>0.05)。Tap1*0101(79.79%)和tap2*0101(82.74%)在中国汉族人群中分布最广。结论:Tap1*0101和tap2*0101在汉族人群中分布最广。Tap1和tap2基因座具有一定的信息量和个体鉴别能力,可用于人类遗传学、遗传疾病基因连锁分析、法医学亲子鉴定和个体识别等研究领域。

TAP1真核表达载体的构建及其对GES-1细胞HLA-I分子表达的影响

目的:构建抗原加工相关转运蛋白TAP1真核表达载体,并观察其对HLA-I分子表达的影响。方法:采用基因重组技术,构建含人TAP1基因全长的pcDNA3.1/V5-His-TAP1真核表达质粒,并采用细胞转染、RT-PCR、Western blot以及流式细胞术(FCM)观察TAP1转染对胃黏膜上皮(GES-1)细胞HLA-I分子表达的影响。结果:以人外周血单个核细胞总RNA为模板,经RT-PCR反应获得人全长TAP1基因,以pcDNA3.1/V5-HisB为载体,经酶切、连接、转化等基因重组技术,构建了含人TAP1基因全长的pcDNA3.1/V5-His-TAP1质粒,并经测序结果证实。以GES-1作为靶细胞进行转染,经RT-PCR和Westernblot证实,转染后TAP1基因表达明显增加,细胞适于所构建的TAP1质粒的转染。进一步检测了TAP1转染对GES-1细胞HLA-I类分子表达的影响。结果发现,TAP1转染组HLA-A、HLA-B、HLA-C(重链)在mR-NA水平表达明显增加,β2m(轻链)mRNA水平无明显影响。FCM及Western blot检测结果表明,TAP1转染可以上调HLA-I蛋白的表达。结论:成功构建了TAP1真核表达质粒,细胞转染后TAP1表达的增加,可引起细胞表面HLA-I分子表达的相应增加,从而证实了TAP1在HLA-I抗原表达以及抗原递呈途径中的重要作用。

TAP1及其mRNA在尖锐湿疣皮损中的表达

目的:通过检测TAP1及其mRNA在尖锐湿疣皮损中的表达情况,进一步探讨尖锐湿疣免疫学发病机制。方法:采用免疫组织化学方法及逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)分别检测TAP1及其mRNA在尖锐湿疣皮损中的表达,并与正常包皮组织作对照。结果:尖锐湿疣皮损中TAP1及其mRNA表达水平与正常包皮组织相比均显著降低。结论:尖锐湿疣皮损中TAP1及其mRNA表达水平显著降低,以致MHC-I类抗原递呈途径存在缺陷,这可能成为人乳头瘤病毒逃逸宿主免疫监视的一条重要途径。

提高宫颈炎组织中TAP1、TAP2、β_2-MG蛋白表达

目的:探讨维吾尔族和汉族妇女宫颈炎组织中TAP1、TAP2、β2-MG蛋白阳性率表达。方法:采用常规免疫组化S-P法和改良法检测65例(汉族35例,维吾尔族30例)宫颈炎组织中TAP1、TAP2、β2-MG蛋白表达。结果:TAP1、TAP2和β2-MG蛋白在改良后免疫组化S-P法中阳性率的表达为(81.54%、96.92%、95.38%),明显高于常规法(26.15%、36.92%、38.46%)(P<0.005)。结论:通过实验方法的改进,宫颈炎组织中TAP1、TAP2、β2-MG的阳性率检测明显提高,可以把它们作为宫颈炎的标记物,以提高临床上宫颈炎的检出率。

TAP1*rs1057141基因多态性与新疆维吾尔族变应性鼻炎的相关性研究

目的初步探讨抗原提呈转运蛋白1(transporter associated with antigen processing 1,TAP1)基因rs1057141位点多态性与新疆维吾尔族变应性鼻炎(allergic rhinitis,AR)易感性的关系。方法采用病例-对照研究方法,随机选择新疆医科大学第一附属医院耳鼻喉科维吾尔族住院患者150例(病例组)和门诊健康体检者150例(对照组),采用SNaPshot SNP分型技术检测300个样本rs1057141基因位点多态性,并与NCBI基因库中世界其他种族人群进行比较。结果基因型G/G、G/A、A/A在病例组中的频率分别为4.00%、35.33%、60.67%,在对照组中的频率分别为8.67%、40.00%、51.33%,两组间基因型频率分布差异无统计学意义(P>0.05);等位基因G和A的频率在对照组为28.67%、71.33%,在病例组为21.67%、78.23%,两组间等位基因频率分布差异有统计学意义(P<0.05)。维吾尔族TAP1*rs1057141基因型及等位基因与世界其他种族人群相比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论 TAP1*rs1057141多态性与新疆维吾尔族变应性鼻炎易感性相关,可能是易感基因。新疆地区维吾尔族人群中TAP1*rs1057141位点基因型频率分布与世界其他种族人群比较均有差异。

苏太断奶仔猪TAP1基因启动子区甲基化修饰与F18大肠杆菌抗性的关系

本试验运用亚硫酸氢盐(BSP)+Miseq测序法分析苏太断奶仔猪F18大肠杆菌抗性型和敏感型个体十二指肠和空肠组织TAP1基因启动子区的甲基化水平,并运用real-time PCR(RT-PCR)方法检测TAP1的m RNA表达量,进而分析TAP1基因启动子区甲基化修饰对m RNA表达的影响,探讨TAP1基因启动子区甲基化修饰对F18大肠杆菌抗性的调控作用。结果表明:TAP1基因启动子区2个Cp G岛及其中间区域内存在28个Cp G位点,且都存在不同程度的甲基化;其中在Cp G-6位点,抗性型个体空肠组织中的甲基化水平显著低于敏感型个体的甲基化水平(P<0.05);在Cp G-7和Cp G-8位点,抗性型个体十二指肠组织中的甲基化水平显著高于敏感型个体的甲基化水平(P<0.05);Cp G-7和Cp G-8位点甲基化水平与TAP1基因m RNA表达量呈负相关。本实验结果显示,Cp G-6、Cp G-7和Cp G-8是调控基因转录水平的关键性位点,断奶仔猪可能通过对TAP1基因启动子区Cp G岛这些关键位点的去甲基化来提高十二指肠和空肠组织中m RNA的表达水平,进而发挥对E.coli F18抗性的调控作用。

TAP1、TAP2在乳腺癌中的表达及临床价值的研究进展

乳腺癌是中国女性最常见的恶性肿瘤。在全球范围内,中国占新诊断乳腺癌病例的3/20,占据乳腺癌死亡的1/10,严重威胁女性患者生存和生活质量。新疆属于乳腺癌高发区,尤其是新疆维吾尔族乳腺癌患者比汉族乳腺癌患者发病年龄早,肿瘤分期晚,恶性程度高,成为困扰维吾尔族乳腺患者的重要疾病之一。越来越多的研究表明乳腺癌是多步骤、

TAP1基因多态性与被动吸烟的交互作用对肺结核发病的影响

目的TAP 1基因多态性与感染性疾病发生有关。文中探讨TAP 1基因多态性、环境危险因素及两者的交互作用对肺结核发病的影响。方法采用病例对照研究方法,选取广东省各个结核防治单位128例肺结核确诊患者为病例组,并选取同期145例体检健康人群作为对照组。采用多因素Logistic回归模型纳入乘积项法分析TAP 1基因多态性与被动吸烟的相乘交互作用,叉生分析法分析两者相加交互作用。采用SHEsis软件对TAP 1基因两位点进行单体型分析。结果单因素分析结果显示被动吸烟、TAP1rs1135216位点等位基因和基因型在病例组与对照组中的分布差异有统计学意义(P<0.05);rs1057141位点等位基因和基因型在病例组与对照组的分布差异无统计学意义(P>0.05)。多因素Logistic回归分析结果显示,rs1135216位点AG基因型(OR=7.320,95%CI:2.394~22.381)及被动吸烟(OR=1.978,95%CI=1.193~3.281)与肺结核发病有关。TAP1 rs1135216位点超显性模型(AA+GG vs AG)中,AG基因型(OR=6.528,95%CI=2.168~19.657)的肺结核发病风险是AA+GG基因型的6.528倍;显性模型(AG+GG vs AA)中,AG+GG基因型(OR=4.549,95%CI=1.888~10.963)的肺结核发病风险是AA基因型的4.549倍。TAP 1基因两位点单体型GG与肺结核发病存在关联(OR=3.439,95%CI:1.636~7.228)。rs1135216位点超显性模型中AG基因型、显性模型中AG+GG基因型与被动吸烟在肺结核发病中无相乘交互作用。叉生分析结果显示,携带AG基因型且有被动吸烟者肺结核患病风险是未携带AG基因型且无被动吸烟的20.811倍(OR=20.811,95%CI:2.586~167.501)。结论被动吸烟可增加肺结核患病风险。TAP1 rs1135216位点基因多态性与肺结核发病相关,且其与被动吸烟在肺结核发病中存在相加交互作用。TAP1 rs1057141位点基因多态性与肺结核发病无关,但其与rs1135216位点的单体型GG与肺结核发病相关。

人类TAP1基因克隆及表达载体pcDNA3.1/V5-His TOPO TA-TAP1的构建(英文)

目的 克隆TAP1 (抗原处理相关转运 1 )基因cDNA序列 ,构建其真核表达载体pcDNA3.1 V5 HisTOPOTA TAP1。方法 从人类B LCL细胞中提取总RNA ,以RT PCR技术扩增TAP1基因片段 ,将该段基因克隆到表达载体pcDNA3.1 V5 HisTOPOTA上测序。结果 通过RT PCR扩增获得 1个 2 5 93bp的DNA片段 ,测序分析表明为TAP1基因。结论 通过RT PCR等技术成功克隆出人类TAP1基因并成功构建了表达载体pcDNA3.1 V5 HisTOPOTA TAP1。

晋汾白猪和新山西黑猪TAP1基因多态性和组织表达谱研究

抗原处理相关转运体1(Transporter associated with antigen processing 1,TAP1)属于ABC转运体超家族的成员,在免疫反应中起着重要的作用。通过采用PCR-RFLP的方法,对猪TAP1基因外显子3的单核苷酸多态性进行检测和分析,结果表明:在晋汾白猪中检测到三种基因型(AA,AG,GG),而在新山西黑猪中检测到两种基因型(AG,GG),晋汾白猪和新山西黑猪在TAP1基因的多态位点的基因型分布差异极显著(P<0.01)。采用RT-PCR半定量方法检测猪TAP1基因在晋汾白猪和新山西黑猪18个组织中的特异性表达,结果显示TAP1基因在晋汾白猪的心、肝、脾、肾、胃、卵巢、皮肤、肌肉、脂肪、大脑、小脑、支气管、盲肠中表达量较高,而在新山西黑猪的18个组织中表达量均较高。研究成功建立了TAP1基因变异信息及其组织表达情况,将为进一步分析猪TAP1基因的分子标记与免疫调控提供基础资料。

Association of TAP1 Gene Polymorphism in Human Papilloma Virus Related Oropharyngeal Cancer

Background: Polymorphisms of TAP1 gene might be pertinent in development of cancer by altering the immune response. We studied the association of TAP1 gene polymorphism with HPV related oropharyngeal cancer. Methods: This prospective study consisted of 200 subjects divided into three groups;Group A—HPV positive oropharyngeal cancer (17/100), Group B—HPV negative oropharyngeal cancer (83/100) and Group C—Controls. TAP1ile333val polymorphism genotyping was performed by ARMS-PCR. Results: No significant difference was observed in the distribution of Val/Val genotype of Group A in comparison to Group C (OR = 0.663, 95% CI = 0.164 - 2.688, p = 0.742) and Group B (OR = 1.725, 95% CI = 0.388 - 7.675, p = 0.677) and thus was not associated with HPV associated cancer. But the frequency of Val/Val genotype was found to be significantly decreased in Group B as compared to controls and was linked with increased risk of oropharyngeal cancers (OR = 0.38, 95% CI = 0.15 - 0.97, p = 0.048). Conclusion: TAP1i333v gene polymorphism was not associated with HPV positive oropharyngeal cancer;however decreased frequency of Val/Val genotype raises the risk of oropharyngeal cancer.

食管鳞癌组织HLA-Ⅰ和TAP1及LMP2的表达相关性研究

目的探讨食管鳞癌组织中发生肿瘤免疫逃逸机制的相关指标人类白细胞抗原-Ⅰ(human leukocyte antigen-Ⅰ,HLA-Ⅰ)、抗原相关转运蛋白1(transporter associated with antigen proeessing1,TAP1)和低分子量多肽2(low molecular weight protein2,LMP2)的表达,分析三者表达的差异性和相关性。方法应用免疫组化技术,检测济宁医学院附属医院胸外科2012-01-01-2013-12-31收治的临床资料完整的手术切除87例食管癌和配对正常食管组织中HLA-Ⅰ、TAP1和LMP2的表达,并分析其在食管癌组织中表达变化与临床病理特征的关系。结果正常黏膜组织样本中HLA-Ⅰ阳性表达率为100.0%(87/87),TAP1为98.9%(86/87),LMP2为98.9%(86/87)。在食管癌组织中HLA-Ⅰ阳性表达率为42.5%(37/87),TAP1为41.4%(36/87),LMP2为46.0%(40/87)。与病理因素的相关分析显示,癌组织的分化程度、是否有淋巴结转移和肿瘤的TNM临床分期均与HLA-Ⅰ、TAP1和LMP2的表达相关,P值均<0.05。HLA-Ⅰ类分子的表达与TAP1(P=0.05)和LMP2(P=0.04)的表达呈正相关,即随着TAP1和LMP2的低表达,HLA-Ⅰ也出现低表达。结论在肿瘤发生免疫逃逸机制中,食管鳞癌组织HLA-Ⅰ、TAP1和LMP2出现低表达与组织分化程度、淋巴结转移和TNM临床分期相关。提示HLA-Ⅰ、TAP1和LMP2可能与食管鳞癌的发生和转移有关,三者可同成为食管癌诊断和预警转移有价值的生物标志物。

大肠杆菌侵染猪肠上皮细胞IPEC-J2后TAP1基因表达量的变化分析

为了在细胞水平上探究抗原处理相关转运体1(TAP1)基因与仔猪大肠杆菌性腹泻间的关系以及在机体抗大肠杆菌侵染过程中是否发挥了作用,选用3种主要产肠毒素大肠杆菌(F18ab,F18ac和K88ac)刺激离体培养的猪肠上皮细胞(IPEC-J2),用实时荧光定量PCR检测3种大肠杆菌刺激后IPEC-J2细胞中TAP1基因表达量的变化。结果显示:IPEC-J2细胞经过3种大肠杆菌刺激后,TAP1基因在细胞中的表达量均显著高于对照组(P<0.05),差异倍数分别是对照组的1.7,1.8和1.5倍;3种不同的大肠杆菌刺激,TAP1基因在IPEC-J2细胞中的表达量不存在显著差异(P>0.05)。通过分析3种大肠杆菌侵染离体培养的猪肠上皮细胞后TAP1基因表达量的变化,在细胞水平上验证了TAP1基因的表达对仔猪抗细菌性腹泻具有一定的作用,为TAP1基因作为机体免疫调控的相关基因提供了一定的理论依据。